mRNA-seq (NGS) – De novo

mRNA sequencing သည် ဆဲလ်များရှိ mRNA transcripts အားလုံးကို သတ်မှတ်ထားသော အခြေအနေများအောက်တွင် profiling လုပ်ခွင့်ပြုပြီး သုတေသနနယ်ပယ်အမျိုးမျိုးတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်အသုံးပြုသော နည်းပညာတစ်ခုဖြစ်သည်။ BMKCloud De novo mRNA-seq pipeline ကို reference genome မရရှိနိုင်သည့်အခါ poly-A ကြွယ်ဝသော sequencing libraries များကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည်။ pipeline သည် quality control ဖြင့်စတင်ပြီး ထို့နောက်ဒီနိုဗိုtranscript assembly နှင့် unigene set selection။ unigene structure analysis သည် coding sequence (CDS) နှင့် simple sequence repeats (SSR) ကို ခန့်မှန်းသည်။ ထို့နောက်၊ differential expression analysis သည် စမ်းသပ်ထားသော အခြေအနေများကြားတွင် differentially expressed genes (DEGs) များကို ရှာဖွေပြီးနောက်၊ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ အသိအမြင်များကို ထုတ်ယူရန် functional annotation နှင့် DEGs များ၏ enrichment ပြုလုပ်သည်။