Sekwenzar tad-DNA/RNA – Sekwenzatur tan-Nanopori
Karatteristiċi tad-Dettalji tas-Servizz
| Pjattaforma | Daqs tal-Librerija | Rendiment tad-Dejta Teoretika (Għal Kull Ċellula) | Preċiżjoni fuq bażi waħda | Applikazzjonijiet |
| Nanopori | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultratwil, cDNA-PCR | 70-90Gb/Ċellula | 85-92% | Sejħa SV, De novo, Sekwenzar sħiħ, Iso-Seq, Annotazzjoni tal-ġeni, Sejbien ta' metilazzjoni tad-DNA |
Vantaġġi tas-Servizz
● Aktar minn 5 snin esperjenza fuq il-pjattaforma tas-sekwenzar PacBio b'eluf ta' proġetti magħluqa ma' diversi speċi.
● BMKGENE huwa sieħeb uffiċjali ta' Oxford Nanopore, b'ċertifikazzjoni ta' pjattaforma doppja RNA/DNA.
● Hemm mudelli ewlenin ta' sekwenzaturi b'tagħmir komplut u throughput suffiċjenti ta' sekwenzar.
● Abbażi tal-pjattaforma Nanopore, ġew ippubblikati aktar minn 10 riċerki ta' Denovo dwar l-annimali u l-pjanti f'ġurnali ta' fama internazzjonali.
Rekwiżiti tal-Kampjun
| Tip ta' Kampjun | Ammont | Konċentrazzjoni (Qubit ®) | Volum | Purità | Oħrajn |
| DNA Ġenomiku | Jiddependi fuq ir-Rekwiżit tad-Data | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5； Quċċata ċara f'260 nm, l-ebda kontaminazzjoni | Il-konċentrazzjoni trid titkejjel permezz ta' Qubit u Qubit/Nanopore ≤ 2 |
| RNA totali | ≥1.2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5; l-ebda kontaminazzjoni | Valur RIN ≥7.5 |
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Tħejjija tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Twassil tal-proġett
Valutazzjoni tal-Kwalità tad-Data tal-Kampjun tad-DNA
Tabella 1. Statistiċi dwar dejta nadifa.
| BMKID | Numru tas-Sekwenza mhux ipproċessata | rawSumBase | Numru tas-Sekwenza Nadifa | cleanSumBase | cleanN50Len | cleanN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
| DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
Valutazzjoni tal-Kwalità tad-Data tal-Kampjun tal-RNA
Tabella 1. Statistiċi dwar dejta nadifa.
| Isem tal-Fajl | ID tal-Klijent | AqraNum | Numru tal-Bażi | N50 | Tul Medju | Tul Massimu | Punteġġ MedjuQs |
| RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | M12 |
Figura 1. Distribuzzjoni tat-tul tal-qari
Figura 2. Distribuzzjoni tal-punteġġ tal-kwalità ta' dejta nadifa
Figura 3. Distribuzzjoni tat-tul u l-punteġġ tal-kwalità tad-dejta nadifa
