Sekwenzar Metaġenomiku -NGS
Metaġenoma hija ġabra tal-materjal ġenetiku totali ta' komunità mħallta ta' organiżmi, bħal metaġenomi ambjentali u umani. Fiha ġenomi kemm ta' mikro-organiżmi li jistgħu jiġu kkultivati kif ukoll dawk li ma jistgħux jiġu kkultivati. Is-sekwenzar metaġenomiku shotgun bl-NGS jippermetti l-istudju ta' dawn il-pajsaġġi ġenomiċi kumplessi inkorporati f'kampjuni ambjentali billi jipprovdi aktar minn sempliċi profiling tassonomiku, u jagħti wkoll għarfien granulari dwar id-diversità tal-ispeċi, id-dinamika tal-abbundanza, u strutturi kumplessi tal-popolazzjoni. Lil hinn mill-istudji tassonomiċi, il-metaġenomika shotgun toffri wkoll perspettiva ġenomika funzjonali, li tippermetti l-esplorazzjoni ta' ġeni kodifikati u r-rwoli putattivi tagħhom fil-proċessi ekoloġiċi. Fl-aħħar nett, l-istabbiliment ta' netwerks ta' korrelazzjoni bejn elementi ġenetiċi u fatturi ambjentali jikkontribwixxi għal fehim olistiku tal-interazzjoni kumplessa bejn il-komunitajiet mikrobjali u l-isfond ekoloġiku tagħhom. Bħala konklużjoni, is-sekwenzar metaġenomiku huwa strument kruċjali biex jiġu żvelati l-intriċċitajiet ġenomiċi ta' diversi komunitajiet mikrobjali, u jdawwal ir-relazzjonijiet multidimensjonali bejn il-ġenetika u l-ekoloġija fi ħdan dawn l-ekosistemi kumplessi.
Pjattaformi: Illumina NovaSeq u DNBSEQ-T7
Vantaġġi tas-Servizz
●Metodu ta' Iżolament u Mingħajr Kultivazzjoni għall-Profiling tal-Komunità MikrobjaliLi jippermetti s-sekwenzar ta' materjal ġenetiku minn organiżmi li ma jistgħux jiġu kkultivati.
●Riżoluzzjoni GħoljaSkopri speċi b'abbundanza baxxa f'kampjuni ambjentali.
●Analiżi Bijoinformatika Komprensiva:Iffukat mhux biss fuq id-diversità tassonomika iżda wkoll fuq id-diversità funzjonali tal-komunità.
●Esperjenza Estensiva:B'rekord ta' għeluq b'suċċess ta' diversi proġetti metaġenomiċi f'diversi oqsma ta' riċerka u pproċessar ta' aktar minn 200,000 kampjun, it-tim tagħna jġib miegħu għafna esperjenza għal kull proġett.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Pjattaforma tas-sekwenzar | Strateġija ta' Sekwenzar | Dejta rakkomandata | Kontroll tal-kwalità |
| Illumina NovaSeq jew DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Rekwiżiti tas-Servizz
| Konċentrazzjoni (ng/µL) | Ammont totali (ng) | Volum (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Ħamrija/ħama: 2-3g
● Kontenut intestinali-annimal: 0.5-2g
● Kontenut intestinali-insett: 0.1-0.25g
● Wiċċ tal-pjanta (sediment arrikkit): 0.5-1g
● Sediment arrikkit bil-brodu tal-fermentazzjoni): 0.2-0.5g
● Ħmieġ (annimali kbar): 0.5-2g
● Ħmieġ (ġrieden): 3-5 qmuħ
● Fluwidu tal-lavaġġ alveolari pulmonari: karta tal-filtru
● Tampun vaġinali: 5-6 kampjuni
● Tampun tal-ġilda/ġenitali/bżieq/tessut artab orali/tampun farinġali/tampun rettali: 2-3 tampuni
● Mikroorganiżmu tal-wiċċ: 5-6 swabs
● Korp tal-ilma/arja/bijofilm: karta tal-filtru
● Endofiti: 2-3g
● Plakka Dentali: 0.5-1g
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
Jinkludi l-analiżi li ġejja:
● Kontroll tal-kwalità tad-dejta tas-sekwenzjar
● Assemblaġġ tal-metaġenoma u tbassir tal-ġeni
● Annotazzjoni tal-ġeni
● Analiżi tad-diversità alfa tassonomika
● Analiżi funzjonali tal-komunità: funzjoni bijoloġika, metabolika, reżistenza għall-antibijotiċi
● Analiżi kemm tad-diversità funzjonali kif ukoll tassonomika:
Analiżi tad-diversità beta
Analiżi bejn il-gruppi
Analiżi tal-korrelazzjoni: bejn fatturi ambjentali u l-kompożizzjoni u d-diversità tal-OUT
Analiżi funzjonali: Reżistenza għall-antibijotiċi CARD
Analiżi differenzjali tal-mogħdijiet metaboliċi tal-KEGG: mappa tas-sħana ta' mogħdijiet sinifikanti
Diversità alfa tad-distribuzzjoni tassonomika: indiċi ACE
Diversità beta tad-distribuzzjoni tassonomika: PCoA
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta' sekwenzjar tal-metaġenomi ta' BMKGene ma' Illumina permezz ta' ġabra kkurata ta' pubblikazzjonijiet.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analiżi metaġenomika u metabolomika tal-bidliet fil-kontenut intestinali tat-trota qawsalla (Oncorhynchus mykiss) infettata bil-virus tan-nekrożi ematopojetika infettiva f'temperaturi differenti tal-ilma tal-kultura',Fruntieri fil-Mikrobijoloġija, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Komunitajiet mikrobjali, ġeni ta' reżistenza, u riskji ta' reżistenza f'lagi urbani ta' stati trofiċi differenti: Konnessjonijiet interni u influwenzi esterni',Ġurnal tal-Avvanzi tal-Materjali Perikolużi, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'L-Analiżi Metaġenomika Żvelat Differenzi fil-Kompożizzjoni u l-Funzjoni Bejn Mikroorganiżmi Assoċjati mal-Likwidi u Assoċjati mas-Solidi tar-Rumen tan-Nagħaġ',Fruntieri fil-Mikrobijoloġija, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mikrobijota derivata mill-ħnieżer obeżi ta' Ningxiang tbiddel il-metaboliżmu tal-karnitina biex tippromwovi d-depożizzjoni tal-aċidu xaħmi fil-muskoli fil-ħnieżer DLY dgħif',L-Innovazzjoni, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Għarfien metaġenomiku dwar ir-riskji potenzjali ta' plastik bijoloġiku/mhux degradabbli rappreżentattiv u debris mhux tal-plastik fil-partijiet ta' fuq u t'isfel tal-Estwarju ta' Haihe, iċ-Ċina',Xjenza tal-Ambjent Totali, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
