အရှည်အပြည့် mRNA Sequencing-Nanopore
အင်္ဂါရပ်များ
● poly-A mRNA ၏နောက်တွင် cDNA ပေါင်းစပ်မှုနှင့် စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုတို့ဖြင့် ရိုက်ကူးခြင်း။
● အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်းများကို စီစစ်ခြင်း။
● ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်သို့ ချိန်ညှိမှုအပေါ် အခြေခံ၍ ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု
● Bioinformatic analysis တွင် gene နှင့် isoform-level တွင် ဖော်ပြခြင်းသာမက lncRNA၊ gene fusions၊ poly-adenylation နှင့် gene structure တို့ပါ၀င်သည်
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
●isoform အဆင့်တွင်ဖော်ပြချက်၏အရေအတွက်: အသေးစိတ်နှင့် တိကျသော စကားရပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို ဖွင့်ပေးခြင်း၊ ဗီဇဖော်ပြချက်တစ်ခုလုံးကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာသောအခါတွင် ဖုံးကွယ်ထားနိုင်သည့် အပြောင်းအလဲကို ထုတ်ဖော်ပြသခြင်း
●လျှော့ချထားသော ဒေတာလိုအပ်ချက်များ-Next-Generation Sequencing (NGS) နှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါက၊ Nanopore sequencing သည် ဒေတာလိုအပ်ချက်များကို နည်းပါးစေပြီး ဒေတာအသေးစားဖြင့် မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုပမာဏ၏ ရွှဲရွှဲအဆင့်ကို ညီမျှစေရန် ခွင့်ပြုပေးပါသည်။
●စကားရပ် အရေအတွက် တိကျမှု မြင့်မားခြင်း။မျိုးဗီဇနှင့် isoform အဆင့်တွင် နှစ်မျိုးလုံးရှိသည်။
●နောက်ထပ် စာသားမှတ်တမ်း အချက်အလက်များကို ဖော်ထုတ်ခြင်း။: အစားထိုး polyadenylation၊ ပေါင်းစပ်မျိုးဗီဇနှင့် lcnRNA နှင့် ၎င်းတို့၏ ပစ်မှတ်မျိုးဗီဇများ
●ကျယ်ပြန့်သောကျွမ်းကျင်မှု: ကျွန်ုပ်တို့၏အဖွဲ့သည် Nanopore စာသားအပြည့်အစုံ ပရောဂျက်ပေါင်း 850 ကျော်ကို ပြီးမြောက်ပြီး နမူနာ 8,000 ကျော်ကို လုပ်ဆောင်ပြီးသည့်နောက် ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် အတွေ့အကြုံများစွာကို ယူဆောင်လာပါသည်။
●အရောင်းလွန်မှု ပံ့ပိုးမှု: ကျွန်ုပ်တို့၏ ကတိကဝတ်သည် 3-လ-ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူ ပရောဂျက်ပြီးမြောက်ခြင်းထက် ကျော်လွန်ပါသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်း၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သည့် မည်သည့်မေးခွန်းများကိုမဆို ဖြေရှင်းရန်အတွက် ပရောဂျက်နောက်ဆက်တွဲ၊ ပြဿနာဖြေရှင်းခြင်းအကူအညီနှင့် အမေးအဖြေကဏ္ဍများကို ပေးဆောင်ပါသည်။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
| စာကြည့်တိုက် | Sequence ဗျူဟာ | ဒေတာအကြံပြုထားသည်။ | အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု |
| Poly A ကြွယ်ဝသည်။ | Illumina PE150 | 6/12 Gb | ပျမ်းမျှအရည်အသွေးရမှတ်- Q10 |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
Nucleotides-
| Conc.(ng/μl) | ပမာဏ (μg) | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ | သမာဓိ |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ဂျယ်တွင်ပြသထားသော ပရိုတင်း သို့မဟုတ် DNA ညစ်ညမ်းမှု အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် မရှိပါ။ | အပင်များအတွက် RIN≥7.0; တိရစ္ဆာန်များအတွက် RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် အခြေခံအဆင့်မြင့်ခြင်း |
● အပင်များ
အမြစ်၊ ပင်စည် သို့မဟုတ် ပန်းပွင့်: 450 မီလီဂရမ်
အရွက် သို့မဟုတ် အစေ့: 300 မီလီဂရမ်
အသီး: 1.2 ဂရမ်
● တိရစ္ဆာန်
နှလုံး သို့မဟုတ် အူ- 300 မီလီဂရမ်
ကလီစာ သို့မဟုတ် ဦးနှောက်: 240 မီလီဂရမ်
ကြွက်သား: 450 မီလီဂရမ်
အရိုး၊ ဆံပင် သို့မဟုတ် အရေပြား- 1g
● Arthropods-
အင်းဆက်များ : 6g
Crustacea: 300 မီလီဂရမ်
● သွေးတစ်ခုလုံး: 1 ပြွန်
● ဆဲလ်များ: ၁၀6 ဆဲလ်များ
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
ကွန်တိန်နာ- 2 ml centrifuge tube (Tin foil ကို မထောက်ခံပါ)
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း- အုပ်စု+ဥပမာ A1၊ A2၊ A3၊ B1, B2, B3 ။
တင်ပို့မှု-
1. ရေခဲခြောက်- နမူနာများကို အိတ်များတွင်ထုပ်ပိုးပြီး ရေခဲခြောက်ထဲတွင် မြှုပ်ထားရန် လိုအပ်သည်။
2. RNAstable tubes- RNA နမူနာများကို RNA stabilization tube (ဥပမာ RNAstable®) တွင် အခြောက်ခံပြီး အခန်းအပူချိန်တွင် တင်ပို့နိုင်ပါသည်။
Service Work Flow
Nucleotides-
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
Service Work Flow
တစ်ရှူး-
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
RNA ထုတ်ယူခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
● အကြမ်းထည်ဒေတာကို လုပ်ဆောင်ခြင်း။
● စာသားမှတ်တမ်း အထောက်အထား
● အစားထိုး ပေါင်းစည်းခြင်း။
● မျိုးရိုးဗီဇအဆင့်နှင့် isoform အဆင့်တွင် ဖော်ပြမှုပမာဏ
● ကွဲပြားသောအသုံးအနှုန်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● လုပ်ဆောင်ချက် မှတ်ချက်များနှင့် ကြွယ်ဝမှု (DEGs နှင့် DETs)
အစားထိုး ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု
အစားထိုး Polyadenylation ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း (APA)
lncRNA ခန့်မှန်းချက်
ဝတ္ထုမျိုးဗီဇ၏မှတ်ချက်
DET များ အစုလိုက်အပြုံလိုက်
DEGs ရှိ ပရိုတင်း-ပရိုတင်း ကွန်ရက်များ
BMKGene ၏ Nanopore ၏ အစအဆုံး mRNA စီစစ်ခြင်းဝန်ဆောင်မှုများမှ ပံ့ပိုးပေးထားသည့် တိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းလေ့လာပါ။
Gong, B. et al. (2023) 'Glioma ရှိ oncogene အဖြစ် secretory kinase FAM20C ၏ epigenetic နှင့် transcriptional activation'၊ Journal of Genetics and Genomics၊ 50(6)၊ စ. 422–433။ doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008။
သူ, Z. et al ။ (2023) IFN-γ ကို တုံ့ပြန်သော lymphocytes ၏ အရှည်ဆုံး စာသားမှတ်တမ်းကို စီစစ်ခြင်းသည် ငှက်ပျောဖူးတွင် Th1-skewed ခုခံအားတုံ့ပြန်မှုကို ပြသသည်'၊ Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636။
Ma, Y. et al ။ (2023) 'Nemopilema Nomurai အဆိပ်သတ်မှတ်ခြင်းအတွက် PacBio နှင့် ONT RNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာနည်းများကို နှိုင်းယှဉ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း'၊ Genomics၊ 115(6)၊ စ. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709။
Yu, D. et al ။ (2023) 'Nano-seq ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် hUMSC မှရရှိသော exosomes နှင့် microvesicles များအကြား မတူညီသောလုပ်ဆောင်နိုင်စွမ်းကိုပြသသည်'၊ Stem Cell Research and Therapy၊ 14(1)၊ စ. 1-13။ doi- 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6။
