စာသားမှတ်တမ်းတစ်ခုလုံး - Illumina
အင်္ဂါရပ်များ
● စာသားမှတ်တမ်းအပြည့်အစုံကို စီစဥ်ရန် Dual စာကြည့်တိုက်- rRNA ကုန်ဆုံးပြီးနောက် PE150 စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုနှင့် အရွယ်အစားရွေးချယ်မှုတို့နောက်တွင် SE50 စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုဖြင့်
● သီးခြား ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ အစီရင်ခံစာများတွင် mRNA၊ lncRNA၊ circRNA နှင့် miRNA တို့၏ ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု အပြည့်အစုံ
● ceRNA ကွန်ရက်များခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအပါအဝင် ပေါင်းစပ်အစီရင်ခံစာတွင် RNA စကားရပ်အားလုံး၏ ပူးတွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
●စည်းကမ်းကွန်ရက်များ၏ အတွင်းကျကျ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။: ceRNA ကွန်ရက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းကို mRNA၊ lncRNA၊ circRNA နှင့် miRNA ၏ ပူးတွဲ sequencing နှင့် ပြည့်စုံသော ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ အလုပ်အသွားအလာဖြင့် ဖွင့်ထားသည်။
●ပြည့်စုံသောမှတ်ချက်: ကျွန်ုပ်တို့သည် မတူညီသောဖော်ပြသောမျိုးရိုးဗီဇများ (DEGs) ကို လုပ်ဆောင်နိုင်စေရန်အတွက် ဒေတာဘေ့စ်များစွာကို အသုံးပြုပြီး ဆက်စပ်သော ကြွယ်ဝမှုဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို လုပ်ဆောင်ကာ စာသားမှတ်တမ်းတုံ့ပြန်မှုကို အခြေခံထားသည့် ဆဲလ်လူလာနှင့် မော်လီကျူလာလုပ်ငန်းစဉ်များဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းအမြင်များကို ပေးဆောင်ပါသည်။
●ကျယ်ပြန့်သောကျွမ်းကျင်မှု: သုတေသနနယ်ပယ်အသီးသီးရှိ မှတ်တမ်းမှတ်ရာ ပရောဂျက်ပေါင်း 2000 ကျော်ကို အောင်မြင်စွာပိတ်သိမ်းနိုင်ခဲ့သော မှတ်တမ်းတစ်ခုနှင့်အတူ၊ ကျွန်ုပ်တို့အဖွဲ့သည် ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် အတွေ့အကြုံများစွာကို ယူဆောင်လာပါသည်။
●တင်းကျပ်သောအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု: ကျွန်ုပ်တို့သည် နမူနာနှင့် စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုမှ စီစစ်ခြင်းနှင့် ဇီဝအချက်အလက်ဆိုင်ရာ အချက်အလက်များအထိ အဆင့်အားလုံးတွင် အဓိကထိန်းချုပ်မှုအချက်များကို အကောင်အထည်ဖော်ပါသည်။ဤစေ့စပ်သေချာစွာ စောင့်ကြည့်စစ်ဆေးခြင်းသည် အရည်အသွေးမြင့်မားသောရလဒ်များကို တသမတ်တည်းရရှိရန် သေချာစေသည်။
● ပြည့်စုံသော မှတ်ချက်: ကျွန်ုပ်တို့သည် မတူညီသောဖော်ပြသောမျိုးရိုးဗီဇများ (DEGs) ကို လုပ်ဆောင်နိုင်စေရန်အတွက် ဒေတာဘေ့စ်များစွာကို အသုံးပြုပြီး ဆက်စပ်သော ကြွယ်ဝမှုဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို လုပ်ဆောင်ကာ စာသားမှတ်တမ်းတုံ့ပြန်မှုကို အခြေခံထားသည့် ဆဲလ်လူလာနှင့် မော်လီကျူလာလုပ်ငန်းစဉ်များဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းအမြင်များကို ပေးဆောင်ပါသည်။
●အရောင်းလွန်မှု ပံ့ပိုးမှု: ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိကဝတ်သည် 3-လ-ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူ ပရောဂျက်ပြီးစီးမှုထက် ကျော်လွန်ပါသည်။ဤအချိန်အတောအတွင်း၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သည့် မည်သည့်မေးခွန်းများကိုမဆို ဖြေရှင်းရန်အတွက် ပရောဂျက်နောက်ဆက်တွဲ၊ ပြဿနာဖြေရှင်းရေးအကူအညီနှင့် အမေးအဖြေကဏ္ဍများကို ကမ်းလှမ်းထားပါသည်။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
| စာကြည့်တိုက် | Sequence ဗျူဟာ | ဒေတာအကြံပြုထားသည်။ | အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု |
| rRNA ကုန်ခမ်းသွားသည်။ | Illumina PE150 | 16 ဂီဂါဘိုက် | Q30≥85% |
| အရွယ်အစားကို ရွေးချယ်ထားသည်။ | Illumina SE50 | 10-20M ဖတ်တယ်။ |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
Nucleotides-
| Conc.(ng/μl) | ပမာဏ (μg) | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ | သမာဓိ |
| ≥ 100 | ≥ ၁ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ဂျယ်တွင်ပြသထားသော ပရိုတင်း သို့မဟုတ် DNA ညစ်ညမ်းမှု အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် မရှိပါ။ | အပင်များ- RIN≥6.5 တိရစ္ဆာန်- RIN≥7.0 5.0≥28S/18S≥1.0; အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် အခြေခံအဆင့်မြင့်ခြင်း |
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
ကွန်တိန်နာ-
2 ml centrifuge tube (Tin foil ကို မထောက်ခံပါ)
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း- အုပ်စု+ဥပမာ A1၊ A2၊ A3၊B1၊ B2၊ B3 ......
တင်ပို့မှု-
1.Dry-ice- နမူနာများကို အိတ်များတွင်ထုပ်ပိုးပြီး ရေခဲခြောက်ထဲတွင် မြှုပ်ထားရန် လိုအပ်သည်။
2.RNAstable tubes- RNA နမူနာများကို RNA stabilization tube (ဥပမာ RNAstable®) တွင် အခြောက်ခံပြီး အခန်းအပူချိန်တွင် တင်ပို့နိုင်ပါသည်။
Service Work Flow
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
RNA ထုတ်ယူခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
ဇီဝအချက်အလက်
RNA စကားရပ် ခြုံငုံသုံးသပ်ချက်
ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော မျိုးဗီဇများ
ceRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု
miRNA နှင့် ဆက်စပ် RNA များကို ကွဲပြားစွာ ဖော်ပြသည်။
BMKGene ၏ စုစည်းထားသော ပုံနှိပ်ထုတ်ဝေမှုများမှတဆင့် မှတ်တမ်းတင်ခြင်းဆိုင်ရာ ဝန်ဆောင်မှုတစ်ခုလုံးမှ ပံ့ပိုးပေးသော သုတေသနတိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းလေ့လာပါ။
ဒိုင်၊ Y. et al ။(2022) 'RNA-sequencing ဖြင့်ဖော်ထုတ်ထားသော Kashin-Beck ရောဂါရှိ mRNAs၊ lncRNAs နှင့် miRNAs များ၏ ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်ဖော်ပြသည့်ပရိုဖိုင်များ'၊ Molecular Omics၊ 18(2)၊ စ. 154-166။doi- 10.1039/D1MO00370D။
Liu, N. nan et al.(2022) 'ဆောင်းတွင်းကာလတွင် Changbai တောင်ရှိ Apis cerana ၏ အအေးဒဏ်ခံနိုင်ရည်အား အပြည့်အဝ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း မှတ်တမ်းမှတ်ရာများ။'၊ Gene၊ 830၊ pp. 146503–146503။doi- 10.1016/J.GENE.2022.146503။
Wang, XJ et al.(2022) 'Multi-Omics ပေါင်းစည်းခြင်း-အခြေခံ ဦးစားပေးသတ်မှတ်ခြင်း သေးငယ်သောဆဲလ်အဆုတ်ကင်ဆာတွင် ယှဉ်ပြိုင်နိုင်သော Endogenous RNA စည်းမျဉ်းကွန်ရက်များ- မော်လီကျူးသွင်ပြင်လက္ခဏာများနှင့် ဆေးဝါးလျှောက်ထားသူများ'၊ ကင်ဆာရောဂါဗေဒဆိုင်ရာ Frontiers၊ 12၊ စ.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX။
Xu, P. et al ။(2022) 'lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ဖော်ပြချက်ပရိုဖိုင်များ၏ ပေါင်းစပ်ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်သည် မြေပဲတွင် အမြစ်ထုံးနေသော နီမာတိုဒက်များကို တုံ့ပြန်ရန်အတွက် ဖြစ်နိုင်ခြေရှိသော ယန္တရားများအကြောင်း ဆန်းသစ်သော ထိုးထွင်းသိမြင်မှုကို ပြသသည်'၊ BMC Genomics၊ 23(1)၊ စ. 1-12။doi- 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7။
Yan, Z. et al.(2022) 'Hole-transcriptome RNA sequencing သည် အနီရောင် LED ဓာတ်ရောင်ခြည်ဖြင့် ဘရိုကိုလီတွင် ရိတ်သိမ်းပြီးနောက် အရည်အသွေးထိန်းသိမ်းမှုနှင့် ဆက်စပ်နေသော မော်လီကျူးယန္တရားများကို မီးမောင်းထိုးပြသည်'၊ ရိတ်သိမ်းချိန်လွန်ဇီဝဗေဒနှင့် နည်းပညာ၊ 188၊ စ.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878။
