Sekwenzar tal-mRNA ewkarjotiku-Illumina
Vantaġġi
ØEsperjenza Għolja: Aktar minn 200,000 kampjun ġew ipproċessati fil-BMK li jkopru diversi tipi ta 'kampjuni, inklużi kultura taċ-ċelluli, tessut, fluwidu tal-ġisem, eċċ. u aktar minn 7,000 proġett mRNA-Seq magħluqa li jkopru diversi oqsma ta' riċerka.
ØSistema stretta ta 'kontroll tal-kwalità: Il-punti ewlenin tal-kontroll tal-kwalità permezz tal-passi kollha inklużi l-preparazzjoni tal-kampjun, il-preparazzjoni tal-librerija, is-sekwenzjar u l-bijoinformatika huma taħt monitoraġġ mill-qrib sabiex iwasslu riżultati ta' kwalità għolja.
ØDatabases multipli disponibbli għall-annotazzjoni tal-funzjoni u studji ta 'arrikkiment biex jissodisfaw miri ta' riċerka diversi.
ØServizzi ta 'wara l-bejgħ: Servizzi ta' wara l-bejgħ validi għal 3 xhur mat-tlestija tal-proġett, inkluż is-segwitu tal-proġetti, issolvi l-problemi, riżultati Q&A, eċċ.
Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna
| Librerija | Strateġija ta' sekwenzar | Data rakkomandata | Kontroll tal-Kwalità |
| Poly A arrikkit | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Rekwiżiti tal-Kampjun:
Nukleotidi:
| Purità | Integrità | Ammont |
| OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Kontaminazzjoni limitata jew l-ebda proteina jew DNA murija fuq il-ġel. | Għall-pjanti: RIN≥6.5; Għall-annimali: RIN≥7;28S/18S≥1.0;elevazzjoni tal-linja bażi limitata jew mingħajr | Konċ.≥30 ng/μl;Volum ≥ 10 μl;Total ≥ 1.5 μg |
Tessut: Piż (niexef):≥1 g
* Għal tessut iżgħar minn 5 mg, nirrakkomandaw li tibgħat kampjun tat-tessut iffriżat flash (f'nitroġenu likwidu).
Suspensjoni taċ-ċelluli:Għadd taċ-ċelluli = 3 × 106- 1×107
*Nirrakkomandaw li nibgħatu lisat taċ-ċelluli ffriżati.F'każ li dik iċ-ċellula tgħodd iżgħar minn 5 × 105, huwa rakkomandat flash iffriżat fin-nitroġenu likwidu, li huwa preferibbli għal mikro estrazzjoni.
Kampjuni tad-demm:Volum≥1 ml
Mikroorganiżmu:Massa ≥ 1 g
Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata
Kontenitur: 2 ml tubu ċentrifugu (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)
Tikkettjar tal-kampjun: Grupp+replika eż. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Konsenja:
- Is-silġ niexef: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.
- Tubi RNAstable: Il-kampjuni tal-RNA jistgħu jitnixxfu f'tubu tal-istabbilizzazzjoni tal-RNA (eż. RNAstable®) u jintbagħtu f'temperatura tal-kamra.
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Disinn tal-esperimenti
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tal-RNA
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta’ wara l-bejgħ
Bijoinformatika
Ewkarjotiku Fluss tax-xogħol tal-analiżi tas-sekwenzjar tal-mRNA
Bijoinformatika
ØKontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessata
ØAllinjament tal-ġenoma ta' referenza
ØAnaliżi tal-istruttura tat-traskrizzjoni
ØKwantifikazzjoni tal-espressjoni
ØAnaliżi ta' espressjoni differenzjali
ØAnnotazzjoni tal-funzjoni u arrikkiment
1.mRNA Data Saturation kurva
2.Analiżi tal-espressjoni differenzjali-plott tal-Vulkan
3.Annotazzjoni KEGG fuq DEGs
4.Klassifikazzjoni GO fuq DEGs
