Sekwenzar Twil Mhux Kodifikat-Illumina
Vantaġġi tas-Servizz
●Analiżi konġunta tal-mRNA u l-lncRNABilli tgħaqqad il-kwantifikazzjoni tat-traskrizzjonijiet tal-mRNA mal-istudju tal-lncRNA u l-miri tagħhom, huwa possibbli li tinkiseb ħarsa ġenerali fil-fond tal-mekkaniżmu regolatorju li fuqu hija bbażata r-rispons ċellulari.
●Kompetenza EstensivaIpproċessajna aktar minn 230,000 kampjun, li jkopru diversi objettivi ta' kampjuni u proġetti. Inġibu l-għana tal-kompetenza tagħna f'kull proġett.
●Analiżi konġunta tal-mRNA u l-lncRNAAħna ngħaqqdu l-kwantifikazzjoni tat-traskrizzjonijiet tal-mRNA mal-istudju tal-lncRNA u l-miri tagħhom, u b'hekk nagħmluha possibbli li niksbu ħarsa ġenerali fil-fond tal-mekkaniżmu regolatorju li fuqu huwa bbażat ir-rispons ċellulari.
●Kontroll tal-Kwalità RigorosuAħna nimplimentaw punti ta' kontroll ewlenin fl-istadji kollha, mit-tħejjija tal-kampjuni sat-tħejjija tal-librerija, is-sekwenzar u l-bijoinformatika. Il-monitoraġġ metikoluż tagħna jiżgura l-kunsinna ta' riżultati ta' kwalità għolja b'mod konsistenti.
●Annotazzjoni KomprensivaAħna nużaw diversi databases biex nannotaw b'mod funzjonali l-Ġeni Espressi b'Mod Differenzjali (DEGs) u nwettqu analiżijiet ta' arrikkiment korrispondenti. Dan l-approċċ komprensiv jipprovdi għarfien dwar il-proċessi ċellulari u molekulari li fuqhom hija bbażata r-rispons tat-traskrittoma, u jiżgura li tikseb l-informazzjoni kollha possibbli dwar id-dejta tal-esperiment tiegħek.
●Appoġġ ta' wara l-bejgħNifhmu kemm hu importanti li tkun preżenti, u huwa għalhekk li l-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta' servizz ta' wara l-bejgħ ta' 3 xhur. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza għas-soluzzjoni tal-problemi, u sessjonijiet ta' mistoqsijiet u tweġibiet biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Rekwiżiti u Kunsinna tal-Kampjuni
| Librerija | Pjattaforma | Dejta rakkomandata | QC tad-Data |
| Librerija direzzjonali mnaqqsa mill-rRNA | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidi:
| Konċ. (ng/μl) | Ammont (μg) | Purità | Integrità |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminazzjoni limitata jew xejn ta' proteini jew DNA murija fuq il-ġell. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazzjoni limitata jew xejn tal-linja bażi |
● Pjanti:
Għerq, Zokk jew Petal: 450 mg
Werqa jew Żerriegħa: 300 mg
Frott: 1.2 g
● Annimal:
Qalb jew Imsaren: 450 mg
Vixxera jew Moħħ: 240 mg
Muskolu: 600 mg
Għadam, Xagħar jew Ġilda: 1.5g
● Artropodi:
Insetti: 9g
Krustaċej: 450 mg
● Demm sħiħ:2 tubi
● Ċelloli: 106 ċelloli
● Serum u Plażma6 mL
Kunsinna Rakkomandata tal-Kampjun
Kontenitur: Tubu taċ-ċentrifuga ta' 2 ml (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)
Tikkettar ta' kampjuni: Grupp+replika eż. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Ġarr:
1. Silġ niexef: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.
2. Tubi RNAstable: Il-kampjuni tal-RNA jistgħu jitnixxfu f'tubu ta' stabbilizzazzjoni tal-RNA (eż. RNAstable®) u jintbagħtu f'temperatura tal-kamra.
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Disinn tal-esperiment
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tal-RNA
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
Bijinformatika
- Dejta mhux ipproċessata
- QC tad-Data
- Allinjament tal-ġenoma
- Struttura tal-ġeni (Splicing alternattiv, ottimizzazzjoni tal-istruttura tal-ġeni u tbassir ta' ġeni ġodda)
- Kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni
- Analiżi tal-espressjoni differenzjali
- Annotazzjoni u arrikkiment DEG + Ġeni fil-mira tal-lncRNA espressi differenzjalment
- Identifikazzjoni tat-traskrizzjoni
- Identifikazzjoni tal-lncRNA (konservazzjoni tal-lncRNA u lncRNA magħruf)
- Tbassir tal-ġeni fil-mira tal-lncRNA
- Kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-lncRNA
- Analiżi konġunta mad-dejta tal-mRNA
Analiżi tal-Espressjoni Differenzjali tal-Ġeni (DEGs)
Kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-lncRNA – raggruppament
Arrikkiment tal-ġeni fil-mira tal-lncRNA
Analiżi konġunta tal-pożizzjoni tal-mRNA u lncRNA – Plott ta' Circos (iċ-ċirku tan-nofs huwa l-mRNA u ċ-ċirku ta' ġewwa huwa lncRNA)
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta' sekwenzar tal-lncRNA ta' BMKGene permezz ta' ġabra kkurata ta' pubblikazzjonijiet.
Ji, H. et al. (2020) 'Identifikazzjoni, tbassir funzjonali, u verifika ewlenija tal-lncRNA ta' lncRNAs relatati mal-istress kiesaħ fil-fwied tal-firien',Rapporti Xjentifiċi2020 10:1, 10(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Analiżi Traskrittomika Integrattiva Tikxef il-Mekkaniżmu Immuni għal Razza ta' Karpjun Komuni Reżistenti għas-CyHV-3',Fruntieri fl-Immunoloġija, 12, p. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Prijoritizzazzjoni bbażata fuq l-Integrazzjoni Multi-Omika ta' Netwerks ta' Regolazzjoni tal-RNA Endoġenu Kompetittivi fil-Kanċer tal-Pulmun taċ-Ċelloli Żgħar: Karatteristiċi Molekulari u Kandidati għall-Mediċini',Fruntieri fl-Onkoloġija, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Dissezzjoni ġenetika tan-netwerk ta' koespressjoni tal-ġeni li fuqu hija bbażata l-fotosintesi f'Populus',Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti, 18(4), pp. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'Netwerk Regolatorju Globali għall-Espressjoni Ġenetika Disregolata u Sinjalazzjoni Metabolika Anormali f'Ċelloli Immuni fil-Mikroambjent tal-Marda ta' Graves u t-Tirojdite ta' Hashimoto',Fruntieri fl-Immunoloġija, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
