Sekwenzar Metagenomic -NGS
Metagenoma hija ġabra tal-materjal ġenetiku totali ta 'komunità mħallta ta' organiżmi, bħal metaġenomi ambjentali u umani. Fiha ġenomi ta' mikro-organiżmi kemm kultivabbli kif ukoll mhux kultivabbli. Is-sekwenzjar metagenomic Shotgun b'NGS jippermetti l-istudju ta 'dawn il-pajsaġġi ġenomiċi kkomplikati inkorporati f'kampjuni ambjentali billi jipprovdu aktar minn profili tassonomiċi, li jagħtu wkoll għarfien granulari dwar id-diversità tal-ispeċi, id-dinamika tal-abbundanza u l-istrutturi kumplessi tal-popolazzjoni. Lil hinn mill-istudji tassonomiċi, il-metagenomics shotgun toffri wkoll perspettiva ta 'ġenomika funzjonali, li tippermetti l-esplorazzjoni ta' ġeni kodifikati u r-rwoli putattivi tagħhom fi proċessi ekoloġiċi. Fl-aħħarnett, l-istabbiliment ta 'netwerks ta' korrelazzjoni bejn elementi ġenetiċi u fatturi ambjentali jikkontribwixxi għal fehim olistiku tal-interazzjoni kkomplikata bejn il-komunitajiet mikrobjali u l-isfond ekoloġiku tagħhom. Bħala konklużjoni, is-sekwenzjar metagenomic stands bħala strument ċentrali biex jinkixfu l-intricacies ġenomiċi ta 'komunitajiet mikrobjali diversi, u jdawwal ir-relazzjonijiet multidimensjonali bejn il-ġenetika u l-ekoloġija fi ħdan dawn l-ekosistemi kumplessi.
Pjattaformi: Illumina NovaSeq u DNBSEQ-T7
Vantaġġi tas-Servizz
●Metodu mingħajr iżolament u Kultivazzjoni għal Profil tal-Komunità Mikrobjali: L-abilitazzjoni tas-sekwenzjar ta' materjal ġenetiku minn organiżmi li ma jistgħux jiġu kkultivati.
●Riżoluzzjoni Għolja: Issib speċijiet b'abbundanza baxxa f'kampjuni ambjentali.
●Analiżi Komprensiva tal-Bijoinformatika:Iffukat mhux biss fuq id-diversità tassonomika iżda wkoll fuq id-diversità funzjonali tal-komunità.
●Esperjenza estensiva:B'rekord ta 'suċċess ta' għeluq ta 'proġetti ta' metaġenomika multipli f'diversi oqsma ta 'riċerka u pproċessar ta' aktar minn 200,000 kampjun, it-tim tagħna jġib rikkezza ta 'esperjenza għal kull proġett.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Pjattaforma tas-sekwenzjar | Strateġija ta' Sekwenzar | Data rakkomandata | Kontroll tal-kwalità |
| Illumina NovaSeq jew DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Ħtiġiet tas-Servizz
| Konċentrazzjoni (ng/µL) | Ammont totali (ng) | Volum (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Ħamrija/ħama: 2-3g
● Kontenut intestinali-annimal: 0.5-2g
● Kontenut intestinali-insetti: 0.1-0.25g
● Wiċċ tal-pjanti (sediment arrikkit): 0.5-1g
● Sediment arrikkit tal-brodu tal-fermentazzjoni): 0.2-0.5g
● Ħmieġ (annimali kbar): 0.5-2g
● Ħmieġ (ġurdien): 3-5grains
● Fluwidu tal-ħasil alveolari pulmonari: karta tal-filtru
● Tampuni vaġinali: 5-6 tampuni
● Tampuni tal-ġilda/ġenitali/bżieq/tessut artab orali/tampuni farinġi/tampuni tar-rektum: 2-3 tajjara
● Mikroorganiżmu tal-wiċċ: 5-6 tampuni
● Korp ta 'l-ilma/arja/bijofilm: karta tal-filtru
● Endophytes: 2-3g
● Plakka Dentali: 0.5-1g
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta’ wara l-bejgħ
Jinkludi l-analiżi li ġejja:
● Kontroll tal-kwalità tad-dejta tas-sekwenza
● Assemblaġġ ta 'metagenome u tbassir tal-ġeni
● Annotazzjoni tal-ġeni
● Analiżi tad-diversità alfa tassonomika
● Analiżi funzjonali tal-komunità: funzjoni bijoloġika, metabolika, reżistenza antibijotika
● Analiżi kemm fuq id-diversità funzjonali kif ukoll fuq id-diversità tassonomika:
Analiżi tad-diversità Beta
Analiżi bejn il-gruppi
Analiżi ta' korrelazzjoni: bejn fatturi ambjentali u kompożizzjoni OUT u diversità
Analiżi funzjonali: reżistenza antibijotika CARD
Analiżi differenzjali tal-mogħdijiet metaboliċi KEGG: heatmap ta 'mogħdijiet sinifikanti
Diversità alfa tad-distribuzzjoni tassonomika: indiċi ACE
Id-diversità beta tad-distribuzzjoni tassonomika: PCoA
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta’ sekwenzar tal-metaġenomi ta’ BMKGene ma’ Illumina permezz ta’ ġabra ta’ pubblikazzjonijiet ikkurata.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analiżi metaġenomika u metabolomika tal-bidliet fil-kontenut intestinali tat-trota tal-qawsalla (Oncorhynchus mykiss) infettata bil-virus ta' nekrożi ematopojetika infettiva f'temperaturi differenti tal-ilma tal-kultura',Fruntieri fil-Mikrobijoloġija, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Komunitajiet mikrobjali, ġeni ta' reżistenza, u riskji tar-reżistenza f'lagi urbani ta' stati trofiċi differenti: rabtiet interni u influwenzi esterni',Ġurnal ta 'Avvanzi ta' Materjali Perikolużi, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'L-Analiżi Metaġenomika Kixfet Differenzi fil-Kompożizzjoni u l-Funzjoni Bejn Mikro-organiżmi Assoċjati ma' Likwidi u Solidi ta' Rumen tan-Nagħaġ',Fruntieri fil-Mikrobijoloġija, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) "Il-mikrobijota obeża derivata mill-majjal ta' Ningxiang tirrewija l-metaboliżmu tal-karnitina biex tippromwovi d-depożizzjoni ta' aċidu xaħmi fil-muskoli f'ħnieżer DLY dgħif",L-Innovazzjoni, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Intuwizzjonijiet metaġenomiċi dwar ir-riskji potenzjali ta' debris rappreżentattiv tal-plastik bijo/mhux degradabbli u mhux tal-plastik fil-parti ta' fuq u t'isfel tal-Estwarju ta' Haihe, iċ-Ċina',Xjenza tal-Ambjent Totali, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
