Assemblea tal-Ġenoma bbażata fuq Hi-C
Vantaġġi tas-Servizz
Ħarsa ġenerali ta 'Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Xjenza, 2009)
● Ebda ħtieġa fil-kostruzzjoni ta 'popolazzjoni ġenetika għall-ankraġġ contig;
● Densità ogħla tal-markatur li twassal għal proporzjon ogħla ta 'ankraġġ ta' contigs f'aktar minn 90%;
● Jippermetti l-evalwazzjoni u l-korrezzjonijiet fuq assemblaġġi tal-ġenoma eżistenti;
● Ħin ta 'dawran iqsar bi preċiżjoni ogħla fl-assemblaġġ tal-ġenoma;
● Esperjenza abbundanti b'aktar minn 1000 librerija Hi-C mibnija għal aktar minn 500 speċi;
● Aktar minn 100 każ ta 'suċċess b'fattur ta' impatt ippubblikat akkumulattiv ta 'aktar minn 760;
● Assemblaġġ tal-ġenoma bbażat fuq Hi-C għall-ġenoma polyploid, rata ta 'ankraġġ ta' 100% inkisbet fi proġett preċedenti;
● Privattivi interni u drittijiet tal-awtur tas-softwer għal esperimenti Hi-C u analiżi tad-dejta;
● Is-softwer tal-irfinar tad-data viżwalizzat żviluppat minnu nnifsu, jippermetti ċaqliq manwali tal-blokk, ir-rivers, ir-revoka u r-redoing.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
|
Tip ta' Librerija
|
Pjattaforma | Aqra Tul | Irrakkomanda Strateġija |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Analiżi tal-bijoinformatika
● Kontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessata
● Kontroll tal-kwalità tal-librerija Hi-C
● Assemblaġġ tal-ġenoma bbażat fuq Hi-C
● Evalwazzjoni ta 'wara l-assemblaġġ
Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna
Rekwiżiti tal-Kampjun:
| Annimali | Fungus | Pjanti
|
| Tessut iffriżat: 1-2g għal kull librerija Ċelloli: 1x 10^7 ċelluli għal kull librerija | Tessut iffriżat: 1g għal kull librerija | Tessut iffriżat: 1-2g għal kull librerija
|
| *Nirrakkomandaw bil-qawwa li tibgħat mill-inqas 2 alikwoti (1 g kull wieħed) għall-esperiment Hi-C. | ||
Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata
Kontenitur: 2 ml tubu taċ-ċentrifuga (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)
Għall-biċċa l-kbira tal-kampjuni, nirrakkomandaw li ma tippreservax fl-etanol.
Tikkettjar tal-kampjuni: Il-kampjuni jridu jkunu ttikkettjati b'mod ċar u identiċi għall-formola ta' informazzjoni tal-kampjun sottomessa.
Ġarr: Is-silġ niexef: L-ewwel jeħtieġ li l-kampjuni jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Disinn tal-esperimenti
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tad-DNA
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
*Ir-riżultati tad-demo murija hawn huma kollha minn ġenomi ppubblikati b'Bijomarker Technologies
1.Mappa tas-sħana ta 'interazzjoni Hi-C ta'Camptotheca acuminataġenoma.Kif muri fuq il-mappa, l-intensità tal-interazzjonijiet hija korrelatata b'mod negattiv mad-distanza lineari, li tindika assemblaġġ ta 'livell ta' kromożomi preċiż ħafna.(Proporzjon ta 'ankraġġ: 96.03%)
Kang M et al.,Komunikazzjonijiet tan-Natura, 2021
2.Hi-C iffaċilitat il-validazzjoni ta 'inverżjonijiet bejnGossypium hirsutumL. TM-1 A06 uG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Komunikazzjonijiet tan-Natura, 2019
3.Assembly u differenzjazzjoni biallelic tal-ġenoma tal-kassava SC205.Mappa tas-sħana Hi-C murija maqsuma ċara f'kromożomi omoloġi.
Hu W et al.,Impjant Molekulari, 2021
4.Mappa tas-sħana Hi-C fuq assemblaġġ tal-ġenoma ta 'żewġ speċi Ficus:F.microcarpa(proporzjon ta 'ankraġġ: 99.3%) uF.hispida (proporzjon ta 'ankraġġ: 99.7%)
Zhang X et al.,Ċellula, 2020
Kawża BMK
Ġenomi tas-siġra Banyan u l-wasp tal-pollinatur jipprovdu għarfien dwar il-koevoluzzjoni tat-tin-wasp
Ippubblikat: Ċellula, 2020
Strateġija ta' sekwenzar:
F. microcarpa ġenoma: Madwar.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaġenoma: Madwar.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataġenoma: Madwar.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Riżultati ewlenin
1.Żewġ ġenomi tas-siġar tal-banyan u ġenoma wieħed tal-wasp pollinatur inbnew bl-użu ta 'sekwenzjar PacBio, Hi-C u mappa ta' rabta.
(1)F. microcarpaġenoma: Ġie stabbilit assemblaġġ ta '426 Mb (97.7% tad-daqs tal-ġenoma stmat) b'kontig N50 ta' 908 Kb, punteġġ BUSCO ta '95.6%.B'kollox sekwenzi ta '423 Mb ġew ankrati ma' 13-il kromożoma minn Hi-C.L-annotazzjoni tal-ġenoma tat 29,416 ġene li jikkodifika l-proteini.
(2)F. Hispidaġenoma: Assemblaġġ ta '360 Mb (97.3% tad-daqs tal-ġenoma stmat) kien rendiment b'kontig N50 ta' 492 Kb u punteġġ BUSCO ta '97.4%.Total ta' sekwenzi ta' 359 Mb kienu ankrati fuq 14-il kromożoma permezz ta' Hi-C u identiċi ħafna għal mappa ta' rabta ta' densità għolja.
(3)Eupristina verticillataġenoma: Ġie stabbilit assemblaġġ ta '387 Mb (Daqs tal-ġenoma stmat: 382 Mb) b'kontig N50 ta' 3.1 Mb u punteġġ BUSCO ta '97.7%.
2.Analiżi komparattiva tal-ġenomika żvelat numru kbir ta 'varjazzjonijiet fl-istruttura bejn tnejnFicusġenomi, li pprovdew riżors ġenetiku imprezzabbli għal studji ta 'evoluzzjoni adattivi.Dan l-istudju, għall-ewwel darba, ipprovda għarfien dwar il-koevoluzzjoni tal-Fin-wasp fil-livell ġenomu.
 Dijagramma Circos dwar karatteristiċi ġenomika ta 'żewġ....Ficusġenomi, inklużi kromożomi, duplikazzjonijiet segmentali (SDs), transposons (LTR, TEs, DNA TEs), espressjoni tal-ġeni u synteny |  Identifikazzjoni tal-kromożoma Y u ġene kandidat tad-determinazzjoni tas-sess |
Zhang, X., et al."Il-ġenomi tas-Siġra Banyan u l-Wasp Pollinatur jipprovdu għarfien dwar il-Koevoluzzjoni tal-Fin-Wasp."Ċellula 183.4(2020).
