वनस्पति/जनावरको सम्पूर्ण जीनोम अनुक्रमण
सेवा सुविधाहरू
नयाँ
यो प्रविधि विशेष गरी उच्च डिग्रीको हेटेरोजाइगोसिटी, दोहोरिने क्षेत्रहरू, पोलिपोलोइड जीनोमहरू, असामान्य CG सामग्रीहरू आदि जस्ता चुनौतीपूर्ण जीनोमहरूमा उपयोगी छ।
हाम्रो एक-स्टप समाधानले एकीकृत अनुक्रमण सेवाहरू र बायोइन्फर्मेटिक विश्लेषण प्रदान गर्दछ जसले उच्च-गुणस्तरको नयाँ एसेम्बल गरिएको जीनोम प्रदान गर्दछ। इलुमिनासँगको प्रारम्भिक जीनोम सर्वेक्षणले जीनोमको आकार र जटिलताको अनुमान प्रदान गर्दछ, र यो जानकारी PacBio HiFi सँग लामो-पढ्ने अनुक्रमणको अर्को चरणलाई मार्गदर्शन गर्न प्रयोग गरिन्छ, त्यसपछिनयाँकन्टिगहरूको संयोजन। HiC एसेम्बलीको पछिल्ला प्रयोगले कन्टिगहरूलाई जीनोममा एङ्करिङ गर्न सक्षम बनाउँछ, क्रोमोजोम-स्तर एसेम्बली प्राप्त गर्दछ। अन्तमा, जीनोमलाई जीन भविष्यवाणी र व्यक्त जीनहरूलाई अनुक्रमण गरेर, छोटो र लामो पठनहरू सहित ट्रान्सक्रिप्टोमहरूको सहारा लिएर एनोटेट गरिन्छ।
-- एक-स्टप समाधानमा बहु अनुक्रमण र जैव सूचना सेवाहरूको एकीकरणनिर्माण उपन्यासको लागि उपयुक्त सेवा
-- रुचि भएका प्रजातिहरूको लागि जीनोम वा अवस्थित सन्दर्भ जीनोमहरूको सुधार।
अनुक्रमण
-- पुस्तकालय तयारी मानक वा PCR-रहित हुन सक्छ।
-- ४ वटा सिक्वेन्सिङ प्लेटफर्महरूमा उपलब्ध छ: इलुमिना नोभासेक, एमजीआई टी७, नानोपोर प्रोमेथियन पी४८ वा प्याकबायो रेभियो।
-- भेरियन्ट कलिङमा केन्द्रित जैविक सूचना विश्लेषण: SNP, InDel, SV र CNV
सेवाका फाइदाहरू
●व्यापक विशेषज्ञता र प्रकाशन रेकर्ड: को लागिनयाँसेवाहरू मार्फत, हामीले डिप्लोइड जीनोमहरू र पोलिप्लोइड र एलोपोलिप्लोइड प्रजातिहरूको अत्यधिक जटिल जीनोमहरू सहित विविध प्रजातिहरूको उच्च-गुणस्तरको जीनोम संयोजनमा ठूलो अनुभव प्राप्त गरेका छौं। २०१८ देखि, हामीले ३०० भन्दा बढी उच्च-प्रभाव प्रकाशनहरूमा योगदान पुर्याएका छौं, र ती मध्ये २०+ नेचर जेनेटिक्समा प्रकाशित छन्। जीनोम पुन: अनुक्रमणमा, हामीले १००० भन्दा बढी प्रजातिहरू जम्मा गर्यौं, जसको परिणामस्वरूप १००० भन्दा बढी प्रकाशित केसहरू देखा परे जसको संचयी प्रभाव कारक ५००० भन्दा बढी थियो।
●एक-स्टप समाधान: खुलानयाँसिक्वेन्सिङ, हाम्रो एकीकृत दृष्टिकोणले धेरै सिक्वेन्सिङ प्रविधिहरू र बायोइन्फर्मेटिक विश्लेषणहरूलाई एक सुसंगत कार्यप्रवाहमा संयोजन गर्दछ, जसले उच्च-गुणस्तरको एसेम्बल गरिएको जीनोम प्रदान गर्दछ।
●तपाईंको आवश्यकता अनुसार बनाइएको: हाम्रो सेवा कार्यप्रवाह अनुकूलन योग्य छ, जसले विविध सुविधाहरू र विशिष्ट अनुसन्धान आवश्यकताहरू भएका जीनोमहरूको लागि अनुकूलनलाई अनुमति दिन्छ।
●उच्च कुशल बायोइन्फर्मेटिक्स र प्रयोगशाला टोली: चाहे त्योनयाँअनुक्रमण वा पुन: अनुक्रमण, हाम्रो टोलीसँग परियोजना सफलताको ग्यारेन्टी गर्न कुशल उपकरणहरू र ज्ञानको सेट छ। यो उनीहरूले विकास गरेका पेटेन्ट र सफ्टवेयर प्रतिलिपि अधिकारहरूको श्रृंखलाबाट पुष्टि गर्न सकिन्छ।
● बिक्री पछिको समर्थन:हाम्रो प्रतिबद्धता परियोजना पूरा हुनुभन्दा बाहिर ३ महिनाको बिक्री पछिको सेवा अवधिको साथ विस्तार हुन्छ। यस समयमा, हामी परिणामहरूसँग सम्बन्धित कुनै पनि प्रश्नहरूलाई सम्बोधन गर्न परियोजना अनुगमन, समस्या निवारण सहायता, र प्रश्नोत्तर सत्रहरू प्रदान गर्दछौं।
●व्यापक जैविक सूचना विज्ञान विश्लेषण: भिन्नता कलिङ र प्रकार्य एनोटेसन सहित।
●अनुक्रमणको लागि व्यापक एनोटेसन: हामी पहिचान गरिएका भिन्नताहरू भएका जीनहरूलाई कार्यात्मक रूपमा एनोटेट गर्न र सम्बन्धित संवर्धन विश्लेषण गर्न धेरै डाटाबेसहरू प्रयोग गर्छौं, जसले गर्दा तपाईंको अनुसन्धान परियोजनाहरूमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गरिन्छ।
सेवा निर्दिष्टीकरणहरू
| पहिचान गर्नुपर्ने भेरियन्टहरू | अनुक्रम रणनीति | सिफारिस गरिएको गहिराइ |
| SNP र InDel | इलुमिना नोभासेक PE१५० वा MGI T7 | १०x |
| SV र CNV (कम सटीक) | ३०x | |
| SV र CNV (थप सटीक) | नानोपोर प्रोम P48 | २०x |
| SNPs, Indels, SV र CNV | प्याकबायो रेभियो | १०x |
नमूना आवश्यकताहरू
| तन्तु वा निकालिएको न्यूक्लिक एसिडहरू | इलुमिना/एमजीआई | नानोपोर | प्याकबायो
| ||
| जनावरको भिसेरा | ०.५-१ ग्राम | ≥ ३.५ ग्राम
| ≥ ३.५ ग्राम
| ||
| जनावरको मांसपेशी | ≥ ५ ग्राम
| ≥ ५ ग्राम
| |||
| स्तनधारी रगत | १.५ एमएल | ≥ ०.५ एमएल
| ≥ ५ एमएल
| ||
| कुखुरा/माछाको रगत | ≥ ०.१ एमएल
| ≥ ०.५ एमएल
| |||
| बिरुवा- ताजा पात | १-२ ग्राम | ≥ २ ग्राम
| ≥ ५ ग्राम
| ||
| संवर्धित कोषहरू |
| ≥ १x१०7
| ≥ १x१०8
| ||
| कीराको नरम तन्तु/व्यक्ति | ०.५-१ ग्राम | ≥ १ ग्राम
| ≥ ३ ग्राम
| ||
| निकालिएको डीएनए
| एकाग्रता: ≥ १ एनजी/ µL मात्रा: ≥ ३० नग सीमित वा कुनै क्षय वा प्रदूषण छैन
| एकाग्रता रकम
OD260/280 को लागि सोधपुछ पेश गर्नुहोस्, हामी तपाईंलाई 24 घण्टामा सम्पर्क गर्नेछौं।
OD260/230 को लागि सोधपुछ पेश गर्नुहोस्, हामी तपाईंलाई 24 घण्टामा सम्पर्क गर्नेछौं।
सीमित वा कुनै क्षय वा प्रदूषण छैन
| ≥ ४० एनजी/ माइक्रोलिटर ४ µg/प्रवाह कक्ष/नमूना
१.७-२.२
≥१.५ | एकाग्रता रकम
OD260/280 को लागि सोधपुछ पेश गर्नुहोस्, हामी तपाईंलाई 24 घण्टामा सम्पर्क गर्नेछौं।
OD260/230 को लागि सोधपुछ पेश गर्नुहोस्, हामी तपाईंलाई 24 घण्टामा सम्पर्क गर्नेछौं।
सीमित वा कुनै क्षय वा प्रदूषण छैन | ≥ ५० एनजी/ माइक्रोलिटर १० µg/प्रवाह कक्ष/नमूना
१.७-२.२
१.८-२.५ |
| PCR-रहित पुस्तकालय तयारी: सांद्रता≥ ४० एनजी/ µL रकम≥ ५०० ङ | |||||
सेवा कार्य प्रवाह
नमुना डेलिभरी
डीएनए निकासी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
तथ्याङ्क विश्लेषण
डेटा डेलिभरी
नयाँबायोइन्फर्मेटिक्स पाइपलाइन
यदि तपाईं एसेम्बलीको लागि हाम्रा विभिन्न पाइपलाइनहरूको सिंहावलोकन हेर्न चाहनुहुन्छ भने:
४ चरणमा विभाजित, पूर्ण जैविक सूचना विश्लेषण:
१. जीनोम सर्वेक्षण, NGS रिडहरू सहितको k-mer विश्लेषणमा आधारित।यसले हामीलाई निम्न कुराहरूको बारेमा जानकारी दिनेछ:
- जीनोम आकारको अनुमान
- हेटेरोजाइगोसिटीको अनुमान
- दोहोरिने क्षेत्रहरूको अनुमान
२. PacBio HiFi सँग जीनोम एसेम्बली।लामो पठन प्रयोग गर्दा हामीलाई निम्न कुराहरू प्राप्त हुनेछन्:
- नयाँसभा
- एसेम्बली मूल्याङ्कन: जीनोम पूर्णताको लागि BUSCO विश्लेषण र NGS र PacBio HiFi पढाइहरूको म्यापिङ सहित
३. हाई-सी एसेम्बली।एकपटक हामीसँग एसेम्बली भएपछि, जीनोम थ्रीडी संरचनाको बारेमा जानकारी हुनुले ज्ञानलाई गहिरो बनाउनेछ र हामीले निर्माण गरिरहेको सन्दर्भ जीनोमलाई समृद्ध बनाउनेछ।
- मान्य हाई-सी अन्तरक्रियाहरू अनुमान गर्न हाई-सी लाइब्रेरी QC।
- हाई-सी एसेम्बली। हामी समूहहरूमा कन्टिगहरूको क्लस्टरिङ गर्नेछौं, त्यसपछि प्रत्येक समूह भित्र कन्टिग अर्डर गर्नेछौं र कन्टिग अभिमुखीकरण तोक्नेछौं।
- हाई-सी मूल्याङ्कन
४. जीनोम एनोटेसन:
- गैर-कोडिङ आरएनए भविष्यवाणी
- दोहोरिने अनुक्रम पहिचान (ट्रान्सपोजन्स र ट्यान्डम दोहोरिने)
- जीन भविष्यवाणी
- नयाँ: सुरुवाती एल्गोरिदमहरू
- समरूपतामा आधारित
- ट्रान्सक्रिप्टोममा आधारित, लामो र छोटो पठन सहित: पठनहरू हुन्नयाँमस्यौदा जीनोममा भेला वा म्याप गरिएको
- धेरै डाटाबेसहरूसँग भविष्यवाणी गरिएको जीनको एनोटेसन
पुन: अनुक्रमणबायोइन्फर्मेटिक्स पाइपलाइन
निम्न विश्लेषण समावेश गर्दछ:
- कच्चा डेटा गुणस्तर नियन्त्रण
- सन्दर्भ जीनोममा पङ्क्तिबद्धताको तथ्याङ्क
- भेरियन्ट पहिचान: SNP, InDel, SV र CNV
- भेरियन्टहरूको कार्यात्मक एनोटेसन
सन्दर्भ जीनोममा पङ्क्तिबद्धताको तथ्याङ्क - अनुक्रमण गहिराई वितरण
धेरै नमूनाहरू बीच SNP कलिङ
InDel पहिचान - CDS क्षेत्र र जीनोम-व्यापी क्षेत्रमा InDel लम्बाइको तथ्याङ्क
जीनोमभरि भेरियन्ट वितरण - सर्कस प्लट
पहिचान गरिएका भेरियन्टहरू भएका जीनहरूको कार्यात्मक एनोटेसन - जीन ओन्टोलोजी
चाई, क्यू. एट अल. (२०२३) 'ग्लुटाथियोन एस-ट्रान्सफरेज GhTT19 ले कपासमा एन्थोसायनिन संचयलाई नियमन गरेर फूलको पंखुडीको पिग्मेन्टेसन निर्धारण गर्छ',प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल, 21(2), p। 433. doi: 10.1111/PBI.13965।
चेङ, एच. एट अल. (२०२३) 'क्रोमोजोम-स्तरको जंगली हेभिया ब्रासिलिएन्सिस जीनोमले जीनोमिक-सहायता प्राप्त प्रजननको लागि नयाँ उपकरणहरू र रबर उत्पादन बढाउन मूल्यवान लोकी प्रदान गर्दछ',प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल, २१(५), पृ. १०५८–१०७२। doi: १०.११११/PBI.१४०१८।
Li, C. et al. (२०२१) 'जीनोम अनुक्रमहरूले विश्वव्यापी फैलावट मार्गहरू प्रकट गर्दछ र समुद्री घोडा विकासमा अभिसरण आनुवंशिक अनुकूलनहरू सुझाव दिन्छ',प्रकृति सञ्चार, १२(१)। doi: १०.१०३८/S४१४६७-०२१-२१३७९-X।
Li, Y. et al. (२०२३) 'ठूलो-स्तरीय क्रोमोसोमल परिवर्तनहरूले जीनोम-स्तर अभिव्यक्ति परिवर्तन, वातावरणीय अनुकूलन, र गयलमा विशिष्टीकरण (बोस फ्रन्टालिस) निम्त्याउँछ',आणविक जीवविज्ञान र विकास, ४०(१)। doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006।
टियान, टी. एट अल. (२०२३) 'एक प्रमुख खडेरी प्रतिरोधी मकै जर्मप्लाज्मको जीनोम एसेम्बली र आनुवंशिक विच्छेदन',प्रकृति आनुवंशिकी २०२३५५:३, ५५(३), पृष्ठ ४९६–५०६। doi: 10.1038/s41588-023-01297-y।
झाङ, एफ. एट अल. (२०२३) 'सोलानेसी परिवारमा दुई जीनोमहरूको विश्लेषण गरेर ट्रोपेन एल्कालोइड बायोसिन्थेसिसको विकासको खुलासा',प्रकृति सञ्चार२०२३ १४:१, १४(१), पृ. १–१८। doi: १०.१०३८/s४१४६७-०२३-३७१३३-४।
जेङ, टी. एट अल. (२०२२) 'समयसँगै चिनियाँ स्वदेशी कुखुरामा जीनोम र मिथाइलेशन परिवर्तनहरूको विश्लेषणले प्रजाति संरक्षणमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ',सञ्चार जीवविज्ञान, ५(१), पृ. १–१२। doi: १०.१०३८/s४२००३-०२२-०३९०७-७।
चुनौतीपूर्ण केस-स्टडीहरू:
टेलोमेर-देखि-टेलोमेर एसेम्बली:फु, ए. एट अल. (२०२३) 'तीतो खरबुजाको टेलोमेरे-टु-टेलोमेरे जीनोम एसेम्बली (मोमोर्डिका चरन्टिया एल. भेर. संक्षिप्त रूप सेर.) ले फलको विकास, संरचना र पाक्ने आनुवंशिक विशेषताहरू प्रकट गर्दछ',बागवानी अनुसन्धान, १०(१)। doi: 10.1093/HR/UHAC228।
ह्याप्लोटाइप एसेम्बली:हु, डब्ल्यू. एट अल. (२०२१) 'एलिले-परिभाषित जीनोमले कासाभा विकासको क्रममा द्विअर्थी भिन्नता प्रकट गर्दछ',आणविक प्लान्ट, १४(६), पृष्ठ ८५१–८५४। doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009।
विशाल जीनोम असेम्बली:युआन, जे. एट अल. (२०२२) 'रूख पियोनी पाओनिया ओस्टीको गिगा-क्रोमोजोम र गिगा-जीनोमको जीनोमिक आधार',प्रकृति सञ्चार२०२२ १३:१, १३(१), पृ. १–१६। doi: १०.१०३८/s४१४६७-०२२-३५०६३-१।
पोलिप्लोइड जीनोम एसेम्बली:झाङ, क्यू. एट अल. (२०२२) 'अटोपोलिप्लोइड सुगर स्याकरम स्पोन्टेनियमको हालैको क्रोमोजोम रिडक्सनमा जीनोमिक अन्तर्दृष्टि',प्रकृति आनुवंशिकी २०२२५४:६, ५४(६), पृष्ठ ८८५–८९६। doi: 10.1038/s41588-022-01084-1।
