Sekwenzar Metagenomic-Nanopore
Vantaġġi tas-Servizz
● Assemblaġġ ta 'kwalità għolja-Titjib tal-preċiżjoni tal-identifikazzjoni tal-ispeċi u tbassir tal-ġeni funzjonali
● Iżolament magħluq tal-ġenoma batterjali
● Applikazzjoni aktar b'saħħitha u affidabbli f'oqsma differenti, eż. skoperta ta' mikro-organiżmi patoġeniċi jew ġeni relatati mar-reżistenza għall-antibijotiċi
● Analiżi komparattiva tal-metagenome
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Pjattaforma | Sekwenzar | Dejta rakkomandata | Ħin tat-tibdil |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 jum tax-xogħol |
Analiżi tal-bijoinformatika
● Kontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessata
● Assemblaġġ tal-metaġenoma
● Sett u annotazzjoni tal-ġeni mhux żejda
● Analiżi tad-diversità tal-ispeċi
● Analiżi tad-diversità tal-funzjoni ġenetika
● Analiżi bejn il-gruppi
● Analiżi ta 'assoċjazzjoni kontra fatturi sperimentali
Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna
Rekwiżiti tal-kampjun u kunsinna
Rekwiżiti tal-Kampjun:
GħalEstratti tad-DNA:
| Tip ta' Kampjun | Ammont | Konċentrazzjoni | Purità |
| Estratti tad-DNA | 1-1.5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Għal kampjuni ambjentali:
| Tip ta' kampjun | Proċedura ta' teħid ta' kampjuni rakkomandata |
| Ħamrija | Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Is-sustanza nixfin li jifdal jeħtieġ li titneħħa mill-wiċċ;Itħan biċċiet kbar u għaddi minn filtru ta’ 2 mm;Kampjuni alikwot f'tubu EP sterili jew cyrotube għar-riżervazzjoni. |
| Ħmieġ | Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Iġbor u alikwot kampjuni f'tubu EP sterili jew krijotubu għar-riżervazzjoni. |
| Kontenut intestinali | Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu pproċessati taħt kundizzjoni asettika.Aħsel it-tessut miġbur b'PBS;Iċċentrifuga l-PBS u iġbor il-preċipitant f'tubi EP. |
| Ħama | Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Iġbor u alikwot kampjun tal-ħama f'tubu EP sterili jew krijotubu għar-riżervazzjoni |
| Korp tal-ilma | Għal kampjun b'ammont limitat ta 'mikrobi, bħal ilma tal-vit, ilma tajjeb, eċċ., Iġbor mill-inqas 1 L ilma u għaddi minn filtru ta' 0.22 μm biex tarrikkixxi l-mikrobi fuq il-membrana.Aħżen il-membrana f'tubu sterili. |
| Ġilda | Obrox bir-reqqa l-wiċċ tal-ġilda b'tampun tal-qoton sterili jew xafra kirurġika u poġġiha f'tubu sterili. |
Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata
Iffriża l-kampjuni fin-nitroġenu likwidu għal 3-4 sigħat u aħżen f'nitroġenu likwidu jew -80 grad għal riżerva fit-tul.It-tbaħħir tal-kampjuni bis-silġ niexef huwa meħtieġ.
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
1.Mappa tas-sħana: Raggruppament tar-rikkezza tal-ispeċi
2.Ġeni funzjonali annotati għal mogħdijiet metaboliċi KEGG
3.Netwerk ta 'korrelazzjoni ta' speċi
4.Circos ta 'ġeni ta' reżistenza għall-antibijotiċi CARD
Kawża BMK
Nanopore metagenomics tippermetti dijanjosi klinika rapida ta 'infezzjoni batterjali respiratorja t'isfel
Ippubblikat:Bijoteknoloġija tan-Natura, 2019
Punti Tekniċi
Sekwenzar: Nanopore MinION
Metaġenomika klinika bijoinformatika: Tnaqqis tad-DNA Ospitanti, analiżi WIMP u ARMA
Sejbien rapidu: 6 sigħat
Sensittività għolja: 96.6%
Riżultati ewlenin
Fl-2006, infezzjoni respiratorja t'isfel (LR) ikkawżat 3 miljun mewt umana globalment.Il-metodu tipiku għall-iskoperta tal-patoġenu LR1 huwa l-kultivazzjoni, li għandha sensittività fqira, ħin twil ta 'dawran u hija nuqqas ta' gwida fit-terapija antibijotika bikrija.Dijanjosi mikrobjali rapida u preċiża ilha ħtieġa urġenti.Dr Justin mill-Università ta 'East Anglia u l-imsieħba tiegħu żviluppaw b'suċċess metodu metagenomic ibbażat fuq Nanopore għall-iskoperta ta' patoġeni.Skont il-fluss tax-xogħol tagħhom, 99.99% tad-DNA ospitanti jistgħu jitnaqqsu.Is-sejbien ta 'patoġeni u ġeni reżistenti għall-antibijotiċi jista' jintemm f'6 sigħat.
Referenza
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopore metagenomics tippermetti dijanjosi klinika rapida ta 'infezzjoni batterjali respiratorja t'isfel.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
