Sekwenzar tal-Ġenoma tal-Pjanti/Annimali De Novo
Vantaġġi tas-Servizz
Żvilupp ta’ pjattaformi ta’ sekwenzar u bijoinformatika fide novoassemblaġġ tal-ġenoma
(Amarasinghe SL et al.,Bijoloġija tal-Ġenoma, 2020)
● Il-bini ta' ġenomi ġodda u t-titjib tal-ġenomi ta' referenza eżistenti għall-ispeċi ta' interess.
● Eżattezza ogħla, kontinwità u kompletezza fl-assemblaġġ
● Il-bini tar-riżorsi fundamentali għar-riċerka fil-polimorfiżmu tas-sekwenza, QTLs, editjar tal-ġeni, tnissil, eċċ.
● Mgħammar bi spettru sħiħ ta 'pjattaformi ta' sekwenzar tat-tielet ġenerazzjoni: soluzzjoni ta 'assemblaġġ tal-ġenoma one-stop
● Strateġiji flessibbli ta' sekwenzar u assemblaġġ li jissodisfaw diversi ġenomi b'karatteristiċi differenti
● Tim ta 'bioinformatician b'ħiliet kbar b'esperjenza kbira f'assemblaġġi kumplessi tal-ġenoma, inklużi polyploids, ġenomi ġganti, eċċ.
● Aktar minn 100 każ ta' suċċess b'fattur ta' impatt ippubblikat akkumulattiv ta' aktar minn 900
● Turn-around-time malajr daqs 3 xhur għall-assemblaġġ tal-ġenoma fil-livell tal-kromożomi.
● Appoġġ tekniku solidu b'serje ta 'privattivi u drittijiet tal-awtur tas-softwer kemm fil-ġenb sperimentali kif ukoll fil-bijoinformatika.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
|
Kontenut
|
Pjattaforma
|
Aqra Tul
|
Kopertura
|
| Stħarriġ tal-Ġenoma
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Sekwenzar tal-Ġenoma
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi Qari
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Fluss tax-xogħol
Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna
Rekwiżiti tal-Kampjun:
| Speċi | Tessut | Għal PacBio | Għal Nanopore |
| Annimali | Organi vixxerali (fwied, milsa, eċċ.) | ≥ 1.0 g | ≥ 3.5 g |
| Muskolu | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g | |
| Demm tal-mammiferi | ≥ 1.5 mL | ≥ 5.0 mL | |
| Demm tal-ħut jew għasafar | ≥ 0.2 mL | ≥ 0.5 mL | |
| Pjanti | Weraq frisk | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g |
| Petali jew zokk | ≥ 3.5 g | ≥ 10.0 g | |
| Għeruq jew żrieragħ | ≥ 7.0 g | ≥ 20.0 g | |
| Ċelloli | Kultura taċ-ċelluli | ≥ 3 × 107 | ≥ 1 × 108 |
Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata
Kontenitur: 2 ml tubu taċ-ċentrifuga (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)
Għall-biċċa l-kbira tal-kampjuni, nirrakkomandaw li ma tippreservax fl-etanol.
Tikkettjar tal-kampjuni: Il-kampjuni jridu jkunu ttikkettjati b'mod ċar u identiċi għall-formola ta' informazzjoni tal-kampjun sottomessa.
Ġarr: Is-silġ niexef: L-ewwel jeħtieġ li l-kampjuni jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Disinn tal-esperimenti
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tad-DNA
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
* Ir-riżultati tad-demo murija hawn huma kollha minn ġenomi ppubblikati bit-Teknoloġiji Biomarker
1.Circos fuq assemblaġġ tal-ġenoma fil-livell tal-kromożomi taG. rotundifoliummill-pjattaforma tas-sekwenzjar Nanopore
Wang M et al.,Bijoloġija Molekulari u Evoluzzjoni, 2021
2.Statistika tal-assemblaġġ u l-annotazzjoni tal-ġenoma tas-segala Weining
Li G et al.,Ġenetika tan-Natura, 2021
3.Tbassir tal-ġene ta 'Sechium eduleġenoma, derivat minn tliet metodi ta’ tbassir:De novotbassir, tbassir ibbażat fuq l-omoloġija u tbassir ibbażat fuq id-dejta RNA-Seq
Fu A et al.,Riċerka tal-Ortikultura, 2021
4.Identifikazzjoni ta 'ripetizzjonijiet terminali twal intatti fi tliet ġenomi tal-qoton
Wang M et al.,Bijoloġija Molekulari u Evoluzzjoni, 2021
5.Hi-C mappa tas-sħana tal-C. acuminataġenoma li juri interazzjonijiet kollha b'kollox mal-ġenoma kollu.L-intensità tal-interazzjonijiet Hi-C hija proporzjonali għad-distanza lineari bejn il-kontigs.Linja dritta nadifa fuq din il-mappa tas-sħana tindika ankraġġ preċiż ħafna tal-kontigs fuq il-kromożomi.(Proporzjon ta 'ankraġġ kontig: 96.03%)
kang M et al.,Komunikazzjonijiet tan-Natura,2021
Kawża BMK
Assemblaġġ tal-ġenoma ta 'kwalità għolja jenfasizza l-karatteristiċi ġenomiċi tas-segala u ġeni importanti agronomikament
Ippubblikat: Ġenetika tan-Natura, 2021
Strateġija ta' sekwenzar:
Assemblaġġ tal-ġenoma: Mod PacBio CLR b'librerija ta' 20 kb (497 Gb, madwar 63×)
Korrezzjoni tas-sekwenza: NGS b'librerija tad-DNA ta' 270 bp (430 Gb, madwar 54×) fuq il-pjattaforma Illumina
Ankraġġ tal-kontigs: Librerija Hi-C (560 Gb, madwar 71×) fuq pjattaforma Illumina
Mappa ottika: (779.55 Gb, madwar 99×) fuq Bionano Irys
Riżultati ewlenin
Ġiet ippubblikata assemblaġġ ta 'ġenoma tas-segala Weining b'daqs totali tal-ġenoma ta' 7.74 Gb (98.74% tad-daqs tal-ġenoma stmat permezz ta 'ċitometrija tal-fluss).Scaffold N50 ta 'dan l-assemblaġġ kiseb 1.04 Gb.93.67% tal-kontigs ġew ankrati b'suċċess fuq 7 psewdo-kromożomi.Dan l-assemblaġġ ġie evalwat permezz ta 'mappa ta' rabta, LAI u BUSCO, li rriżulta f'punteġġi għoljin fl-evalwazzjonijiet kollha.
2.Twettqu aktar studji dwar il-ġenomika komparattiva, il-mappa ta 'rabta ġenetika, l-istudji tat-traskriptomika fuq il-bażi ta' dan il-ġenoma.Ġew żvelati serje ta' karatteristiċi relatati mal-karatteristiċi ġenomiċi inklużi duplikazzjonijiet tal-ġeni mal-ġenoma kollu u l-impatt tagħhom fuq il-ġeni tal-bijosintesi tal-lamtu;organizzazzjoni fiżika ta 'loċi prolamin kumplessi, karatteristiċi ta' espressjoni tal-ġeni sottostanti karatteristika ta 'intestatura bikrija u reġjuni kromosomali assoċjati ma' domestikament putattiv u loci fis-segala.
 Dijagramma Circos dwar il-karatteristiċi ġenomiċi tal-ġenoma tas-segala Weining.... |  Analiżi evoluzzjonarja u ta' sintenija tal-kromożomi tal-ġenoma tas-segala.... |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Assemblaġġ tal-ġenoma ta 'kwalità għolja jenfasizza l-karatteristiċi ġenomiċi tas-segala u ġeni agronomikament importanti.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
