BMKCloud Log in
条形banner-၀၃

ထုတ်ကုန်များ

နှိုင်းယှဉ် Genomics

Comparative genomics ဆိုသည်မှာ မတူညီသောမျိုးစိတ်များ၏ ပြီးပြည့်စုံသော ဂျီနိုအစီစဉ်များနှင့် ဖွဲ့စည်းပုံများကို နှိုင်းယှဉ်ခြင်းကို ဆိုလိုသည်။ဤစည်းကမ်းသည် မျိုးစိတ်များဆင့်ကဲပြောင်းလဲခြင်း၊ မျိုးရိုးဗီဇလုပ်ဆောင်မှု၊ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်းစည်းကမ်းယန္တရားကို ကွဲပြားသောမျိုးစိတ်တစ်လျှောက်တွင် ထိန်းသိမ်းထားသော သို့မဟုတ် ကွဲပြားစေသော အစီအမံများနှင့် ဒြပ်စင်များကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းဖြင့် မျိုးစိတ်ဆင့်ကဲပြောင်းလဲခြင်း၊ပုံမှန်နှိုင်းယှဉ်မျိုးရိုးဗီဇလေ့လာမှုတွင် မျိုးဗီဇမိသားစုတွင် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများ၊ ဆင့်ကဲပြောင်းလဲမှုဆိုင်ရာ ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု၊ မျိုးရိုးဗီဇတစ်ခုလုံး ထပ်ပွားမှု၊ ရွေးချယ်မှုဖိအား စသည်တို့ ပါဝင်ပါသည်။


ဝန်ဆောင်မှုအသေးစိတ်

သရုပ်ပြရလဒ်များ

Case Study

ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ

1 နှိုင်းယှဉ်မျိုးရိုးဗီဇ

● အလိုအပ်ဆုံး ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ရှစ်ခု ပါဝင်သော ပြည့်စုံသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပက်ကေ့ချ်

● ရလဒ်များအပေါ် အသေးစိတ်နားလည်လွယ်သော အဓိပ္ပာယ်ဖွင့်ဆိုချက်ဖြင့် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် ယုံကြည်စိတ်ချရမှု မြင့်မားသည်။

● ကောင်းစွာ ဒီဇိုင်းထုတ်ထားပြီး ထုတ်ဝေရန် အသင့်ရှိ ကိန်းဂဏန်းများ

● ကျွမ်းကျင်သော ဇီဝနည်းပညာအဖွဲ့သည် မတူကွဲပြားသော ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု တောင်းဆိုချက်များကို ဖြည့်ဆည်းပေးသည်။

● ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် ပိုမိုတိကျမှုနှင့်အတူ အလှည့်ကျအချိန်ပိုတိုသည်။

● 900 ကျော်အထိ စုစည်းထုတ်ဝေထားသော အကျိုးသက်ရောက်မှုအချက်ဖြင့် အောင်မြင်သော အမှုပေါင်း 90 ကျော်နှင့် ကြွယ်ဝသော အတွေ့အကြုံ

ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ

အလှည့်ကျ ခန့်မှန်းချိန်

မျိုးစိတ်အရေအတွက်

ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာသည်။

အလုပ်လုပ်ရက် 30

၆ - ၁၂

မျိုးရိုးဗီဇအစုအဝေး

မျိုးရိုးဗီဇ ချဲ့ထွင်ခြင်းနှင့် ကျုံ့ခြင်း။

Phylogenetic သစ်ပင်တည်ဆောက်မှု

ခြားနားချိန် ခန့်မှန်းချက် ( Fossil calibration လိုအပ်သည် )

LTR ထည့်သွင်းချိန် (အပင်များအတွက်)

မျိုးရိုးဗီဇတစ်ခုလုံး ပွားခြင်း (အပင်များအတွက်)

ရွေးချယ်မှုဖိအား

Synteny ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

Bioinformatics ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်များ

● Gene မိသားစု

● ဇီဝကမ္မဗေဒ

● Divergence အချိန်

● ရွေးချယ်မှုဖိအား

● Synteny ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။

流程图 နှိုင်းယှဉ်မျိုးရိုးဗီဇများ

နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။

နမူနာလိုအပ်ချက်များ-

ဂျီနိုမ် စီစစ်ခြင်းနှင့် စုစည်းမှုအတွက် တစ်ရှူး သို့မဟုတ် DNA

Tissue အတွက်

မျိုးစိတ်

တစ်သျှူး

စစ်တမ်း

PacBio CCS

တိရစ္ဆာန်

Visceral တစ်ရှူး

0.5 ~ 1g

≥ 3.5g

ကြွက်သားတစ်သျှူး

≥ 5.0g

≥ 5.0ml

နို့တိုက်သတ္တဝါသွေး

≥ 0.5mL

ကြက်/ငါးသွေး

စိုက်တယ်။

လတ်ဆတ်သောသစ်ရွက်

1 ~ 2g

≥ 5.0g

 

ပန်းပွင့်/ပင်စည်

1 ~ 2g

≥ 10.0g

 

အမြစ်/အစေ့

1 ~ 2g

≥ 20.0g

ဆဲလ်များ

ယဉ်ကျေးမှု ဆဲလ်

-

≥ 1 x 108

ဒေ

အနီးကပ်ဆက်စပ်သောမျိုးစိတ်များ၏ ဂျီနိုမီစီးရီးဖိုင်များ (.fasta) နှင့် မှတ်ချက်ဖိုင်များ (.gff3)

Service Work Flow

နမူနာ QC

စမ်းသပ်ထားတာ

နမူနာပေးပို့ခြင်း။

နမူနာပေးပို့ခြင်း။

စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်ခြင်း။

စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး

Sequencing

Sequencing

ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ

ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ


  • ယခင်-
  • နောက်တစ်ခု:

  • *ဤတွင်ပြသထားသည့် သရုပ်ပြရလဒ်များအားလုံးသည် Biomarker Technologies ဖြင့်ထုတ်ဝေထားသော ဂျီနိုမ်များမှဖြစ်သည်။

    1.LTR ထည့်သွင်းသည့်အချိန်ခန့်မှန်းချက်- အခြားမျိုးစိတ်များနှင့်နှိုင်းယှဉ်ပါက Weining rye ဂျီနိုမ်တွင် LTR-RTs ထည့်သွင်းချိန်များတွင် ထူးခြားသော bimodal ဖြန့်ဖြူးမှုကို ပြသထားသည့်ပုံ။နောက်ဆုံးအထွတ်အထိပ်သည် လွန်ခဲ့သောနှစ်ပေါင်း 0.5 သန်းခန့်က ပေါ်ထွန်းခဲ့သည်။

    3LTR-insertion-time-estimation-in-Weining-rye

    Li Guang et al.၊သဘာဝမျိုးရိုးဗီဇ၊ 2021

     

     

    2.Phylogeny and gene family analysis on ဂေါ်ရခါးသီး (Sechium edule) : ဂေါ်ရခါးမျိုးစိတ်နှင့် မျိုးရိုးဗီဇရှိ အခြားဆက်စပ်မျိုးစိတ် 13 မျိုးအား ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဖြင့် ဂေါ်ရခါးသည် မြွေဟင်းခါး (Trichosanthes anguina) နှင့် အနီးစပ်ဆုံး ဆက်စပ်နေကြောင်း တွေ့ရှိရပါသည်။27-45 မြဝန်းကျင်တွင် မြွေပွေး ဘူးသီးမှ ဆင်းသက်လာသော ဂေါ်ရခါးနှင့် မျိုးရိုးဗီဇ ပွားခြင်း (WGD) တစ်ခုလုံးကို 25±4 မြတွင် ဂေါ်ရခါးတွင် တွေ့ရှိရပြီး cucuibitaceae တွင် တတိယမြောက် WGD ပွဲဖြစ်သည်။

    4Phylogenetic-သစ်ပင်-ဂေါ်ရခါး

    Fu A et al.၊ပန်းမာန်သုတေသန၊ 2021

     

     

    3.Synteny ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း- သစ်သီးဖွံ့ဖြိုးမှုတွင် phytohormones နှင့်ဆက်စပ်သော မျိုးဗီဇအချို့ကို ဂေါ်ရခါးသီး၊ ဘူးသီးနှင့် စကွပ်တို့တွင် တွေ့ရှိခဲ့သည်။ဂေါ်ရခါးသီးနှင့် ကွပ်သီးကြား ဆက်စပ်မှုသည် ဂေါ်ရခါးသီးနှင့် မြွေဟင်းခါးကြားထက် အနည်းငယ် မြင့်မားသည်။

    4Phylogenetic-သစ်ပင်-ဂေါ်ရခါး

    Fu A et al.၊ပန်းမာန်သုတေသန၊ 2021

     

     

    4.Gene မိသားစုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း- G.thurberi နှင့် G.davidsonii genomes ရှိ မျိုးရိုးဗီဇချဲ့ထွင်မှုနှင့် ကျုံ့ခြင်းအပေါ် KEGG ကြွယ်ဝမှုသည် steroid biosynthesis နှင့် brassinosteroid biosynthesis ဆက်စပ်သော genes များကို ချဲ့ထွင်ထားကြောင်း ပြသခဲ့သည်။

    4Phylogenetic-သစ်ပင်-ဂေါ်ရခါး

    Yang Z et al.၊BMC ဇီဝဗေဒ၊ 2021

     

     

    5.Whole genome duplication analysis- 4DTV နှင့် Ks ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု သည် ဂျီနိုမ်ပွားခြင်းဖြစ်ရပ်တစ်ခုလုံးကို ပြသထားသည်။မတူကွဲပြားမှုများ၏ အထွတ်အထိပ်များက ထပ်တူဖြစ်ရပ်များကို ပြသထားသည်။မျိုးစိတ်များ၏ အထွတ်အထိပ်များသည် သီးခြားဖြစ်ရပ်များကို ပြသထားသည်။O. europaea သည် အခြားသော ဆက်စပ်မျိုးစိတ်သုံးမျိုးနှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါက မကြာသေးမီက ကြီးမားသော မျိုးဗီဇပွားမှုကို ဖြတ်သန်းခဲ့ကြောင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်တွင် ဖော်ပြသည်။

    4Phylogenetic-သစ်ပင်-ဂေါ်ရခါး

    Rao G et al.၊ပန်းမာန်သုတေသန၊ 2021

    BMK ဖြစ်ရပ်မှန်

    အစင်းရာမပါသောနှင်းဆီ- အစိုဓာတ်ကို လိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင် ဆက်စပ်နေသော မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှု

    ထုတ်ဝေသည်- အမျိုးသားသိပ္ပံသုံးသပ်ချက်၊ 2021

    ဆင့်ကဲနည်းဗျူဟာ-

    'ဘေ့စ်ဆူးကင်းသော' (R.Wichurainan) ဂျီနိုအာ
    အနီးစပ်ဆုံး93 X PacBio + အနီးစပ်ဆုံး90 X Nanopore + 267 X Illumina

    အဓိကရလဒ်များ

    1. အရည်အသွေးမြင့် R.wichuraiana ဂျီနိုမ်ကို ရှည်လျားစွာဖတ်နိုင်သော စီတန်းစီခြင်းနည်းစနစ်များကို အသုံးပြု၍ တည်ဆောက်ထားသောကြောင့် စုစည်းမှုအား 530.07 Mb (ခန့်မှန်းဂျီနိုမ်အရွယ်အစားမှာ ခန့်မှန်းခြေအားဖြင့် 525.9 Mb ရှိပြီး ဂျီနိုမ်စစ်တမ်းအားဖြင့် 525.5% ဖြစ်သည်။ Heterozygosity 3%) ဝန်းကျင်ဖြစ်သည်။BUSCO ခန့်မှန်းရမှတ်မှာ 93.9% ဖြစ်သည်။“Old blush” (haploOB) နှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါက၊ ဤဂျီနိုမ်၏ အရည်အသွေးနှင့် ပြီးပြည့်စုံမှုကို အခြေခံတစ်ခုတည်း-ဘေ့စ်တိကျမှုနှင့် LTR တပ်ဆင်မှုအညွှန်းကိန်း (LAI=20.03) တို့ဖြင့် အတည်ပြုထားသည်။R.wichuraiana ဂျီနိုမီတွင် ပရိုတင်းကုဒ်ဗီဇ 32,674 ပါရှိသည်။

    2.Multi-omics ပူးတွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် မျိုးရိုးဗီဇ၊ စာသားမှတ်တမ်းများ၊ မျိုးရိုးဗီဇလူဦးရေ၏ QTL ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတို့ ပါဝင်သော ပေါင်းစပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုသည် R. wichuraiana နှင့် Rosa chinensis အကြား အရေးကြီးသော အမျိုးအစားကို ဖော်ထုတ်ပြသခဲ့သည်။ထို့အပြင်၊ QTL ရှိ ဆက်စပ်မျိုးဗီဇများ၏ ဖော်ပြချက်ကွဲလွဲမှုသည် ပင်စည်ပေါက်သည့်ပုံစံနှင့် ဆက်နွယ်နေဖွယ်ရှိသည်။

    7KEGG-enrichment-on-gene-family-expansion-and-contraction

    Basye;s Thornless နှင့် Rosa chinensis အကြား ပေါင်းစပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ မျိုးရိုးဗီဇအစုအဝေး၊ ချဲ့ထွင်မှုနှင့် ကျုံ့ခြင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတို့ အပါအဝင် Basye;s Thornless နှင့် Rosa chinensis အကြား နှိုင်းယှဉ်ထားသော မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် နှင်းဆီများတွင် အရေးပါသော လက္ခဏာများနှင့် သက်ဆိုင်သည့် ကွဲပြားမှုများကို ထုတ်ဖော်ပြသခဲ့သည်။NAC နှင့် FAR1/FRRS မျိုးရိုးဗီဇတွင် ထူးခြားသောချဲ့ထွင်မှုသည် အမည်းစက်များကို ခံနိုင်ရည်ရှိမှုနှင့် ဆက်နွှယ်နိုင်ဖွယ်ရှိသည်။

    81 Comparative-genomics-analyses-between-BT-and-OB 82 Comparative-genomics-analyses-between-BT-and-OB 83 Comparative-genomics-analyses-between-BT-and-OB

    BT နှင့် haploOB ဂျီနိုမ်များအကြား နှိုင်းယှဉ်ထားသော မျိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။

    အကိုးအကား

    Zhong, M., et al."အမှုန်အမွှားကင်းသော နှင်းဆီ- အစိုဓာတ်ကို လိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင် ဆက်စပ်နေသော မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှု"အမျိုးသားသိပ္ပံသုံးသပ်ချက်၂၀၂၁;၊ nwab092။

    ကိုးကားရယူပါ။

    သင့်စာကို ဤနေရာတွင် ရေးပြီး ကျွန်ုပ်တို့ထံ ပေးပို့ပါ။

    သင့်ထံ မက်ဆေ့ချ်ပို့ပါ-