● PE150 ဖြင့် Illumina NovaSeq ကို စီစစ်ခြင်း။
● ဝန်ဆောင်မှုသည် ဖော်မယ်လ်ဒီဟိုက်နှင့် ချိတ်ဆက်ကာ DNA-ပရိုတင်း အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှုကို ထိန်းသိမ်းရန်အတွက် ထုတ်ယူထားသော နျူကလိစ်အက်ဆစ်များအစား တစ်ရှူးနမူနာများ လိုအပ်သည်။
● Hi-C စမ်းသပ်မှုတွင် ဘိုင်အိုတင်ဖြင့် စေးကပ်နေသော စွန်းများကို ကန့်သတ်ချုပ်ချယ်ခြင်းနှင့် အဆုံးသတ်ခြင်းတို့ကို ပြုပြင်ခြင်း ပါ၀င်ပြီး အပြန်အလှန်ဆက်သွယ်မှုကို ထိန်းသိမ်းထားစဉ်တွင် ထွက်ပေါ်လာသော တုံးအစွန်းများကို အဝိုင်းလိုက်ပြုလုပ်ခြင်းဖြင့် ပါဝင်သည်။ ထို့နောက် DNA ကို streptavidin ပုတီးစေ့များဖြင့် ဆွဲထုတ်ပြီး နောက်ဆက်တွဲ စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုအတွက် သန့်စင်ပေးသည်။
Hi-C ၏ ခြုံငုံသုံးသပ်ချက်
(Lieberman-Aiden E et al.၊သိပ္ပံ၂၀၀၉)၊
●မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ လူဦးရေဒေတာ လိုအပ်ချက်ကို ဖယ်ရှားခြင်း-Hi-C သည် contig anchoring အတွက် လိုအပ်သော မရှိမဖြစ်အချက်အလက်များကို အစားထိုးသည်။
●မြင့်မားသောသိပ်သည်းဆ-90% အထက် contig anchoring ratio မြင့်မားစေသည်။
●ကျယ်ပြန့်သော ကျွမ်းကျင်မှုနှင့် ထုတ်ဝေမှုမှတ်တမ်းများ-BMKGene သည် မတူညီသောမျိုးစိတ် 1000 နှင့် အမျိုးမျိုးသော မူပိုင်ခွင့်များမှ Hi-C Genome Assembly ၏ အမှုပေါင်း 2000 ကျော်နှင့် အတွေ့အကြုံများစွာရှိသည်။ ထုတ်ဝေထားသော အမှုပေါင်း ၂၀၀ ကျော်သည် ၂၀၀၀ ကျော်အထိ စုစည်းသက်ရောက်မှု ရှိသည်။
●ကျွမ်းကျင်သော ဇီဝနည်းပညာအဖွဲ့Hi-C စမ်းသပ်မှုများနှင့် ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းအတွက် အိမ်တွင်းမူပိုင်ခွင့်များနှင့် ဆော့ဖ်ဝဲမူပိုင်ခွင့်များနှင့်အတူ၊ ကိုယ်တိုင်တီထွင်ထားသော မြင်ယောင်ပုံဖော်ခြင်းဒေတာဆော့ဖ်ဝဲသည် လူကိုယ်တိုင်ပိတ်ဆို့ခြင်း၊ ပြောင်းပြန်လှန်ခြင်း၊ ရုပ်သိမ်းခြင်းနှင့် ပြန်လည်လုပ်ဆောင်ခြင်းတို့ကို လုပ်ဆောင်နိုင်စေသည်။
●အရောင်းအပြီးပံ့ပိုးမှု-ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိကဝတ်သည် 3-လရောင်းပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူ ပရောဂျက်ပြီးစီးမှုထက် ကျော်လွန်ပါသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်း၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သည့် မည်သည့်မေးခွန်းများကိုမဆို ဖြေရှင်းရန်အတွက် ပရောဂျက်နောက်ဆက်တွဲ၊ ပြဿနာဖြေရှင်းခြင်းအကူအညီနှင့် အမေးအဖြေကဏ္ဍများကို ပေးဆောင်ပါသည်။
●ပြည့်စုံသောမှတ်ချက်: ကျွန်ုပ်တို့သည် မျိုးရိုးဗီဇများကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ထားသော ကွဲလွဲမှုများဖြင့် လုပ်ဆောင်နိုင်စေရန် မှတ်သားထားရန်နှင့် သုတေသနပရောဂျက်များစွာအတွက် ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများကို ပံ့ပိုးပေးကာ သက်ဆိုင်ရာ ကြွယ်ဝမှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို လုပ်ဆောင်ရန် ဒေတာဘေ့စ်အများအပြားကို ကျွန်ုပ်တို့ အသုံးပြုပါသည်။
| စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှု | Sequence ဗျူဟာ | အကြံပြုထားသော ဒေတာထုတ်ပေးမှု | အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု |
| Hi-C စာကြည့်တိုက် | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
| တစ်သျှူး | လိုအပ်သောပမာဏ |
| တိရစ္ဆာန်ကလီစာ | ≥ 2 ဂရမ် |
| တိရစ္ဆာန်ကြွက်သား | |
| နို့တိုက်သတ္တဝါသွေး | ≥ 2 mL |
| ကြက်/ငါးသွေး | |
| အပင်- လတ်ဆတ်သောအရွက် | ≥ 3 ဂရမ် |
| မွေးမြူထားသောဆဲလ်များ | ≥ 1x107 |
| အင်းဆက် | ≥ 2 ဂရမ် |
1) Raw data QC
2) Hi-C စာကြည့်တိုက် QC- မှန်ကန်သော Hi-C အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှုများကို ခန့်မှန်းခြင်း။
3) Hi-C စည်းဝေးပွဲ- အုပ်စုများအတွင်း contigs အစုလိုက်အပြုံလိုက်၊ အုပ်စုတစ်ခုစီအတွင်း contig အမိန့်ပေးခြင်းနှင့် contig orientation တို့ကို သတ်မှတ်ပေးခြင်းဖြင့်၊
4) Hi-C အကဲဖြတ်ခြင်း။
Hi-C Library QC – Hi-C မှန်ကန်သော အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှုအတွဲများကို ခန့်မှန်းခြင်း။
Hi-C စည်းဝေးပွဲ - စာရင်းဇယား
စုဝေးပြီးနောက် အကဲဖြတ်ခြင်း - bins များကြားရှိ signal intensity ၏ အပူမြေပုံ
BMKGene ၏ Hi-C စည်းဝေးပွဲဝန်ဆောင်မှုများက စုစည်းထားသော ပုံနှိပ်ထုတ်ဝေမှုများမှတစ်ဆင့် ပံ့ပိုးပေးထားသည့် တိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းပါ။
Tian, T. et al. (2023) 'ထင်ရှားသောမိုးခေါင်ရေရှားခံနိုင်ရည်ရှိသောပြောင်းဖူး၏မျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိပ်ဖြာခြင်း'၊ Nature Genetics 2023 55:3၊ 55(3)၊ စ. 496–506။ doi: 10.1038/s41588-023-01297-y။
Wang, ZL et al ။ (2020) 'Asian Honeybee Apis cerana Genome' ၏ Chromosome-Scale Assembly'၊ Frontiers in Genetics၊ 11၊ စ. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX။
Zhang, F. et al. (2023) 'Solanaceae မိသားစုရှိ ဂျီနိုမ်နှစ်ခုကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဖြင့် tropane alkaloid biosynthesis ၏ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ကို ထုတ်ဖော်ပြသခြင်း'၊ Nature Communications 2023 14:1၊ 14(1)၊ စ. 1-18။ doi: 10.1038/s41467-023-37133-4။
Zhang, X. et al. (2020) 'ညောင်ပင်၏မျိုးရိုးဗီဇနှင့် ဝတ်မှုန်ကူးသူ ဖားကောင်သည် သင်္ဘောသဖန်းကောင်၏ အသွင်အပြင်ကို ထိုးထွင်းသိမြင်စေသည်'၊ ဆဲလ်၊ 183(4)၊ စစ. 875-889.e17။ doi- 10.1016/J.CELL.2020.09.043