16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
● 16S/18S/ITS ၏ အစအဆုံး အတွဲလိုက်ကို ရှည်လျားစွာဖတ်ပြသည်
● PacBio CCS မုဒ် sequencing ဖြင့် အလွန်တိကျသော အခြေခံခေါ်ဆိုမှု
● OTU/ASV မှတ်စာများတွင် မျိုးစိတ်အဆင့် ကြည်လင်ပြတ်သားမှု
● ဒေတာဘေ့စ်၊ မှတ်စာ၊ OTU/ASV ၏ သတ်မှတ်ချက်များ၌ ကွဲပြားသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများဖြင့် စီးဆင်းမှုကို ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာသည့် နောက်ဆုံး QIIME2။
● မတူကွဲပြားသော အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းလေ့လာမှုများအတွက် အသုံးချနိုင်သည်။
● BMK သည် တစ်နှစ်လျှင် နမူနာပေါင်း 100,000 ကျော်၊ မြေ၊ ရေ၊ ဓာတ်ငွေ့၊ အမှိုက်၊ မစင်၊ အူ၊ အရေပြား၊ အချဉ်ဖောက်ထားသော ဟင်းရည်၊ အင်းဆက်ပိုးမွှားများ၊ အပင်များ စသည်တို့ကို ဖုံးအုပ်ထားသော အတွေ့အကြုံများစွာ ပိုင်ဆိုင်ပါသည်။
● BMKCloud သည် ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းကိရိယာ 45 ခုပါရှိသော ဒေတာအဓိပ္ပာယ်ပြန်ဆိုမှုကို လွယ်ကူချောမွေ့စေပါသည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| Sequencingပလပ်ဖောင်း | စာကြည့်တိုက် | အကြံပြုထားသော အချက်အလက် | လှည့်ပတ်ချိန် |
| PacBio နောက်ဆက်တွဲ II | SMRT-ခေါင်းလောင်း | 5K/10K/20K တဂ်များ | အလုပ်ချိန် 44 ရက် |
Bioinformatics ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်များ
● ကုန်ကြမ်းဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
● OTU အစုအဝေး/ဆူညံသံ (ASV)
● OTU မှတ်စာ
● Alpha ကွဲပြားမှု
● ဘီတာ ကွဲပြားမှု
● အုပ်စုအချင်းချင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● စမ်းသပ်မှုဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ဆန့်ကျင်ဘက်အသင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● လုပ်ဆောင်ချက် ဗီဇခန့်မှန်းခြင်း။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
ဘို့DNA ထုတ်ယူမှုများ:
| နမူနာအမျိုးအစား | ပမာဏ | အာရုံစူးစိုက်မှု | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ |
| DNA ထုတ်ယူမှုများ | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများအတွက်-
| နမူနာအမျိုးအစား | နမူနာယူခြင်းလုပ်ငန်းစဉ်ကို အကြံပြုထားသည်။ |
| မြေဆီလွှာ | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ညှိုးနွမ်းနေသော အကြွင်းအကျန်များကို မျက်နှာပြင်မှ ဖယ်ရှားရန် လိုအပ်သည်။ကြီးမားသောအပိုင်းများကိုကြိတ်ပြီး 2 မီလီမီတာ filter ကိုဖြတ်သန်းပါ။ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cyrotube တွင် Aliquot နမူနာများ။ |
| မစင် | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cryotube တွင် နမူနာများကို စုဆောင်းပြီး aliquot လုပ်ပါ။ |
| အူလမ်းကြောင်းအကြောင်းအရာများ | နမူနာများကို ပိုးမွှားအခြေအနေအောက်တွင် လုပ်ဆောင်ရန် လိုအပ်သည်။စုဆောင်းထားသော တစ်ရှူးများကို PBS ဖြင့် ဆေးကြောပါ။PBS ကို ဗဟိုပြုပြီး EP-tubes များတွင် မိုးရေစက်များကို စုဆောင်းပါ။ |
| ပိုလစ် | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cryotube တွင် sludge နမူနာကို စုဆောင်းပြီး aliquot |
| ရေလောင်း | ပိုက်ရေ၊ ရေတွင်းရေစသည်ဖြင့် ကန့်သတ်ပမာဏရှိသော အဏုဇီဝနမူနာအတွက်၊ အနည်းဆုံး ရေ 1 L ကို စုဆောင်းပြီး အမြှေးပါးပေါ်ရှိ ရောဂါပိုးမွှားများ ကြွယ်ဝစေရန် 0.22 μm ဇကာဖြင့် ဖြတ်သန်းပါ။အမြှေးပါးကို ပိုးမွှားပြွန်တွင် သိမ်းဆည်းပါ။ |
| အရေပြား | အရေပြားမျက်နှာပြင်ကို ပိုးသတ်ထားသော ဂွမ်းစ သို့မဟုတ် ခွဲစိတ်ဓားဖြင့် ဂရုတစိုက်ခြစ်ပြီး ပိုးမွှားပြွန်ထဲတွင် ထည့်ပါ။ |
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
နမူနာများကို နိုက်ထရိုဂျင်အရည်တွင် ၃-၄ နာရီကြာ အေးခဲပြီး နိုက်ထရိုဂျင်အရည် သို့မဟုတ် -80 ဒီဂရီမှ ရေရှည်တွင် သိမ်းဆည်းပါ။ရေခဲခြောက်ဖြင့် နမူနာပို့ဆောင်ရန် လိုအပ်ပါသည်။
Service Work Flow
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
1. V3+V4(Illumina) အခြေပြု အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်း ပရိုဖိုင်နှင့် အရှည် (PacBio) အခြေခံ ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်ခြင်း၏ မှတ်ချက်စကားနှုန်း။
(ကျပန်းရွေးချယ်ထားသော ပရောဂျက် 30 ၏ဒေတာကို စာရင်းဇယားအတွက် လျှောက်ထားခဲ့သည်)
2. မတူညီသောနမူနာအမျိုးအစားများတွင် မျိုးစိတ်အဆင့်တွင် အရှည်ပြည့် amplicon sequencing ၏ မှတ်ချက်နှုန်း
3. မျိုးစိတ်ဖြန့်ချီရေး
4.Phylogenetic သစ်ပင်
BMK ဖြစ်ရပ်မှန်
အာဆင်းနစ် ထိတွေ့မှုကြောင့် အူလမ်းကြောင်း အတားအဆီး ပျက်စီးမှုကို ဖြစ်ပေါ်စေပြီး အူ-အသည်းဝင်ရိုးကို နိုးကြားလာစေပြီး ဘဲများတွင် အသည်းရောင်ရမ်းခြင်းနှင့် pyroptosis ကို ဖြစ်စေသည်။
ထုတ်ဝေသည်-သိပ္ပံပညာသည် စုစုပေါင်းပတ်ဝန်းကျင်၊၂၀၂၁
ဆင့်ကဲနည်းဗျူဟာ-
နမူနာများ- ထိန်းချုပ်မှုနှင့် 8 mg/kg ATO ထိတွေ့မှုအုပ်စု
ဒေတာကို စီစစ်ခြင်း- စုစုပေါင်း 102,583 ကုန်ကြမ်း CCS အတွဲများ
ထိန်းချုပ်မှု: 54,518 ± 747 ထိရောက်သော CCS
ATO-ထိတွေ့မှု : 45,050 ± 1675 ထိရောက်သော CCS
အဓိကရလဒ်များ
Alpha ကွဲပြားမှု-ATO ထိတွေ့မှုသည် ဘဲများ၏ အူလမ်းကြောင်းရှိ အဏုဇီဝများ ကြွယ်ဝမှုနှင့် မတူကွဲပြားမှုကို သိသိသာသာ ပြောင်းလဲစေသည်။
Metastats ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု-
ဖိုလမ်အဆင့်တွင်- ထိန်းချုပ်မှုအုပ်စုများတွင်သာ ဘက်တီးရီးယား phyla 2 ကိုတွေ့ရှိသည်။
မျိုးစုအဆင့်တွင်- မျိုးရိုး 6 မျိုးသည် နှိုင်းရပေါများခြင်းတွင် သိသိသာသာကွဲပြားသည်ကို တွေ့ရှိရသည်။
မျိုးစိတ်အဆင့်တွင်- စုစုပေါင်းမျိုးစိတ် ၃၆ မျိုးအား ဖော်ထုတ်ခဲ့ပြီး ၎င်းတို့ထဲမှ ၆ မျိုးမှာ ဇီဝမျိုးစိတ်များ ပေါများခြင်းတွင် သိသိသာသာကွဲပြားသည်။
အကိုးအကား
Thingholm, LB, et al."အမျိုးအစား 2 ဆီးချိုရောဂါရှိသူများနှင့် အဝလွန်သူများသည် မတူညီသော အူလမ်းကြောင်းရှိ ရောဂါပိုးမွှားများ၏ လုပ်ဆောင်နိုင်စွမ်းနှင့် ပေါင်းစပ်မှုကို ပြသသည်။"Cell Host & Microbe၂၆.၂(၂၀၁၉)။
