mRNA-seq (NGS) – De novo

Is-sekwenzar tal-mRNA jippermetti l-profiling tat-traskrizzjonijiet kollha tal-mRNA fiċ-ċelloli taħt kundizzjonijiet speċifiċi u hija teknoloġija użata ħafna f'diversi oqsma ta' riċerka. Il-pipeline BMKCloud De novo mRNA-seq huwa ddisinjat biex janalizza libreriji ta' sekwenzar arrikkiti bil-poly-A meta ma jkun hemm l-ebda ġenoma ta' referenza disponibbli. Il-pipeline jibda bil-kontroll tal-kwalità, segwit minnde novoassemblaġġ tat-traskrizzjonijiet u għażla tas-sett uniġene. L-analiżi tal-istruttura uniġene tbassar is-sekwenza tal-kodifikazzjoni (CDS) u r-ripetizzjonijiet sempliċi tas-sekwenza (SSR). Sussegwentement, l-analiżi tal-espressjoni differenzjali ssib ġeni espressi b'mod differenzjali (DEGs) fost il-kundizzjonijiet ittestjati, segwita minn annotazzjoni funzjonali u arrikkiment tad-DEGs biex jiġu estratti għarfien bijoloġiku.