उत्पादनहरू

*यहाँ देखाइएका डेमो नतिजाहरू सबै बायोमार्कर टेक्नोलोजीहरूद्वारा प्रकाशित जीनोमहरूबाट हुन्।

१. LTR सम्मिलित समय अनुमान: यो आंकडाले अन्य प्रजातिहरूको तुलनामा, Weining राई जीनोममा LTR-RTs सम्मिलित समयमा एक अद्वितीय द्विमोडल वितरण देखाएको छ। सबैभन्दा पछिल्लो शिखर लगभग ०.५ मिलियन वर्ष पहिले देखा परेको थियो।

ली गुआङ एट अल।,प्रकृति आनुवंशिकी, २०२१

२. चायोटे (सेचियम एडुल) मा फाइलोजेनी र जीन परिवार विश्लेषण: चायोटे र जीन परिवारमा रहेका अन्य १३ सम्बन्धित प्रजातिहरूको विश्लेषण गर्दा, चायोटे सर्प लौका (ट्राइकोसान्थेस एङ्गुइना) सँग सबैभन्दा नजिकको सम्बन्ध भएको पाइयो। लगभग २७-४५ म्यामा सर्प लौकाबाट प्राप्त चायोटे र २५±४ म्यामा चायोटेमा सम्पूर्ण जीनोम डुप्लिकेशन (WGD) अवलोकन गरिएको थियो, जुन कुकुइबिटेसीमा तेस्रो WGD घटना हो।

फु ए आदि,बागवानी अनुसन्धान, २०२१

३. सिन्टेनी विश्लेषण: फलफूलको विकासमा फाइटोहर्मोनसँग सम्बन्धित केही जीनहरू चायोटे, सर्प लौका र स्क्वासमा फेला परेका थिए। चायोटे र स्क्वास बीचको सम्बन्ध चायोटे र सर्प लौका बीचको भन्दा अलि बढी छ।

फु ए आदि,बागवानी अनुसन्धान, २०२१

४. जीन परिवार विश्लेषण: G.thurberi र G.davidsonii जीनोमहरूमा जीन परिवार विस्तार र संकुचनमा KEGG संवर्धनले स्टेरोइड बायोसिन्थेसिस र ब्रासिनोस्टेरोइड बायोसिन्थेसिस सम्बन्धित जीनहरू विस्तार गरिएको देखाएको छ।

याङ जेड एट अल।,BMC जीवविज्ञान, २०२१

५. सम्पूर्ण जीनोम डुप्लिकेशन विश्लेषण: ४DTV र Ks वितरण विश्लेषणले सम्पूर्ण जीनोम डुप्लिकेशन घटना देखाएको छ। अन्तरप्रजातिहरूको शिखरले दोप्लिकेशन घटनाहरू देखाएको छ। अन्तरप्रजातिहरूको शिखरले प्रजातिकरण घटनाहरू देखाएको छ। विश्लेषणले संकेत गरेको छ कि अन्य तीन नजिकबाट सम्बन्धित प्रजातिहरूसँग तुलना गर्दा, O. europaea हालै ठूलो मात्रामा जीन डुप्लिकेशनबाट गुज्रिएको छ।

राव जी आदि,बागवानी अनुसन्धान, २०२१

BMK केस

काँटा बिनाको गुलाब: आर्द्रता अनुकूलनसँग जोडिएको जीनोमिक अन्तर्दृष्टि

प्रकाशित: राष्ट्रिय विज्ञान समीक्षा, २०२१

अनुक्रम रणनीति:

'बास्येकोकाँडा रहित' (आर.विचुरैनन) जीनोम:
लगभग ९३ X प्याकबायो + लगभग ९० X न्यानोपोर + २६७ X इलुमिना

मुख्य परिणामहरू

१. उच्च गुणस्तरको R.wichuraiana जीनोम लामो-पढ्ने अनुक्रमण प्रविधिहरू प्रयोग गरेर निर्माण गरिएको थियो, जसले ५३०.०७ Mb को एसेम्बली उत्पादन गर्दछ (प्रवाह साइटोमेट्री द्वारा अनुमानित जीनोम आकार लगभग ५२५.९ Mb र जीनोम सर्वेक्षण द्वारा ५२५.५ थियो; हेटेरोजाइगोसिटी लगभग १.०३% थियो)। BUSCO अनुमानित स्कोर ९३.९% थियो। "ओल्ड ब्लश" (haploOB) सँग तुलना गर्दा, यस जीनोमको गुणस्तर र पूर्णता आधार एकल-आधार सटीकता र LTR एसेम्बली सूचकांक (LAI=२०.०३) द्वारा पुष्टि गरिएको थियो। R.wichuraiana जीनोममा ३२,६७४ प्रोटीन कोडिङ जीनहरू छन्।

२. तुलनात्मक जीनोमिक्स, ट्रान्सक्रिप्टोमिक्स, आनुवंशिक जनसंख्याको QTL विश्लेषण समावेश गर्ने बहु-ओमिक्स संयुक्त विश्लेषणले R. wichuraiana र Rosa chinensis बीचको महत्त्वपूर्ण प्रजाति प्रकट गर्‍यो। साथै, QTL मा सम्बन्धित जीनहरूको अभिव्यक्ति भिन्नता स्टेम प्रिकल ढाँचासँग सम्बन्धित हुने सम्भावना थियो।

सिन्टेनी विश्लेषण, जीन परिवार क्लस्टर, विस्तार र संकुचन विश्लेषण सहित बेसिएज थोर्नलेस र रोजा चिनेन्सिस बीचको तुलनात्मक जीनोमिक्स विश्लेषणले ठूलो संख्यामा भिन्नताहरू प्रकट गर्‍यो, जुन गुलाबमा महत्त्वपूर्ण विशेषताहरूसँग सम्बन्धित थियो। NAC र FAR1/FRS जीन परिवारमा अद्वितीय विस्तार कालो धब्बाको प्रतिरोधसँग सम्बन्धित हुने सम्भावना धेरै थियो।

झोङ, एम., एट अल. "काँटा बिनाको गुलाब: आर्द्रता अनुकूलनसँग जोडिएको जीनोमिक अन्तर्दृष्टि"राष्ट्रिय विज्ञान समीक्षा, २०२१;, nwab०९२।