အသေးစား RNA အစီအစဉ်ချခြင်း-Illumina
အင်္ဂါရပ်များ
● အရွယ်အစား ရွေးချယ်မှု စာကြည့်တိုက် ပြင်ဆင်မှု။
● miRNA ခန့်မှန်းချက်နှင့် ပစ်မှတ်များကို အခြေခံသည့် ဇီဝသတင်းအချက်အလက် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု။
ဝန်ဆောင်မှုအားသာချက်များ
●ကျယ်ပြန့်သောကျွမ်းကျင်မှုကျွန်ုပ်တို့သည် မတူညီသော နမူနာအမျိုးအစားများ අතරණයသော နမူနာ ၃၀၀ ကျော်ကို စီမံဆောင်ရွက်ခဲ့ပါသည်။ ကျွန်ုပ်တို့သည် ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် ကြွယ်ဝသောကျွမ်းကျင်မှုကို ယူဆောင်လာပါသည်။
●တင်းကျပ်သော အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှုနမူနာပြင်ဆင်မှုမှစ၍ စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှု၊ အစီအစဉ်ရှာဖွေခြင်းနှင့် ဇီဝသတင်းအချက်အလက်ပညာအထိ အဆင့်အားလုံးတွင် အဓိကထိန်းချုပ်မှုအချက်များကို ကျွန်ုပ်တို့ အကောင်အထည်ဖော်ပါသည်။ ကျွန်ုပ်တို့၏ ဂရုတစိုက် စောင့်ကြည့်ခြင်းသည် အရည်အသွေးမြင့်ရလဒ်များကို တသမတ်တည်း ရရှိစေပါသည်။
●ပြည့်စုံသော ဇီဝသတင်းအချက်အလက်ဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု-၎င်းသည် လူသိများသော နှင့် အသစ်စက်စက် miRNA နှစ်မျိုးလုံးကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း၊ miRNA ပစ်မှတ်များကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းနှင့် ဒေတာဘေ့စ်များစွာ (KEGG၊ GO) ဖြင့် သက်ဆိုင်ရာ လုပ်ဆောင်ချက်ဆိုင်ရာ မှတ်ချက်ပေးခြင်း နှင့် ကြွယ်ဝစေခြင်းတို့ကို ပြုလုပ်နိုင်စေပါသည်။
●ရောင်းချပြီးနောက် ပံ့ပိုးမှု: ကျွန်ုပ်တို့ဟာ လက်ရှိအခြေအနေမှာ ရှိနေဖို့ ဘယ်လောက်အရေးကြီးတယ်ဆိုတာ နားလည်ပါတယ်၊ ဒါကြောင့် ကျွန်ုပ်တို့ရဲ့ ကတိကဝတ်ဟာ ရောင်းချပြီးနောက် ၃ လ ဝန်ဆောင်မှုကာလနဲ့ ပရောဂျက်ပြီးစီးမှုထက် ကျော်လွန်ပါတယ်။ ဒီအချိန်အတောအတွင်းမှာ ပရောဂျက်နောက်ဆက်တွဲ၊ ပြဿနာရှာဖွေဖြေရှင်းရေး အကူအညီနဲ့ ရလဒ်တွေနဲ့ ဆက်စပ်တဲ့ မေးမြန်းချက်တွေကို ဖြေရှင်းဖို့ မေးခွန်းတွေနဲ့ အဖြေပေးကဏ္ဍတွေကို ပေးပါတယ်။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပို့ဆောင်ခြင်း
| စာကြည့်တိုက် | ပလက်ဖောင်း | အကြံပြုထားသော ဒေတာ | ဒေတာ အရည်အသွေးစစ်ဆေးရေး |
| ရွေးချယ်ထားသော အရွယ်အစား | အီလူမီနာ SE50 | ၁၀ သန်းမှ ၂၀ သန်းအထိ ဖတ်ရှုမှုများ | Q30≥85% |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
နျူကလီယိုတိုက်များ:
| ကွန်ကရစ် (ng/μl) | ပမာဏ (μg) | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်မှု | သမာဓိရှိမှု |
| ၈၀ ထက် ကျော်လွန် | ≥ ၀.၈ | OD၂၆၀/၂၈၀=၁.၇-၂.၅ OD၂၆၀/၂၃၀=၀.၅-၂.၅ ဂျယ်ပေါ်တွင် ပရိုတင်း သို့မဟုတ် DNA ညစ်ညမ်းမှု အကန့်အသတ်ရှိသည် သို့မဟုတ် လုံးဝမပြထားပါ။ | RIN≥6.0; ၅.၀≥၂၈S/၁၈S≥၁.၀; အခြေခံအမြင့် အကန့်အသတ်ရှိသည် သို့မဟုတ် မရှိပါ |
● အပင်များ
အမြစ်၊ ပင်စည် သို့မဟုတ် ပွင့်ချပ်: ၄၅၀ မီလီဂရမ်
အရွက် သို့မဟုတ် အစေ့: ၃၀၀ မီလီဂရမ်
အသီး: ၁.၂ ဂရမ်
● တိရစ္ဆာန်
နှလုံး သို့မဟုတ် အူလမ်းကြောင်း: ၄၅၀ မီလီဂရမ်
ဦးနှောက် သို့မဟုတ် ကိုယ်တွင်းအင်္ဂါ: ၂၄၀ မီလီဂရမ်
ကြွက်သား: ၆၀၀ မီလီဂရမ်
အရိုး၊ ဆံပင် သို့မဟုတ် အရေပြား: 1.5 ဂရမ်
● သစ်သားပင့်ကူများ
အင်းဆက်ပိုးမွှားများ: ၉ ဂရမ်
ခရုခွံမာရေသတ္တဝါ: ၄၅၀ မီလီဂရမ်
● သွေးအပြည့်ပြွန် ၂ ခု
● ဆဲလ်များ 106 ဆဲလ်များ
● သွေးရည်ကြည်နှင့် ပလာစမာ၆ မီလီလီတာ
အကြံပြုထားသော နမူနာပို့ဆောင်မှု
ကွန်တိန်နာ- ၂ မီလီလီတာ စင်ထရီဖျျု့ပြွန် (သံသတ္တုပြားကို မအသုံးပြုရန် အကြံပြုထားသည်)
နမူနာ အညွှန်းတပ်ခြင်း- အုပ်စု+ပုံတူကူးခြင်း ဥပမာ A1၊ A2၊ A3; B1၊ B2၊ B3။
ပို့ဆောင်မှု-
၁။ ခြောက်သွေ့သောရေခဲ- နမူနာများကို အိတ်များထဲတွင်ထုပ်ပိုးပြီး ခြောက်သွေ့သောရေခဲထဲတွင်မြှုပ်နှံရန်လိုအပ်သည်။
၂။ RNAတည်ငြိမ်သောပြွန်များ- RNA နမူနာများကို RNAတည်ငြိမ်စေသောပြွန် (ဥပမာ RNAstable®) တွင် အခြောက်ခံပြီး အခန်းအပူချိန်တွင် ပို့ဆောင်နိုင်သည်။
ဝန်ဆောင်မှုလုပ်ငန်းစီးဆင်းမှု
စမ်းသပ်ချက်ဒီဇိုင်း
နမူနာပို့ဆောင်ခြင်း
RNA ထုတ်ယူခြင်း
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ခြင်း
အစီအစဉ်ချခြင်း
ဒေတာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
ဇီဝသတင်းအချက်အလက်ပညာ
● ကုန်ကြမ်းဒေတာ အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
● RNA အသေးစားခွဲခြားမှု
● miRNA ဖော်ပြချက်နှင့် ကွဲပြားသော ဖော်ပြချက် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း
● miRNA ပစ်မှတ်ဂျင်းနှင့် ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော miRNA ပစ်မှတ်ဂျင်းမှတ်ချက်
● ပစ်မှတ် မျိုးရိုးဗီဇ မှတ်ချက်ပေးခြင်းနှင့် ကွဲပြားစွာ ဖော်ပြထားသော miRNA မျိုးရိုးဗီဇ လုပ်ဆောင်ချက် ကြွယ်ဝစေခြင်း
miRNA ကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း- ဖွဲ့စည်းပုံနှင့် အနက်
miRNA ၏ ကွဲပြားသော ဖော်ပြချက် – အဆင့်ဆင့် clustering
ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော miRNA များ၏ပစ်မှတ်၏ လုပ်ဆောင်ချက်ဆိုင်ရာမှတ်ချက်
BMKGene ၏ sRNA sequencing ဝန်ဆောင်မှုများမှ အထောက်အကူပြုသည့် သုတေသနတိုးတက်မှုများကို စုစည်းထားသော စာစောင်များမှတစ်ဆင့် စူးစမ်းလေ့လာပါ။
Chen၊ H. et al. (၂၀၂၃) 'Panax notoginseng တွင် ဗိုင်းရပ်စ်ကူးစက်မှုများသည် saponin ဇီဝပေါင်းစပ်မှုနှင့် photosynthesis ကို ဟန့်တားသည်'၊အပင်ဇီဝကမ္မဗေဒနှင့်ဇီဝဓာတုဗေဒ, ၂၀၃၊ စာ- ၁၀၈၀၃၈။ doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038။
Li, H. et al. (2023) ' အပင် FYVE ဒိုမိန်းပါဝင်သော ပရိုတိန်း FREE1 သည် miRNA ဇီဝဖြစ်စဉ်ကို နှိမ်နင်းရန် မိုက်ခရိုပရိုဆက်ဆာ အစိတ်အပိုင်းများနှင့် ချိတ်ဆက်သည်'၊EMBO အစီရင်ခံစာများ၊ ၂၄(၁)။ doi- 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF။
Yu, J. et al. (၂၀၂၃) 'MicroRNA Ame-Bantam-3p သည် ပျားမျိုးစိတ် Apis mellifera ရှိ Multiple Epidermal Growth Factor-like Domains 8 Gene (megf8) ကို ပစ်မှတ်ထားခြင်းဖြင့် လောင်းဥဖွံ့ဖြိုးမှုကို ထိန်းချုပ်သည်'၊မော်လီကျူးသိပ္ပံဆိုင်ရာ နိုင်ငံတကာဂျာနယ်, 24(6), p. 5726။ doi: 10.3390/IJMS24065726/S1။
Zhang၊ M. et al. (၂၀၁၈) 'အသားအရည်အသွေးနှင့် ဆက်စပ်နေသော MiRNA နှင့် မျိုးဗီဇများကို ပေါင်းစပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအရ Gga-MiR-140-5p သည် ကြက်များတွင် ကြွက်သားအတွင်း အဆီစုပုံမှုကို သက်ရောက်မှုရှိကြောင်း ဖော်ပြသည်။'ဆဲလ်ဇီဝကမ္မဗေဒနှင့်ဇီဝဓာတုဗေဒ၊ ၄၆(၆)၊စ။ ၂၄၂၁–၂၄၃၃။ doi: 10.1159/000489649။
