पूर्ण-लम्बाइ mRNA अनुक्रमण-नानोपोर
सेवा लाभहरू
● कम अनुक्रम पूर्वाग्रह
● पूर्ण-लम्बाइ cDNA अणुहरू प्रकट गर्दै
● ट्रान्सक्रिप्टहरूको समान संख्या कभर गर्न कम डेटा आवश्यक छ
● प्रति जीन धेरै आइसोफर्महरूको पहिचान
● isoform स्तरमा अभिव्यक्ति परिमाणीकरण
सेवा विशिष्टताहरू
| पुस्तकालय | प्लेटफर्म | सिफारिस गरिएको डाटा उपज (Gb) | गुणस्तर नियन्त्रण |
| cDNA-PCR (Poly-A समृद्ध) | Nanopore PromethION P48 | ६ जीबी/नमूना (प्रजातिमा निर्भर गर्दै) | पूर्ण-लम्बाइ अनुपात; 70% औसत गुणस्तर स्कोर: Q10
|
बायोइन्फर्मेटिक्स विश्लेषण
●कच्चा डाटा प्रोसेसिंग
● ट्रान्सक्रिप्ट पहिचान
● वैकल्पिक स्प्लिसिङ
● जीन स्तर र isoform स्तर मा अभिव्यक्ति मात्रा
● भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण
● प्रकार्य एनोटेसन र संवर्धन (DEGs र DETs)
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
नमूना आवश्यकताहरू:
न्यूक्लियोटाइड्स:
| Conc.(ng/μl) | रकम (μg) | शुद्धता | निष्ठा |
| ≥ १०० | ≥ ०.६ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेलमा देखाइएको सीमित वा कुनै प्रोटीन वा डीएनए प्रदूषण। | बिरुवाहरूको लागि: RIN≥7.0; जनावरहरूको लागि: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित वा कुनै आधार रेखा उचाइ |
टिस्यु: वजन (सुक्खा): ≥1 ग्राम
*५ मिलीग्राम भन्दा सानो टिस्युको लागि, हामी फ्ल्याश फ्रोजन (तरल नाइट्रोजनमा) टिस्यु नमूना पठाउन सिफारिस गर्छौं।
सेल निलम्बन: सेल गणना = 3 × 106- 1×107
*हामी फ्रोजन सेल लाइसेट पठाउन सिफारिस गर्छौं।यदि त्यो कक्ष 5×10 भन्दा सानो गणना हुन्छ5, तरल नाइट्रोजनमा जमेको फ्ल्याश सिफारिस गरिएको छ, जुन सूक्ष्म निकासीको लागि उपयुक्त छ।
रगत नमूनाहरू: मात्रा≥1 मिलीलीटर
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
कन्टेनर: 2 एमएल सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिएको छैन)
नमूना लेबलिंग: समूह + प्रतिकृति जस्तै A1, A2, A3;B1, B2, B3...
ढुवानी: 2, ड्राई-बरफ: नमूनाहरू झोलाहरूमा प्याक गर्न र सुख्खा-बरफमा गाडिनु पर्छ।
- RNAstable ट्यूबहरू: RNA नमूनाहरू RNA स्थिरीकरण ट्यूब (जस्तै RNAstable®) मा सुकाउन सकिन्छ र कोठाको तापक्रममा पठाउन सकिन्छ।
सेवा कार्य प्रवाह
न्यूक्लियोटाइड्स:
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
सेवा कार्य प्रवाह
टिस्यु:
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
आरएनए निकासी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
1.विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण - ज्वालामुखी कथानक
भिन्नता अभिव्यक्त जीन (DEGs) पहिचान गर्न जीन स्तर र भिन्नता पहिचान गर्न आइसोफर्म स्तरमा भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण प्रक्रिया गर्न सकिन्छ।
व्यक्त ट्रान्सक्रिप्ट (DETs)
2.श्रेणीबद्ध क्लस्टरिङ तातो नक्शा
3. वैकल्पिक विभाजन पहिचान र वर्गीकरण
Astalavista द्वारा वैकल्पिक विभाजन घटनाहरूको पाँच प्रकारको भविष्यवाणी गर्न सकिन्छ।
4.वैकल्पिक पोली-एडेनिलेसन (एपीए) घटनाहरू पहिचान र मोटिफ पोली-ए को 50 बीपी अपस्ट्रीममा
BMK केस
नानोपोर पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रम द्वारा वैकल्पिक स्प्लिसिङ पहिचान र आइसोफर्म-स्तर परिमाणीकरण
प्रकाशित:प्रकृति संचार, २०२०
अनुक्रम रणनीति:
समूहीकरण: 1. CLL-SF3B1 (WT);2. CLL-SF3B1(K700E उत्परिवर्तन);3. सामान्य बी-कोशिकाहरू
अनुक्रम रणनीति: MinION 2D पुस्तकालय अनुक्रमण, PromethION 1D पुस्तकालय अनुक्रमण;समान नमूनाहरूबाट छोटो-पढ्ने डेटा
अनुक्रम प्लेटफार्म: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;
प्रमुख परिणामहरू
1.Isoform-स्तर वैकल्पिक स्प्लिसिङ पहिचान
लामो-पढ्ने अनुक्रमहरूले उत्परिवर्ती SF3B1 को पहिचानलाई सशक्त बनाउँछK700E- आइसोफर्म-स्तरमा स्प्लिस साइटहरू परिवर्तन गरियो।35 वैकल्पिक 3′SSs र 10 वैकल्पिक 5′SSs SF3B1 को बीचमा उल्लेखनीय रूपमा विभाजित भएको पाइयो।K700Eर SF3B1WT।35 मध्ये 33 परिवर्तनहरू लामो-पढिएका अनुक्रमहरूद्वारा नयाँ पत्ता लगाइएका थिए।
2.Isoform-स्तर वैकल्पिक Splicing परिमाणीकरण
SF3B1 मा intron अवधारण (IR) isoforms को अभिव्यक्तिK700Eर SF3B1WTSF3B1 मा IR isoforms को विश्वव्यापी डाउन-रेगुलेसन प्रकट गर्दै, nanopore अनुक्रमहरूको आधारमा परिमाण निर्धारण गरिएको थियो।K700E.
सन्दर्भ
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al।पुरानो लिम्फोसाइटिक ल्युकेमियामा SF3B1 उत्परिवर्तनको पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्ट विशेषताले राखिएको इन्ट्रोन्स [J] को डाउनरेगुलेसन प्रकट गर्दछ।प्रकृति संचार।
