16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
● ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများတွင် အထီးကျန်ခြင်းကင်းပြီး ရောဂါပိုးမွှားများပါဝင်မှုကို လျင်မြန်စွာဖော်ထုတ်ခြင်း။
● ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများရှိ ပေါများသောအစိတ်အပိုင်းများတွင် မြင့်မားသော ရုပ်ထွက်အရည်အသွေး
● ဒေတာဘေ့စ်၊ မှတ်စာ၊ OTU/ASV ၏ သတ်မှတ်ချက်များ၌ ကွဲပြားသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများဖြင့် စီးဆင်းမှုကို ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာသည့် နောက်ဆုံး QIIME2။
● မြင့်မားသော၊ မြင့်မားသောတိကျမှု
● မတူကွဲပြားသော အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းလေ့လာမှုများအတွက် အသုံးချနိုင်သည်။
● BMK သည် တစ်နှစ်လျှင် နမူနာပေါင်း 100,000 ကျော်၊ မြေ၊ ရေ၊ ဓာတ်ငွေ့၊ အမှိုက်၊ မစင်၊ အူ၊ အရေပြား၊ အချဉ်ဖောက်ထားသော ဟင်းရည်၊ အင်းဆက်ပိုးမွှားများ၊ အပင်များ စသည်တို့ကို ဖုံးအုပ်ထားသော အတွေ့အကြုံများစွာ ပိုင်ဆိုင်ပါသည်။
● BMKCloud သည် ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းကိရိယာ 45 ခုပါရှိသော ဒေတာအဓိပ္ပာယ်ပြန်ဆိုမှုကို လွယ်ကူချောမွေ့စေပါသည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| Sequencingပလပ်ဖောင်း | စာကြည့်တိုက် | အကြံပြုထားသော ဒေတာအထွက်နှုန်း | အလှည့်ကျ ခန့်မှန်းချိန် |
| Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း | PE250 | 50K/100K/300K တဂ်များ | ရက် 30 |
Bioinformatics ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်များ
● ကုန်ကြမ်းဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
● OTU အစုအဝေး/ဆူညံသံ (ASV)
● OTU မှတ်စာ
● Alpha ကွဲပြားမှု
● ဘီတာ ကွဲပြားမှု
● အုပ်စုအချင်းချင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● စမ်းသပ်မှုဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ဆန့်ကျင်ဘက်အသင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● လုပ်ဆောင်ချက် ဗီဇခန့်မှန်းခြင်း။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
ဘို့DNA ထုတ်ယူမှုများ:
| နမူနာအမျိုးအစား | ပမာဏ | အာရုံစူးစိုက်မှု | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ |
| DNA ထုတ်ယူမှုများ | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများအတွက်-
| နမူနာအမျိုးအစား | နမူနာယူခြင်းလုပ်ငန်းစဉ်ကို အကြံပြုထားသည်။ |
| မြေဆီလွှာ | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ညှိုးနွမ်းနေသော အကြွင်းအကျန်များကို မျက်နှာပြင်မှ ဖယ်ရှားရန် လိုအပ်သည်။ကြီးမားသောအပိုင်းများကိုကြိတ်ပြီး 2 မီလီမီတာ filter ကိုဖြတ်သန်းပါ။ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cyrotube တွင် Aliquot နမူနာများ။ |
| မစင် | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cryotube တွင် နမူနာများကို စုဆောင်းပြီး aliquot လုပ်ပါ။ |
| အူလမ်းကြောင်းအကြောင်းအရာများ | နမူနာများကို ပိုးမွှားအခြေအနေအောက်တွင် လုပ်ဆောင်ရန် လိုအပ်သည်။စုဆောင်းထားသော တစ်ရှူးများကို PBS ဖြင့် ဆေးကြောပါ။PBS ကို ဗဟိုပြုပြီး EP-tubes များတွင် မိုးရေစက်များကို စုဆောင်းပါ။ |
| ပိုလစ် | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cryotube တွင် sludge နမူနာကို စုဆောင်းပြီး aliquot |
| ရေလောင်း | ပိုက်ရေ၊ ရေတွင်းရေစသည်ဖြင့် ကန့်သတ်ပမာဏရှိသော အဏုဇီဝနမူနာအတွက်၊ အနည်းဆုံး ရေ 1 L ကို စုဆောင်းပြီး အမြှေးပါးပေါ်ရှိ ရောဂါပိုးမွှားများ ကြွယ်ဝစေရန် 0.22 μm ဇကာဖြင့် ဖြတ်သန်းပါ။အမြှေးပါးကို ပိုးမွှားပြွန်တွင် သိမ်းဆည်းပါ။ |
| အရေပြား | အရေပြားမျက်နှာပြင်ကို ပိုးသတ်ထားသော ဂွမ်းစ သို့မဟုတ် ခွဲစိတ်ဓားဖြင့် ဂရုတစိုက်ခြစ်ပြီး ပိုးမွှားပြွန်ထဲတွင် ထည့်ပါ။ |
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
နမူနာများကို နိုက်ထရိုဂျင်အရည်တွင် ၃-၄ နာရီကြာ အေးခဲပြီး နိုက်ထရိုဂျင်အရည် သို့မဟုတ် -80 ဒီဂရီမှ ရေရှည်တွင် သိမ်းဆည်းပါ။ရေခဲခြောက်ဖြင့် နမူနာပို့ဆောင်ရန် လိုအပ်ပါသည်။
Service Work Flow
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
1. မျိုးစိတ်ဖြန့်ချီရေး
2. အပူမြေပုံ- မျိုးစိတ်များ ကြွယ်ဝမှု အစုလိုက်အပြုံလိုက်
3. Rare အဖွဲ့ခွဲမျဉ်းကွေး
4.NMDS ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
5.Lefse ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
BMK ဖြစ်ရပ်မှန်
အမျိုးအစား 2 ဆီးချိုရောဂါရှိသူများနှင့် အဝလွန်သူများသည် မတူညီသော အူလမ်းကြောင်းရှိ ရောဂါပိုးမွှားများ၏ လုပ်ဆောင်နိုင်စွမ်းနှင့် ဖွဲ့စည်းမှုတို့ကို ပြသသည်
ထုတ်ဝေသည်-Cell Host & Microbe၊ 2019
ဆင့်ကဲနည်းဗျူဟာ-
ပိန်သောဆီးချိုမဟုတ်သောရောဂါ (n=633);အဝလွန်ခြင်းမဟုတ်သောဆီးချိုရောဂါ (n=494);အဝလွန်ခြင်း-အမျိုးအစား 2 ဆီးချိုရောဂါ (n=153);
ပစ်မှတ်ဒေသ- 16S rDNA V1-V2
ပလပ်ဖောင်း- Illumina Miseq (NGS-based amplicon sequencing)
DNA ထုတ်ယူမှုများ၏ အစိတ်အပိုင်းခွဲများသည် Illumina Hiseq တွင် metagenomic sequencing ကို ခံယူထားသည်။
အဓိကရလဒ်များ
ဤဇီဝဖြစ်စဉ်ဆိုင်ရာရောဂါများ၏ အဏုဇီဝရုပ်ပုံများကို အောင်မြင်စွာ ခွဲခြားနိုင်ခဲ့သည်။
16S sequencing မှထုတ်ပေးသော အဏုဇီဝအင်္ဂါရပ်များကို နှိုင်းယှဉ်ခြင်းဖြင့် အဝလွန်ခြင်းအား အဏုဇီဝဖွဲ့စည်းမှုပြောင်းလဲမှုများ၊ တစ်ဦးချင်းအင်္ဂါရပ်များ၊ အထူးသဖြင့် Akkermansia၊ Faecalibacterium၊ Oscillibacter၊ Alistipes စသည်တို့တွင် အဝလွန်ခြင်းကို တွေ့ရှိခဲ့သည်။ ထို့အပြင် T2D သည် Escherichia/shigella တိုးလာခြင်းနှင့် ဆက်စပ်နေကြောင်း တွေ့ရှိခဲ့သည်။ .
အကိုးအကား
Thingholm, LB, et al."အမျိုးအစား 2 ဆီးချိုရောဂါရှိသူများနှင့် အဝလွန်သူများသည် မတူညီသော အူလမ်းကြောင်းရှိ ရောဂါပိုးမွှားများ၏ လုပ်ဆောင်နိုင်စွမ်းနှင့် ပေါင်းစပ်မှုကို ပြသသည်။"Cell Host & Microbe၂၆.၂(၂၀၁၉)။
