● Sekwenzar ta 'Aqra fit-tul fuq Nanopore P48 (librerija 10kb); Pacbio Revio (8kb librerija)
● Korrezzjoni ta 'Żball: Sekwenzar fuq Illumina Novaseq (Librerija PE150)
●Assemblea ta 'metagenome ta' kwalità għolja:B'inqas kontigs li għandhom kontinwità ogħla.
●Eżattezza ogħla:Identifikazzjoni tal-ispeċi u tbassir tal-ġene funzjonali.
●Assemblaġġ imtejjeb: Faċilitazzjoni ta 'iżolament tal-ġenoma tal-batterja u analiżi komparattiva ta' metagenome.
●Analiżi komprensiva tal-bijoinformatika:L-analiżi tagħna hija ffokata mhux biss fuq id-diversità tassonomika iżda wkoll fuq id-diversità funzjonali tal-komunità.
●Esperjenza estensiva: It-tim tagħna jġib ħafna esperjenza għal kull proġett, b'rekord ta 'għeluq b'suċċess ta' proġetti ta 'metagenomics multipli f'diversi oqsma ta' riċerka u jipproċessa aktar minn 200,000 kampjun, it-tim tagħna jġib numru kbir ta 'esperjenza għal kull proġett.
Pjattaforma tas-sekwenzar | Strateġija ta 'sekwenzar | Dejta rakkomandata |
Illumina Novaseq | PE150 | 6 GB |
Nanopore P48 | 10 kb | 6/10 GB |
Pacbio revio | 8 kb | 10/20 GB |
Konċentrazzjoni (ng / µl) | Ammont totali (µg) | Volum (µL) | |
Librerija Illumina PE150 | ≥1 | ≥0.03 | ≥20 |
Nanopore 10 kb librerija | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
Pacbio 8 kb librerija | ≥50 | 10 µg / ċellola | ≥20 |
Tinkludi l-analiżi li ġejja:
● Sekwenzar tal-Kontroll tal-Kwalità tad-Dejta
● Assemblea tal-Metagenome u Tbassir tal-Ġene
● Annotazzjoni tal-ġeni
● Analiżi tad-Diversità Alfa Tassonomika
● Analiżi funzjonali tal-komunità: funzjoni bijoloġika, metabolika, reżistenza għall-antibijotiċi
● Analiżi kemm fuq diversità funzjonali kif ukoll tassonomika:
Analiżi tad-Diversità Beta
Analiżi bejn il-gruppi
Analiżi tal-Korrelazzjoni: Bejn il-Fatturi Ambjentali u l-Kompożizzjoni u d-Diversità
Distribuzzjoni ta 'Ġeni mhux Redundant:
Annotazzjoni tal-Ġeni: Pathway Kegg
Annotazzjoni tal-Ġene: Eggnog
Annotazzjoni tal-Ġeni: Karboidrati Cazy
Netwerk ta 'Korrelazzjoni ta' Speċi:
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizz ta 'sekwenzar ta' metagenomics ta 'BMKGene ma' Nanopore + Illumina b'din il-pubblikazzjoni dehru:
Jin, H. et al. (2023) "Ġenoma ta 'kwalità għolja Kompendju tal-mikrobioma tal-musrana tal-bniedem ta' Mongoljani ta 'ġewwa", Mikrobijoloġija tan-Natura 2023 8: 1, 8 (1), pp. 150-161. doi: 10.1038 / s41564-022-01270-1.