16S/18S/ITS एम्प्लिकन सिक्वेन्सिङ-एनजीएस
सेवा लाभहरू
● वातावरणीय नमूनाहरूमा माइक्रोबियल संरचनाको अलगाव-मुक्त र द्रुत पहिचान
● वातावरणीय नमूनाहरूमा कम-प्रचुर मात्रामा कम्पोनेन्टहरूमा उच्च रिजोलुसन
● नवीनतम QIIME2 डाटाबेस, एनोटेसन, OTU/ASV को सन्दर्भमा विविध विश्लेषणहरूको साथ विश्लेषण प्रवाह।
● उच्च-थ्रुपुट, उच्च सटीकता
● विविध माइक्रोबियल समुदाय अध्ययनहरूमा लागू
● BMK सँग 100,000 भन्दा बढी नमूनाहरू/वर्ष, माटो, पानी, ग्यास, स्लज, मल, आन्द्रा, छाला, किण्वन ब्रोथ, कीराहरू, बोटबिरुवाहरू, आदि ढाक्ने व्यापक अनुभव छ।
● BMKCloud 45 व्यक्तिगत विश्लेषण उपकरणहरू समावेश डाटा व्याख्या सुविधा
सेवा विशिष्टताहरू
| अनुक्रमप्लेटफर्म | पुस्तकालय | सिफारिस गरिएको डाटा उपज | अनुमानित घुमाउरो समय |
| Illumina NovaSeq प्लेटफर्म | PE250 | 50K/100K/300K ट्यागहरू | 30 दिन |
बायोइन्फर्मेटिक्स विश्लेषण
● कच्चा डाटा गुणस्तर नियन्त्रण
● OTU क्लस्टरिङ/डि-आवाज (ASV)
● OTU एनोटेसन
● अल्फा विविधता
● बिटा विविधता
● अन्तर-समूह विश्लेषण
● प्रयोगात्मक कारकहरू विरुद्ध संघ विश्लेषण
● प्रकार्य जीन भविष्यवाणी
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
नमूना आवश्यकताहरू:
को लागीडीएनए निकासी:
| नमूना प्रकार | रकम | एकाग्रता | शुद्धता |
| डीएनए निकासी | > 30 एनजी | 1 ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
वातावरणीय नमूनाहरूको लागि:
| नमूना प्रकार | सिफारिस गरिएको नमूना प्रक्रिया |
| माटो | नमूना रकम: लगभग।५ ग्राम;बाँकी सुकेको पदार्थ सतहबाट हटाउन आवश्यक छ;ठूला टुक्राहरू पीस्नुहोस् र 2 मिमी फिल्टर मार्फत जानुहोस्;रिजर्भेसनको लागि बाँझ EP-ट्यूब वा साइरोट्यूबमा अलिकोट नमूनाहरू। |
| मल | नमूना रकम: लगभग।५ ग्राम;रिजर्भेसनको लागि बाँझ EP-ट्यूब वा क्रायोट्यूबमा एलीकोट नमूनाहरू सङ्कलन गर्नुहोस्। |
| आन्द्रा सामग्री | नमूनाहरू एसेप्टिक अवस्था अन्तर्गत प्रशोधन गर्न आवश्यक छ।PBS संग एकत्रित ऊतक धुनुहोस्;PBS लाई सेन्ट्रीफ्यूज गर्नुहोस् र EP-ट्यूबहरूमा प्रिसिपिटेन्ट सङ्कलन गर्नुहोस्। |
| फोहोर | नमूना रकम: लगभग।५ ग्राम;रिजर्भेसनको लागि बाँझ EP-ट्यूब वा क्रायोट्यूबमा एलीकोट स्लज नमूना सङ्कलन गर्नुहोस् |
| वाटरबडी | ट्यापको पानी, इनारको पानी इत्यादि जस्ता सीमित मात्रामा माइक्रोबियलको नमूनाको लागि, कम्तिमा 1 एल पानी सङ्कलन गर्नुहोस् र झिल्लीमा माइक्रोबियललाई समृद्ध बनाउन 0.22 μm फिल्टरबाट पार गर्नुहोस्।झिल्लीलाई बाँझ नलीमा भण्डार गर्नुहोस्। |
| छाला | बाँझरहित कपास स्वाब वा सर्जिकल ब्लेडले छालाको सतहलाई सावधानीपूर्वक स्क्र्याप गर्नुहोस् र यसलाई बाँझ नलीमा राख्नुहोस्। |
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
नमूनाहरूलाई तरल नाइट्रोजनमा 3-4 घण्टाको लागि फ्रिज गर्नुहोस् र तरल नाइट्रोजन वा -80 डिग्री लामो अवधिको आरक्षणमा भण्डार गर्नुहोस्।ड्राई-बरफको साथ नमूना ढुवानी आवश्यक छ।
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
1. प्रजाति वितरण
2. हीट नक्सा: प्रजाति रिचनेस क्लस्टरिङ
3. दुर्लभ गुट वक्र
4.NMDS विश्लेषण
5. Lefse विश्लेषण
BMK केस
टाइप 2 मधुमेह भएका र बिना मोटो व्यक्तिहरूले आन्द्राको माइक्रोबियल कार्यात्मक क्षमता र संरचना फरक देखाउँछन्।
प्रकाशित:सेल होस्ट र माइक्रोब, 2019
अनुक्रम रणनीति:
दुबला गैर-मधुमेह (n=633);मोटोपन गैर-मधुमेह (n=494);मोटोपना-टाइप २ मधुमेह (n=१५३);
लक्ष्य क्षेत्र: 16S rDNA V1-V2
प्लेटफर्म: Illumina Miseq (NGS-आधारित amplicon अनुक्रम)
DNA निकासी को उपसेट Illumina Hiseq मा मेटाजेनोमिक अनुक्रम को अधीनमा थिए।
प्रमुख परिणामहरू
यी चयापचय रोगहरूको माइक्रोबियल प्रोफाइलहरू सफलतापूर्वक भिन्न थिए।
16S अनुक्रम द्वारा उत्पन्न माइक्रोबियल सुविधाहरू तुलना गरेर, मोटोपना माइक्रोबियल संरचना, व्यक्तिगत सुविधाहरू, विशेष गरी Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, आदि मा उल्लेखनीय कमी मा परिवर्तन संग सम्बन्धित फेला पर्यो। साथै, T2D Escherichia/shigella मा वृद्धि संग सम्बन्धित फेला पर्यो। ।
सन्दर्भ
Thingholm, LB, et al।"टाइप 2 मधुमेह भएका र बिना मोटो व्यक्तिहरूले आन्द्राको माइक्रोबियल कार्यात्मक क्षमता र संरचना फरक देखाउँछन्।"सेल होस्ट र माइक्रोब२६.२ (२०१९)।
