-
Sekwenzar tal-Ġenoma De novo tal-Pjanti/Annimali
De novois-sekwenzjar jirreferi għall-kostruzzjoni ta' ġenoma sħiħ ta' speċi bl-użu ta' teknoloġiji ta' sekwenzar, eż. PacBio, Nanopore, NGS, eċċ., fin-nuqqas ta' ġenoma ta' referenza.It-titjib notevoli fit-tul tal-qari tat-teknoloġiji tas-sekwenzjar tat-tielet ġenerazzjoni ġab opportunitajiet ġodda fl-assemblaġġ ta' ġenomi kumplessi, bħal dawk b'eterozygosity għolja, proporzjon għoli ta' reġjuni ripetittivi, polyploids, eċċ. B'tul tal-qari f'għexieren ta 'livell ta' kilobases, dawn il-qari tas-sekwenzjar jippermettu soluzzjoni ta 'elementi ripetittivi, reġjuni b'kontenut anormali ta' GC u reġjuni oħra kumplessi ħafna.
Pjattaforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/Illumina NovaSeq6000
-
Assemblea tal-Ġenoma bbażata fuq Hi-C
Hi-C huwa metodu ddisinjat biex jaqbad il-konfigurazzjoni tal-kromożomi billi jgħaqqad interazzjonijiet ibbażati fuq il-prossimità tal-probing u sekwenzar b'rendiment għoli.L-intensità ta 'dawn l-interazzjonijiet huma maħsuba li huma korrelatati b'mod negattiv mad-distanza fiżika fuq il-kromożomi.Għalhekk, id-dejta Hi-C tista 'tiggwida l-clustering, l-ordni u l-orjentazzjoni ta' sekwenzi immuntati f'abbozz tal-ġenoma u l-ankraġġ ta 'dawk fuq ċertu numru ta' kromożomi.Din it-teknoloġija tagħti s-setgħa assemblaġġ tal-ġenoma fil-livell tal-kromożomi fin-nuqqas ta 'mappa ġenetika bbażata fuq il-popolazzjoni.Kull ġenoma wieħed jeħtieġ Hi-C.
Pjattaforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Ġenetika Evoluttiva
Il-ġenetika evoluzzjonarja hija servizz ta' sekwenzar ippakkjat iddisinjat biex jipprovdi interpretazzjoni komprensiva dwar informazzjoni evoluzzjonarja ta' materjali partikolari bbażati fuq varjazzjonijiet ġenetiċi, inklużi SNPs, InDels, SVs u CNVs.Jipprovdi l-analiżi fundamentali kollha meħtieġa għad-deskrizzjoni tal-bidliet evoluzzjonarji u l-karatteristiċi ġenetiċi tal-popolazzjonijiet, bħall-istruttura tal-popolazzjoni, id-diversità ġenetika, ir-relazzjonijiet tal-filoġenija, eċċ. Fih ukoll studji dwar il-fluss tal-ġeni, li jagħti s-setgħa stima tad-daqs effettiv tal-popolazzjoni, il-ħin tad-diverġenza.
-
Ġenomika Komparattiva
Il-ġenomika komparattiva litteralment tfisser li tqabbel is-sekwenzi u l-istrutturi kompluti tal-ġenoma ta 'speċi differenti.Din id-dixxiplina għandha l-għan li tiżvela l-evoluzzjoni tal-ispeċi, il-funzjoni tal-ġeni, il-mekkaniżmu regolatorju tal-ġeni fil-livell tal-ġenoma billi tidentifika l-istrutturi tas-sekwenza u l-elementi li kkonservaw jew iddifferenzjaw bejn speċi differenti.Studju tipiku tal-ġenomika komparattiva jinkludi analiżi fil-familja tal-ġeni, żvilupp evoluzzjonarju, duplikazzjoni tal-ġenoma kollu, pressjoni selettiva, eċċ.
-
Analiżi Segregant bulked
L-analiżi segregant bulked (BSA) hija teknika użata biex tidentifika malajr markaturi ġenetiċi assoċjati mal-fenotip.Il-fluss tax-xogħol ewlieni tal-BSA fih l-għażla ta 'żewġ gruppi ta' individwi b'fenotipi estremament opposti, li jgħaqqdu d-DNA tal-individwi kollha biex jiffurmaw żewġ biċċa l-kbira tad-DNA, li jidentifikaw sekwenzi differenzjali bejn żewġ gruppi.Din it-teknika ġiet użata b'mod estensiv fl-identifikazzjoni ta' markaturi ġenetiċi assoċjati b'mod qawwi minn ġeni mmirati fil-ġenomi tal-pjanti/l-annimali.
