BMKCloud Log in
条形 ब्यानर-03

उत्पादनहरू

प्लान्ट/एनिमल डे नोवो जीनोम सिक्वेन्सिङ

डे नोवोअनुक्रमणले सन्दर्भ जीनोमको अभावमा अनुक्रमण प्रविधिहरू, जस्तै PacBio, Nanopore, NGS, आदि प्रयोग गरी प्रजातिको सम्पूर्ण जीनोमको निर्माणलाई जनाउँछ।तेस्रो पुस्ताको सिक्वेन्सिङ टेक्नोलोजीहरूको पढाइको लम्बाइमा भएको उल्लेखनीय सुधारले जटिल जीनोमहरू जम्मा गर्ने नयाँ अवसरहरू ल्याएको छ, जस्तै उच्च हेटरोजाइगोसिटी, दोहोरिने क्षेत्रहरूको उच्च अनुपात, पोलिप्लोइडहरू, इत्यादि। दसौं किलोबेस स्तरमा पढ्ने लम्बाइका साथ, यी सिक्वेन्सिङ रिडहरू सक्षम हुन्छन्। दोहोरिने तत्वहरूको समाधान, असामान्य GC सामग्री भएका क्षेत्रहरू र अन्य अत्यधिक जटिल क्षेत्रहरू।

प्लेटफर्म: PacBio सिक्वेल II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq प्लेटफर्म


सेवा विवरण

डेमो परिणामहरू

मामला अध्ययन

सेवा लाभहरू

1-विकास-अनुक्रम-र-जैव सूचना विज्ञान-इन-डे-नोभो-जीनोम-विधानसभा

अनुक्रमणिका प्लेटफर्महरू र बायोइन्फर्मेटिक्सको विकासनयाँजीनोम विधानसभा

(अमरसिङ्गे एसएल एट अल।,जीनोम जीवविज्ञान, २०२०)

● नयाँ जीनोमहरू निर्माण गर्ने र रुचिका प्रजातिहरूका लागि अवस्थित सन्दर्भ जीनोमहरू सुधार गर्ने।

● उच्च सटीकता, निरन्तरता र विधानसभा मा पूर्णता

● अनुक्रम पोलिमोर्फिज्म, QTLs, जीन सम्पादन, प्रजनन, आदिमा अनुसन्धानको लागि आधारभूत स्रोत निर्माण गर्ने।

● तेस्रो-पुस्ताको अनुक्रमण प्लेटफर्महरूको पूर्ण स्पेक्ट्रमसँग सुसज्जित: एक-स्टप जीनोम असेम्ब्ली समाधान

● लचिलो अनुक्रम र संयोजन रणनीतिहरू विभिन्न विशेषताहरूसँग विविध जीनोमहरू पूरा गर्ने

● पोलीप्लोइड्स, विशाल जीनोमहरू, इत्यादि सहित जटिल जीनोम एसेम्बलीहरूमा उत्कृष्ट अनुभव भएको उच्च कुशल बायोइन्फर्मेटिशियन टोली।

● 900 भन्दा बढीको संचयी प्रकाशित प्रभाव कारकका साथ १०० भन्दा बढी सफल केसहरू

● क्रोमोजोम-स्तर जीनोम एसेम्बलीको लागि 3 महिना जति छिटो टर्न-अराउन्ड-टाइम।

● दुबै प्रयोगात्मक पक्ष र बायोइन्फर्मेटिक्समा प्याटेन्ट र सफ्टवेयर प्रतिलिपि अधिकारहरूको श्रृंखलाको साथ ठोस प्राविधिक समर्थन।

सेवा विशिष्टताहरू

 

सामग्री

 

 

प्लेटफर्म

 

 

पढ्नुहोस् लम्बाइ

 

 

कभरेज

 

जीनोम सर्वेक्षण

 

Illumina NovaSeq

 

PE150

 

≥ ५०X

 

 

जीनोम अनुक्रमण

 

PacBio Revio

 

15 kb HiFi पढ्ने

 

≥ ३०X

 

हाई-सी

 

Illumina NovaSeq

 

PE150

 

100X

 

 

 

कार्य प्रवाह

नयाँ

नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी

नमूना आवश्यकताहरू:

प्रजाति

टिस्यु

PacBio को लागी

नानोपुरको लागि

जनावरहरू

भिसेरल अंगहरू (कलेजो, प्लीहा, आदि)

≥ 1.0 ग्राम

≥ 3.5 ग्राम

मासु

≥ 1.5 ग्राम

≥ ५.० ग्राम

स्तनधारी जनावरहरूको रगत

≥ 1.5 एमएल

≥ 5.0 एमएल

माछा वा चराको रगत

≥ ०.२ एमएल

≥ ०.५ एमएल

बिरुवाहरू

ताजा पातहरू

≥ 1.5 ग्राम

≥ ५.० ग्राम

पंखुडी वा स्टेम

≥ 3.5 ग्राम

≥ 10.0 ग्राम

जरा वा बीउ

≥ 7.0 ग्राम

≥ २०.० ग्राम

कक्षहरू

सेल संस्कृति

≥ ३×१०7

≥ 1×108

सिफारिस गरिएको नमूना वितरण

कन्टेनर: 2 एमएल सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिएको छैन)
धेरैजसो नमूनाहरूको लागि, हामी इथानोलमा सुरक्षित नगर्न सिफारिस गर्छौं।
नमूना लेबलिङ: नमूनाहरू स्पष्ट रूपमा लेबल गरिएको र नमूना जानकारी फारम पेश गर्न समान हुनुपर्छ।
ढुवानी: ड्राई-बरफ: नमूनाहरू पहिले झोलामा प्याक गर्न आवश्यक छ र ड्राई-बरफमा गाडिनु पर्छ।

सेवा कार्य प्रवाह

नमूना QC

प्रयोग डिजाइन

नमूना वितरण

नमूना वितरण

पायलट प्रयोग

डीएनए निकासी

पुस्तकालय तयारी

पुस्तकालय निर्माण

अनुक्रम

अनुक्रम

डाटा विश्लेषण

डाटा विश्लेषण

बिक्री पछि सेवाहरू

बिक्री पछि सेवाहरू


  • अघिल्लो:
  • अर्को:

  • *यहाँ देखाइएका डेमो परिणामहरू सबै बायोमार्कर टेक्नोलोजीहरूसँग प्रकाशित जीनोमहरूका हुन्

    1.को क्रोमोजोम-स्तर जीनोम असेंबलीमा सर्कोसG. रोटन्डिफोलियमNanopore अनुक्रमण प्लेटफार्म द्वारा

    ३ सर्कस-अन-जीनोमिक-विशेषताहरू-काटन-जीनोम

    वाङ एम एट अल।,आणविक जीवविज्ञान र विकास, २०२१ 

    2. Weining राई जीनोम विधानसभा र एनोटेशन को तथ्याङ्क

    4- जीनोम-विधानसभा-र-एनोटेशनको तथ्याङ्क

    लि जी एट अल।,प्रकृति जेनेटिक्स, २०२१

    3. को जीन भविष्यवाणीसेचियम एड्युलजीनोम, तीन भविष्यवाणी विधिहरूबाट व्युत्पन्न:नयाँभविष्यवाणी, Homology आधारित भविष्यवाणी र RNA-Seq डाटा आधारित भविष्यवाणी

    5 जीन भविष्यवाणी

    फु ए एट अल।,बागवानी अनुसन्धान, २०२१

    4. तीन कपास जीनोमहरूमा अक्षुण्ण लामो टर्मिनल दोहोरिने पहिचान

    6-जिनोम-दोहोरिने-तत्वहरूको पहिचान

    वाङ एम एट अल।,आणविक जीवविज्ञान र विकास, २०२१

    5.Hi-C तातो नक्शाC. acuminataजीनोम जीनोम-व्यापी सबै-द्वारा-सबै अन्तरक्रियाहरू देखाउँदै।हाई-सी अन्तरक्रियाको तीव्रता कन्टिगहरू बीचको रैखिक दूरीको समानुपातिक हो।यस तातो नक्सामा सफा सीधा रेखाले क्रोमोजोमहरूमा कन्टिगहरूको उच्च सटीक एङ्करिङलाई संकेत गर्दछ।(कन्टिग एन्करिङ अनुपात: ९६.०३%)

    7Hi-C-heat-map-on-assembled-Sequencing-Anchoring

    kang M et al.,प्रकृति संचार,२०२१

     

    BMK केस

    एक उच्च-गुणस्तरको जीनोम एसेम्बलीले राई जीनोमिक विशेषताहरू र कृषि विज्ञानको रूपमा महत्त्वपूर्ण जीनहरू हाइलाइट गर्दछ

    प्रकाशित: प्रकृति जेनेटिक्स, २०२१

    अनुक्रम रणनीति:

    जीनोम असेंबली: २० kb पुस्तकालयको साथ PacBio CLR मोड (४९७ Gb, लगभग ६३×)
    अनुक्रम सुधार: 270 bp DNA पुस्तकालय (430 Gb, लगभग 54×) Illumina प्लेटफर्ममा NGS
    Contigs एंकरिङ: Illumina प्लेटफर्ममा Hi-C पुस्तकालय (560 Gb, लगभग 71×)
    अप्टिकल नक्सा: Bionano Irys मा (779.55 Gb, लगभग 99×)

    प्रमुख परिणामहरू

    1. Weining राई जीनोम को एक असेंबली 7.74 Gb (प्रवाह साइटोमेट्री द्वारा अनुमानित जीनोम आकार को 98.74%) को कुल जीनोम आकार संग प्रकाशित गरिएको थियो।यस सभाको Scaffold N50 ले 1.04 Gb हासिल गर्यो।93.67% कन्टिगहरू 7 छद्म-क्रोमोजोमहरूमा सफलतापूर्वक लङ्गर गरिएको थियो।यस सभालाई लिङ्केज नक्सा, LAI र BUSCO द्वारा मूल्याङ्कन गरिएको थियो, जसले गर्दा सबै मूल्याङ्कनहरूमा उच्च अंक प्राप्त भयो।

    2. तुलनात्मक जीनोमिक्समा थप अध्ययनहरू, आनुवंशिक लिङ्केज नक्शा, ट्रान्सक्रिप्टोमिक्स अध्ययनहरू यस जीनोमको आधारमा गरिएको थियो।जीनोम-वाइड जीन डुप्लिकेशनहरू र स्टार्च बायोसिन्थेसिस जीनहरूमा तिनीहरूको प्रभाव सहित लक्षणहरू सम्बन्धित जीनोमिक सुविधाहरूको एक श्रृंखला प्रकट गरिएको थियो;जटिल प्रोलामिन लोकीको भौतिक संगठन, जीन अभिव्यक्ति विशेषताहरू अन्तर्निहित प्रारम्भिक शीर्षक विशेषताहरू र पुटेटिभ डोमेस्टेसन-सम्बन्धित क्रोमोसोमल क्षेत्रहरू र राईमा लोकी।

    PB-पूर्ण-लम्बाइ-RNA-अनुक्रमण-केस-अध्ययन

    Weining राई जीनोम को जीनोमिक विशेषताहरु मा Circos रेखाचित्र

    PB-पूर्ण-लम्बाइ-RNA-वैकल्पिक-स्प्लिसिङ

    राई जीनोमको विकासवादी र क्रोमोजोम सिन्टेनी विश्लेषण

    सन्दर्भ

    ली, जी, वांग, एल, यांग, जे।et al।एक उच्च गुणस्तरको जीनोम एसेम्बलीले राई जीनोमिक विशेषताहरू र कृषि विज्ञानको रूपमा महत्त्वपूर्ण जीनहरू हाइलाइट गर्दछ।नेट जेनेट ५३,५७४–५८४ (२०२१)।

    https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z

    एक उद्धरण प्राप्त

    यहाँ आफ्नो सन्देश लेख्नुहोस् र हामीलाई पठाउनुहोस्

    हामीलाई आफ्नो सन्देश पठाउनुहोस्: