Prodotti

Sekwenzar tal-Ġenoma Sħiħ tal-Pjanti/Annimali

Is-sekwenzjar mill-ġdid tal-ġenoma kollu, magħruf ukoll bħala WGS, jippermetti l-iżvelar ta’ mutazzjonijiet kemm komuni kif ukoll rari fuq il-ġenoma kollu inkluż Polimorfiżmu Nukleotidu Uniku (SNP), Tħassir tal-Inserzjoni (InDel), Varjazzjoni tal-Istruttura (SV), u Varjazzjoni tan-Numru Kopja (CNV). ).L-SVs jiffurmaw porzjon akbar tal-bażi tal-varjazzjoni mill-SNPs u għandhom impatt akbar fuq il-ġenoma, li għandu effett sinifikanti fuq organiżmi ħajjin.Is-sekwenzi mill-ġdid tal-qari fit-tul jippermetti identifikazzjoni aktar preċiża ta 'frammenti kbar u varjazzjonijiet ikkumplikati minħabba li qari fit-tul jagħmluha ħafna aktar faċli għall-qsim tal-kromożomi fuq reġjuni kkumplikati bħal ripetizzjonijiet tandem, reġjuni b'ħafna GC/AT, u reġjuni iper-varjabbli.

Pjattaforma: Illumina, PacBio, Nanopore

Ikkuntatjana

Dettalji tas-Servizz

Riżultat Demo

Pubblikazzjoni Dehru

1.Vantaġġi tas-Servizz

Esperjenza estensiva fis-sekwenzjar tal-ġenoma għal aktar minn 1000 speċi.

Aktar minn 800 każ ippubblikat b'fattur ta' impatt akkumulattiv ta' aktar minn 4000.

Analiżi komprensiva tal-bijoinformatika dwar is-sejħa tal-varjazzjoni u l-analiżi tal-funzjoni.

2. Speċifikazzjonijiet tas-Servizz

Pjattaforma		Librerija	Fond seq rakkomandat
Illumina		PE 150	Għal SNP, sejħa InDel ≥ 10x Għal SV, sejħa CNY ≥ 30x
Nanopore		8 kb	Għal SV, sejħa CNY ≥ 20x
Pacbio	CCS	15 kb	Għal sejħa SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x

3. Rekwiżiti tal-Kampjun

Pjattaforma		Konċ.(ng/μL)	Ammont (ng)	Purità		Ġell tal-agarose
				OD260/280	OD260/230	1. Faxxa prinċipali ċara bl-ebda jew limitatadegradazzjoni osservata fuq il-ġel. 2. L-ebda kontaminazzjoni ta 'RNA jew proteina jew limitata
Illumina		≥1	≥30	-	-
Nanopore		≥30	Jiddependi fuq ir-rendiment tad-data 10μg/ċellula	1.7-2.2	≥1.5
Pacbio	CCS	≥50		1.7-2.2	1.8-2.5

4. Analiżi tal-Bijoinformazzjoni

5. Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

Kunsinna tal-kampjun

Estrazzjoni tad-DNA

Kostruzzjoni ta' librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-dejta

Kunsinna tad-data

Preċedenti: BMKMANU S1000 Spazjali Transcriptome

Li jmiss: Sekwenzar ta' RNA b'nukleu wieħed

1) Statistika tal-Immappjar tal-Ġenomi

Tabella 1 Statistika tar-riżultat tal-mapping

Figura 1 Distribuzzjoni tad-daqs tal-inserzjoni u l-kopertura tal-qari.

2) Ivarja Sejbien

Figura 2 Statistika u annotazzjoni ta 'SNP/INDEL/SV fost il-Kampjuni

Figura 3 Distribuzzjoni ta' vatiations mal-ġenoma kollu

3) Annotazzjoni funzjonali tal-varjazzjonijiet

2019	Komunikazzjoni dwar in-natura	Is-sekwenza mill-ġdid tal-ġenoma kollu jiżvela l-oriġini ta 'Brassica napus u l-loċi ġenetiċi involuti fit-titjib tiegħu
2020	PNAS	L-oriġini evoluzzjonarja u l-istorja tad-domestikazzjoni tal-ħut tad-deheb (Carassius auratus)
2021	Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti	Ġenomi ta 'referenza taż-żewġ speċi tal-ġuta kkultivati
2021	Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti	Firem ġenomiċi ta’ Brassicajuncea allopolyploid tal-ħxejjex u taż-żerriegħa taż-żejt u loci ġenetiċi li jikkontrollaw l-akkumulazzjoni ta’ glukosinolati
2019	Impjant Molekulari	Is-sekwenza mill-ġdid tal-ġenoma kollu ta’ kollezzjoni dinjija ta’ adeżjonijiet taż-żerriegħa tal-kolza jiżvela l-bażi ġenetika tad-diverġenza tal-ekotip tagħhom
2022	Riċerka tal-Ortikultura	Analiżi ta 'assoċjazzjoni mal-ġenoma kollu tipprovdi għarfien molekulari dwar il-varjazzjoni naturali tad-daqs taż-żerriegħa tad-dulliegħa
2021	Ġurnal tal-Botanika Sperimentali	Studju ta' assoċjazzjoni mal-ġenoma kollu jidentifika varjanti ta' GhSAD1 li jagħtu tolleranza għall-kesħa fil-qoton
2021	Ġurnal tal-Botanika Sperimentali	Studju ta' assoċjazzjoni mal-ġenoma kollu u t-tqabbil tat-traskriptome jiżvelaw QTL ġodda u ġeni kandidati li jikkontrollaw id-daqs tal-petali fiż-żerriegħa tal-kolza