-
हाई-सी आधारित क्रोमेटिन अन्तरक्रिया
हाई-सी प्रोबिङ प्रोक्सिमिटी-आधारित अन्तरक्रियाहरू र उच्च-थ्रुपुट अनुक्रमण संयोजन गरेर जीनोमिक कन्फिगरेसन क्याप्चर गर्न डिजाइन गरिएको विधि हो। यो विधि क्रोमेटिन क्रसलिङ्किङमा आधारित छ जसपछि फॉर्मल्डिहाइडसँग पाचन र पुन: लिगेशन हुन्छ जसले गर्दा सहसंयोजक रूपमा जोडिएका टुक्राहरूले मात्र लिगेशन उत्पादनहरू बनाउँछन्। यी लिगेशन उत्पादनहरूलाई अनुक्रमण गरेर, जीनोमको 3D संगठन अध्ययन गर्न सम्भव छ। हाई-सीले हल्का रूपमा प्याक गरिएका जीनोमका भागहरू (A कम्पार्टमेन्टहरू, युक्रोमेटिन) र ट्रान्सक्रिप्शनली सक्रिय हुने सम्भावना बढी हुने क्षेत्रहरू र कडा रूपमा प्याक गरिएका क्षेत्रहरू (B कम्पार्टमेन्टहरू, हेटेरोक्रोमेटिन) को वितरण अध्ययन गर्न सक्षम बनाउँछ। हाई-सीलाई टोपोलोजिकली एसोसिएटेड डोमेनहरू (TADs), जीनोमका क्षेत्रहरू जसमा फोल्ड गरिएको संरचनाहरू छन् र समान अभिव्यक्ति ढाँचाहरू हुने सम्भावना छ, र क्रोमेटिन लूपहरू, प्रोटीनहरूद्वारा एकसाथ लंगरिएका DNA क्षेत्रहरू पहिचान गर्न पनि प्रयोग गर्न सकिन्छ र जुन प्रायः नियामक तत्वहरूमा समृद्ध हुन्छन्। BMKGene को हाई-सी सिक्वेन्सिङ सेवाले अनुसन्धानकर्ताहरूलाई जीनोमिक्सको स्थानिक आयामहरू अन्वेषण गर्न सशक्त बनाउँछ, जसले जीनोम नियमन र स्वास्थ्य र रोगमा यसको प्रभावहरू बुझ्नको लागि नयाँ बाटो खोल्छ।
-
क्रोमेटिन इम्युनोप्रिसिपिटेशन सिक्वेन्सिङ (ChIP-seq)
क्रोमेटिन इम्युनोप्रिसिपिटेशन (CHIP) एउटा प्रविधि हो जसले एन्टिबडीहरूलाई DNA-बाइन्डिङ प्रोटीनहरू र तिनीहरूको सम्बन्धित जीनोमिक्स लक्ष्यहरूलाई छनौट रूपमा समृद्ध बनाउन प्रयोग गर्दछ। NGS सँग यसको एकीकरणले हिस्टोन परिमार्जन, ट्रान्सक्रिप्शन कारकहरू, र अन्य DNA-बाइन्डिङ प्रोटीनहरूसँग सम्बन्धित DNA लक्ष्यहरूको जीनोम-व्यापी प्रोफाइलिङ सक्षम बनाउँछ। यो गतिशील दृष्टिकोणले विभिन्न कोशिका प्रकारहरू, तन्तुहरू, वा अवस्थाहरूमा बाइन्डिङ साइटहरूको तुलना सक्षम बनाउँछ। ChIP-Seq का अनुप्रयोगहरू ट्रान्सक्रिप्शनल नियमन र विकासात्मक मार्गहरूको अध्ययनदेखि रोग संयन्त्रहरू स्पष्ट पार्नेसम्म फैलिएका छन्, यसलाई जीनोमिक नियमन परिदृश्यहरू बुझ्न र उपचारात्मक अन्तर्दृष्टिहरू अगाडि बढाउनको लागि एक अपरिहार्य उपकरण बनाउँछ।
प्लेटफर्म: इलुमिना नोभासेक
-
सम्पूर्ण जीनोम बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंग (WGBS)
यो प्रविधि, डिएनएको बिसल्फाइट उपचारमा आधारित छ जसले मिथाइलेटेड साइटोसिनहरूलाई युरासिल (C देखि U) मा रूपान्तरण गर्न प्रेरित गर्दछ, जबकि मिथाइलेटेड साइटोसिनहरूलाई अपरिवर्तित छोड्छ, डीएनए मिथाइलेसनको गहन अन्वेषणको लागि सुनौलो-मानक विधिको रूपमा खडा हुन्छ, विशेष गरी साइटोसिन (5-mC) मा पाँचौं स्थान, जीन अभिव्यक्ति र सेलुलर गतिविधिको एक प्रमुख नियामक।
यो प्रविधिले एकल-आधार रिजोल्युसन प्रदान गर्दछ, जसले अनुसन्धानकर्ताहरूलाई मिथाइलमको व्यापक रूपमा अनुसन्धान गर्न र नमूनाहरू भित्र असामान्य मिथाइलेशन ढाँचाहरू पत्ता लगाउन अनुमति दिन्छ। WGBS प्रयोग गरेर, वैज्ञानिकहरूले जीनोम-व्यापी मिथाइलेशन परिदृश्यहरूमा अतुलनीय अन्तर्दृष्टि प्राप्त गर्न सक्छन्, जसले विविध जैविक प्रक्रियाहरू र रोगहरूलाई निहित गर्ने एपिजेनेटिक संयन्त्रहरूको सूक्ष्म बुझाइ प्रदान गर्दछ।
-
उच्च थ्रुपुट सिक्वेन्सिङ (ATAC-seq) सहितको ट्रान्सपोसेज-एक्सेसिबल क्रोमेटिनको लागि परख
ATAC-seq जीनोम-व्यापी क्रोमेटिन पहुँच विश्लेषणको लागि प्रयोग गरिने उच्च-थ्रुपुट अनुक्रमण प्रविधि हो। यसको प्रयोगले जीन अभिव्यक्तिमा विश्वव्यापी एपिजेनेटिक नियन्त्रणको जटिल संयन्त्रहरूको गहिरो बुझाइ प्रदान गर्दछ। यो विधिले अनुक्रमण एडेप्टरहरू सम्मिलित गरेर खुला क्रोमेटिन क्षेत्रहरूलाई एकैसाथ टुक्राटुक्रा पार्न र ट्याग गर्न हाइपरएक्टिभ Tn5 ट्रान्सपोसेज प्रयोग गर्दछ। त्यसपछिको PCR प्रवर्धनले अनुक्रमण पुस्तकालयको सिर्जनामा परिणाम दिन्छ, जसले विशिष्ट स्थान-समय अवस्थाहरूमा खुला क्रोमेटिन क्षेत्रहरूको व्यापक पहिचानको लागि अनुमति दिन्छ। ATAC-seq ले पहुँचयोग्य क्रोमेटिन परिदृश्यहरूको समग्र दृश्य प्रदान गर्दछ, ट्रान्सक्रिप्शन कारक बाइन्डिङ साइटहरू वा विशिष्ट हिस्टोन-परिमार्जित क्षेत्रहरूमा मात्र केन्द्रित हुने विधिहरू भन्दा फरक। यी खुला क्रोमेटिन क्षेत्रहरूलाई अनुक्रमण गरेर, ATAC-seq ले सक्रिय नियामक अनुक्रमहरू र सम्भावित ट्रान्सक्रिप्शन कारक बाइन्डिङ साइटहरूको सम्भावना बढी भएका क्षेत्रहरू प्रकट गर्दछ, जसले जीनोमभरि जीन अभिव्यक्तिको गतिशील मोड्युलेसनमा बहुमूल्य अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ।
-
कम प्रतिनिधित्व बिसल्फाइट अनुक्रमण (RRBS)
कम प्रतिनिधित्व बिसल्फाइट सिक्वेन्सिङ (RRBS) MspI क्लीभेजद्वारा CpG टापु-समृद्ध क्षेत्रहरूको संवर्धनमा निर्भर गर्दछ र त्यसपछि २००-५००/६०० bps टुक्राहरूको आकार चयन गरिन्छ। फलस्वरूप, CpG टापुहरूको नजिकका क्षेत्रहरू मात्र अनुक्रमित हुन्छन्, जबकि टाढाको CpG टापुहरू भएका क्षेत्रहरूलाई विश्लेषणबाट बहिष्कृत गरिन्छ। यो प्रक्रिया, बिसल्फाइट सिक्वेन्सिङसँग मिलेर, DNA मिथाइलेशनको उच्च-रिजोल्युसन पत्ता लगाउन अनुमति दिन्छ, र अनुक्रमण दृष्टिकोण, PE150, विशेष गरी मध्यको सट्टा इन्सर्ट्सको छेउमा केन्द्रित हुन्छ, जसले मिथाइलेशन प्रोफाइलिङको दक्षता बढाउँछ।
यो प्रविधि डीएनए मिथाइलेशन अनुसन्धानमा होल जीनोम बिसल्फाइट सिक्वेन्सिङ (WGBS) को लागत-प्रभावी र कुशल विकल्पको रूपमा देखा परेको छ। WGBS ले एकल आधार रिजोलुसनमा सम्पूर्ण जीनोमको जाँच गरेर व्यापक अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ, यसको उच्च लागत एक सीमित कारक हुन सक्छ, जुन RRBS ले जीनोमको प्रतिनिधि भागलाई छनौट गरेर यो चुनौतीलाई रणनीतिक रूपमा कम गर्दछ। यो पद्धति एक अमूल्य उपकरण हो जसले लागत-प्रभावी DNA मिथाइलेशन अनुसन्धानलाई सक्षम बनाउँछ र एपिजेनेटिक संयन्त्रहरूको ज्ञानलाई अगाडि बढाउँछ।
