条形banner-၀၃

ထုတ်ကုန်များ

Hi-C အခြေခံ Genome Assembly

图片၄၀

Hi-C သည် probing proximity-based interactions နှင့် high-throughput sequencing တို့ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် ခရိုမိုဆုန်းဖွဲ့စည်းပုံကို ဖမ်းယူရန် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသော နည်းလမ်းတစ်ခုဖြစ်သည်။ အဆိုပါ အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှုများ၏ ပြင်းထန်မှုသည် ခရိုမိုဆုန်းရှိ ရုပ်ပိုင်းဆိုင်ရာအကွာအဝေးနှင့် အဆိုးဘက်ဆက်စပ်နေသည်ဟု ယူဆရသည်။ ထို့ကြောင့်၊ Hi-C ဒေတာကို မူကြမ်းဂျီနိုမ်တစ်ခုတွင် စုစည်းထားသော အစုအဝေးများ၏ အစုအဝေးများ၊ စီစဥ်ခြင်းနှင့် ဦးတည်ခြင်းတို့ကို လမ်းညွှန်ရန်နှင့် ၎င်းတို့ကို အချို့သောခရိုမိုဆုန်းအများအပြားတွင် စုစည်းထားရန် အသုံးပြုသည်။ ဤနည်းပညာသည် လူဦးရေအခြေခံမျိုးရိုးဗီဇမြေပုံမရှိခြင်းကြောင့် ခရိုမိုဆုန်းအဆင့် ဂျီနိုမ်စုဝေးမှုကို အားကောင်းစေသည်။ ဂျီနိုမ်တစ်ခုစီတိုင်းတွင် Hi-C လိုအပ်သည်။


ဝန်ဆောင်မှုအသေးစိတ်

ဇီဝအချက်အလက်

သရုပ်ပြရလဒ်များ

အထူးအသားပေးစာစောင်များ

ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ

● PE150 ဖြင့် Illumina NovaSeq ကို စီစစ်ခြင်း။

● ဝန်ဆောင်မှုသည် ဖော်မယ်လ်ဒီဟိုက်နှင့် ချိတ်ဆက်ကာ DNA-ပရိုတင်း အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှုကို ထိန်းသိမ်းရန်အတွက် ထုတ်ယူထားသော နျူကလိစ်အက်ဆစ်များအစား တစ်ရှူးနမူနာများ လိုအပ်သည်။

● Hi-C စမ်းသပ်မှုတွင် ဘိုင်အိုတင်ဖြင့် စေးကပ်နေသော စွန်းများကို ကန့်သတ်ချုပ်ချယ်ခြင်းနှင့် အဆုံးသတ်ခြင်းတို့ကို ပြုပြင်ခြင်း ပါ၀င်ပြီး အပြန်အလှန်ဆက်သွယ်မှုကို ထိန်းသိမ်းထားစဉ်တွင် ထွက်ပေါ်လာသော တုံးအစွန်းများကို အဝိုင်းလိုက်ပြုလုပ်ခြင်းဖြင့် ပါဝင်သည်။ ထို့နောက် DNA ကို streptavidin ပုတီးစေ့များဖြင့် ဆွဲထုတ်ပြီး နောက်ဆက်တွဲ စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုအတွက် သန့်စင်ပေးသည်။

ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ

1Principle-of-Hi-C-sequencing

Hi-C ၏ ခြုံငုံသုံးသပ်ချက်
(Lieberman-Aiden E et al.၊သိပ္ပံ၂၀၀၉)၊

မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ လူဦးရေဒေတာ လိုအပ်ချက်ကို ဖယ်ရှားခြင်း-Hi-C သည် contig anchoring အတွက် လိုအပ်သော မရှိမဖြစ်အချက်အလက်များကို အစားထိုးသည်။

မြင့်မားသောသိပ်သည်းဆ-90% အထက် contig anchoring ratio မြင့်မားစေသည်။

ကျယ်ပြန့်သော ကျွမ်းကျင်မှုနှင့် ထုတ်ဝေမှုမှတ်တမ်းများ-BMKGene သည် မတူညီသောမျိုးစိတ် 1000 နှင့် အမျိုးမျိုးသော မူပိုင်ခွင့်များမှ Hi-C Genome Assembly ၏ အမှုပေါင်း 2000 ကျော်နှင့် အတွေ့အကြုံများစွာရှိသည်။ ထုတ်ဝေထားသော အမှုပေါင်း ၂၀၀ ကျော်သည် ၂၀၀၀ ကျော်အထိ စုစည်းသက်ရောက်မှု ရှိသည်။

ကျွမ်းကျင်သော ဇီဝနည်းပညာအဖွဲ့Hi-C စမ်းသပ်မှုများနှင့် ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းအတွက် အိမ်တွင်းမူပိုင်ခွင့်များနှင့် ဆော့ဖ်ဝဲမူပိုင်ခွင့်များနှင့်အတူ၊ ကိုယ်တိုင်တီထွင်ထားသော မြင်ယောင်ပုံဖော်ခြင်းဒေတာဆော့ဖ်ဝဲသည် လူကိုယ်တိုင်ပိတ်ဆို့ခြင်း၊ ပြောင်းပြန်လှန်ခြင်း၊ ရုပ်သိမ်းခြင်းနှင့် ပြန်လည်လုပ်ဆောင်ခြင်းတို့ကို လုပ်ဆောင်နိုင်စေသည်။

အရောင်းအပြီးပံ့ပိုးမှု-ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိကဝတ်သည် 3-လရောင်းပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူ ပရောဂျက်ပြီးစီးမှုထက် ကျော်လွန်ပါသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်း၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သည့် မည်သည့်မေးခွန်းများကိုမဆို ဖြေရှင်းရန်အတွက် ပရောဂျက်နောက်ဆက်တွဲ၊ ပြဿနာဖြေရှင်းခြင်းအကူအညီနှင့် အမေးအဖြေကဏ္ဍများကို ပေးဆောင်ပါသည်။

ပြည့်စုံသောမှတ်ချက်: ကျွန်ုပ်တို့သည် မျိုးရိုးဗီဇများကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ထားသော ကွဲလွဲမှုများဖြင့် လုပ်ဆောင်နိုင်စေရန် မှတ်သားထားရန်နှင့် သုတေသနပရောဂျက်များစွာအတွက် ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများကို ပံ့ပိုးပေးကာ သက်ဆိုင်ရာ ကြွယ်ဝမှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို လုပ်ဆောင်ရန် ဒေတာဘေ့စ်အများအပြားကို ကျွန်ုပ်တို့ အသုံးပြုပါသည်။

ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ

စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှု

Sequence ဗျူဟာ

အကြံပြုထားသော ဒေတာထုတ်ပေးမှု

အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု

Hi-C စာကြည့်တိုက်

Illumina NovaSeq PE150

100x

Q30 ≥ 85%

နမူနာလိုအပ်ချက်များ

တစ်သျှူး

လိုအပ်သောပမာဏ

တိရစ္ဆာန်ကလီစာ

≥ 2 ဂရမ်

တိရစ္ဆာန်ကြွက်သား

နို့တိုက်သတ္တဝါသွေး

≥ 2 mL

ကြက်/ငါးသွေး

အပင်- လတ်ဆတ်သောအရွက်

≥ 3 ဂရမ်

မွေးမြူထားသောဆဲလ်များ

≥ 1x107

အင်းဆက်

≥ 2 ဂရမ်

Service Work Flow

နမူနာ QC

စမ်းသပ်ထားတာ

နမူနာပေးပို့ခြင်း။

နမူနာပေးပို့ခြင်း။

စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်ခြင်း။

စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး

Sequencing

Sequencing

ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ

ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ


  • ယခင်-
  • နောက်တစ်ခု:

  • 流程图羽莹-၀၁

    1) Raw data QC

    2) Hi-C စာကြည့်တိုက် QC- မှန်ကန်သော Hi-C အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှုများကို ခန့်မှန်းခြင်း။

    3) Hi-C စည်းဝေးပွဲ- အုပ်စုများအတွင်း contigs အစုလိုက်အပြုံလိုက်၊ အုပ်စုတစ်ခုစီအတွင်း contig အမိန့်ပေးခြင်းနှင့် contig orientation တို့ကို သတ်မှတ်ပေးခြင်းဖြင့်၊

    4) Hi-C အကဲဖြတ်ခြင်း။

    Hi-C Library QC – Hi-C မှန်ကန်သော အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှုအတွဲများကို ခန့်မှန်းခြင်း။

     

    图片၄၁

     

    Hi-C စည်းဝေးပွဲ - စာရင်းဇယား

     

    图片၄၂

    စုဝေးပြီးနောက် အကဲဖြတ်ခြင်း - bins များကြားရှိ signal intensity ၏ အပူမြေပုံ

     

    图片၄၃

    BMKGene ၏ Hi-C စည်းဝေးပွဲဝန်ဆောင်မှုများက စုစည်းထားသော ပုံနှိပ်ထုတ်ဝေမှုများမှတစ်ဆင့် ပံ့ပိုးပေးထားသည့် တိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းပါ။

    Tian, ​​T. et al. (2023) 'ထင်ရှားသောမိုးခေါင်ရေရှားခံနိုင်ရည်ရှိသောပြောင်းဖူး၏မျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိပ်ဖြာခြင်း'၊ Nature Genetics 2023 55:3၊ 55(3)၊ စ. 496–506။ doi: 10.1038/s41588-023-01297-y။

    Wang, ZL et al ။ (2020) 'Asian Honeybee Apis cerana Genome' ၏ Chromosome-Scale Assembly'၊ Frontiers in Genetics၊ 11၊ စ. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX။

    Zhang, F. et al. (2023) 'Solanaceae မိသားစုရှိ ဂျီနိုမ်နှစ်ခုကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဖြင့် tropane alkaloid biosynthesis ၏ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ကို ထုတ်ဖော်ပြသခြင်း'၊ Nature Communications 2023 14:1၊ 14(1)၊ စ. 1-18။ doi: 10.1038/s41467-023-37133-4။

    Zhang, X. et al. (2020) 'ညောင်ပင်၏မျိုးရိုးဗီဇနှင့် ဝတ်မှုန်ကူးသူ ဖားကောင်သည် သင်္ဘောသဖန်းကောင်၏ အသွင်အပြင်ကို ထိုးထွင်းသိမြင်စေသည်'၊ ဆဲလ်၊ 183(4)၊ စစ. 875-889.e17။ doi- 10.1016/J.CELL.2020.09.043

    ကိုးကားရယူပါ။

    သင့်စာကို ဤနေရာတွင် ရေးပြီး ကျွန်ုပ်တို့ထံ ပေးပို့ပါ။

    သင့်ထံ မက်ဆေ့ချ်ပို့ပါ-