एकल-न्यूक्ली आरएनए अनुक्रमण
प्राविधिक योजना
१०× जेनोमिक्स क्रोमियम™ द्वारा न्यूक्लीको अलगाव प्राप्त गरिन्छ, जसमा डबल क्रसिङहरू सहित आठ-च्यानल माइक्रोफ्लुइडिक्स प्रणाली हुन्छ। यस प्रणालीमा, बारकोडहरू र प्राइमर, इन्जाइमहरू र एकल न्यूक्लियस सहितको जेल मोतीहरू न्यानोलिटर आकारको तेल ड्रपमा समेटिन्छन्, जसले जेल मोती-इन-इमल्शन (GEM) उत्पन्न गर्दछ। GEM बनेपछि, प्रत्येक GEM मा कोशिका लाइसिस र बारकोडहरूको रिलीज गरिन्छ। mRNA लाई १०× बारकोडहरू र UMI सँग cDNA अणुहरूमा उल्टो ट्रान्सक्राइब गरिन्छ, जुन थप मानक अनुक्रमण पुस्तकालय निर्माणको अधीनमा छन्।
विशेषताहरू
● जमेको तन्तुबाट एकल-न्यूक्लियस निलम्बनको तयारी
● जेल बीड-इन-इमल्शन (GEM) को गठन र त्यसपछि cDNA संश्लेषण
● GEM मा प्रत्येक माला ४ खण्डहरू मिलेर बनेको प्राइमरहरूले भरिएको हुन्छ:
mRNA प्राइमिङ र cDNA संश्लेषणको लागि पोली(dT) टेल,
प्रवर्धन पूर्वाग्रह सच्याउन अद्वितीय आणविक पहिचानकर्ता (UMI)
१०x बारकोड
आंशिक पठन १ अनुक्रमण प्राइमरको बाइन्डिङ अनुक्रम
फाइदाहरू
एकल-न्यूक्लियस आरएनए अनुक्रमणले एकल-कोशिका आरएनए अनुक्रमणको सीमितताहरूलाई पार गर्छ, सक्षम बनाउँछ:
● जमेको नमूनाहरूको प्रयोग र ताजा नमूनाहरूमा मात्र सीमित छैन
● ताजा कोषहरूको इन्जाइम्याटिक उपचारको तुलनामा जमेको कोषहरूको कम तनाव, कम तनाव-प्रेरित जीनको रूपमा ट्रान्सक्रिप्टोम डेटामा प्रतिबिम्बित हुन्छ।
● रातो रक्त कोषहरू पहिले नै हटाउनु पर्दैन
● असीमित सेल व्यास
● विश्लेषणको लागि योग्य नमूनाहरूको ठूलो श्रृंखला, जसमा जटिल र कमजोर तन्तु प्रकारहरू समावेश छन् जुन तन्तु विघटनको समयमा कोशिका जम्मा हुने वा विनाश हुने सम्भावना हुन्छ।
एकल-कोशिका आरएनए अनुक्रमणद्वारा विश्लेषण गर्न नसकिने र एकल केन्द्रक आरएनए अनुक्रमणको लागि योग्य नमूनाहरू:
| कोष / तन्तु | कारण |
| नताजा जमेको टिस्यु | नयाँ वा लामो समयदेखि सुरक्षित संस्थाहरू प्राप्त गर्न असमर्थ |
| मांसपेशी कोष, मेगाकार्योसाइट, बोसो… | उपकरणमा प्रवेश गर्न सेल व्यास धेरै ठूलो छ। |
| कलेजो… | भाँच्न धेरै कमजोर, एकल कोषहरू छुट्याउन असमर्थ |
| स्नायु कोष, मस्तिष्क… | बढी संवेदनशील, सजिलै तनाव दिन सकिने, अनुक्रमणिका परिणामहरू परिवर्तन गर्नेछ |
| प्यान्क्रियाज, थाइराइड… | एकल कोशिका निलम्बनको उत्पादनलाई असर गर्ने, एन्डोजेनस इन्जाइमहरूमा धनी |
एकल-न्यूक्लियस बनाम एकल-कोशिका
| एकल-न्यूक्लियस | एकल-कोषीय |
| असीमित सेल व्यास | कोष व्यास: १०-४० माइक्रोमिटर |
| सामग्री जमेको तन्तु हुन सक्छ। | सामग्री ताजा टिस्यु हुनुपर्छ। |
| जमेका कोषहरूको कम तनाव | इन्जाइम उपचारले कोशिका तनाव प्रतिक्रिया निम्त्याउन सक्छ |
| रातो रक्त कोषहरू हटाउनु पर्दैन | रातो रक्त कोषहरू हटाउन आवश्यक छ |
| आणविकले जैविक जानकारी व्यक्त गर्दछ | सम्पूर्ण कोषले जैविक जानकारी व्यक्त गर्दछ |
निर्दिष्टीकरणहरू
| नमूना आवश्यकताहरू | पुस्तकालय | अनुक्रम रणनीति | सिफारिस गरिएको डेटा | गुणस्तर नियन्त्रण |
| जनावरको तन्तु ≥ २०० मिलीग्राम बिरुवाको तन्तु ≥ ४०० मिलीग्राम | १०x जीनोमिक्स एसएन सीडीएनए पुस्तकालय | इलुमिना PE150 | प्रति सेल १००K PE रिडहरू (१००-२०० जीबी) | ७००-१२०० नाभिक/μl र नाभिकीय अखण्डता माइक्रोस्कोपमुनि अवलोकन गरियो |
नमूना तयारी मार्गदर्शन र सेवा कार्यप्रवाहको बारेमा थप विवरणहरूको लागि, कृपया एकसँग कुरा गर्न नहिचकिचाउनुहोस्BMKGENE विशेषज्ञ
सेवा कार्य प्रवाह
निम्न विश्लेषण समावेश गर्दछ:
● गुणस्तर नियन्त्रण: कोषहरूको संख्या, जीन पत्ता लगाउने, कोषहरूको सही पहिचान, आरएनए अणुहरू र अभिव्यक्ति परिमाणीकरण
● भित्री नमूना विश्लेषण:
सेल क्लस्टरिङ र क्लस्टर एनोटेसन
भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण: क्लस्टरहरूमा DEG हरूको पहिचान
क्लस्टर DEG हरूको कार्यात्मक एनोटेसन र संवर्धन
● अन्तर-समूह विश्लेषण:
डेटाको संयोजन
भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण: समूहहरूमा DEG हरूको पहिचान
समूह DEG हरूको कार्यात्मक एनोटेसन र संवर्धन
● उन्नत विश्लेषण:
कोष चक्र विश्लेषण
स्यूडोटाइम विश्लेषण
सेल कम्युनिकेसन विश्लेषण (सेलफोनडीबी)
जीन सेट संवर्धन विश्लेषण (GSEA)
भित्री-नमूना विश्लेषण
कोष समूहीकरण:
भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण: क्लस्टर DEGs
अन्तर-समूह विश्लेषण
भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण: समूह DEG हरू
उन्नत विश्लेषण:
स्यूडोटाइम विश्लेषण:
कोष चक्र विश्लेषण:
यी विशेष प्रकाशनहरूमा १०X क्रोमियमद्वारा BMKGene को एकल-न्यूक्लियस RNA अनुक्रमण सेवाहरूद्वारा सहजीकरण गरिएका प्रगतिहरूको अन्वेषण गर्नुहोस्:
वाङ, एल. एट अल. (२०२१) 'एकल-कोशिका ट्रान्सक्रिप्टोमिक विश्लेषणले स्टेरोइड-प्रतिरोधी दमको वृद्धिमा फोक्सोको प्रतिरक्षा परिदृश्य प्रकट गर्दछ',संयुक्त राज्य अमेरिकाको राष्ट्रिय विज्ञान प्रतिष्ठानको कार्यवाही, ११८(२), पृष्ठ. e२००५५९०११८. doi: १०.१०७३/pnas.२००५५९०११८
झेङ, एच. एट अल. (२०२२) 'ग्रेभ्स डिजिज र हाशिमोटोको थाइराइडाइटिसको सूक्ष्म वातावरणमा प्रतिरक्षा कोषहरूमा डिसरेगुलेटेड जीन अभिव्यक्ति र असामान्य मेटाबोलिक सिग्नलिङको लागि एक विश्वव्यापी नियामक नेटवर्क',इम्युनोलोजीमा फ्रन्टियर्स, १३, पृ। 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX।
टियान, एच. एट अल. (२०२३) 'एकल-कोशिका ट्रान्सक्रिप्टोमले फ्लाउन्डर (प्यारालिचथिस ओलिभेसियस) मा निष्क्रिय एडवर्डसिएला टार्डाको खोप लगाएपछि ल्युकोसाइटहरूको विषमता र प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाहरू उजागर गर्दछ',जलचर, ५६६, पृ. ७३९२३८। doi: १०.१०१६/J.AQUACULTURE.२०२३.७३९२३८।
यु, वाई. एट अल. (२०२३) 'फोटोडायनामिक थेरापीले ग्यास्ट्रिक क्यान्सर भएका बिरामीहरूमा एन्टी-ट्युमर इम्युनिटी रिमोडेलिंग मार्फत इम्युन चेकपोइन्ट इन्हिबिटरहरूको नतिजामा सुधार ल्याउँछ',ग्यास्ट्रिक क्यान्सर, २६(५), पृ. ७९८–८१३। doi: १०.१००७/S१०१२०-०२३-०१४०९-X/METRICS।
