Prodotti

Sekwenzar Metagenomic -NGS

Metagenome jirreferi għal ġabra ta 'materjal ġenetiku totali ta' komunità mħallta ta 'organiżmi, bħal metaġenomu ambjentali, metaġenomu uman, eċċ. Fih ġenomi ta' mikro-organiżmi kemm kultivabbli kif ukoll mhux kultivabbli.Is-sekwenzjar metaġenomika hija għodda molekulari użata biex tanalizza l-materjali ġenomiċi mħallta estratti minn kampjuni ambjentali, li tipprovdi informazzjoni dettaljata fid-diversità u l-abbundanza tal-ispeċi, l-istruttura tal-popolazzjoni, ir-relazzjoni filoġenetika, il-ġeni funzjonali u n-netwerk ta 'korrelazzjoni ma' fatturi ambjentali.

Pjattaforma:Illumina NovaSeq6000

Ikkuntatjana

Dettalji tas-Servizz

Riżultati Demo

Studju ta' Każ

Vantaġġi tas-Servizz

● Iżolament u kultivazzjoni ħielsa għall-profil tal-komunità mikrobjali

● Riżoluzzjoni għolja fl-iskoperta ta 'speċi ta' abbundanza baxxa f'kampjuni ambjentali

● L-idea ta '"meta-" tintegra l-karatteristiċi bijoloġiċi kollha fil-livell funzjonali, fil-livell tal-ispeċi u fil-livell tal-ġeni, li tirrifletti ħarsa dinamika li hija eqreb tar-realtà.

● BMK jakkumula esperjenza massiva f'tipi differenti ta 'kampjuni b'aktar minn 10,000 kampjun ipproċessat.

Speċifikazzjonijiet tas-Servizz

Pjattaforma	Sekwenzar	Dejta rakkomandata	Ħin tat-tibdil
Illumina NovaSeq 6000	PE150	6 G/10 G/20 G	45 jum tax-xogħol

Analiżi tal-bijoinformatika

● Kontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessata

● Assemblaġġ tal-metaġenoma

● Sett u annotazzjoni tal-ġeni mhux żejda

● Analiżi tad-diversità tal-ispeċi

● Analiżi tad-diversità tal-funzjoni ġenetika

● Analiżi bejn il-gruppi

● Analiżi ta 'assoċjazzjoni kontra fatturi sperimentali

Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna

Rekwiżiti tal-Kampjun:

GħalEstratti tad-DNA:

Tip ta' Kampjun	Ammont	Konċentrazzjoni	Purità
Estratti tad-DNA	> 30 ng	＞ 1 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Għal kampjuni ambjentali:

Tip ta' kampjun	Proċedura ta' teħid ta' kampjuni rakkomandata
Ħamrija	Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Is-sustanza nixfin li jifdal jeħtieġ li titneħħa mill-wiċċ;Itħan biċċiet kbar u għaddi minn filtru ta’ 2 mm;Kampjuni alikwot f'tubu EP sterili jew cyrotube għar-riżervazzjoni.
Ħmieġ	Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Iġbor u alikwot kampjuni f'tubu EP sterili jew krijotubu għar-riżervazzjoni.
Kontenut intestinali	Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu pproċessati taħt kundizzjoni asettika.Aħsel it-tessut miġbur b'PBS;Iċċentrifuga l-PBS u iġbor il-preċipitant f'tubi EP.
Ħama	Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Iġbor u alikwot kampjun tal-ħama f'tubu EP sterili jew krijotubu għar-riżervazzjoni
Korp tal-ilma	Għal kampjun b'ammont limitat ta 'mikrobi, bħal ilma tal-vit, ilma tajjeb, eċċ., Iġbor mill-inqas 1 L ilma u għaddi minn filtru ta' 0.22 μm biex tarrikkixxi l-mikrobi fuq il-membrana.Aħżen il-membrana f'tubu sterili.
Ġilda	Obrox bir-reqqa l-wiċċ tal-ġilda b'tampun tal-qoton sterili jew xafra kirurġika u poġġiha f'tubu sterili.

Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata

Iffriża l-kampjuni fin-nitroġenu likwidu għal 3-4 sigħat u aħżen f'nitroġenu likwidu jew -80 grad għal riżerva fit-tul.It-tbaħħir tal-kampjuni bis-silġ niexef huwa meħtieġ.

Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

Kunsinna tal-kampjun

Kostruzzjoni ta' librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-dejta

Servizzi ta’ wara l-bejgħ

Preċedenti: Sekwenzar Metagenomic-Nanopore

Li jmiss: Sekwenzar tal-Immunopreċipitazzjoni tal-Kromatina (ChIP-seq)

1.Histogram: Distribuzzjoni tal-ispeċi

2.Ġeni funzjonali annotati għal mogħdijiet metaboliċi KEGG

3.Mappa tas-sħana: Funzjonijiet differenzjali bbażati fuq abbundanza relattiva tal-ġeni4.Circos ta 'ġeni ta' reżistenza għall-antibijotiċi CARD

Kawża BMK

Prevalenza ta 'ġeni ta' reżistenza għall-antibijotiċi u patoġeni batterjali tul il-kontinwu tal-għeruq tal-mangrovja tal-ħamrija

Ippubblikat:Ġurnal ta 'Materjali Perikolużi, 2021

Strateġija ta' sekwenzar:

Materjali: Estratti tad-DNA ta’ erba’ frammenti ta’ kampjuni assoċjati ta’ għerq tal-mangrovja: kompartimenti ta’ ħamrija mhux imħawla, riżosfera, episfera u endosfera
Pjattaforma: Illumina HiSeq 2500
Miri: Metagenome
Reġjun V3-V4 tal-ġene rRNA 16S

Riżultati ewlenin

Is-sekwenzjar metaġenomika u l-profiling metabarcoding fuq il-kontinwu tal-għeruq tal-ħamrija ta 'żwiemel tal-mangrovja ġew ipproċessati sabiex tiġi studjata t-tixrid ta' ġeni ta 'reżistenza għall-antibijotiċi (ARGs) mill-ħamrija fil-pjanti.Id-dejta metaġenomika wriet li 91.4% tal-ġeni ta 'reżistenza għall-antibijotiċi kienu identifikati b'mod komuni fl-erba' kompartimenti tal-ħamrija msemmija hawn fuq, li wrew moda kontinwa.Is-sekwenzjar tal-amplicon 16S rRNA ġġenera 29,285 sekwenza, li jirrappreżentaw 346 speċi.Meta tgħaqqad mal-profil tal-ispeċi permezz tas-sekwenzjar tal-amplicon, din id-disseminazzjoni nstabet li hija indipendenti mill-mikrobijota assoċjata mal-għeruq, madankollu, tista 'tiġi ffaċilitata minn elementi ġenetiċi mobbli.Dan l-istudju identifika l-fluss ta 'ARGs u patoġeni mill-ħamrija fil-pjanti permezz ta' continuum interkonness tal-ħamrija-għerq.

Referenza

Wang, C. , Hu, R. , Qawwi, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalenza ta 'ġeni ta' reżistenza għall-antibijotiċi u patoġeni batterjali tul il-kontinwu tal-għeruq tal-ħamrija-mangrovja.Ġurnal ta 'Materjali Perikolużi, 408, 124985.