Sekwenzar ta' Frammenti Amplifikati b'Locus Speċifiku (SLAF-Seq)
Fluss tax-xogħol
Is-servizz għandu xi pre-disinn in silico biex jiggarantixxi l-għażla ottimali tal-enzimi fit-tħejjija tal-librerija.
Skema Teknika
Karatteristiċi tas-Servizz
● Sekwenzjar fuq NovaSeq bil-PE150.
● Tħejjija tal-librerija b'barcoding doppju, li tippermetti l-ġbir ta' aktar minn 1000 kampjun.
● Indipendenti mill-ġenoma ta' referenza:
B'ġenoma ta' referenza: skoperta ta' SNP u InDel
Mingħajr ġenoma ta' referenza: raggruppament ta' kampjuni u skoperta ta' SNP
● Fil-in-silicoKombinazzjonijiet multipli ta' enzimi ta' restrizzjoni fl-istadju ta' qabel id-disinn jiġu skrinjati biex jinstabu dawk li jiġġeneraw distribuzzjoni uniformi ta' tikketti SLAF tul il-ġenoma.
● Matul il-pre-esperiment, tliet kombinazzjonijiet ta' enzimi jiġu ttestjati fi 3 kampjuni biex jiġġeneraw 9 libreriji SLAF, u din l-informazzjoni tintuża biex tintgħażel il-kombinazzjoni ottimali ta' enzimi ta' restrizzjoni għall-proġett.
Vantaġġi tas-Servizz
●Skoperta ta' Markaturi Ġenetiċi GħoljaAħna nintegraw sistema ta' barcode doppju b'rendiment għoli li tippermetti s-sekwenzar simultanju ta' popolazzjonijiet kbar, u amplifikazzjoni speċifika għall-locus li ttejjeb l-effiċjenza, u niżguraw li n-numri tat-tikketti jissodisfaw ir-rekwiżiti diversi ta' diversi mistoqsijiet ta' riċerka.
● Dipendenza Baxxa fuq il-ĠenomaJista' jiġi applikat għal speċi b'ġenoma ta' referenza jew mingħajrha.
●Disinn ta' Skema FlessibbliDiġestjoni b'enzima waħda, b'enzima doppja, b'diversi enzimi, u diversi tipi ta' enzimi jistgħu kollha jintgħażlu biex jaqdu għanijiet jew speċi ta' riċerka differenti.
● Effiċjenza Għolja fid-Diġestjoni EnżimatikaIl-konduzzjoni ta'in-silicoDisinn minn qabel u esperiment minn qabel jiżguraw disinn ottimali b'distribuzzjoni uniformi ta' tikketti SLAF fuq il-kromożoma (tikketta SLAF waħda/4Kb) u sekwenza ripetittiva mnaqqsa (<5%).
●Kompetenza EstensivaInġibu magħhom għaqda ta' esperjenza f'kull proġett, b'rekord ta' aktar minn 5000 proġett SLAF-Seq fuq mijiet ta' speċi, inklużi pjanti, mammiferi, għasafar, insetti, u organiżmi akkwatiċi.
● Fluss tax-Xogħol Bijoinformatiku Żviluppat minnu StessŻviluppajna fluss tax-xogħol bijoinformatiku integrat għal SLAF-Seq biex niżguraw l-affidabbiltà u l-eżattezza tal-output finali.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Tip ta' analiżi | Skala ta' popolazzjoni rakkomandata | Strateġija ta' sekwenzar | |
| Il-fond tas-sekwenzar tat-tikketti | Numru tat-tikketta | ||
| Mapep Ġenetiċi | 2 ġenituri u >150 wild | Ġenituri: 20x WGS Tnissil: 10x | Daqs tal-ġenoma: <400 Mb: WGS huwa rakkomandat <1Gb: 100K tikketti 1-2Gb:: 200K tikketti >2Gb: 300K tikketti Massimu ta' 500k tikketti |
| Studji ta' Assoċjazzjoni fuq skala Ġenomika (GWAS) | ≥200 kampjun | 10x | |
| Evoluzzjoni Ġenetika | ≥30 kampjun, b'>10 kampjuni minn kull sottogrupp | 10x | |
Rekwiżiti tas-Servizz
Konċentrazzjoni ≥ 5 ng/µL
Ammont totali ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Ġel tal-agarose: l-ebda degradazzjoni jew kontaminazzjoni limitata
Kunsinna Rakkomandata tal-Kampjun
Kontenitur: Tubu taċ-ċentrifuga ta' 2 ml
(Għal ħafna mill-kampjuni, nirrakkomandaw li ma jiġux ippreservati fl-etanol)
Tikkettar tal-kampjuni: Il-kampjuni jeħtieġ li jkunu ttikkettjati b'mod ċar u identiċi għall-formola ta' informazzjoni dwar il-kampjun sottomessa.
Ġarr: Silġ niexef: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż l-ewwel u midfuna fis-silġ niexef.
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Kampjun tal-QC
Esperiment pilota
Esperiment SLAF
Tħejjija tal-Librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Data
Servizzi ta' wara l-bejgħ
L-analiżi bijoinformatika tagħna tinkludi:
QC tad-dejta u tneħħija tad-dejta biex jitneħħew qari rikk fl-N, qari tal-adapter jew qari ta' kwalità baxxa.
Kontroll ieħor tal-kwalità tal-qari nadif biex tiġi vverifikata d-distribuzzjoni tal-bażijiet, il-kwalità tas-sekwenza u valutazzjoni tad-dejta, iżda wkoll biex tiġi vverifikata l-effiċjenza tad-diġestjoni u l-inserzjonijiet miksuba.
Ladarba l-qari jkun ġie ċċekkjat, hemm żewġ għażliet:
- Immappjar għal ġenoma ta' referenza
- Mingħajr ġenoma ta' referenza: raggruppament
Wara dan, l-analiżi tat-tikketti SLAF tintuża biex isiru xi sejħiet ta' varjanti biex jgħinu fl-iskoperta tal-markaturi: SNP, InDel, SNV, sejħiet CV u annotazzjoni
Distribuzzjoni ta' tikketti SLAF fuq kromosomi:
Distribuzzjoni ta' SNPs fuq il-kromożomi:
Annotazzjoni tal-SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X u Shi C (2023) Immappjar tal-QTL u analiżi tat-traskrittoma tal-kontenut taz-zokkor matul il-maturazzjoni tal-frott ta'Pyrus pyrifolia.Quddiem. Xjenza tal-Pjanti.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). L-identifikazzjoni ta' st1 tiżvela selezzjoni li tinvolvi hitchhiking tal-morfoloġija taż-żerriegħa u l-kontenut taż-żejt waqt id-domestikazzjoni tas-sojja.Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Is-sekwenza tal-ġenoma u d-diversità ġenetika tal-karpjun komuni,Ċiprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Il-ġenoma tal-karawett ikkultivat jipprovdi għarfien dwar il-karjotipi tal-legumi, l-evoluzzjoni tal-poliplojdi u d-domestikazzjoni tal-għelejjel.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Sena | Ġurnal | IF | Titlu | Applikazzjonijiet |
| 2022 | Komunikazzjonijiet tan-natura | 17.694 | Bażi ġenomika tal-giga-kromosomi u l-giga-ġenoma tal-peonja tas-siġar Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fitologu Ġdid | 7.433 | L-impronti tad-domestikazzjoni jankraw reġjuni ġenomiċi ta' importanza agronomika fi fażola tas-sojja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Ġurnal tar-Riċerka Avvanzata | 12.822 | Introgressjonijiet artifiċjali fil-ġenoma kollu ta' Gossypium barbadense f'G. hirsutum jiżvelaw loci superjuri għal titjib simultanju tal-kwalità u r-rendiment tal-fibra tal-qoton karatteristiċi | Ġenetika SLAF-Evoluzzjonarja |
| 2019 | Impjant Molekulari | 10.81 | L-Analiżi Ġenomika tal-Popolazzjoni u l-Assemblea De Novo Jikxfu l-Oriġini tal-Ħaxix Ħażin Ir-Ross bħala Logħba Evoluzzjonarja | Ġenetika SLAF-Evoluzzjonarja |
| 2019 | Ġenetika tan-Natura | 31.616 | Sekwenza tal-ġenoma u diversità ġenetika tal-karpjun komuni, Cyprinus carpio | Mappa tal-konnessjoni SLAF |
| 2014 | Ġenetika tan-Natura | 25.455 | Il-ġenoma tal-karawett ikkultivat jipprovdi għarfien dwar il-karjotipi tal-legumi, il-poliplojdi l-evoluzzjoni u d-domestikazzjoni tal-għelejjel. | Mappa tal-konnessjoni SLAF |
| 2022 | Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti | 9.803 | L-identifikazzjoni ta' ST1 tiżvela selezzjoni li tinvolvi hitchhiking tal-morfoloġija taż-żerriegħa u l-kontenut taż-żejt matul id-domestikazzjoni tas-sojja | Żvilupp tal-Marker SLAF |
| 2022 | Ġurnal Internazzjonali tax-Xjenzi Molekulari | 6.208 | Identifikazzjoni u Żvilupp ta' Markaturi tad-DNA għal Qamħ-Leymus mollis 2Ns (2D) Sostituzzjoni tal-Kromosomi Disomika | Żvilupp tal-Marker SLAF |
| Sena | Ġurnal | IF | Titlu | Applikazzjonijiet |
| 2023 | Fruntieri fix-xjenza tal-pjanti | 6.735 | Immappjar tal-QTL u analiżi tat-traskrittoma tal-kontenut taz-zokkor matul il-maturazzjoni tal-frott ta' Pyrus pyrifolia | Mappa Ġenetika |
| 2022 | Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti | 8.154 | L-identifikazzjoni ta' ST1 tiżvela selezzjoni li tinvolvi tibdil fil-morfoloġija taż-żerriegħa u l-kontenut taż-żejt waqt id-domestikazzjoni tas-sojja
| Sejħa SNP |
| 2022 | Fruntieri fix-xjenza tal-pjanti | 6.623 | Immappjar ta' Assoċjazzjoni mal-Ġenoma Kollha ta' Fenotipi Hulless Barely f'Ambjent ta' Nixfa.
| GWAS |
