प्लान्ट/एनिमल डे नोवो जीनोम सिक्वेन्सिङ
डेनोभोअनुक्रमणले सन्दर्भ जीनोमको अभावमा अनुक्रमण प्रविधिहरू प्रयोग गरेर प्रजातिको सम्पूर्ण जीनोमको निर्माणलाई जनाउँछ। लामो पठनहरू सहितको तेस्रो-पुस्ता अनुक्रमणको परिचय र व्यापक अपनाउनेले पठनहरू बीचको ओभरल्याप बढाएर जीनोम एसेम्बलीलाई उल्लेखनीय रूपमा बढाएको छ। यो वृद्धि विशेष गरी चुनौतीपूर्ण जीनोमहरूसँग व्यवहार गर्दा प्रासंगिक हुन्छ, जस्तै उच्च हेटेरोजाइगोसिटी प्रदर्शन गर्ने, दोहोरिने क्षेत्रहरूको उच्च अनुपात, पोलिप्लोइडहरू, र दोहोरिने तत्वहरू भएका क्षेत्रहरू, असामान्य GC सामग्रीहरू, वा उच्च जटिलता जुन सामान्यतया छोटो-पठन अनुक्रमण प्रयोग गरेर मात्र कमजोर रूपमा भेला हुन्छन्।
हाम्रो एक-स्टप समाधानले एकीकृत अनुक्रमण सेवाहरू र बायोइन्फर्मेटिक विश्लेषण प्रदान गर्दछ जसले उच्च-गुणस्तरको नयाँ एसेम्बल गरिएको जीनोम प्रदान गर्दछ। इलुमिनासँगको प्रारम्भिक जीनोम सर्वेक्षणले जीनोमको आकार र जटिलताको अनुमान प्रदान गर्दछ, र यो जानकारी PacBio HiFi सँग लामो-पढ्ने अनुक्रमणको अर्को चरणलाई मार्गदर्शन गर्न प्रयोग गरिन्छ, त्यसपछिनयाँकन्टिगहरूको संयोजन। HiC एसेम्बलीको पछिल्ला प्रयोगले कन्टिगहरूलाई जीनोममा एङ्करिङ गर्न सक्षम बनाउँछ, क्रोमोजोम-स्तर एसेम्बली प्राप्त गर्दछ। अन्तमा, जीनोमलाई जीन भविष्यवाणी र व्यक्त जीनहरूलाई अनुक्रमण गरेर, छोटो र लामो पठनहरू सहित ट्रान्सक्रिप्टोमहरूको सहारा लिएर एनोटेट गरिन्छ।
सेवा सुविधाहरू
● एक-स्टप समाधानमा बहु अनुक्रमण र जैव सूचना सेवाहरूको एकीकरण:
जीनोमको आकार अनुमान गर्न र त्यसपछिका चरणहरूलाई मार्गदर्शन गर्न इलुमिनासँग जीनोम सर्वेक्षण;
लामो पढाइ अनुक्रमणिकाको लागिनयाँकन्टिगहरूको संयोजन;
क्रोमोजोम एङ्करिङको लागि हाई-सी अनुक्रमण;
जीनको एनोटेसनको लागि mRNA अनुक्रमण;
सभाको प्रमाणीकरण।
● नयाँ जीनोमहरू निर्माण गर्न वा रुचि भएका प्रजातिहरूको लागि अवस्थित सन्दर्भ जीनोमहरूको सुधारको लागि उपयुक्त सेवा।
सेवाका फाइदाहरू
मा अनुक्रमण प्लेटफर्म र जैविक सूचना विज्ञानको विकासनयाँजीनोम एसेम्बली
(अमरसिंघे एसएल एट अल।,जीनोम जीवविज्ञान(२०२०)
●व्यापक विशेषज्ञता र प्रकाशन रेकर्ड: BMKGene ले डिप्लोइड जीनोम र पोलिप्लोइड र एलोपोलिप्लोइड प्रजातिहरूको अत्यधिक जटिल जीनोमहरू सहित विविध प्रजातिहरूको उच्च-गुणस्तरको जीनोम संयोजनमा ठूलो अनुभव प्राप्त गरेको छ। २०१८ देखि, हामीले अधिक योगदान गरेका छौं३०० उच्च-प्रभाव प्रकाशनहरू, र ती मध्ये २०+ प्रकृति जेनेटिक्समा प्रकाशित छन्।।
● एक-स्टप समाधान: हाम्रो एकीकृत दृष्टिकोणले बहु अनुक्रम प्रविधिहरू र जैव सूचनात्मक विश्लेषणहरूलाई एक सुसंगत कार्यप्रवाहमा संयोजन गर्दछ, जसले उच्च-गुणस्तरको एकत्रित जीनोम प्रदान गर्दछ।
●तपाईंको आवश्यकता अनुसार बनाइएको: हाम्रो सेवा कार्यप्रवाह अनुकूलन योग्य छ, जसले विविध सुविधाहरू र विशिष्ट अनुसन्धान आवश्यकताहरू भएका जीनोमहरूको लागि अनुकूलनलाई अनुमति दिन्छ। यसमा विशाल जीनोमहरू, पोलिप्लोइड जीनोमहरू, अत्यधिक विषमज्वर जीनोमहरू, र थप कुराहरू समावेश छन्।
●उच्च कुशल बायोइन्फर्मेटिक्स र प्रयोगशाला टोली: जटिल जीनोम एसेम्बलीहरूको प्रयोगात्मक र बायोइन्फर्मेटिक्स दुवैमा उत्कृष्ट अनुभव र पेटेन्ट र सफ्टवेयर प्रतिलिपि अधिकारको श्रृंखलाको साथ।
●बिक्री पछिको समर्थन:हाम्रो प्रतिबद्धता परियोजना पूरा हुनुभन्दा बाहिर ३ महिनाको बिक्री पछिको सेवा अवधिको साथ विस्तार हुन्छ। यस समयमा, हामी परिणामहरूसँग सम्बन्धित कुनै पनि प्रश्नहरूलाई सम्बोधन गर्न परियोजना अनुगमन, समस्या निवारण सहायता, र प्रश्नोत्तर सत्रहरू प्रदान गर्दछौं।
सेवा निर्दिष्टीकरणहरू
| जीनोम सर्वेक्षण | जीनोम असेम्ब्ली | क्रोमोजोम-स्तर | जीनोम एनोटेसन |
| ५०X इलुमिना नोभासेक PE१५०
| ३०X PacBio CCS HiFi रिडहरू | १००X हाई-सी | आरएनए-सेक इलुमिना PE150 १० जीबी + (वैकल्पिक) पूर्ण लम्बाइको RNA-seq PacBio ४० Gb वा नानोपोर १२ जिबी |
सेवा आवश्यकताहरू
जीनोम सर्वेक्षण, जीनोम असेम्बली र हाई-सी असेम्बलीको लागि:
| तन्तु वा निकालिएको न्यूक्लिक एसिडहरू | जीनोम सर्वेक्षण | PacBio सँग जीनोम एसेम्बली | हाई-सी असेम्बली |
| जनावरको भिसेरा | ०.५-१ ग्राम
| ≥ ३.५ ग्राम | ≥२ ग्राम |
| जनावरको मांसपेशी | ≥ ५ ग्राम | ||
| स्तनधारी रगत | १.५ एमएल
| ≥ ५ एमएल | ≥२ एमएल |
| कुखुरा/माछाको रगत | ≥ ०.५ एमएल | ||
| बिरुवा- ताजा पात | १-२ ग्राम | ≥ ५ ग्राम | ≥ ४ ग्राम |
| संवर्धित कोषहरू |
| ≥ १x१०8 | ≥ १x१०7 |
| किरा | ०.५-१ ग्राम | ≥ ३ ग्राम | ≥ २ ग्राम |
| निकालिएको डीएनए | एकाग्रता: ≥१ एनजी/ µL रकम ≥ ३० ङ सीमित वा कुनै क्षय वा प्रदूषण छैन | एकाग्रता: ≥ ५० एनजी/ µL मात्रा: १० µg/प्रवाह कक्ष/नमूना OD260/280=1.7-2.2 को कीवर्डहरू OD260/230=1.8-2.5 को कीवर्डहरू सीमित वा कुनै क्षय वा प्रदूषण छैन |
-
|
ट्रान्सक्रिप्टोमिक्सको साथ जीनोम एनोटेसनको लागि:
| तन्तु वा निकालिएको न्यूक्लिक एसिडहरू | इलुमिना ट्रान्सक्रिप्टोम | प्याकबायो ट्रान्सक्रिप्टोम | न्यानोपोर ट्रान्सक्रिप्टोम |
| बिरुवा- जरा/काण्ड/पात | ४५० मिलीग्राम | ६०० मिलीग्राम | |
| बिरुवा - पात/बीउ | ३०० मिलीग्राम | ३०० मिलीग्राम | |
| बिरुवा - फल | १.२ ग्राम | १.२ ग्राम | |
| जनावरको मुटु/आन्द्रा | ३०० मिलीग्राम | ३०० मिलीग्राम | |
| जनावरको भिसेरा/मस्तिष्क | २४० मिलीग्राम | २४० मिलीग्राम | |
| जनावरको मांसपेशी | ४५० मिलीग्राम | ४५० मिलीग्राम | |
| जनावरको हड्डी/कपाल/छाला | १ ग्राम | १ ग्राम | |
| अर्थ्रोपोड - कीरा | 6 | 6 | |
| अर्थ्रोपोड - क्रस्टेसिया | ३०० मिलीग्राम | ३०० मिलीग्राम | |
| सम्पूर्ण रगत | १ ट्यूब | १ ट्यूब | |
| निकालिएको आरएनए | एकाग्रता: ≥ २० एनजी/ µL मात्रा ≥ ०.३ µg OD260/280=1.7-2.5 को कीवर्डहरू OD260/230=0.5-2.5 को कीवर्डहरू आरआईएन≥ ६ ५≥२८सेकेन्ड/१८सेकेन्ड≥१ | एकाग्रता: ≥ 100 ng/ µL मात्रा ≥ ०.७५ µg OD260/280=1.7-2.5 को कीवर्डहरू OD260/230=0.5-2.5 को कीवर्डहरू आरआईएन≥ ८ ५≥२८सेकेन्ड/१८सेकेन्ड≥१ | एकाग्रता: ≥ 100 ng/ µL मात्रा ≥ ०.७५ µg OD260/280=1.7-2.5 को कीवर्डहरू OD260/230=0.5-2.5 को कीवर्डहरू आरआईएन≥ ७.५ ५≥२८सेकेन्ड/१८सेकेन्ड≥१ |
सिफारिस गरिएको नमुना डेलिभरी
कन्टेनर: २ मिलिलिटर सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिँदैन)
(धेरैजसो नमूनाहरूको लागि, हामी इथेनॉलमा संरक्षण नगर्न सिफारिस गर्छौं।)
नमूना लेबलिङ: नमूनाहरू स्पष्ट रूपमा लेबल गरिएको र पेश गरिएको नमूना जानकारी फारमसँग मिल्दोजुल्दो हुनुपर्छ।
ढुवानी: सुख्खा बरफ: नमूनाहरू पहिले झोलामा प्याक गर्नुपर्छ र सुख्खा बरफमा गाड्नुपर्छ।
कार्यप्रवाह
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमुना डेलिभरी
डीएनए निकासी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
तथ्याङ्क विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
४ चरणमा विभाजित, पूर्ण जैविक सूचना विश्लेषण:
१) NGS सँग k-mer विश्लेषणमा आधारित जीनोम सर्वेक्षण यस्तो छ:
जीनोम आकारको अनुमान
हेटेरोजाइगोसिटीको अनुमान
दोहोरिने क्षेत्रहरूको अनुमान
२) PacBio HiFi सँग जीनोम एसेम्बली:
नयाँसभा
एसेम्बली मूल्याङ्कन: जीनोम पूर्णताको लागि BUSCO विश्लेषण र NGS र PacBio HiFi पढाइहरूको म्यापिङ सहित
३) हाई-सी एसेम्बली:
हाई-सी लाइब्रेरी QC: मान्य हाई-सी अन्तरक्रियाको अनुमान
हाई-सी एसेम्बली: समूहहरूमा कन्टिगहरूको समूहीकरण, त्यसपछि प्रत्येक समूह भित्र कन्टिग क्रमबद्ध गर्दै र कन्टिग अभिमुखीकरण तोक्दै।
हाई-सी मूल्याङ्कन
४) जीनोम एनोटेसन:
गैर-कोडिङ आरएनए भविष्यवाणी
दोहोरिने अनुक्रम पहिचान (ट्रान्सपोजन्स र ट्यान्डम दोहोरिने)
जीन भविष्यवाणी
§नयाँ: सुरुवाती एल्गोरिदमहरू
§ समरूपतामा आधारित
§ ट्रान्सक्रिप्टोममा आधारित, लामो र छोटो पठन सहित: पठनहरू हुन्नयाँमस्यौदा जीनोममा भेला वा म्याप गरिएको
§ धेरै डाटाबेसहरूको साथ भविष्यवाणी गरिएको जीनको एनोटेसन
१) जीनोम सर्वेक्षण- k-mer विश्लेषण
२) जीनोम असेम्बली
२) जीनोम एसेम्बली - प्याकबायो हाइफाईले मस्यौदा एसेम्बलीमा म्यापिङ पढ्छ।
२) हाई-सी असेंबली - हाई-सी मान्य अन्तरक्रिया जोडीहरूको अनुमान
३) हाई-सी पोस्ट-एसेम्बली मूल्याङ्कन
४) जीनोम एनोटेसन - अनुमानित जीनहरूको एकीकरण
४) जीनोम एनोटेसन - भविष्यवाणी गरिएको जीन एनोटेसन
BMKGene को de novo जीनोम एसेम्बली सेवाहरूद्वारा प्रकाशनहरूको क्युरेट गरिएको संग्रह मार्फत सहजीकरण गरिएका प्रगतिहरूको अन्वेषण गर्नुहोस्:
Li, C. et al. (२०२१) 'जीनोम अनुक्रमहरूले विश्वव्यापी फैलावट मार्गहरू प्रकट गर्दछ र समुद्री घोडा विकासमा अभिसरण आनुवंशिक अनुकूलनहरू सुझाव दिन्छ', नेचर कम्युनिकेसन्स, १२(१)। doi: १०.१०३८/S४१४६७-०२१-२१३७९-X।
Li, Y. et al. (2023) 'ठूलो-स्तरीय क्रोमोसोमल परिवर्तनहरूले जीनोम-स्तर अभिव्यक्ति परिवर्तनहरू, वातावरणीय अनुकूलन, र गेलमा विशिष्टीकरण (बोस फ्रन्टालिस) निम्त्याउँछ', आणविक जीवविज्ञान र विकास, 40(1)। doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006।
टियान, टी. एट अल. (२०२३) 'एक प्रमुख खडेरी प्रतिरोधी मकै जर्मप्लाज्मको जीनोम एसेम्बली र आनुवंशिक विच्छेदन', नेचर जेनेटिक्स २०२३ ५५:३, ५५(३), पृ. ४९६–५०६। doi: १०.१०३८/s४१५८८-०२३-०१२९७-y।
झाङ, एफ. एट अल. (२०२३) 'सोलानेसी परिवारमा दुई जीनोमहरूको विश्लेषण गरेर ट्रोपेन एल्कालोइड बायोसिन्थेसिसको विकासको खुलासा', नेचर कम्युनिकेसन्स २०२३ १४:१, १४(१), पृ. १–१८. doi: १०.१०३८/s४१४६७-०२३-३७१३३-४।
चुनौतीपूर्ण केस-स्टडीहरू:
टेलोमेर-देखि-टेलोमेर एसेम्बली:फु, ए. एट अल. (२०२३) 'तीतो खरबुजाको टेलोमेरे-टु-टेलोमेरे जीनोम एसेम्बली (मोमोर्डिका चरन्टिया एल. भेर. संक्षिप्त रूप सेर.) ले फलको विकास, संरचना र पाक्ने आनुवंशिक विशेषताहरू प्रकट गर्दछ', बागवानी अनुसन्धान, १०(१)। doi: १०.१०९३/HR/UHAC२२८।
ह्याप्लोटाइप एसेम्बली:हु, डब्ल्यू. एट अल. (२०२१) 'एलिल-परिभाषित जीनोमले कासाभा विकासको क्रममा द्विअर्थी भिन्नता प्रकट गर्दछ', आणविक प्लान्ट, १४(६), पृ. ८५१–८५४। doi: १०.१०१६/j.molp.२०२१.०४.००९।
विशाल जीनोम असेम्बली:युआन, जे. एट अल. (२०२२) 'रूख पियोनी पाओनिया ओस्टीको गिगा-क्रोमोजोम र गिगा-जीनोमको जीनोमिक आधार', नेचर कम्युनिकेसन्स २०२२ १३:१, १३(१), पृ. १–१६। doi: १०.१०३८/s४१४६७-०२२-३५०६३-१।
पोलिप्लोइड जीनोम एसेम्बली:झाङ, क्यू. एट अल. (२०२२) 'अटोपोलिप्लोइड सुगर स्याकरम स्पोन्टेनियमको हालैको क्रोमोजोम रिडक्सनमा जीनोमिक अन्तर्दृष्टि', नेचर जेनेटिक्स २०२२ ५४:६, ५४(६), पृ. ८८५–८९६। doi: १०.१०३८/s४१५८८-०२२-०१०८४-१।
