Ġenetika Evoluzzjonarja
Vantaġġi tas-Servizz
Takagi et al.,Il-ġurnal tal-pjanti, 2013
●Analiżi bijoinformatika komprensiva:li jippermetti l-istima tad-diversità ġenetika, li tirrifletti l-potenzjal evoluzzjonarju tal-ispeċi, u jiżvela relazzjoni filoġenetika affidabbli bejn l-ispeċi b'influwenza minimizzata ta' evoluzzjoni konverġenti u evoluzzjoni parallela
●Analiżi personalizzata mhux obbligatorjabħall-istima tal-ħin u l-veloċità tad-diverġenza bbażati fuq varjazzjonijiet fil-livell tan-nukleotidi u l-aċidi amminiċi.
●Kompetenza Estensiva u rekords ta' pubblikazzjoniBMKGene akkumula esperjenza massiva fi proġetti ta' ġenetika tal-popolazzjoni u evoluzzjoni għal aktar minn 15-il sena, li tkopri eluf ta' speċi, eċċ. u kkontribwiet għal aktar minn 1000 proġett ta' livell għoli ppubblikati f'Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, eċċ.
● Tim tal-bijoinformatika b'ħiliet għoljin u ċiklu qasir ta' analiżiB'esperjenza kbira fl-analiżi ġenomika avvanzata, it-tim ta' BMKGene jagħti analiżi komprensiva b'ħin ta' twettiq rapidu.
● Appoġġ ta' wara l-Bejgħ:L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta' servizz ta' wara l-bejgħ ta' 3 xhur. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza għas-soluzzjoni tal-problemi, u sessjonijiet ta' mistoqsijiet u tweġibiet biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Speċifikazzjonijiet u rekwiżiti tas-Servizz
| Tip ta' sekwenzar | Skala ta' popolazzjoni rakkomandata | Strateġija ta' sekwenzar | Rekwiżiti tan-nukleotidi |
| Sekwenzar tal-Ġenoma Sħiħ | ≥ 30 individwu, b'≥ 10 individwi minn kull sottogrupp
| 10x | Konċentrazzjoni: ≥ 1 ng/µL Ammont totali ≥ 30ng Degradazzjoni jew kontaminazzjoni limitata jew xejn |
| Framment Amplifikat ta' Lokus Speċifiku (SLAF) | Fond tat-tikketta: 10x Numru ta' tikketti: <400 Mb: WGS huwa rakkomandat <1Gb: 100K tikketti 1Gb >2Gb: 300K tikketti Massimu ta' 500k tikketti | Konċentrazzjoni ≥ 5 ng/µL Ammont totali ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Ġel tal-agarose: l-ebda degradazzjoni jew kontaminazzjoni jew degradazzjoni limitata
|
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Disinn tal-esperiment
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
Is-servizz jinkludi analiżi tal-istruttura tal-popolazzjoni (siġra filoġenetika, PCA, tabella ta' stratifikazzjoni tal-popolazzjoni), diversità tal-popolazzjoni, u għażla tal-popolazzjoni (diżekwilibriju tal-kollegament, għażla selettiva ta' siti vantaġġjużi). Is-servizz jista' jinkludi wkoll analiżi personalizzata (eż. ħin ta' diverġenza, fluss tal-ġeni).
*Ir-riżultati tad-demo murija hawn huma kollha minn ġenomi ppubblikati bil-BMKGENE
1. L-analiżi tal-evoluzzjoni tinkludi l-kostruzzjoni ta' siġra filogenetika, struttura tal-popolazzjoni u PCA bbażata fuq varjazzjonijiet ġenetiċi.
Siġra filoġenetika tirrappreżenta relazzjonijiet tassonomiċi u evoluzzjonarji fost speċi b'antenat komuni.
Il-PCA għandha l-għan li tivviżwalizza l-qrubija bejn is-sottopopolazzjonijiet.
L-istruttura tal-popolazzjoni turi l-preżenza ta' sottopopolazzjoni ġenetikament distinta f'termini ta' frekwenzi tal-alleli.
Chen, et al.,PNAS, 2020
2. Knis selettiv
Knis selettiv jirreferi għal proċess li bih jintgħażel sit vantaġġjuż u l-frekwenzi ta' siti newtrali konnessi jiżdiedu u dawk ta' siti mhux konnessi jitnaqqsu, li jirriżulta fi tnaqqis reġjonali.
L-iskoperta madwar il-ġenoma kollu fuq reġjuni ta' knis selettiv hija pproċessata billi jiġi kkalkulat l-indiċi ġenetiku tal-popolazzjoni (π), Fst, Tajima's D) tal-SNPs kollha f'tieqa li tiżżerżaq (100 Kb) f'ċertu pass (10 Kb).
Diversità tan-nukleotidi (π)
Tajima's D
Indiċi ta' fissazzjoni (Fst)
Wu, et al.,Impjant Molekulari, 2018
3. Fluss tal-Ġeni
Wu, et al.,Impjant Molekulari, 2018
4. Storja demografika
Zhang, et al.,Ekoloġija u Evoluzzjoni tan-Natura, 2021
5. Ħin ta' diverġenza
Zhang, et al.,Ekoloġija u Evoluzzjoni tan-Natura, 2021
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi tal-ġenetika evoluzzjonarja tal-BMKGene permezz ta' ġabra kkurata ta' pubblikazzjonijiet:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Skoperta ta' Markaturi Molekulari SNP u Ġeni Kandidati Assoċjati mar-Reżistenza għall-Virus Sacbrood fil-Larva tal-Apis cerana cerana permezz ta' Sekwenzar mill-Ġenoma Sħiħ',Ġurnal internazzjonali tax-xjenzi molekulari, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) “L-iskoperta ta’ salamandra ġganteska Ċiniża selvaġġa u ġenetikament pura toħloq opportunitajiet ġodda ta’ konservazzjoni”,Riċerka Żooloġika, 2022, Vol. 43, Ħarġa 3, Paġni: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Mudell Filoġeografiku u Storja tal-Evoluzzjoni tal-Popolazzjoni tal-Elymus sibiricus L. Indiġenu fuq il-Plateau Qinghai-Tibetan',Fruntieri fix-Xjenza tal-Pjanti, 13, p. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Għarfien ġenomiku dwar l-evoluzzjoni tal-longan minn assemblaġġ ta' ġenoma fil-livell tal-kromożomi u ġenomika tal-popolazzjoni ta' aċċessjonijiet tal-longan',Riċerka dwar l-Ortikultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
