Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
အလုပ်အသွားအလာ
စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုတွင် အကောင်းဆုံးအင်ဇိုင်းရွေးချယ်မှုကို အာမခံရန် ဝန်ဆောင်မှုတွင် ဆီလီကိုတွင် ကြိုတင်ဒီဇိုင်းအချို့ပါရှိသည်။
နည်းပညာပိုင်းဆိုင်ရာအစီအစဉ်
ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ
● NovaSeq တွင် PE150 ဖြင့် စီစစ်ခြင်း။
● နမူနာပေါင်း 1000 ကျော်ကို ဘားကုဒ်နှစ်ထပ်ဖြင့် ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှု။
● အမှီအခိုကင်းသော ဂျီနိုမ်-
ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်- SNP နှင့် InDel ရှာဖွေတွေ့ရှိမှု
အကိုးအကားမရှိသော ဂျီနိုမ်- နမူနာအစုအဝေးနှင့် SNP ရှာဖွေတွေ့ရှိမှု
● မြန်မာလိုဆီလီကိုဒီဇိုင်းအကြိုအဆင့်တွင် ကန့်သတ်အင်ဇိုင်းအများအပြားပေါင်းစပ်မှုများကို ဂျီနိုမ်တစ်လျှောက် SLAF တက်ဂ်များ တစ်ပြေးညီ ဖြန့်ကျက်ထုတ်လုပ်မည့်သူများကို ရှာဖွေရန် စိစစ်ထားသည်။
● စမ်းသပ်မှုအကြိုကာလအတွင်း၊ SLAF စာကြည့်တိုက် 9 ခုကို ထုတ်လုပ်ရန် နမူနာ 3 ခုတွင် အင်ဇိုင်းပေါင်းစပ်သုံးခုကို စမ်းသပ်ပြီး ပရောဂျက်အတွက် အကောင်းဆုံးကန့်သတ်အင်ဇိုင်းပေါင်းစပ်ကို ရွေးချယ်ရန်အတွက် ဤအချက်အလက်ကို အသုံးပြုပါသည်။
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
●မြင့်မားသော မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသား ရှာဖွေမှု: ကျွန်ုပ်တို့သည် ကြီးမားသောလူဦးရေကို တစ်ပြိုင်နက်စီစီခြင်းအတွက် ခွင့်ပြုပေးသော မြင့်မားသောနှစ်ဆဘားကုဒ်စနစ်တစ်ခုကို ပေါင်းစပ်ထားပြီး၊ နေရာဒေသအလိုက် ချဲ့ထွင်မှု စွမ်းဆောင်ရည်ကို မြှင့်တင်ပေးကာ တဂ်နံပါတ်များသည် အမျိုးမျိုးသော သုတေသနမေးခွန်းများ၏ ကွဲပြားသောလိုအပ်ချက်များနှင့် ပြည့်မီကြောင်း သေချာစေပါသည်။
● Genome အပေါ်မှီခိုမှုနည်းပါးသည်။: ၎င်းကို ရည်ညွှန်းထားသော ဂျီနိုမ် ပါဝင်သော သို့မဟုတ် မပါဘဲ မျိုးစိတ်များတွင် အသုံးချနိုင်သည်။
●Flexible Scheme ဒီဇိုင်း: Single-enzyme၊ dual-enzyme၊ multi-enzyme အစာခြေခြင်းနှင့် ကွဲပြားသော သုတေသနပန်းတိုင်များ သို့မဟုတ် မျိုးစိတ်များကို ဖြည့်ဆည်းပေးရန်အတွက် အင်ဇိုင်းအမျိုးအစားအမျိုးမျိုးကို ရွေးချယ်နိုင်သည်။
● Enzymatic Digestion အတွက် မြင့်မားသော စွမ်းဆောင်ရည်: တစ်ခု၏ လုပ်ဆောင်မှုဆီလီကိုအကြိုဒီဇိုင်းနှင့် အကြိုစမ်းသပ်မှုသည် ခရိုမိုဆုန်းပေါ်တွင် SLAF တဂ်များကို ဖြန့်ကျက်ပြီး ထပ်တလဲလဲ အစီအစဥ် (<5%) လျှော့ချပေးခြင်းဖြင့် အကောင်းဆုံးဒီဇိုင်းကို အာမခံပါသည်။
●ကျယ်ပြန့်သောကျွမ်းကျင်မှု: အပင်များ၊ နို့တိုက်သတ္တဝါများ၊ ငှက်များ၊ အင်းဆက်များနှင့် ရေနေသတ္တဝါများအပါအဝင် မျိုးစိတ် ရာနှင့်ချီရှိ SLAF-Seq ပရောဂျက်ပေါင်း 5000 ကျော်ကို ပိတ်ပစ်သည့် မှတ်တမ်းတစ်ခုနှင့်အတူ ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် အတွေ့အကြုံများစွာကို ကျွန်ုပ်တို့ ယူဆောင်လာပါသည်။
● ကိုယ်တိုင်တီထွင်ထားသော Bioinformatic Workflow: ကျွန်ုပ်တို့သည် နောက်ဆုံးထွက်ရှိမှု၏ ယုံကြည်စိတ်ချရမှုနှင့် တိကျမှုကို သေချာစေရန် SLAF-Seq အတွက် ပေါင်းစပ် bioinformatic workflow ကို တီထွင်ခဲ့သည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအမျိုးအစား | အကြံပြုထားသော လူဦးရေအတိုင်းအတာ | Sequence ဗျူဟာ | |
| tag sequence ၏အတိမ်အနက် | တက်ဂ်နံပါတ် | ||
| မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံများ | မိဘ ၂ ပါးနှင့် အမျိုးအနွယ် ၁၅၀ ကျော် | မိဘများ- 20x WGS မျိုးပွားခြင်း- 10x | Genome အရွယ်အစား- <400 Mb- WGS ကို အကြံပြုထားသည်။ <1Gb: 100K တဂ်များ 1-2Gb:: 200K တဂ်များ >2Gb- 300K တဂ်များ အများဆုံး 500k တဂ် |
| Genome-Wide Association Studies (GWAS) | နမူနာ ≥200 | 10x | |
| မျိုးရိုးဗီဇဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် | ≥30 နမူနာများ၊ အုပ်စုတစ်ခုစီမှ နမူနာ 10 ခု ပါရှိသည်။ | 10x | |
ဝန်ဆောင်မှုလိုအပ်ချက်များ
အာရုံစူးစိုက်မှု ≥ 5 ng/µL
စုစုပေါင်းပမာဏ ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Agarose ဂျယ်- လုံးဝပျက်စီးခြင်း သို့မဟုတ် ညစ်ညမ်းခြင်း မရှိပါ။
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
ကွန်တိန်နာ- 2 ml centrifuge ပြွန်
(နမူနာအများစုအတွက်၊ အီသနောကို မထိန်းသိမ်းဖို့ အကြံပြုထားပါတယ်။)
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း- နမူနာများကို တင်ပြထားသည့်နမူနာအချက်အလက်ဖောင်တွင် ရှင်းလင်းစွာတံဆိပ်တပ်ရန်နှင့် ထပ်တူဖြစ်နေရန် လိုအပ်သည်။
ပို့ဆောင်မှု- ရေခဲခြောက်- နမူနာများကို အိတ်များတွင် ဦးစွာထုပ်ပိုးပြီး ရေခဲခြောက်၌ မြှုပ်နှံရန် လိုအပ်သည်။
ဝန်ဆောင်မှုလုပ်ငန်းအသွားအလာ
နမူနာ QC
စမ်းသပ်မှု
SLAF- စမ်းသပ်မှု
စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်ခြင်း။
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
ကျွန်ုပ်တို့၏ bioinformational analysis တွင်-
N-ကြွယ်ဝသောဖတ်မှုများ၊ ဒက်တာဖတ်ခြင်း သို့မဟုတ် အရည်အသွေးနိမ့်သောဖတ်မှုများကို ဖယ်ရှားရန် ဒေတာ QC နှင့် ဒေတာချုံ့ခြင်း။
အခြေခံဖြန့်ဖြူးမှု၊ စီစဉ်အရည်အသွေးနှင့် ဒေတာအကဲဖြတ်မှုတို့ကို စစ်ဆေးရန် သန့်ရှင်းသောဖတ်ခြင်း၏ ဒုတိယအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှုတစ်ခုသည် အစာခြေခြင်းထိရောက်မှုနှင့် ရရှိသောထည့်သွင်းမှုများကို စစ်ဆေးရန်ဖြစ်သည်။
ဖတ်ရှုခြင်းကိုစစ်ဆေးပြီးသည်နှင့်၊ ရွေးချယ်စရာနှစ်ခုရှိသည်။
- ဂျီနိုမ်ကိုရည်ညွှန်းရန် မြေပုံဆွဲခြင်း။
- ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်မပါပဲ- အစုလိုက်အပြုံလိုက်
၎င်းပြီးနောက်၊ SNP၊ InDel၊ SNV၊ CV ခေါ်ဆိုမှုနှင့် မှတ်ချက်များကို ကူညီရန်အတွက် မူကွဲခေါ်ဆိုမှုအချို့ကို ပြုလုပ်ရန်အတွက် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းအား အသုံးပြုပါသည်။
ခရိုမိုဆုန်းများပေါ်တွင် SLAF တဂ်များ ဖြန့်ဝေခြင်း-
ခရိုမိုဆုန်းများပေါ်တွင် SNPs ဖြန့်ဝေခြင်း-
SNP မှတ်ချက်
Jiang S၊ Li S၊ Luo J၊ Wang X နှင့် Shi C (2023) QTL မြေပုံဆွဲခြင်းနှင့် အသီးမှည့်ချိန်အတွင်း သကြားပါဝင်မှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းPyrus pyrifolia.ရှေ့။ Plant Sci ပါ။၁၄:၁၁၃၇၁၀၄။ doi- 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022)။ st1 ကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းသည် ပဲပုပ်အမွေးပေါက်ချိန်တွင် မျိုးစေ့ပုံသဏ္ဍာန်နှင့် ဆီပါဝင်မှု အတက်အဆင်းပါဝင်သည့် ရွေးချယ်မှုကို ဖော်ပြသည်။အပင်ဇီဝနည်းပညာဂျာနယ်, 20(6), 1110-1121။ https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al ။Genome sequence နှင့် မျိုးရိုးဗီဇ ကွဲပြားမှုများသည် ဘုံငါးကြင်း၊Cyprinus carpio.နတ် Genet 46၊ 1212–1219 (2014)။ https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al ။စိုက်ပျိုးထားသော မြေပဲ၏ ဂျီနိုမီသည် ပဲပင် karyotypes၊ polyploid ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် သီးနှံပြည်တွင်းဖြစ်ခြင်းတို့ကို ထိုးထွင်းသိမြင်စေပါသည်။နတ် Genet 51၊ ၈၆၅–၈၇၆ (၂၀၁၉)။ https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| တစ်နှစ် | ဂျာနယ် | IF | ခေါင်းစဉ် | အသုံးချမှု |
| ၂၀၂၂ | သဘာဝဆက်သွယ်ရေး | ၁၇,၆၉၄ | သစ်ပင် peony ၏ giga-chromosomes နှင့် Giga-genome တို့၏ မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံ Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 ခုနှစ် | ဇီဝဗေဒပညာရှင်အသစ် | ၇.၄၃၃ | အိမ်တွင်းမှုခြေရာများသည် စိုက်ပျိုးရေးအတွက် အရေးပါသော မျိုးရိုးဗီဇဒေသများကို ကျောက်ချထားသည်။ ပဲပိစပ် | SLAF-GWAS |
| ၂၀၂၂ | အဆင့်မြင့်သုတေသနဂျာနယ် | ၁၂,၈၂၂ | G. hirsutum သို့ Gossypium barbadense ၏ ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော အတုအယောင် ကျူးကျော်ဝင်ရောက်မှုများ ဝါဂွမ်းဖိုင်ဘာ အရည်အသွေးနှင့် အထွက်နှုန်းကို တပြိုင်နက်တည်း တိုးတက်စေရန်အတွက် သာလွန်ကောင်းမွန်သော loci ကို ဖော်ထုတ်ပါ။ စရိုက်များ | SLAF-ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်မျိုးဗီဇ |
| 2019 ခုနှစ် | မော်လီကျူးစက်ရုံ | ၁၀.၈၁ | လူဦးရေမျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် De Novo ညီလာခံ Weedy ၏မူလအစကိုဖော်ပြသည်။ Evolutionary Game အဖြစ် ဆန် | SLAF-ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်မျိုးဗီဇ |
| 2019 ခုနှစ် | သဘာဝမျိုးရိုးဗီဇ | ၃၁၊၆၁၆ | ဘုံငါးကြင်း၏ မျိုးရိုးဗီဇ ကွဲပြားမှုနှင့် Cyprinus carpio | SLAF-Linkage မြေပုံ |
| ၂၀၁၄ | သဘာဝမျိုးရိုးဗီဇ | ၂၅,၄၅၅ | စိုက်ပျိုးမြေပဲ၏ ဂျီနိုမီသည် ပဲပင် karyotypes၊ polyploid တို့ကို ထိုးထွင်းသိမြင်စေသည် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် သီးနှံစိုက်ပျိုးရေး။ | SLAF-Linkage မြေပုံ |
| ၂၀၂၂ | အပင်ဇီဝနည်းပညာဂျာနယ် | ၉.၈၀၃ | ST1 ကို ဖော်ထုတ်ခြင်းသည် မျိုးစေ့ပုံသဏ္ဍာန်ဆိုင်ရာ အထွတ်အထိပ်သို့ တက်ခြင်း ပါ၀င်သော ရွေးချယ်မှုကို ဖော်ပြသည်။ ပဲပိစပ်မွေးချိန်တွင် ဆီပါဝင်မှု | SLAF-Marker ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု |
| ၂၀၂၂ | နိုင်ငံတကာ မော်လီကျူးသိပ္ပံဂျာနယ် | ၆။၂၀၈ | Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) အတွက် ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းနှင့် DNA အမှတ်အသား ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု Disomic Chromosome အစားထိုးခြင်း။ | SLAF-Marker ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု |
| တစ်နှစ် | ဂျာနယ် | IF | ခေါင်းစဉ် | အသုံးချမှု |
| ၂၀၂၃ | အပင်သိပ္ပံနယ်နိမိတ် | ၆.၇၃၅ | Pyrus pyrifolia အသီးရင့်မှည့်ချိန်တွင် သကြားပါဝင်မှုကို QTL မြေပုံဆွဲခြင်းနှင့် စာသားမှတ်တမ်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း | မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံ |
| ၂၀၂၂ | အပင်ဇီဝနည်းပညာဂျာနယ် | ၈။၁၅၄ | ST1 ကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းသည် ပဲပိစပ်မွေးချိန်တွင် မျိုးစေ့ပုံစံသဏ္ဍာန်နှင့် ဆီပါဝင်မှု အတက်အဆင်းပါဝင်သည့် ရွေးချယ်မှုကို ဖော်ပြသည်။
| SNP ခေါ်ဆိုခြင်း။ |
| ၂၀၂၂ | အပင်သိပ္ပံနယ်နိမိတ် | ၆.၆၂၃ | မိုးခေါင်ရေရှားပတ်ဝန်းကျင်ရှိ အချည်းနှီးသောမျိုးရိုးဗီဇများကို ဂျီနိုမီ-ကျယ်ပြန့်သောအဖွဲ့အစည်းမြေပုံဆွဲခြင်း။
| GWAS |
