डे नोवो फंगल जीनोम असेंबली
BMKGENE ले फंगल जीनोमहरूको लागि बहुमुखी समाधानहरू प्रदान गर्दछ, विविध अनुसन्धान आवश्यकताहरू र इच्छित जीनोम पूर्णतालाई पूरा गर्दछ। छोटो-पढ्ने इलुमिना सिक्वेन्सिङको मात्र प्रयोग गर्नाले ड्राफ्ट जीनोमको उत्पादन गर्न अनुमति दिन्छ। नानोपोर वा प्याकबियो प्रयोग गरेर छोटो-पढ्ने र लामो-पढ्ने सिक्वेन्सिङलाई लामो कन्टिगहरूसँग थप परिष्कृत फंगल जीनोमको लागि संयुक्त गरिन्छ। यसबाहेक, हाई-सी सिक्वेन्सिङलाई एकीकृत गर्नाले क्षमताहरूलाई अझ बढाउँछ, पूर्ण क्रोमोजोम-स्तर जीनोम प्राप्त गर्न सक्षम बनाउँछ।
सेवा सुविधाहरू
जीनोम पूर्णताको इच्छित डिग्रीको आधारमा छनौट गर्न तीन सम्भावित विकल्पहरू सहित:
● ड्राफ्ट जीनोम विकल्प: Illumina NovaSeq PE150 सँग छोटो-पढ्ने अनुक्रमण।
● फंगल फाइन जीनोम विकल्प:
जीनोम सर्वेक्षण: इलुमिना नोभासेक PE150।
जीनोम एसेम्बली: PacBio Revio (HiFi पढ्छ) वा Nanopore PromethION 48।
● क्रोमोजोम-स्तरीय फंगल जीनोम:
जीनोम सर्वेक्षण: इलुमिना नोभासेक PE150।
जीनोम एसेम्बली: PacBio Revio (HiFi पढ्छ) वा Nanopore PromethION 48।
हाई-सी एसेम्बलीसँग कन्टिग एङ्करिङ।
सेवाका फाइदाहरू
●धेरै अनुक्रम रणनीतिहरू उपलब्ध छन्: जीनोम पूर्णताको विभिन्न अनुसन्धान लक्ष्यहरू र आवश्यकताहरूको लागि
●पूर्ण बायोइन्फर्मेटिक्स कार्यप्रवाह:यसमा जीनोम एसेम्बली र बहु जीनोमिक तत्वहरूको भविष्यवाणी, कार्यात्मक जीन एनोटेसन, र कन्टिग एन्करिङ समावेश छ।
●व्यापक विशेषज्ञता: १२,००० भन्दा बढी माइक्रोबियल जीनोमहरू भेला भएकाले, हामीसँग एक दशक भन्दा बढीको अनुभव, उच्च कुशल विश्लेषण टोली, व्यापक सामग्री, र उत्कृष्ट बिक्री पछिको समर्थन छ।
●बिक्री पछिको समर्थन:हाम्रो प्रतिबद्धता परियोजना पूरा हुनुभन्दा बाहिर ३ महिनाको बिक्री पछिको सेवा अवधिको साथ विस्तार हुन्छ। यस समयमा, हामी परिणामहरूसँग सम्बन्धित कुनै पनि प्रश्नहरूलाई सम्बोधन गर्न परियोजना अनुगमन, समस्या निवारण सहायता, र प्रश्नोत्तर सत्रहरू प्रदान गर्दछौं।
सेवा निर्दिष्टीकरणहरू
| सेवा | अनुक्रम रणनीति | गुणस्तर नियन्त्रण |
| ड्राफ्ट जीनोम | इलुमिना PE150 100x | Q30≥85% |
| फाइन जीनोम | जीनोम सर्वेक्षण: इलुमिना PE150 ५० x एसेम्बली: PacBio HiFi 30x वा Nanopore 100x | कन्टिग N50 ≥1Mb（प्याकबियो युनिसेलुलर） कन्टिग N50 ≥2Mb（ONT एककोशिकीय） कन्टिग N५० ≥५००kb（अन्य） |
| क्रोमोजोम-स्तरको जीनोम | जीनोम सर्वेक्षण: इलुमिना PE150 ५० x एसेम्बली: PacBio HiFi 30x वा Nanopore 100x हाई-सी एसेम्बली १००x | कन्टिग एङ्करिङ अनुपात> ९०%
|
सेवा आवश्यकताहरू
| एकाग्रता (ng/µL) | कुल मात्रा (µg) | भोल्युम (µL) | OD260/280 को लागि सोधपुछ पेश गर्नुहोस्, हामी तपाईंलाई 24 घण्टामा सम्पर्क गर्नेछौं। | OD260/230 को लागि सोधपुछ पेश गर्नुहोस्, हामी तपाईंलाई 24 घण्टामा सम्पर्क गर्नेछौं। | |
| प्याकबायो | ≥२० | ≥२ | ≥२० | १.७-२.२ | ≥१.६ |
| नानोपोर | ≥४० | ≥२ | ≥२० | १.७-२.२ | १.०-३.० |
| इलुमिना | ≥१ | ≥०.०६ | ≥२० | - | - |
एककोशिकीय ढुसी: ≥३.५x१०10 कोषहरू
म्याक्रो फंगस: ≥१० ग्राम
सेवा कार्य प्रवाह
नमुना डेलिभरी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
तथ्याङ्क विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
निम्न विश्लेषण समावेश गर्दछ:
जीनोम सर्वेक्षण:
- अनुक्रमण डेटा गुणस्तर नियन्त्रण
- जीनोम अनुमान: आकार, विषमज्वर, दोहोरिने तत्वहरू
फाइन जीनोम असेम्बली:
- अनुक्रमण डेटा गुणस्तर नियन्त्रण
- नयाँसभा
- जीनोम कम्पोनेन्ट विश्लेषण: CDS र धेरै जीनोमिक तत्वहरूको भविष्यवाणी
- धेरै सामान्य डाटाबेसहरू (GO, KEGG, आदि) र उन्नत डाटाबेसहरू (CARD, VFDB, आदि) सहितको कार्यात्मक एनोटेसन।
हाई-सी असेंबली:
- हाई-सी पुस्तकालय मूल्याङ्कन।
- कन्टिग्स एङ्करिङ क्लस्टरिङ, अर्डरिङ र ओरिएन्टिङ
- HI-C असेंबलीको मूल्याङ्कन: सन्दर्भ जीनोम र ताप नक्सामा आधारित
जीनोम सर्वेक्षण: k-mer वितरण
जीनोम असेम्बली: जीन होमोलोगस एनोटेसन (NR डाटाबेस)
जीनोम असेम्बली: कार्यात्मक जीन एनोटेसन (GO)
प्रकाशनहरूको क्युरेट गरिएको संग्रह मार्फत BMKGene को फंगल जीनोम एसेम्बली सेवाहरूद्वारा सहजीकरण गरिएको प्रगतिहरूको अन्वेषण गर्नुहोस्।
हाओ, जे. एट अल. (२०२३) 'डुबिएको अवस्थामा औषधीय च्याउ इनोनोटस ओब्लिकसको एकीकृत ओमिक प्रोफाइलिङ',बीएमसी जीनोमिक्स, २४(१), पृ. १–१२. doi: १०.११८६/S१२८६४-०२३-०९६५६-Z/चित्र/३.
लु, एल. एट अल. (२०२३) 'जीनोम सिक्वेन्सिङले गहुँको तीखो आँखाको दाग लाग्ने रोगजनक राइजोक्टोनिया सेरेलिसको विकास र रोगजनक संयन्त्रहरू प्रकट गर्दछ',क्रप जर्नल, 11(2), pp. 405-416। doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024।
झाङ, एच. एट अल. (२०२३) 'विविध टर्फग्रासहरूमा डलर स्पट निम्त्याउने चार क्लारिरीडिया प्रजातिहरूको लागि जीनोम स्रोतहरू',बिरुवाको रोग, १०७(३), पृ. ९२९–९३४। doi: १०.१०९४/PDIS-०८-२२-१९२१-A
झाङ, एसएस एट अल। (२०२३) 'खाद्य च्याउ ग्रिफोला फ्रोन्डोसामा टेट्रापोलर मिलन प्रणालीको आनुवंशिक र आणविक प्रमाण',फङ्गीको जर्नल, ९(१०), पृष्ठ ९५९। doi: १०.३३९०/JOF९१००९५९/S१।
