Metatranscriptome Sequencing
ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ
● rRNA လျော့နည်းသွားခြင်းနောက်တွင် လမ်းညွှန်ထားသော mRNA စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှု။
● Illumina NovaSeq တွင် စီစစ်ခြင်း။
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
●ရှုပ်ထွေးသော အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများ၏ အပြောင်းအလဲများကို လေ့လာပါ-၎င်းသည် ကူးယူဖော်ပြသည့်အဆင့်တွင် ဖြစ်ပေါ်ပြီး အလားအလာရှိသော မျိုးဗီဇအသစ်များကို ရှာဖွေပါ။
●အိမ်ရှင် သို့မဟုတ် ပတ်ဝန်းကျင်နှင့် အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်း အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှုများကို ရှင်းပြခြင်း။
●ပြည့်စုံသော Bioinformatic Analysis: ၎င်းသည် ရပ်ရွာအခွန်စည်းကြပ်မှုနှင့် လုပ်ငန်းဆိုင်ရာ ပေါင်းစပ်မှုများအပြင် ကွဲပြားသော မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းအမြင်များကို ပေးပါသည်။
●ကျယ်ပြန့်သော မျိုးရိုးဗီဇ မှတ်ချက်-အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများ၏ သတင်းအချက်အလက်ဆိုင်ရာ မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုဆိုင်ရာ အချက်အလက်များအတွက် နောက်ဆုံးပေါ် ဗီဇလုပ်ဆောင်မှုဒေတာဘေ့စ်များကို အသုံးပြုခြင်း။
●အရောင်းအပြီး ပံ့ပိုးမှု-ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိကဝတ်သည် 3-လရောင်းပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူ ပရောဂျက်ပြီးစီးမှုထက် ကျော်လွန်ပါသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်း၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သည့် မည်သည့်မေးခွန်းများကိုမဆို ဖြေရှင်းရန်အတွက် ပရောဂျက်နောက်ဆက်တွဲ၊ ပြဿနာဖြေရှင်းခြင်းအကူအညီနှင့် အမေးအဖြေကဏ္ဍများကို ပေးဆောင်ပါသည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| Sequencing platform | Sequencing ဗျူဟာ | ဒေတာအကြံပြုထားသည်။ | ဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12Gb | Q30≥85% |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ
| အာရုံစူးစိုက်မှု (ng/µL) | စုစုပေါင်းပမာဏ (µg) | ပမာဏ (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1.0 | ≥20 | ၁.၈-၂.၀ | ၁.၀-၂.၅ | ≥6.5 |
Service Work Flow
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
အောက်ပါ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပါဝင်သည်-
● ဒေတာအရည်အသွေး ထိန်းချုပ်မှုကို စီစစ်ခြင်း။
● စာသားညီလာခံ
● Taxonomic Annotation နှင့် ကြွယ်ဝမှု
● Functional Annotation နှင့် ကြွယ်ဝမှု
● Expression Quantification နှင့် Differential Analysis
နမူနာတစ်ခုစီ၏ အဘိဓာန်ခွဲဝေမှု-
ဘီတာ ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု- UPGMA
လုပ်ဆောင်နိုင်သော မှတ်စာများ – GO များပြားခြင်း။
ကွဲပြားသော အစုအပုံလိုက် များပြားခြင်း - LEFSE
BMKGene ၏ metatranscriptomics sequencing ဝန်ဆောင်မှုများက စုစည်းထားသော ပုံနှိပ်ထုတ်ဝေမှုများမှတဆင့် ပံ့ပိုးပေးထားသည့် တိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းပါ။
Lu, Z. et al. (2023) 'Bacteroidales ၏ နို့ရည်ကို အသုံးပြုသည့် ဘက်တီးရီးယားများ၏ အက်ဆစ်ခံနိုင်ရည်သည် ဆိတ်များတွင် ruminal acidosis ကို ကာကွယ်ရန် အထောက်အကူဖြစ်စေသည်'၊တိရစ္ဆာန်အာဟာရ၊ ၁၄၊ စ၊ ၁၃၀–၁၄၀။ doi- 10.1016/J.ANINU.2023.05.006။
သီချင်း၊ Z. et al. (2017) 'ရိုးရာအစိုင်အခဲ-စတိတ်စော်ဖောက်ခြင်းတွင် core functional microbiota ကို မြင့်မားစွာဖြတ်၍ရသော amplicons နှင့် metatranscriptomics sequencing'၊အဏုဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ နယ်ခြားများ၊ ၈(ဇူလိုင်)။ doi- 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL။
Wang, W. et al. (2022) 'Phytopathogenic Alternaria Fungus ၏ Metatranscriptomics စစ်တမ်းမှ တွေ့ရှိသော Novel Mycoviruses'၊ဗိုင်းရပ်စ်များ, 14(11), p. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1။
ဝေ, ဂျေ et al ။ (2022) 'Parallel metatranscriptome ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်သည် ပိုးမွှားများနှင့် ၎င်းတို့၏ အူလမ်းကြောင်းဆိုင်ရာ ပေါင်းစပ်ပါဝင်မှုများကြောင့် အပင်ဆင့်ပွား metabolites များ၏ ပျက်စီးယိုယွင်းမှုကို ဖော်ပြသည်'၊မော်လီကျူး ဂေဟဗေဒ၊ ၃၁(၁၅)၊စ။ ၃၉၉၉–၄၀၁၆။ doi- 10.1111/MEC.16557။
