Sekwenzar Metagenomic-TGs
Metagenome huwa ġabra tal-materjal ġenetiku ta 'komunità mħallta ta' organiżmi, bħal metagenomi ambjentali u umani. Fih ġenomi ta 'mikro-organiżmi kemm cultivatable kif ukoll inkultivabbli. Is-sekwenzar metagenomiku jippermetti l-istudju ta 'dawn il-pajsaġġi ġenomiċi kkomplikati inkorporati f'kampjuni ekoloġiċi billi jipprovdu aktar minn profil tassonomiku. Huwa joffri wkoll perspettiva ta 'ġenomika funzjonali billi jesplora l-ġeni kodifikati u r-rwoli putattivi tagħhom fil-proċessi ambjentali. Filwaqt li l-approċċi tas-senter tradizzjonali bis-sekwenzar ta 'Illumina intużaw ħafna fi studji metagenomiċi, il-miġja ta' sekwenzar ta 'nanopore u pacbio li qari fit-tul biddlu l-qasam. It-teknoloġija Nanopore u Pacbio jtejbu l-analiżi bijoinformatiċi 'l isfel, b'mod partikolari l-assemblaġġ tal-metagenome, li jiżgura assemblaġġi aktar kontinwi. Ir-rapporti jindikaw li metagenomics ibbażati fuq in-nanopore u bbażati fuq il-pacbio ġġeneraw b'suċċess ġenomi batteriċi kompluti u magħluqa minn mikrobiomi kumplessi (Moss, El, et al., Nature Biotech, 2020). L-integrazzjoni ta 'Nanopore Reads ma' Illumina Reads tipprovdi approċċ strateġiku għall-korrezzjoni ta 'żbalji, li jtaffi l-eżattezza baxxa inerenti ta' Nanopore. Din il-kombinazzjoni sinerġistika tħaddem is-saħħiet ta 'kull pjattaforma ta' sekwenzar, li toffri soluzzjoni robusta biex tingħeleb il-limitazzjonijiet potenzjali u tavvanza l-preċiżjoni u l-affidabbiltà ta 'analiżi metagenomiċi.
Pjattaforma: Nanopore Promethion 48, Illumia u Pacbio Revio
Karatteristiċi tas-servizz
● Sekwenzar ta 'Aqra fit-tul fuq Nanopore P48 (librerija 10kb); Pacbio Revio (8kb librerija)
● Korrezzjoni ta 'Żball: Sekwenzar fuq Illumina Novaseq (Librerija PE150)
Vantaġġi tas-Servizz
●Assemblea ta 'metagenome ta' kwalità għolja:B'inqas kontigs li għandhom kontinwità ogħla.
●Eżattezza ogħla:Identifikazzjoni tal-ispeċi u tbassir tal-ġene funzjonali.
●Assemblaġġ imtejjeb: Faċilitazzjoni ta 'iżolament tal-ġenoma tal-batterja u analiżi komparattiva ta' metagenome.
●Analiżi komprensiva tal-bijoinformatika:L-analiżi tagħna hija ffokata mhux biss fuq id-diversità tassonomika iżda wkoll fuq id-diversità funzjonali tal-komunità.
●Esperjenza estensiva: It-tim tagħna jġib ħafna esperjenza għal kull proġett, b'rekord ta 'għeluq b'suċċess ta' proġetti ta 'metagenomics multipli f'diversi oqsma ta' riċerka u jipproċessa aktar minn 200,000 kampjun, it-tim tagħna jġib numru kbir ta 'esperjenza għal kull proġett.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Pjattaforma tas-sekwenzar | Strateġija ta 'sekwenzar | Dejta rakkomandata |
| Illumina Novaseq | PE150 | 6 GB |
| Nanopore P48 | 10 kb | 6/10 GB |
| Pacbio revio | 8 kb | 10/20 GB |
Rekwiżiti tal-kampjun
| Konċentrazzjoni (ng / µl) | Ammont totali (µg) | Volum (µL) | |
| Librerija Illumina PE150 | ≥1 | ≥0.03 | ≥20 |
| Nanopore 10 kb librerija | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Pacbio 8 kb librerija | ≥50 | 10 µg / ċellola | ≥20 |
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Dejta
Servizzi ta 'wara l-bejgħ
Tinkludi l-analiżi li ġejja:
● Sekwenzar tal-Kontroll tal-Kwalità tad-Dejta
● Assemblea tal-Metagenome u Tbassir tal-Ġene
● Annotazzjoni tal-ġeni
● Analiżi tad-Diversità Alfa Tassonomika
● Analiżi funzjonali tal-komunità: funzjoni bijoloġika, metabolika, reżistenza għall-antibijotiċi
● Analiżi kemm fuq diversità funzjonali kif ukoll tassonomika:
Analiżi tad-Diversità Beta
Analiżi bejn il-gruppi
Analiżi tal-Korrelazzjoni: Bejn il-Fatturi Ambjentali u l-Kompożizzjoni u d-Diversità
Distribuzzjoni ta 'Ġeni mhux Redundant:
Annotazzjoni tal-Ġeni: Pathway Kegg
Annotazzjoni tal-Ġene: Eggnog
Annotazzjoni tal-Ġeni: Karboidrati Cazy
Netwerk ta 'Korrelazzjoni ta' Speċi:
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizz ta 'sekwenzar ta' metagenomics ta 'BMKGene ma' Nanopore + Illumina b'din il-pubblikazzjoni dehru:
Jin, H. et al. (2023) "Ġenoma ta 'kwalità għolja Kompendju tal-mikrobioma tal-musrana tal-bniedem ta' Mongoljani ta 'ġewwa", Mikrobijoloġija tan-Natura 2023 8: 1, 8 (1), pp. 150-161. doi: 10.1038 / s41564-022-01270-1.
