गैर-सन्दर्भ आधारित mRNA अनुक्रमण-NGS
सुविधाहरू
● पुस्तकालय तयारी गर्नु अघि पोली mRNA को क्याप्चर
● कुनै पनि सन्दर्भ जीनोमबाट स्वतन्त्र: ट्रान्सक्रिप्टहरूको डे नोवो एसेम्बलीमा आधारित, बहुविध डाटाबेसहरू (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG) सँग एनोटेट गरिएका युनिजिनहरूको सूची सिर्जना गर्दै।
● जीन अभिव्यक्ति र ट्रान्सक्रिप्ट संरचनाको व्यापक जैव सूचनात्मक विश्लेषण
सेवा लाभहरू
●व्यापक विशेषज्ञता: BMKGENE मा 600,000 भन्दा बढी नमूनाहरू प्रशोधन गर्ने ट्र्याक रेकर्डको साथ, विभिन्न नमूना प्रकारहरू जस्तै सेल कल्चरहरू, टिस्युहरू र शरीरको तरल पदार्थहरू फैलाएर, हाम्रो टोलीले प्रत्येक परियोजनामा अनुभवको धनी ल्याउँछ। हामीले विभिन्न अनुसन्धान डोमेनहरूमा 100,000 mRNA-Seq परियोजनाहरू सफलतापूर्वक बन्द गरेका छौं।
●कडा गुणस्तर नियन्त्रण: हामी नमूना र पुस्तकालय तयारी देखि अनुक्रमण र बायोइन्फर्मेटिक्स सम्म सबै चरणहरूमा कोर नियन्त्रण बिन्दुहरू लागू गर्छौं। यो सावधानीपूर्वक अनुगमनले लगातार उच्च-गुणस्तरको परिणामहरूको वितरण सुनिश्चित गर्दछ।
● व्यापक एनोटेसन: हामी धेरै डाटाबेसहरू प्रयोग गर्छौं कार्यात्मक रूपमा भिन्न अभिव्यक्त जीनहरू (DEGs) एनोटेट गर्न र सम्बन्धित संवर्धन विश्लेषण प्रदर्शन गर्न, ट्रान्सक्रिप्टोम प्रतिक्रिया अन्तर्निहित सेलुलर र आणविक प्रक्रियाहरूमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ।
●पोस्ट-बिक्री समर्थन: हाम्रो प्रतिबद्धता 3-महिना पछि-बिक्री सेवा अवधि संग परियोजना समाप्ति बाहिर विस्तार हुन्छ। यस समयमा, हामी परिणामहरूसँग सम्बन्धित कुनै पनि प्रश्नहरू सम्बोधन गर्न परियोजना फलो-अप, समस्या निवारण सहायता, र प्रश्नोत्तर सत्रहरू प्रस्ताव गर्दछौं।
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
| पुस्तकालय | अनुक्रम रणनीति | Data सिफारिस गर्नुभयो | गुणस्तर नियन्त्रण |
| पोली ए समृद्ध | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
नमूना आवश्यकताहरू:
न्यूक्लियोटाइड्स:
| Conc.(ng/μl) | रकम (μg) | शुद्धता | निष्ठा |
| ≥ १० | ≥ ०.२ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेलमा देखाइएको सीमित वा कुनै प्रोटीन वा डीएनए प्रदूषण। | बिरुवाहरूको लागि: RIN≥4.0; जनावरहरूको लागि: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित वा कुनै आधार रेखा उचाइ |
● बिरुवाहरू:
जरा, स्टेम वा पंखुडी: 450 मिलीग्राम
पात वा बीउ: 300 मिलीग्राम
फल: 1.2 ग्राम
● जनावर:
हृदय वा आन्द्रा: 300 मिलीग्राम
भिसेरा वा मस्तिष्क: 240 मिलीग्राम
मांसपेशी: 450 मिलीग्राम
हड्डी, कपाल वा छाला: 1 ग्राम
● आर्थ्रोपोडहरू:
कीराहरू: 6 ग्राम
क्रस्टेसिया: 300 मिलीग्राम
● सम्पूर्ण रगत: १ ट्यूब
● कक्षहरू: 106 कक्षहरू
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
कन्टेनर: 2 एमएल सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिएको छैन)
नमूना लेबलिंग: समूह + प्रतिकृति जस्तै A1, A2, A3; B1, B2, B3।
ढुवानी:
1. ड्राई-बरफ: नमूनाहरू झोलाहरूमा प्याक गरी ड्राई-बरफमा गाडिनु पर्छ।
2. RNAstable ट्यूबहरू: RNA नमूनाहरू RNA स्थिरीकरण ट्यूब (जस्तै RNAstable®) मा सुकाउन सकिन्छ र कोठाको तापक्रममा पठाउन सकिन्छ।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
आरएनए निकासी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
बायोइन्फर्मेटिक्स
ट्रान्सक्रिप्टोम असेंबली र युनिजीन चयन
Unigene एनोटेशन
जैविक प्रतिकृतिहरूको नमूना सहसंबंध र मूल्याङ्कन
भिन्न अभिव्यक्त जीन्स (DEGs)
DEGs को कार्यात्मक एनोटेशन
DEGs को कार्यात्मक संवर्धन
प्रकाशनहरूको क्युरेट गरिएको संग्रह मार्फत BMKGene को युकेरियोटिक NGS mRNA अनुक्रमण सेवाहरूद्वारा सहजीकरण गरिएका प्रगतिहरू अन्वेषण गर्नुहोस्।
शेन, एफ एट अल। (२०२०) 'डे नोवो ट्रान्सक्रिप्टोम एसेम्बली एण्ड सेक्स-बायस्ड जीन एक्सप्रेशन इन द गोनाड्स अफ अमुर क्याटफिश (सिलुरस एसोटस)', जेनोमिक्स, ११२(३), पीपी २६०३–२६१४। doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026।
Zhang, C. et al। (2016) 'प्याजमा बल्ब सूजन र विकासको क्रममा सुक्रोज मेटाबोलिज्मको ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण (एलियम सेपा एल।)', फ्रन्टियर्स इन प्लान्ट साइन्स, 7 (सेप्टेम्बर), पृ। 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX।
Zhu, C. et al। (2017) 'डे नोवो एसेम्बली, क्यारेक्टराइजेशन र एनोटेशन फर द ट्रान्सक्रिप्टोम अफ सार्कोचेलिचिथिस सिनेन्सिस', PLOS ONE, 12(2)। doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966।
Zou, L. et al। (2021) 'डे नोवो ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषणले लवणता तनावमा पोडोकार्पस म्याक्रोफिलसको नुन सहनशीलतामा अन्तरदृष्टि प्रदान गर्दछ', BMC प्लान्ट बायोलोजी, 21(1), pp. 1-17। doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
