page_head_bg

Prodotti

Sekwenzar Metagenomic-Nanopore

Metagenomics hija għodda molekulari użata biex tanalizza l-materjali ġenomiċi mħallta estratti minn kampjuni ambjentali, li tipprovdi informazzjoni dettaljata fid-diversità u l-abbundanza tal-ispeċi, l-istruttura tal-popolazzjoni, ir-relazzjoni filoġenetika, ġeni funzjonali u netwerk ta 'korrelazzjoni ma' fatturi ambjentali, eċċ. Pjattaformi ta 'sekwenzjar ta' Nanopore introduċew reċentement għal studji metaġenomika.Il-prestazzjoni eċċellenti tagħha fit-tul tal-qari tejbet l-analiżi metaġenomika downstream, speċjalment l-assemblaġġ tal-metaġenomu.Filwaqt li tieħu vantaġġi ta 'qari-tul, studju metagenomic ibbażat fuq Nanopore huwa kapaċi jikseb assemblaġġ aktar kontinwu meta mqabbel ma' metagenomics shot-gun.Ġie ppubblikat li l-metaġenomika bbażata fuq Nanopore ġġenerat b'suċċess ġenomi batteriċi kompluti u magħluqa minn mikrobijomi (Moss, EL, et. al,Natura Biotech, 2020)

Pjattaforma:Nanopore PromethION P48


Dettalji tas-Servizz

Riżultati Demo

Kawża BMK

Vantaġġi tas-Servizz

ØAssemblaġġ ta 'kwalità għolja-Titjib tal-preċiżjoni tal-identifikazzjoni tal-ispeċi u tbassir tal-ġeni funzjonali

ØIżolament magħluq tal-ġenoma batterjali

ØApplikazzjoni aktar b'saħħitha u affidabbli f'oqsma differenti, eż. skoperta ta' mikro-organiżmi patoġeniċi jew ġeni relatati mar-reżistenza għall-antibijotiċi

ØAnaliżi komparattiva tal-metaġenoma

Speċifikazzjonijiet tas-Servizz

SekwenzarPjattaforma

Librerija

Rendiment ta' data rakkomandat

Ħin ta' tibdil stmat

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Tags 50K/100K/300K

30 Jum

Analiżi tal-bijoinformatika

üKontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessata

üAssemblaġġ tal-metaġenoma

üSett u annotazzjoni tal-ġeni mhux żejda

üAnaliżi tad-diversità tal-ispeċi

üAnaliżi tad-diversità tal-funzjoni ġenetika

üAnaliżi bejn il-gruppi

üAnaliżi ta' assoċjazzjoni kontra fatturi sperimentali

2

Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna

Rekwiżiti tal-kampjun u kunsinna

Rekwiżiti tal-Kampjun:   

GħalEstratti tad-DNA:

Tip ta' Kampjun

Ammont

Konċentrazzjoni

Purità

Estratti tad-DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Għal kampjuni ambjentali:

Tip ta 'kampjun

Proċedura ta' teħid ta' kampjuni rakkomandata

Ħamrija

Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Is-sustanza nixfin li jifdal jeħtieġ li titneħħa mill-wiċċ;Itħan biċċiet kbar u għaddi minn filtru ta’ 2 mm;Kampjuni alikwot f'tubu EP sterili jew cyrotube għar-riżervazzjoni.

Ħmieġ

Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Iġbor u alikwot kampjuni f'tubu EP sterili jew krijotubu għar-riżervazzjoni.

Kontenut intestinali

Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu pproċessati taħt kundizzjoni asettika.Aħsel it-tessut miġbur b'PBS;Iċċentrifuga l-PBS u iġbor il-preċipitant f'tubi EP.

Ħama

Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Iġbor u alikwot kampjun tal-ħama f'tubu EP sterili jew krijotubu għar-riżervazzjoni

Korp tal-ilma

Għal kampjun b'ammont limitat ta 'mikrobi, bħal ilma tal-vit, ilma tajjeb, eċċ., Iġbor mill-inqas 1 L ilma u għaddi minn filtru ta' 0.22 μm biex tarrikkixxi l-mikrobi fuq il-membrana.Aħżen il-membrana f'tubu sterili.

Ġilda

Obrox bir-reqqa l-wiċċ tal-ġilda b'tampun tal-qoton sterili jew xafra kirurġika u poġġiha f'tubu sterili.

Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata

Iffriża l-kampjuni fin-nitroġenu likwidu għal 3-4 sigħat u aħżen f'nitroġenu likwidu jew -80 grad għal riżerva fit-tul.It-tbaħħir tal-kampjuni bis-silġ niexef huwa meħtieġ.

Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

logo_02

Kunsinna tal-kampjun

logo_04

Kostruzzjoni ta' librerija

logo_05

Sekwenzar

logo_06

Analiżi tad-dejta

logo_07

Servizzi ta’ wara l-bejgħ


  • Preċedenti:
  • Li jmiss:

  • 1.Mappa tas-sħana: Raggruppament tar-rikkezza tal-ispeċi32.Ġeni funzjonali annotati għal mogħdijiet metaboliċi KEGG43.Netwerk ta 'korrelazzjoni ta' speċi54.Circos ta 'ġeni ta' reżistenza għall-antibijotiċi CARD
    6

    Kawża BMK

    Nanopore metagenomics tippermetti dijanjosi klinika rapida ta 'infezzjoni batterjali respiratorja t'isfel

    Ippubblikat:Bijoteknoloġija tan-Natura, 2019

    Punti Tekniċi
    Sekwenzar: Nanopore MinION
    Metagenomics klinika bijoinformatika: Ospitanti tnaqqis tad-DNA, WIMP u analiżi ARMA
    Sejbien rapidu: 6 sigħat
    Sensittività għolja: 96.6%

    Riżultati ewlenin

    Fl-2006, infezzjoni respiratorja t'isfel (LR) ikkawżat 3 miljun mewt umana globalment.Il-metodu tipiku għall-iskoperta tal-patoġenu LR1 huwa l-kultivazzjoni, li għandha sensittività fqira, ħin twil ta 'dawran u hija nuqqas ta' gwida fit-terapija antibijotika bikrija.Dijanjosi mikrobjali rapida u preċiża ilha ħtieġa urġenti.Dr Justin mill-Università ta 'East Anglia u l-imsieħba tiegħu żviluppaw b'suċċess metodu metagenomic ibbażat fuq Nanopore għall-iskoperta ta' patoġeni.Skont il-fluss tax-xogħol tagħhom, 99.99% tad-DNA ospitanti jistgħu jitnaqqsu.Is-sejbien ta 'patoġeni u ġeni reżistenti għall-antibijotiċi jista' jintemm f'6 sigħat.

    Referenza
    Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopore metagenomics tippermetti dijanjosi klinika rapida ta 'infezzjoni batterjali respiratorja t'isfel.Nature Biotechnology, 37(7), 1.

    tikseb kwotazzjoni

    Ikteb il-messaġġ tiegħek hawn u ibgħatilna

    Ibgħatilna l-messaġġ tiegħek: