विशिष्ट-लोकस एम्प्लीफाइड फ्र्याग्मेन्ट सिक्वेन्सिङ (SLAF-Seq)
कार्यप्रवाह
पुस्तकालयको तयारीमा इष्टतम इन्जाइम चयनको ग्यारेन्टी गर्न सेवामा सिलिकोमा केही पूर्व-डिजाइन छ।
प्राविधिक योजना
सेवा सुविधाहरू
● PE150 सँग NovaSeq मा अनुक्रमण।
● डबल बारकोडिङको साथ पुस्तकालय तयारी, १००० भन्दा बढी नमूनाहरूको एकीकरण सक्षम पार्दै।
● सन्दर्भ जीनोमबाट स्वतन्त्र:
सन्दर्भ जीनोम सहित: SNP र InDel खोज
सन्दर्भ बिनाको जीनोम: नमूना क्लस्टरिङ र SNP खोज
● माइन-सिलिकोजीनोममा SLAF ट्यागहरूको एकसमान वितरण उत्पन्न गर्नेहरू फेला पार्न पूर्व-डिजाइन चरणको बहु प्रतिबन्ध इन्जाइम संयोजनहरूको स्क्रिनिङ गरिन्छ।
● पूर्व-प्रयोगको क्रममा, ९ SLAF पुस्तकालयहरू उत्पन्न गर्न ३ नमूनाहरूमा तीन इन्जाइम संयोजनहरूको परीक्षण गरिन्छ, र यो जानकारी परियोजनाको लागि इष्टतम प्रतिबन्ध इन्जाइम संयोजन छनौट गर्न प्रयोग गरिन्छ।
सेवाका फाइदाहरू
●उच्च आनुवंशिक मार्कर खोज: हामी उच्च-थ्रुपुट डबल बारकोड प्रणालीलाई एकीकृत गर्छौं जसले ठूलो जनसंख्याको एकैसाथ अनुक्रमण गर्न अनुमति दिन्छ, र लोकस-विशिष्ट प्रवर्धन दक्षता बढाउँछ, ट्याग नम्बरहरूले विभिन्न अनुसन्धान प्रश्नहरूको विविध आवश्यकताहरू पूरा गर्दछन् भनी सुनिश्चित गर्दै।
● जीनोममा कम निर्भरता: यो सन्दर्भ जीनोम भएका वा नभएका प्रजातिहरूमा लागू गर्न सकिन्छ।
●लचिलो योजना डिजाइन: एकल-इन्जाइम, दोहोरो-इन्जाइम, बहु-इन्जाइम पाचन, र विभिन्न प्रकारका इन्जाइमहरू सबै विभिन्न अनुसन्धान लक्ष्यहरू वा प्रजातिहरू पूरा गर्न चयन गर्न सकिन्छ।
● इन्जाइम्याटिक पाचनमा उच्च दक्षता: एउटाको चालनइन-सिलिकोपूर्व-डिजाइन र पूर्व-प्रयोगले क्रोमोजोममा SLAF ट्यागहरूको समान वितरण (१ SLAF ट्याग/४Kb) र कम दोहोरिने अनुक्रम (<५%) को साथ इष्टतम डिजाइन सुनिश्चित गर्दछ।
●व्यापक विशेषज्ञता: हामी प्रत्येक परियोजनामा अनुभवको भण्डार ल्याउँछौं, जसमा बोटबिरुवा, स्तनधारी प्राणी, चराचुरुङ्गी, कीरा र जलीय जीवहरू सहित सयौं प्रजातिहरूमा ५००० भन्दा बढी SLAF-Seq परियोजनाहरू सम्पन्न गर्ने ट्र्याक रेकर्ड छ।
● स्व-विकसित बायोइन्फर्मेटिक कार्यप्रवाह: अन्तिम आउटपुटको विश्वसनीयता र शुद्धता सुनिश्चित गर्न हामीले SLAF-Seq को लागि एकीकृत बायोइन्फर्मेटिक कार्यप्रवाह विकास गर्यौं।
सेवा निर्दिष्टीकरणहरू
| विश्लेषणको प्रकार | सिफारिस गरिएको जनसंख्या मापन | अनुक्रम रणनीति | |
| ट्याग अनुक्रमणको गहिराई | ट्याग नम्बर | ||
| आनुवंशिक नक्सा | २ जना आमाबाबु र १५० भन्दा बढी सन्तान | अभिभावक: २०x WGS अफस्पिङ: १०x | जीनोम आकार: <४०० Mb: WGS सिफारिस गरिन्छ <१Gb: १००K ट्यागहरू १-२Gb:: २००K ट्यागहरू >२ जीबी: ३०० हजार ट्यागहरू अधिकतम ५०० हजार ट्यागहरू |
| जीनोम-वाइड एसोसिएशन स्टडीज (GWAS) | ≥२०० नमुनाहरू | १०x | |
| आनुवंशिक विकास | प्रत्येक उपसमूहबाट १० भन्दा बढी नमूनाहरू सहित ≥३० नमूनाहरू | १०x | |
सेवा आवश्यकताहरू
सांद्रता ≥ ५ एनजी/µलिटर
कुल रकम ≥ ८० ङ.ग्रा.
नानोड्रप OD260/280=1.6-2.5
एगारोज जेल: कुनै वा सीमित क्षय वा प्रदूषण छैन
सिफारिस गरिएको नमुना डेलिभरी
कन्टेनर: २ एमएल सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब
(धेरैजसो नमूनाहरूको लागि, हामी इथेनॉलमा सुरक्षित नगर्न सिफारिस गर्छौं)
नमूना लेबलिङ: नमूनाहरू स्पष्ट रूपमा लेबल गरिएको र पेश गरिएको नमूना जानकारी फारमसँग मिल्दोजुल्दो हुनुपर्छ।
ढुवानी: सुख्खा बरफ: नमूनाहरू पहिले झोलामा प्याक गर्नुपर्छ र सुख्खा बरफमा गाड्नुपर्छ।
सेवा कार्यप्रवाह
नमुना QC
पाइलट प्रयोग
SLAF-प्रयोग
पुस्तकालय तयारी
अनुक्रमण
तथ्याङ्क विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
हाम्रो जैविक सूचनात्मक विश्लेषणमा समावेश छ:
N-रिच रिड, एडाप्टर रिड वा कम गुणस्तरको रिड हटाउन डेटा QC र डेटा ट्रिमिङ।
आधार वितरण, अनुक्रम गुणस्तर र डेटा मूल्याङ्कन जाँच गर्न, तर पाचन दक्षता र प्राप्त इन्सर्टहरू जाँच गर्न पनि क्लिन रिडको दोस्रो गुणस्तर नियन्त्रण।
एकपटक पठनहरू जाँच गरिसकेपछि, त्यहाँ दुई विकल्पहरू छन्:
- सन्दर्भ जीनोममा म्यापिङ
- सन्दर्भ जीनोम बिना: क्लस्टरिङ
त्यसपछि, मार्कर खोजमा मद्दत गर्न केही भेरियन्ट कलिङ गर्न SLAF ट्यागहरूको विश्लेषण प्रयोग गरिन्छ: SNP, InDel, SNV, CV कलिङ र एनोटेसन।
क्रोमोजोमहरूमा SLAF ट्यागहरूको वितरण:
क्रोमोजोमहरूमा SNP हरूको वितरण:
SNP एनोटेसन
जियाङ एस, ली एस, लुओ जे, वाङ एक्स र शि सी (२०२३) फल पाक्ने क्रममा चिनीको मात्राको QTL म्यापिङ र ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषणपाइरस पाइरिफोलिया।अगाडि। बिरुवा विज्ञान।१४:११३७१०४। doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
ली, जे., झाङ, वाई., मा, आर., हुआङ, डब्ल्यू., हौ, जे., फ्याङ, सी., र सन, एल. (२०२२)। st1 को पहिचानले भटमासको घरपालनको क्रममा बीउ आकारविज्ञान र तेल सामग्रीको हिचहाइकिंग समावेश गर्ने चयन प्रकट गर्दछ।प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल, २०(६), १११०-११२१। https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.आदि।सामान्य कार्पको जीनोम अनुक्रम र आनुवंशिक विविधता,साइप्रिनस कार्पियो।नेट जेनेट 46, १२१२–१२१९ (२०१४)। https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., चेन, H., यांग, M.आदि।खेती गरिएको बदामको जीनोमले दालको क्यारियोटाइप, पोलिप्लोइड विकास र बाली घरपालनमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ।नेट जेनेट 51, ८६५–८७६ (२०१९)। https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| वर्ष | जर्नल | IF | शीर्षक | अनुप्रयोगहरू |
| २०२२ | प्रकृति सञ्चार | १७.६९४ | रूख पियोनीको गिगा-क्रोमोजोम र गिगा-जीनोमको जीनोमिक आधार पाओनिया ओस्टी | SLAF-GWAS का थप वस्तुहरू |
| २०१५ | नयाँ फाइटोलोजिस्ट | ७.४३३ | कृषि महत्वका जीनोमिक क्षेत्रहरूमा घरपालुवा पदचिह्नहरू एङ्कर हुन्छन् भटमास | SLAF-GWAS का थप वस्तुहरू |
| २०२२ | जर्नल अफ एडभान्स्ड रिसर्च | १२.८२२ | जी. हिर्सुटममा गोसिपियम बार्बाडेन्सको जीनोम-व्यापी कृत्रिम प्रवेश कपास फाइबरको गुणस्तर र उत्पादनमा एकैसाथ सुधारको लागि उत्कृष्ट स्थान प्रकट गर्नुहोस् गुणहरू | SLAF-विकासवादी आनुवंशिकी |
| २०१९ | आणविक प्लान्ट | १०.८१ | जनसंख्या जीनोमिक विश्लेषण र डे नोभो एसेम्बलीले वीडीको उत्पत्ति प्रकट गर्दछ विकासवादी खेलको रूपमा चामल | SLAF-विकासवादी आनुवंशिकी |
| २०१९ | प्रकृति आनुवंशिकी | ३१.६१६ | सामान्य कार्प, साइप्रिनस कार्पियोको जीनोम अनुक्रम र आनुवंशिक विविधता | SLAF-लिङ्केज नक्सा |
| २०१४ | प्रकृति आनुवंशिकी | २५.४५५ | खेती गरिएको बदामको जीनोमले लेगुम क्यारियोटाइप, पोलिप्लोइडको बारेमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ। विकास र बाली पालन। | SLAF-लिङ्केज नक्सा |
| २०२२ | प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल | ९.८०३ | ST1 को पहिचानले बीउ आकारविज्ञानको हिचहाइकिङ समावेश भएको चयन प्रकट गर्दछ भटमासको घरपालन गर्दा तेलको मात्रा र | SLAF-मार्कर विकास |
| २०२२ | आणविक विज्ञानको अन्तर्राष्ट्रिय जर्नल | ६.२०८ | गहुँ-लेमस मोलिस २एनएस (२डी) को पहिचान र डीएनए मार्कर विकास डिसोमिक क्रोमोजोम प्रतिस्थापन | SLAF-मार्कर विकास |
| वर्ष | जर्नल | IF | शीर्षक | अनुप्रयोगहरू |
| २०२३ | वनस्पति विज्ञानमा सीमाहरू | ६.७३५ | पाइरस पाइरिफोलियाको फल पाक्ने क्रममा चिनीको मात्राको QTL म्यापिङ र ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण | आनुवंशिक नक्सा |
| २०२२ | प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल | ८.१५४ | ST1 को पहिचानले भटमासको घरपालनको क्रममा बीउको आकारविज्ञान र तेलको मात्राको हिचहाइकिंग समावेश भएको चयन प्रकट गर्दछ।
| SNP कलिङ |
| २०२२ | वनस्पति विज्ञानमा सीमाहरू | ६.६२३ | खडेरी वातावरणमा हलेस बरेली फेनोटाइपहरूको जीनोम-वाइड एसोसिएसन म्यापिङ।
| GWAS का थप वस्तुहरू |
