लामो गैर-कोडिङ अनुक्रम-Illumina
सेवा लाभहरू
● सेवा लाभहरू
● सेलुलर र तन्तु विशिष्ट
● विशिष्ट चरणले गतिशील अभिव्यक्ति परिवर्तनलाई अभिव्यक्त र प्रस्तुत गर्दछ
● समय र स्थान अभिव्यक्तिको सटीक ढाँचाहरू
● mRNA डेटा संग संयुक्त विश्लेषण।
● BMKCloud-आधारित परिणाम वितरण: प्लेटफर्ममा अनुकूलित डाटा-खनन उपलब्ध छ।
● परियोजना पूरा भएपछि 3 महिनाको लागि मान्य बिक्री पछि सेवाहरू
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
| पुस्तकालय | प्लेटफर्म | सिफारिस गरिएको डाटा | डाटा QC |
| rRNA कमी | Illumina PE150 | १० जीबी | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | रकम (μg) | शुद्धता | निष्ठा |
| ≥ १०० | ≥ ०.५ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेलमा देखाइएको सीमित वा कुनै प्रोटीन वा डीएनए प्रदूषण। | बिरुवाहरूको लागि: RIN≥6.5; जनावरहरूको लागि: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित वा कुनै आधार रेखा उचाइ |
न्यूक्लियोटाइड्स:
टिस्यु: वजन (सुक्खा): ≥1 ग्राम
*५ मिलीग्राम भन्दा सानो टिस्युको लागि, हामी फ्ल्याश फ्रोजन (तरल नाइट्रोजनमा) टिस्यु नमूना पठाउन सिफारिस गर्छौं।
सेल निलम्बन: सेल गणना = 3 × 107
*हामी फ्रोजन सेल लाइसेट पठाउन सिफारिस गर्छौं।यदि त्यो कक्ष 5×10 भन्दा सानो गणना हुन्छ5तरल नाइट्रोजनमा जमेको फ्ल्याश सिफारिस गरिन्छ।
रगत नमूना:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol र 2mL रगत (TRIzol:Blood=3:1)
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
कन्टेनर: 2 एमएल सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिएको छैन)
नमूना लेबलिंग: समूह + प्रतिकृति जस्तै A1, A2, A3;B1, B2, B3...
ढुवानी:
1. ड्राई-बरफ: नमूनाहरू झोलामा प्याक गरी ड्राई-बरफमा गाडिनु पर्छ।
2.RNAstable ट्यूबहरू: RNA नमूनाहरू RNA स्थिरीकरण ट्यूब (जस्तै RNAstable®) मा सुकाउन सकिन्छ र कोठाको तापक्रममा पठाउन सकिन्छ।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
आरएनए निकासी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
बायोइन्फर्मेटिक्स
1.LncRNA वर्गीकरण
माथिका चार सफ्टवेयरहरूद्वारा भविष्यवाणी गरिएको LncRNA लाई 4 कोटीहरूमा वर्गीकृत गरिएको थियो: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;ज्ञान-LncRNA।LncRNA वर्गीकरण तल हिस्टोग्राम मा देखाइएको थियो।
LncRNA वर्गीकरण
2. DE-lncRNA संवर्धन विश्लेषणको Cis-लक्षित जीनहरू
ClusterProfiler जैविक प्रक्रियाहरू, आणविक कार्यहरू र सेलुलर कम्पोनेन्टहरूको सन्दर्भमा, भिन्न रूपमा व्यक्त गरिएको lncRNA (DE-lncRNA) को cis-लक्षित जीनहरूमा GO संवर्धन विश्लेषणमा कार्यरत थियो।GO संवर्धन विश्लेषण सम्पूर्ण जीनोमको तुलनामा DEG-निर्देशित उल्लेखनीय रूपमा समृद्ध GO सर्तहरू पहिचान गर्ने प्रक्रिया हो।समृद्ध सर्तहरू तल देखाइए अनुसार हिस्टोग्राम, बबल चार्ट, आदि मा प्रस्तुत गरिएको थियो।
DE-lncRNA संवर्धन विश्लेषणको Cis-लक्षित जीनहरू - बबल चार्ट
3. mRNA र lncRNA को लम्बाइ, exon नम्बर, ORF र अभिव्यक्ति मात्रा तुलना गरेर, हामी तिनीहरू बीचको संरचना, अनुक्रम र यस्तै अन्य कुराहरू बुझ्न सक्छौं, र हामीले भविष्यवाणी गरेको उपन्यास lncRNA सामान्य विशेषताहरूसँग मेल खान्छ कि छैन भनेर पनि प्रमाणित गर्न सक्छौं।
BMK केस
KRAS-G12D उत्परिवर्तन र P53 नकआउटको साथ माउसको फोक्सो एडेनोकार्सिनोमामा अविनियमित lncRNA अभिव्यक्ति प्रोफाइल
प्रकाशित:सेलुलर र आणविक चिकित्सा को जर्नल,२०१९
अनुक्रम रणनीति
इल्युमिना
नमूना संग्रह
NONMMUT015812-नकडाउन KP (shRNA-2) कोशिकाहरू र नकारात्मक नियन्त्रण (sh-Scr) कोशिकाहरू विशेष भाइरल संक्रमणको 6 दिनमा प्राप्त गरिएका थिए।
प्रमुख परिणामहरू
यस अध्ययनले P53 नकआउट र KrasG12D उत्परिवर्तनको साथ माउसको फोक्सोको एडेनोकार्सिनोमामा असामान्य रूपमा व्यक्त गरिएको lncRNAs अनुसन्धान गर्दछ।
1.6424 lncRNAs फरक रूपमा व्यक्त गरिएको थियो (≥ 2-गुना परिवर्तन, P <0.05)।
2.सबै 210 lncRNAs(FC≥8) मध्ये, 11 lncRNAs को अभिव्यक्ति P53 द्वारा, 33 lncRNAs KRAS द्वारा र 13 lncRNAs लाई प्राथमिक KP कोषहरूमा हाइपोक्सिया द्वारा क्रमशः विनियमित गरिएको थियो।
3.NONMMUT015812, जुन माउसको फोक्सो एडेनोकार्सिनोमामा उल्लेखनीय रूपमा अप-रेगुलेट गरिएको थियो र P53 पुन: अभिव्यक्तिद्वारा नकारात्मक रूपमा विनियमित थियो, यसको सेलुलर प्रकार्य विश्लेषण गर्न पत्ता लगाइएको थियो।
4. shRNAs द्वारा NONMMUT015812 को नकडाउनले KP कोशिकाहरूको प्रसार र माइग्रेसन क्षमताहरू घटाएको छ।NONMMUT015812 एक सम्भावित ओन्कोजीन थियो।
 NONMMUT015812-नकडाउन केपी कोशिकाहरूमा भिन्नता व्यक्त गरिएको जीनको KEGG मार्ग विश्लेषण |  NONMMUT015812-नकडाउन KP कोशिकाहरूमा भिन्न रूपमा व्यक्त गरिएका जीनहरूको जीन ओन्टोलजी विश्लेषण |
सन्दर्भ
KRAS-G12D उत्परिवर्तन र P53 नकआउट [J] सँग माउसको फोक्सो एडेनोकार्सिनोमामा अविनियमित lncRNA अभिव्यक्ति प्रोफाइल।जर्नल अफ सेलुलर एण्ड मोलिक्युलर मेडिसिन, २०१९, २३(१०)।DOI: 10.1111/jcmm.14584
