Sekwenzar tal-mRNA ta' Tul Sħiħ-Nanoporu
Karatteristiċi
● Qbid ta' poly-A mRNA segwit minn sinteżi ta' cDNA u preparazzjoni ta' librerija
● Sekwenzar tat-traskrizzjonijiet sħaħ
● Analiżi bijoinformatika bbażata fuq l-allinjament ma' ġenoma ta' referenza
● L-analiżi bijoinformatika tinkludi mhux biss l-espressjoni fil-livell tal-ġeni u l-isoformi iżda wkoll l-analiżi tal-lncRNA, il-fużjonijiet tal-ġeni, il-poli-adenylazzjoni u l-istruttura tal-ġeni
Vantaġġi tas-Servizz
●Kwantifikazzjoni tal-espressjoni fil-livell tal-isoforma: li jippermetti analiżi dettaljata u preċiża tal-espressjoni, li tiżvela bidla li tista' tkun moħbija meta tiġi analizzata l-espressjoni tal-ġene kollu
●Talbiet Imnaqqsa għad-Dejta:Meta mqabbel mas-Sekwenzar tal-Ġenerazzjoni li Jmiss (NGS), is-sekwenzar tan-Nanopore juri rekwiżiti ta' dejta aktar baxxi, u jippermetti livelli ekwivalenti ta' saturazzjoni ta' kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni b'dejta iżgħar.
●Preċiżjoni ogħla tal-kwantifikazzjoni tal-espressjonikemm fil-livell tal-ġeni kif ukoll tal-isoformi
●Identifikazzjoni ta' informazzjoni traskrittomika addizzjonalipoliadenylazzjoni alternattiva, ġeni tal-fużjoni u lcnRNA u l-ġeni fil-mira tagħhom
●Kompetenza EstensivaIt-tim tagħna jġib miegħu għafna esperjenza f'kull proġett, wara li lesta aktar minn 850 proġett ta' traskrittoma sħaħ ta' Nanopore u pproċessa aktar minn 8,000 kampjun.
●Appoġġ ta' wara l-bejgħL-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta' servizz ta' wara l-bejgħ ta' 3 xhur. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza għas-soluzzjoni tal-problemi, u sessjonijiet ta' mistoqsijiet u tweġibiet biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Rekwiżiti u Kunsinna tal-Kampjuni
| Librerija | Strateġija ta' sekwenzar | Dejta rakkomandata | Kontroll tal-Kwalità |
| Arrikkit bil-Poly A | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Gb | Punteġġ medju tal-kwalità: Q10 |
Rekwiżiti tal-Kampjun:
Nukleotidi:
| Konċ. (ng/μl) | Ammont (μg) | Purità | Integrità |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminazzjoni limitata jew xejn ta' proteini jew DNA murija fuq il-ġell. | Għall-pjanti: RIN≥7.0; Għall-annimali: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazzjoni limitata jew xejn tal-linja bażi |
● Pjanti:
Għerq, Zokk jew Petal: 450 mg
Werqa jew Żerriegħa: 300 mg
Frott: 1.2 g
● Annimal:
Qalb jew Imsaren: 300 mg
Vixxera jew Moħħ: 240 mg
Muskolu: 450 mg
Għadam, Xagħar jew Ġilda: 1g
● Artropodi:
Insetti: 6g
Krustaċej: 300 mg
● Demm sħiħtubu 1
● Ċelloli: 106 ċelloli
Kunsinna Rakkomandata tal-Kampjun
Kontenitur: Tubu taċ-ċentrifuga ta' 2 ml (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)
Tikkettar ta' kampjuni: Grupp+replika eż. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Ġarr:
1. Silġ niexef: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.
2. Tubi RNAstable: Il-kampjuni tal-RNA jistgħu jitnixxfu f'tubu ta' stabbilizzazzjoni tal-RNA (eż. RNAstable®) u jintbagħtu f'temperatura tal-kamra.
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Nukleotidi:
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Tessut:
Disinn tal-esperiment
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tal-RNA
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
● Ipproċessar ta' dejta mhux ipproċessata
● Identifikazzjoni tat-traskrizzjoni
● Splicing alternattiv
● Kwantifikazzjoni tal-espressjoni fil-livell tal-ġene u fil-livell tal-isoforma
● Analiżi tal-espressjoni differenzjali
● Annotazzjoni u arrikkiment tal-funzjoni (DEGs u DETs)
Analiżi ta' splicing alternattiv
Analiżi Alternattiva tal-Poliadenilazzjoni (APA)
Tbassir tal-lncRNA
Annotazzjoni ta' ġeni ġodda
Raggruppament ta' DETs
Netwerks Proteina-Proteina fid-DEGs
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta' sekwenzjar tal-mRNA full-length Nanopore ta' BMKGene permezz ta' ġabra kkurata ta' pubblikazzjonijiet.
Gong, B. et al. (2023) 'Attivazzjoni epiġenetika u traskrizzjonali tal-kinażi sekretorja FAM20C bħala onkoġene fil-glioma', Ġurnal tal-Ġenetika u l-Ġenomika, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'Is-sekwenzar tat-traskrittoma tat-tul sħiħ tal-limfoċiti li jirrispondu għall-IFN-γ juri rispons immuni mxaqleb lejn Th1 fil-barbun (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Analiżi komparattiva tal-metodi ta' sekwenzjar tal-RNA ta' PacBio u ONT għall-identifikazzjoni tal-velenu ta' Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'L-analiżi Nano-seq tiżvela tendenza funzjonali differenti bejn l-eżosomi u l-mikrovesikuli derivati minn hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
