T2T जीनोम असेम्बली | अल्ट्रा लामो अनुक्रमण
सेवा सुविधाहरू
•टेलोमेर-टू-टेलोमेर जीनोम एसेम्बलीहरूमा उच्च-सटीकता, उच्च-सम्बन्ध, र उच्च-पूर्णता प्रदान गर्दछ।
•सेन्ट्रोमेरिक र अत्यधिक दोहोरिने क्षेत्रहरूमा एसेम्बली चुनौतीहरू पार गर्दछ।
•सेन्ट्रोमेर र टेलोमेर जस्ता जटिल क्षेत्रहरूमा संरचनात्मक भिन्नताहरूको विश्लेषण गर्दछ।
•क्रोमोजोमको उत्पत्ति र घरपालन अन्वेषण गर्दछ, र प्रमुख लिंग निर्धारण गर्ने जीनहरू पहिचान गर्दछ।
सेवाका फाइदाहरू
•धेरै प्रजातिहरूमा सफल अनुभवको साथ, निकासीदेखि अनुक्रमणसम्म कभर गर्ने व्यावसायिक अल्ट्रा-लामो टोली।
•उच्च थ्रुपुट र लचिलो अनुक्रम रणनीतिहरू सहित PacBio र Nanopore दुवै लामो-पढ्ने प्लेटफर्महरूमा पहुँच।
•जीनोम एसेम्बली र अनुकूलित बायोइन्फर्मेटिक्स विश्लेषणमा अनुभवी टोली, T2T जीनोम परियोजनाहरूमा दक्ष।
•२०० भन्दा बढी सफल जीनोम परियोजनाहरू र २००० भन्दा बढी संचित प्रभाव कारकहरू।
•प्रतिलिपि अधिकार र पेटेन्टद्वारा समर्थित एकीकृत प्रयोगात्मक र जैविक सूचनात्मक समाधानहरू।
सेवा निर्दिष्टीकरणहरू
| जीनोम सर्वेक्षण | जीनोम असेम्ब्ली | क्रोमोजोम-स्तर | खाली ठाउँ भर्ने | जीनोम एनोटेसन |
| ५०X इलुमिना नोभासेक PE१५० | ३०X PacBio CCS HiFi रिडहरू | १००X हाई-सी | ४०-१००X ONT अल्ट्रा लामो पठनहरू | RNA-seq Illumina PE150 १० Gb + (वैकल्पिक) पूर्ण लम्बाइको RNA-seq PacBio ४० Gb वा Nanopore १२ Gb |
सेवा आवश्यकताहरू
सर्वेक्षण, PacBio CCS, Hi-C, र ट्रान्सक्रिप्टोम (एनोटेसनको लागि) अनुक्रमण नमूनाहरूको लागि, कृपया "" हेर्नुहोस्।क्रोमोजोम-स्तरजीनोम असेंबली नमूना आवश्यकताहरू"।
ONT अल्ट्रा-लामो सिक्वेन्सिङको लागि, अल्ट्रा-HMW DNA को निकासीलाई समर्थन गर्न उच्च गुणस्तर मापदण्डहरू सहित, तन्तु नमूनाहरू सिफारिस गरिन्छ।
विस्तृत नमूना तयारी निर्देशन र आवश्यकताहरूको लागि, प्रजातिमा आधारित अनुकूलित समाधानको लागि कृपया हाम्रो बिक्री टोलीलाई सम्पर्क गर्नुहोस्।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमुना डेलिभरी
डीएनए निकासी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
तथ्याङ्क विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
मुख्य विश्लेषणहरूमा समावेश छन्:
१) T2T जीनोम असेम्बली
● T2T जीनोम भन्नाले "० खाली ठाउँ" भएको जीनोमलाई बुझाउँछ जसमा कम्तिमा एउटा क्रोमोजोम टेलोमेरबाट टेलोमेरमा पूर्ण रूपमा जम्मा हुन्छ।
● उच्च-सटीकता CCS पठनहरू र ONT अल्ट्रा-लामो पठनहरू प्रयोग गर्दै:
* हाइफिज्म (v0.25.0) प्रयोग गरेर हाइब्रिड एसेम्बली मार्फत कन्टिग v1 जीनोम उत्पन्न गर्नुहोस्।
* NT डाटाबेस विरुद्ध BLAST द्वारा प्लास्टिड र दूषित अनुक्रमहरू हटाउनुहोस्।
* स्क्याफोल्ड 3D-DNA सँग हाई-सी डेटा प्रयोग गरेर क्रोमोजोम-स्केल एसेम्बलीमा जोडिन्छ।
* अन्तिम T2T जीनोम प्राप्त गर्न ONT रिडहरू प्रयोग गरेर स्थानीय एसेम्बली मार्फत छुटेका टेलोमेरहरू भर्नुहोस्।
२) सभा मूल्याङ्कन
● BUSCO मूल्याङ्कन
BUSCO v5.2.1 (बेन्चमार्किङ युनिभर्सल सिंगल-कपी अर्थोलग्स) ले OrthoDB १० डाटाबेसको आधारमा प्रमुख विकासवादी वंशहरूको लागि सिंगल-कपी जीन सेटहरू निर्माण गर्दछ। मिल्दो अनुपात र अखण्डताको आधारमा, यो जीन सेट विरुद्ध पङ्क्तिबद्धताद्वारा भेला गरिएको जीनोमको मूल्याङ्कन गरिन्छ।
"पूर्ण BUSCOs" को उच्च अनुपातले उच्च जीनोम एसेम्बली पूर्णतालाई जनाउँछ।
● नक्साङ्कन पढ्छ
bwa प्रयोग गरेर अर्को पुस्ताको अनुक्रम (जस्तै, इलुमिना) बाट भेला गरिएको जीनोममा छोटो पठनहरू पङ्क्तिबद्ध गर्नुहोस्। Minimap2 प्रयोग गरेर भेला गरिएको जीनोममा तेस्रो पुस्ताको लामो पठनहरू पङ्क्तिबद्ध गर्नुहोस्।
जम्मा गरिएको जीनोमको पूर्णता र अनुक्रमण कभरेजको एकरूपता म्यापिङ दर, जीनोम कभरेज अनुपात, र गहिराई वितरणको आधारमा मूल्याङ्कन गरिन्छ।
● जीनोम QC मूल्याङ्कन
सहमति गुणस्तर (QV) प्राप्त गर्न उच्च-शुद्धता अनुक्रमण पढाइहरू k-mers लाई जीनोम एसेम्बलीसँग तुलना गरेर Merqury प्रयोग गरेर एसेम्बलीको मूल्याङ्कन गर्नुहोस्।
उच्च गुणस्तर मानहरूले भेला गरिएको जीनोमको उच्च शुद्धतालाई संकेत गर्दछ।
● जीनोम LAI मूल्याङ्कन
LAI (LTR असेम्बली इन्डेक्स) ले जीनोम एसेम्बली इन्टिग्रिटीलाई अक्षुण्ण LTR रेट्रोट्रान्सपोसन अनुक्रम र कुल LTR अनुक्रमको अनुपातको रूपमा मूल्याङ्कन गर्दछ। उम्मेदवार LTR-RT अनुक्रमहरू LTR_FINDER (v1.0.7) र LTRharvest (v1.5.9) प्रयोग गरेर पहिचान गरिन्छ, त्यसपछि उच्च-विश्वास LTR रेट्रोट्रान्सपोसनहरू प्राप्त गर्न र LAI गणना गर्न LTR_retriever (v2.8) प्रयोग गरेर फिल्टर र एकीकृत गरिन्छ।
LAI विकासकर्ताको प्रकाशन अनुसार, LAI मानहरूलाई तीन तहमा वर्गीकृत गरिएको छ:
मस्यौदा (0 ≤ LAI < 10), सन्दर्भ (10 ≤ LAI < 20), र सुन (LAI ≥ 20)।
● टेलोमेर र सेन्ट्रोमेरको पहिचान
TIDK प्रयोग गरेर जीनोममा सम्भावित टेलोमेर दोहोरिने एकाइहरू पहिचान गर्नुहोस्। दोहोरिने आकृतिहरूमा आधारित FindTelomeres प्रयोग गरेर टेलोमेर अनुक्रमहरू पत्ता लगाउनुहोस् र स्थितिगत जानकारी प्राप्त गर्नुहोस्।
तेस्रो पुस्ताको लामो पठनहरू सहित सेन्ट्रोमिक्स प्रयोग गरेर सम्भावित सेन्ट्रोमेरिक दोहोरिनेहरू पहिचान गर्नुहोस्, त्यसपछि सेन्ट्रोमेर स्थिति र अनुक्रमहरू प्राप्त गर्न जीनोममा पुन: म्याप गर्नुहोस्।
१) जीनोम क्रोमोजोम नक्सा
२)जीनोममा टेलोमेरको स्थान
| क्र | Chr लम्बाइ(bp) | अपस्ट्रिम_स्टार्ट(bp) | अपस्ट्रिम_इन्ड(bp) | अपस्ट्रिम_लम्बाइ(bp) | डाउनस्ट्रीम_स्टार्ट(bp) | डाउनस्ट्रीम_इन्ड(bp) | डाउनस्ट्रीम_लम्बाइ(bp) |
| Chr01 का एपिसोड (1) | ५५,३४०,७६८ | 53 | २,०३६ | १,९८४ | ५५,३३८,७९४ | ५५,३४०,७६८ | १,९७५ |
| Chr02 का एपिसोड (1) | ५६,५८८,२८९ | 1 | २,७६० | २,७६० | ५६,५८४,१९१ | ५६,५८८,२८९ | ४,०९९ |
| Chr03 का एपिसोड (1) | ४६,८८६,७३३ | 20 | ३,००१ | २,९८२ | ४६,८८१,९९४ | ४६,८८६,७३३ | ४,७४० |
| Chr04 का एपिसोड (1) | ४९,४०१,७९८ | 1 | २,१४३ | २,१४३ | ४९,३९९,१६० | ४९,४०१,७९८ | २,६३९ |
| Chr05 का एपिसोड (1) | ४५,८५५,३१७ | 10 | ३,०४३ | ३,०३४ | ४५,८५२,८०९ | ४५,८५५,३१७ | २,५०९ |
| Chr06 का एपिसोड (1) | ४५,२८५,६२५ | 1 | ३,२६८ | ३,२६८ | ४५,२८३,४२७ | ४५,२८५,६२५ | २,१९९ |
| Chr07 का एपिसोड (1) | ४८,१२२,७२६ | 1 | २,३१७ | २,३१७ | ४८,१२०,५१९ | ४८,१२२,७२६ | २,२०८ |
Nओटे:
वर्ण: क्रोमोजोम आईडी
Chr_Length (bp): क्रोमोजोमको लम्बाइ
अपस्ट्रीम_स्टार्ट (bp): क्रोमोजोममा अपस्ट्रीम टेलोमेरको सुरुवात स्थिति
Upstream_End (bp): क्रोमोजोममा अपस्ट्रिम टेलोमेरको अन्तिम स्थिति
अपस्ट्रीम_लम्बाइ (bp): क्रोमोजोममा अपस्ट्रीम टेलोमेरको लम्बाइ
डाउनस्ट्रीम_स्टार्ट (bp): क्रोमोजोममा डाउनस्ट्रीम टेलोमेरको सुरुवाती स्थिति
Downstream_End (bp): क्रोमोजोममा डाउनस्ट्रीम टेलोमेरको अन्तिम स्थिति
डाउनस्ट्रीम_लम्बाइ (bp): क्रोमोजोममा डाउनस्ट्रीम टेलोमेरको लम्बाइ
३)जीनोममा सेन्ट्रोमेयरको स्थिति
| क्र | लम्बाइको_चौडाइ(bp) | सेन्ट्रोमिक्स_स्टार्ट(bp) | सेन्ट्रोमिक्स_एन्ड(bp) |
| Chr01 का एपिसोड (1) | ५५,३४०,७६८ | १८,९४३,२०४ | २३,००५,५५५ |
| Chr02 का एपिसोड (1) | ५६,५८८,२८९ | २८,११४,७२० | ३०,६७७,९१६ |
| Chr03 का एपिसोड (1) | ४६,८८६,७३३ | २ करोड ४४ लाख ८७ हजार ५५८ | २४,९२९,३२६ |
| Chr04 का एपिसोड (1) | ४९,४०१,७९८ | २०,९७६,८७५ | २ करोड २५ लाख ६३ हजार ३८८ |
| Chr05 का एपिसोड (1) | ४५,८५५,३१७ | १८,५७८,०९५ | १९,७१५,९२४ |
| Chr06 का एपिसोड (1) | ४५,२८५,६२५ | १९,३९८,४३६ | १९,९५०,१७३ |
| Chr07 का एपिसोड (1) | ४८,१२२,७२६ | २६,३९०,७२० | २७,९१३,२८४ |
नोट:
वर्ण: क्रोमोजोम आईडी
Chr_Length (bp): क्रोमोजोमको लम्बाइ
Centromere_Start (bp): क्रोमोजोममा centromere को सुरुवाती स्थिति
Centromere_End (bp): क्रोमोजोममा centromere को अन्तिम स्थिति
४) सभाको नतिजाको अन्तर तथ्याङ्क
| समूह | ग्याप_नम्बर | लेन |
| Chr01 का एपिसोड (1) | 0 | ५५,३४०,७६८ |
| Chr02 का एपिसोड (1) | 0 | ५६,५८८,२८९ |
| Chr03 का एपिसोड (1) | 0 | ४६,८८६,७३३ |
| Chr04 का एपिसोड (1) | 0 | ४९,४०१,७९८ |
| Chr05 का एपिसोड (1) | 0 | ४५,८५५,३१७ |
| Chr06 का एपिसोड (1) | 0 | ४५,२८५,६२५ |
| Chr07 का एपिसोड (1) | 0 | ४८,१२२,७२६ |
| कुल (अनुपात %) | 0 | ३४७,४८१,२५६(१००.००) |
Nओटे:
समूह: क्रोमोजोम आईडी
Gap_Number: क्रोमोजोममा रहेका खाली ठाउँहरूको संख्या
लेन (bp): क्रोमोजोमको लम्बाइ
५) जीनोम LAI मूल्याङ्कन
| क्र | लम्बाइ (bp) | अक्षुण्ण | जम्मा | कच्चा_LAI | एलएआई |
| सम्पूर्ण_जीनोम | ३४७,४८१,२५६ | ०.०४६ | ०.३६ | १२.९४ | १५.१८ |
नोट: LAI विकासकर्ताहरूको प्रकाशन अनुसार, LAI मानहरूलाई तीन वर्गमा वर्गीकृत गरिएको छ: ड्राफ्ट (० ≤ LAI < १०), सन्दर्भ (१० ≤ LAI < २०), र सुन (LAI ≥ २०)।
Chr लम्बाइ (bp): क्रोमोजोम लम्बाइ
अक्षुण्ण: जीनोममा अक्षुण्ण LTR-RTs को अनुपात
कुल: जीनोममा कुल LTR हरूको अनुपात
raw_LAI = अक्षुण्ण / कुल × १००
LAI: सच्याइएको LAI मान
BMKGene को de novo जीनोम एसेम्बली सेवाहरूद्वारा प्रकाशनहरूको क्युरेट गरिएको संग्रह मार्फत सहजीकरण गरिएका प्रगतिहरूको अन्वेषण गर्नुहोस्:
T2T Gएनोम
लिउ, शौचेङ आदि।"बहु-ओमिक डेटासँग जोडिएको टेलोमेर-टू-टेलोमेर जीनोम एसेम्बलीले हेक्साप्लोइड ब्रेड गहुँको विकासमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ।"प्रकृति आनुवंशिकी vol. 57,4 (2025): 1008-1020। doi:10.1038/s41588-025-02137-x
याओ, Xue-Feng et al।"जापोनिका धानको प्रजाति झोङहुआ ११ को पूर्ण जीनोम संयोजन।"बिरुवा सञ्चार खण्ड ६,१० (२०२५): १०१४६३। doi:१०.१०१६/j.xplc.२०२५.१०१४६३
एलभी, झियुआन एट अल।"क्यामेलिया पिटार्डीको टेलोमेर-टू-टेलोमेर जीनोम एसेम्बली नजिक।"वैज्ञानिक तथ्याङ्क vol. 12,1 1422। 14 अगस्ट 2025, doi:10.1038/s41597-025-05764-5
डु, हाइयुआन आदि।"Fragaria iinumae को लगभग पूर्ण जीनोम संयोजन।"BMC जीनोमिक्स vol. 26,1 253. 14 मार्च 2025, doi:10.1186/s12864-025-11440-0
चेन, Weikai et al।"निकोटियाना बेन्थामियानाको पूर्ण जीनोम एसेम्बलीले सेन्ट्रोमेरेसको आनुवंशिक र एपिजेनेटिक परिदृश्य प्रकट गर्दछ।"प्रकृति बिरुवाहरू vol. 10,12 (2024): 1928-1943। doi:10.1038/s41477-024-01849-y
ह्याप्लोटाइप-समाधान गरिएको T2T जीनोम
खान, फलक शेर एट अल। "वाइनग्रेप प्रजाति क्याबरनेट साउभिग्ननको ह्याप्लोटाइप-समाधान गरिएको T2T ग्याप-फ्री जीनोमहरू।"वैज्ञानिक तथ्याङ्क, 10.1038/s41597-026-06910-3। 26 फेब्रुअरी 2026, doi:10.1038/s41597-026-06910-3
T2T जीनोम + तुलनात्मक जीनोम
हङ, लिन एट अल। "२ वटा मीठो सुन्तलाका लागि टेलोमेर-देखि-टेलोमेर जीनोमहरूको निर्माण र विश्लेषण: लङहुइहोङ र न्यूहल (सिट्रस साइनेन्सिस)।"गिगासाइन्सखण्ड १३ (२०२४): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
ली, सियाओ-जी एट अल। "रातो गाजर TXH4 को टेलोमेर-टू-टेलोमेर जीनोमको विश्लेषणले गाजरमा लाइकोपीन संचयमा DcLCYE र DcLCYB1 को भूमिका स्पष्ट पार्छ।"बागवानी अनुसन्धानvol. 12,11 uhaf192। 29 जुलाई 2025, doi:10.1093/hr/uhaf192
T2T जीनोम + प्यानजेनोम
वाङ, सियाओजिङ एट अल। "रोडोडेन्ड्रन प्रजातिहरूमा T2T जीनोम, प्यान-जीनोम विश्लेषण, र ताप तनाव प्रतिक्रिया जीनहरू।"आईमेटाvol. 4,2 e70010। 5 मार्च 2025, doi:10.1002/imt2.70010
