BMKCloud Log in
条形banner-၀၃

ထုတ်ကုန်များ

Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)

High-throughput genotyping၊ အထူးသဖြင့် ကြီးမားသောလူဦးရေတွင်၊ သည် မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဆက်စပ်လေ့လာမှုများအတွက် အခြေခံအဆင့်ဖြစ်ပြီး၊ လုပ်ငန်းလုပ်ဆောင်နိုင်သော ဗီဇရှာဖွေမှု၊ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုစသည်တို့အတွက် မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။ နက်နဲသော ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ပြန်လည် sequencing အစား၊ ကိုယ်စားပြုမှု လျှော့ချထားသော ဂျီနိုမ်ဆင့်ကဲခြင်း (RRGS မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားရှာဖွေတွေ့ရှိမှုတွင် ကျိုးကြောင်းဆီလျော်သော စွမ်းဆောင်ရည်ကို ထိန်းသိမ်းထားစဉ် နမူနာတစ်ခုလျှင် စီတန်းခြင်းကုန်ကျစရိတ်ကို လျှော့ချရန် ) ကို မိတ်ဆက်ပေးခဲ့သည်။လျှော့ချထားသော ကိုယ်စားပြုစာကြည့်တိုက် (RRL) ဟု အမည်ပေးထားသည့် အရွယ်အစားအပိုင်းအခြားအတွင်း ကန့်သတ်ချက်အပိုင်းအစကို ထုတ်ယူခြင်းဖြင့် ၎င်းကို အများအားဖြင့် ရရှိနိုင်သည်။Specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-Seq) သည် SNP genotyping အတွက် သို့မဟုတ် ကိုးကားထားသော ဂျီနိုမ်မပါဘဲ ကိုယ်တိုင်ဖန်တီးထားသော နည်းဗျူဟာတစ်ခုဖြစ်သည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း


ဝန်ဆောင်မှုအသေးစိတ်

သရုပ်ပြရလဒ်များ

အသားပေးထုတ်ဝေမှုများ

ဝန်ဆောင်မှုအသေးစိတ်

နည်းပညာပိုင်းဆိုင်ရာအစီအစဉ်

၁၁၁

လုပ်ငန်းအသွားအလာ

流程图

ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ

မြင့်မားသော အမှတ်အသား ရှာဖွေတွေ့ရှိမှု ထိရောက်မှု- High-throughput sequencing technology သည် SLAF-Seq သည် genome တစ်ခုလုံးအတွင်း tags ထောင်ပေါင်းများစွာကို ရှာဖွေတွေ့ရှိရန် ကူညီပေးသည်။

ဂျီနိုအာအပေါ် မှီခိုမှုနည်းသည်။- ၎င်းကိုရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်ဖြင့်ဖြစ်စေ သို့မဟုတ် မပါဘဲ မျိုးစိတ်များတွင် အသုံးချနိုင်သည်။

Flexible scheme ဒီဇိုင်း- Single-enzyme၊ dual-enzyme၊ multi-enzyme အစာခြေခြင်းနှင့် အမျိုးမျိုးသော အင်ဇိုင်းအမျိုးအစားများ အားလုံးသည် မတူညီသော သုတေသနပန်းတိုင် သို့မဟုတ် မျိုးစိတ်များကို ဖြည့်ဆည်းပေးရန်အတွက် ရွေးချယ်နိုင်ပါသည်။ဆီလီကိုတွင် အကြိုအကဲဖြတ်ခြင်းသည် အကောင်းဆုံး အင်ဇိုင်းဒီဇိုင်းကို သေချာစေရန် အသုံးပြုပါသည်။

ထိရောက်သော enzymatic အစာခြေခြင်း။- တရားဝင်စမ်းသပ်မှုကို တည်ငြိမ်စေပြီး ယုံကြည်စိတ်ချရသော အခြေအနေများကို အကောင်းဆုံးဖြစ်အောင် ပြုလုပ်ရန် အကြိုစမ်းသပ်မှုကို လုပ်ဆောင်ခဲ့ပါသည်။အပိုင်းအစများ စုဆောင်းမှု ထိရောက်မှု 95% ကျော် ရရှိနိုင်သည်။

SLAF တဂ်များကို အညီအမျှ ဖြန့်ဝေသည်။- SLAF တဂ်များကို ခရိုမိုဆုန်းအားလုံးတွင် အညီအမျှ ဖြန့်ဝေထားပြီး ပျမ်းမျှ 1 SLAF 4 kb လျှင် ရရှိသည်။

ထပ်ခါထပ်ခါ ရှောင်ရှားခြင်းတို့ကို ထိရောက်စွာ ရှောင်ကြဉ်ပါ။- SLAF-Seq ဒေတာရှိ ထပ်တလဲလဲအစီအစဥ်ကို အထူးသဖြင့် ဂျုံ၊ ပြောင်းစသည်ဖြင့် ထပ်တလဲလဲအဆင့်မြင့်သောမျိုးစိတ်များတွင် 5% အောက်သို့ လျှော့ချထားသည်။

ကျယ်ပြန့်သောအတွေ့အကြုံ- အပင်များ၊ နို့တိုက်သတ္တဝါများ၊ ငှက်များ၊ အင်းဆက်များ၊ ရေနေသတ္တဝါများ စသည်တို့ကို ဖုံးအုပ်ထားသော မျိုးစိတ်ရာပေါင်းများစွာအတွက် SLAF-Seq ပရောဂျက်ပေါင်း 2000 ကျော်ကို ပိတ်ထားသည်။

ကိုယ်တိုင်တီထွင်ထားသော bioinformatic အလုပ်အသွားအလာ- SLAF-Seq အတွက် ပေါင်းစပ် bioinformatic workflow ကို BMKGENE မှ နောက်ဆုံးထွက်ရှိမှု၏ ယုံကြည်စိတ်ချရမှုနှင့် တိကျမှုကို သေချာစေရန် တီထွင်ခဲ့သည်။

 

ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ

 

ပလပ်ဖောင်း

Conc.(ng/gl)

စုစုပေါင်း (ug)

OD260/280

Illumina NovaSeq

> ၃5

>၁.၆(အတွဲ>၁၅μl)

၁.၆-၂.၅

မှတ်ချက်- အင်ဇိုင်းသုံးမျိုးပါသည့် နမူနာသုံးခုစီကို အကြိုစမ်းသပ်မှုအတွက် လုပ်ဆောင်မည်ဖြစ်သည်။

Sequencing Strategy ကို အကြံပြုထားသည်။

Sequencing အတိမ်အနက်- 10X/Tag

Genome အရွယ်အစား

SLAF တဂ်များကို အကြံပြုထားသည်။

< 500 Mb

100K သို့မဟုတ် WGS

500 Mb- 1 Gb

၁၀၀ ကျပ်

1 Gb -2 Gb

၂၀၀ ကျပ်

ကြီးမားသော သို့မဟုတ် ရှုပ်ထွေးသော ဂျီနိုမ်များ

300 - 400K

 

လျှောက်လွှာများ

 

အကြံပြုသည်။

လူဦးရေစကေး

 

ဗျူဟာနှင့် နက်နဲမှုတို့ကို စီစစ်ခြင်း။

 

အတိမ်အနက်

 

Tag နံပါတ်

 

GWAS

 

နမူနာနံပါတ် ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

အရ

ဂျီနိုဆိုဒ်အရွယ်အစား

 

မျိုးရိုးဗီဇဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်

 

တစ်ဦးချင်းစီ၏

အုပ်စုခွဲ ≥ 10;

စုစုပေါင်းနမူနာ ≥ 30

 

10X

 

နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။

ကွန်တိန်နာ- 2 ml centrifuge ပြွန်

နမူနာအများစုအတွက်၊ အီသနောကို မထိန်းသိမ်းဖို့ အကြံပြုထားပါတယ်။

နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း- နမူနာများကို တင်ပြသည့်နမူနာအချက်အလက်ဖောင်အတွက် ရှင်းရှင်းလင်းလင်း တံဆိပ်တပ်ထားရန် လိုအပ်ပါသည်။

ပို့ဆောင်မှု- ရေခဲခြောက်- နမူနာများကို အိတ်များတွင် ဦးစွာထုပ်ပိုးပြီး ရေခဲခြောက်၌ မြှုပ်နှံရန် လိုအပ်သည်။

ဝန်ဆောင်မှုလုပ်ငန်းအသွားအလာ

နမူနာ QC
စမ်းသပ်မှု
SLAF စမ်းသပ်မှု
စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်ခြင်း။
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ

နမူနာ QC

စမ်းသပ်မှု

SLAF- စမ်းသပ်မှု

စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်ခြင်း။

Sequencing

ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။

ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ


  • ယခင်-
  • နောက်တစ်ခု:

  • 1. မြေပုံရလဒ်စာရင်းဇယား

    ပုံ ၁

    A1

    2. SLAF အမှတ်အသား ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု

    A2

    3. ပြောင်းလဲခြင်း မှတ်စာ

    A3

    တစ်နှစ်

    ဂျာနယ်

    IF

    ခေါင်းစဥ်

    လျှောက်လွှာများ

    ၂၀၂၂

    သဘာဝဆက်သွယ်ရေး

    ၁၇,၆၉၄

    သစ်ပင် peony ၏ giga-chromosomes နှင့် Giga-genome တို့၏ မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံ

    Paeonia ostii

    SLAF-GWAS

    2015

    ဇီဝဗေဒပညာရှင်အသစ်

    ၇.၄၃၃

    အိမ်တွင်းမှုခြေရာများသည် စိုက်ပျိုးရေးအတွက် အရေးကြီးသော မျိုးရိုးဗီဇဒေသများကို ကျောက်ချထားသည်။

    ပဲပိစပ်

    SLAF-GWAS

    ၂၀၂၂

    အဆင့်မြင့်သုတေသနဂျာနယ်

    ၁၂,၈၂၂

    G. hirsutum သို့ Gossypium barbadense ၏ ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော အတုအယောင် ကျူးကျော်ဝင်ရောက်မှုများ

    ဝါဂွမ်းမျှင်များ၏ အရည်အသွေးနှင့် အထွက်နှုန်းကို တစ်ပြိုင်နက်တည်း တိုးတက်စေရန်အတွက် သာလွန်ကောင်းမွန်သော နေရာတစ်ခုကို ဖော်ထုတ်ပါ။

    စရိုက်များ

    SLAF-ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်မျိုးဗီဇ

    2019 ခုနှစ်

    မော်လီကျူးစက်ရုံ

    ၁၀.၈၁

    လူဦးရေမျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် De Novo ညီလာခံ Weedy ၏မူလအစကိုဖော်ပြသည်။

    Evolutionary Game အဖြစ် ဆန်

    SLAF-ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်မျိုးဗီဇ

    2019 ခုနှစ်

    သဘာဝမျိုးရိုးဗီဇ

    ၃၁၊၆၁၆

    ဘုံငါးကြင်း၏ မျိုးရိုးဗီဇ ကွဲပြားမှုနှင့် Cyprinus carpio

    SLAF-Linkage မြေပုံ

    ၂၀၁၄

    သဘာဝမျိုးရိုးဗီဇ

    ၂၅,၄၅၅

    စိုက်ပျိုးမြေပဲ၏ ဂျီနိုမီသည် ပဲပင် karyotypes၊ polyploid တို့ကို ထိုးထွင်းသိမြင်စေသည်

    ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် သီးနှံစိုက်ပျိုးရေး။

    SLAF-Linkage မြေပုံ

    ၂၀၂၂

    အပင်ဇီဝနည်းပညာဂျာနယ်

    ၉.၈၀၃

    ST1 ကို ဖော်ထုတ်ခြင်းသည် မျိုးစေ့ပုံသဏ္ဍာန်ဆိုင်ရာ အထွတ်အထိပ်သို့ တက်ခြင်း ပါ၀င်သော ရွေးချယ်မှုကို ဖော်ပြသည်။

    ပဲပိစပ်မွေးချိန်တွင် ဆီပါဝင်မှု

    SLAF-Marker ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု

    ၂၀၂၂

    နိုင်ငံတကာ မော်လီကျူးသိပ္ပံဂျာနယ်

    ၆။၂၀၈

    Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) အတွက် ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းနှင့် DNA အမှတ်အသား ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု

    Disomic Chromosome အစားထိုးခြင်း။

    SLAF-Marker ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု

    ကိုးကားရယူပါ။

    သင့်စာကို ဤနေရာတွင် ရေးပြီး ကျွန်ုပ်တို့ထံ ပေးပို့ပါ။

    သင့်ထံ မက်ဆေ့ချ်ပို့ပါ-