PacBio २+३ पूर्ण-लम्बाइ mRNA समाधान
विशेषताहरू
● अध्ययन डिजाइन:
ट्रान्सक्रिप्ट आइसोफर्महरू पहिचान गर्न PacBio सँग अनुक्रमित नमूनालाई पूल गरियो
अलग-अलग नमूनाहरू (प्रतिकृतिहरू र परीक्षण गर्नुपर्ने अवस्थाहरू) क्रमबद्ध रूपमाट्रान्सक्रिप्ट अभिव्यक्तिको परिमाण निर्धारण गर्न NGS
● CCS मोडमा PacBio अनुक्रमण, HiFi रिडहरू उत्पन्न गर्दै
● पूर्ण-लम्बाइका ट्रान्सक्रिप्टहरूको अनुक्रमण
● विश्लेषणको लागि सन्दर्भ जीनोम आवश्यक पर्दैन; यद्यपि, यसलाई प्रयोग गर्न सकिन्छ
● जैविक सूचना विश्लेषणमा जीन र आइसोफर्म-स्तरमा अभिव्यक्ति मात्र समावेश हुँदैन तर lncRNA, जीन फ्युजन, पोलि-एडेनिलेसन, र जीन संरचनाको विश्लेषण पनि समावेश हुन्छ।
फाइदाहरू
● उच्च शुद्धता: हाईफाईले ९९.९% (Q३०) भन्दा बढी शुद्धताका साथ पढ्छ, NGS सँग तुलना गर्न सकिन्छ।
● वैकल्पिक स्प्लिसिङ विश्लेषण: सबै ट्रान्सक्रिप्टहरू क्रमबद्ध गर्नाले आइसोफर्म पहिचान र विशेषताहरू सक्षम बनाउँछ।
● PacBio र NGS शक्तिहरूको संयोजन: यसले आइसोफर्म स्तरमा अभिव्यक्तिको परिमाणीकरण सक्षम बनाउँछ, सम्पूर्ण जीन अभिव्यक्तिको विश्लेषण गर्दा लुकाउन सकिने परिवर्तनलाई उजागर गर्दछ।
● व्यापक विशेषज्ञता: हामीले २३०० भन्दा बढी नमूनाहरू प्रशोधन गरेका छौं, हाम्रो टोलीले प्रत्येक परियोजनामा प्रशस्त अनुभव ल्याउँछ।
● बिक्री पछिको समर्थन: हाम्रो प्रतिबद्धता परियोजना पूरा हुनुभन्दा बाहिर ३ महिनाको बिक्री पछिको सेवा अवधिको साथ विस्तारित छ। यस समयमा, हामी परिणामहरूसँग सम्बन्धित कुनै पनि प्रश्नहरूलाई सम्बोधन गर्न परियोजना अनुगमन, समस्या निवारण सहायता, र प्रश्नोत्तर सत्रहरू प्रदान गर्दछौं।
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
| पुस्तकालय | अनुक्रम रणनीति | सिफारिस गरिएको डेटा | गुणस्तर नियन्त्रण |
| PolyA समृद्ध mRNA CCS पुस्तकालय | प्याकबायोको सिक्वेल II प्याकबायो रेभियो | २०/४० जीबी ५/१० एम सीसीएस | Q30≥85% |
| पोलि ए समृद्ध | इलुमिना PE150 | ६-१० जीबी | Q30≥85% |
न्यूक्लियोटाइड्स
|
| संक्षेप (ng/μl) | मात्रा (μg) | शुद्धता | निष्ठा |
| इलुमिना पुस्तकालय | ≥ १० | ≥ ०.२ | OD260/280=1.7-2.5 को कीवर्डहरू OD260/230=0.5-2.5 को कीवर्डहरू जेलमा सीमित वा कुनै प्रोटिन वा डीएनए प्रदूषण देखाइएको छैन। | बिरुवाहरूको लागि: RIN≥4.0; जनावरहरूको लागि: RIN≥4.5; ५.०≥२८सेकेन्ड/१८सेकेन्ड≥१.०; सीमित वा कुनै आधारभूत उचाइ छैन |
| प्याकबायो पुस्तकालय | ≥ १०० | ≥ १.० | OD260/280=1.7-2.5 को कीवर्डहरू OD260/230=0.5-2.5 को कीवर्डहरू जेलमा सीमित वा कुनै प्रोटिन वा डीएनए प्रदूषण देखाइएको छैन। | बिरुवाहरू: RIN≥७.५ जनावरहरू: RIN≥८.० ५.०≥२८सेकेन्ड/१८सेकेन्ड≥१.०; सीमित वा कुनै आधारभूत उचाइ छैन |
सिफारिस गरिएको नमुना डेलिभरी
कन्टेनर: २ मिलिलिटर सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिँदैन)
नमुना लेबलिङ: समूह+प्रतिकृति जस्तै A1, A2, A3; B1, B2, B3।
ढुवानी:
१. सुख्खा बरफ:नमूनाहरूलाई झोलामा प्याक गर्नुपर्छ र सुख्खा बरफमा गाड्नुपर्छ।
२. आरएनए स्थिर ट्यूबहरू: आरएनए नमूनाहरू आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (जस्तै आरएनए स्थिर®) मा सुकाउन सकिन्छ र कोठाको तापक्रममा पठाउन सकिन्छ।
निम्न विश्लेषण समावेश गर्दछ:
- कच्चा डेटा
- गुणस्तर नियन्त्रण
- वैकल्पिक पोलिएडेनिलेसन विश्लेषण (APA)
- फ्युजन ट्रान्सक्रिप्ट विश्लेषण
- वैकल्पिक स्प्लिसिङ विश्लेषण
- बेन्चमार्किङ युनिभर्सल सिंगल-कपी अर्थोलग्स (BUSCO) विश्लेषण
- उपन्यास ट्रान्सक्रिप्ट विश्लेषण: कोडिङ अनुक्रम (CDS) र कार्यात्मक एनोटेसनको भविष्यवाणी
- lncRNA विश्लेषण: lncRNA र लक्ष्यहरूको भविष्यवाणी
- माइक्रोस्याटेलाइट पहिचान (SSR)
- भिन्नतापूर्वक व्यक्त गरिएको ट्रान्सक्रिप्ट (DETs) विश्लेषण
- भिन्नतापूर्वक व्यक्त गरिएको जीन (DEGs) विश्लेषण
- DEGs र DETs को कार्यात्मक एनोटेसन
BUSCO विश्लेषण
वैकल्पिक स्प्लिसिङ विश्लेषण
वैकल्पिक पोलिएडेनिलेसन विश्लेषण (APA)
भिन्नतापूर्वक व्यक्त गरिएको जीन (DEGs) र ट्रान्सक्रिप्टहरू (DETs9 विश्लेषण)
DETs र DEGs को प्रोटिन-प्रोटिन अन्तरक्रिया नेटवर्कहरू
BMKGene को PacBio 2+3 पूर्ण-लम्बाइको mRNA अनुक्रमणले प्रकाशनहरूको क्युरेट गरिएको संग्रह मार्फत सहजीकरण गरेको प्रगतिहरूको अन्वेषण गर्नुहोस्।
चाओ, क्यू. एट अल. (२०१९) 'पोपुलस स्टेम ट्रान्सक्रिप्टोमको विकासात्मक गतिशीलता',प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल, १७(१), पृ. २०६–२१९। doi: १०.११११/PBI.१२९५८।
डेङ, एच. एट अल. (२०२२) 'फल विकास र एक्टिनिडिया ल्याटिफोलिया (एस्कर्बेट-धनी फलफूल बाली) को पाक्ने क्रममा एस्कर्बिक एसिड सामग्रीमा गतिशील परिवर्तनहरू र सम्बद्ध आणविक संयन्त्रहरू',आणविक विज्ञानको अन्तर्राष्ट्रिय जर्नल, २३ (१०), पृ। 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1।
हुआ, एक्स. एट अल. (२०२२) 'पेरिस पोलिफिलामा बायोएक्टिभ पोलिफिलिनमा संलग्न बायोसिंथेटिक मार्ग जीनहरूको प्रभावकारी भविष्यवाणी',सञ्चार जीवविज्ञान२०२२ ५:१, ५(१), पृ. १–१०। doi: १०.१०३८/s४२००३-०२२-०३०००-z।
लिउ, एम. एट अल. (२०२३) 'टुटा एब्सोल्युटा (मेयरिक) ट्रान्सक्रिप्टोम र साइटोक्रोम P४५० जीनको संयुक्त प्याकबायो आइसो-सेक र इलुमिना आरएनए-सेक विश्लेषण',कीराहरू, १४(४), पृष्ठ ३६३। doi: १०.३३९०/INSECTS१४०४०३६३/S१।
वाङ, लिजुन एट अल। (२०१९) 'रिसिनस कम्युनिसमा रिसिनोलिक एसिड बायोसिन्थेसिसको राम्रो बुझाइको लागि इलुमिना आरएनए सिक्वेन्सिङसँग मिलाएर प्याकबायो एकल-अणु वास्तविक-समय विश्लेषण प्रयोग गरेर ट्रान्सक्रिप्टोम जटिलताको सर्वेक्षण',बीएमसी जीनोमिक्स, २०(१), पृ. १–१७। doi: १०.११८६/S१२८६४-०१९-५८३२-९/चित्र/७।
