circRNA sekwenzar-Illumina
Karatteristiċi
● Tnaqqis ta 'rRNA segwit minn preparazzjoni ta' librerija direzzjonali, li tippermetti dejta ta 'sekwenzjar li hija speċifika għall-fergħa.
● Il-fluss tax-xogħol bijoinformatiku jippermetti tbassir ta 'circRNA u kwantifikazzjoni ta' espressjoni
Vantaġġi tas-Servizz
●Libreriji tal-RNA aktar komprensivi:nużaw it-tnaqqis tal-rRNA minflok it-tnaqqis tal-RNA lineari fil-preparazzjoni ta' qabel il-librerija tagħna, u niżguraw li d-dejta tas-sekwenzjar tinkludi mhux biss circRNA iżda wkoll mRNA u lncRNA, li tippermetti analiżi konġunta fuq dawn is-settijiet tad-dejta
●Analiżi fakultattiva ta' netwerks kompetittivi ta' RNA endoġenu (ceRNA).: jipprovdi għarfien aktar profond dwar il-mekkaniżmi regolatorji ċellulari
●Kompetenza estensiva: b'rekord ta 'proċessar ta' aktar minn 20,000 kampjun f'BMK, li jkopru diversi tipi ta 'kampjuni u proġetti lncRNA, it-tim tagħna jġib rikkezza ta' esperjenza għal kull proġett.
●Kontroll Riguż tal-Kwalità: nimplimentaw punti ta' kontroll ewlenin fl-istadji kollha, mill-preparazzjoni tal-kampjuni u tal-libreriji sas-sekwenzjar u l-bijoinformatika.Dan il-monitoraġġ metikoluż jiżgura l-kunsinna ta' riżultati ta' kwalità għolja b'mod konsistenti.
● Appoġġ ta 'wara l-bejgħ: L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' wara l-bejgħ ta '3 xhur.Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza għas-soluzzjoni tal-problemi, u sessjonijiet ta’ Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna
| Librerija | Pjattaforma | Dejta rakkomandata | Data QC |
| Poly A arrikkit | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Rekwiżiti tal-Kampjun:
Nukleotidi:
| Konċ.(ng/μl) | Ammont (μg) | Purità | Integrità |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminazzjoni limitata jew l-ebda proteina jew DNA murija fuq il-ġel. | Għall-pjanti: RIN≥6.5; Għall-annimali: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazzjoni tal-linja bażi limitata jew l-ebda |
● Pjanti:
Għeruq, Zokk jew Petali: 450 mg
Weraq jew Żerriegħa: 300 mg
Frott: 1.2 g
● Annimali:
Qalb jew Imsaren: 450 mg
Vixxri jew Moħħ: 240 mg
Muskolu: 600 mg
Għadam, Xagħar jew Ġilda: 1.5g
● Artropodi:
Insetti: 9g
Krustaċji: 450 mg
● Demm sħiħ:2 tubi
● Ċelloli: 106 ċelloli
● Serum u Plażma: 6 mL
Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata
Kontenitur: 2 ml tubu taċ-ċentrifuga (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)
Tikkettjar tal-kampjun: Grupp+replika eż. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Konsenja:
1. Is-silġ niexef: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.
2. Tubi RNAstable: kampjuni RNA jistgħu jitnixxfu f'tubu ta 'stabbilizzazzjoni RNA (eż. RNAstable®) u jintbagħtu f'temperatura tal-kamra.
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Disinn tal-esperimenti
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tal-RNA
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
Bijoinformatika
tbassir circRNA: distribuzzjoni kromosomali
circRNAs Espressi b'mod differenzjali – Plott tal-vulkan
circRNAs Espressi b'mod Differenzjali - raggruppament ġerarkiku
Arrikkiment funzjonali tal-ġeni ospitanti ta' circRNA
Esplora l-avvanzi tar-riċerka ffaċilitati mis-servizzi ta’ sekwenzar circRNA ta’ BMKGene permezz ta’ kollezzjoni ta’ pubblikazzjonijiet ikkurata.
Wang, X. et al.(2021) "CPSF4 jirregola l-formazzjoni ta 'circRNA u s-sajlenser tal-ġeni medjat minn microRNA f'karċinoma epatoċellulari", Oncogene 2021 40:25, 40 (25), pp. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) "X oo-responsive transcriptome tiżvela r-rwol tal-RNA133 ċirkolari fir-reżistenza għall-mard billi tirregola l-espressjoni ta 'OsARAB fir-ross", Phytopathology Research, 5(1), pp. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURI/6.
Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 jimmodula l-bilanċ ta' traskrizzjonijiet ċirkolari u lineari fil-karċinoma epatoċellulari'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) 'Valutazzjoni komprensiva ta' circRNAs fil-kardjomijopatija ċirrotika qabel u wara t-trapjant tal-fwied', International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
