-
पूर्ण-लम्बाइ mRNA अनुक्रमण-नानोपोर
आरएनए अनुक्रमण व्यापक ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषणको लागि एक अमूल्य उपकरण भएको छ।निस्सन्देह, परम्परागत छोटो-पढ्ने अनुक्रमले यहाँ धेरै महत्त्वपूर्ण विकास हासिल गर्यो।जे होस्, यसले प्रायः पूर्ण-लम्बाइ आइसोफर्म पहिचान, मात्रा, PCR पूर्वाग्रहमा सीमितताहरूको सामना गर्छ।
नानोपोर सिक्वेन्सिङले आफूलाई अन्य सिक्वेन्सिङ प्लेटफर्महरूबाट अलग गर्छ, जसमा न्यूक्लियोटाइडहरू सीधा DNA संश्लेषण बिना पढिन्छन् र दसौं किलोबेसहरूमा लामो पढाइ उत्पन्न गर्दछ।यसले पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टहरू क्रसिङ र आइसोफर्म-स्तर अध्ययनहरूमा चुनौतीहरूको सामना गर्न प्रत्यक्ष पठन-आउटलाई सशक्त बनाउँछ।
प्लेटफर्म:Nanopore PromethION
पुस्तकालय:cDNA-PCR
-
De novo पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण -PacBio
नयाँपूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण, जसलाई पनि भनिन्छनयाँIso-Seq ले पढ्ने लम्बाइमा PacBio sequencer को फाइदाहरू लिन्छ, जसले पूर्ण-लम्बाइको cDNA अणुहरूको अनुक्रमलाई कुनै पनि ब्रेक बिना सक्षम बनाउँछ।यसले ट्रान्सक्रिप्ट असेंबली चरणहरूमा उत्पन्न हुने कुनै पनि त्रुटिहरूलाई पूर्ण रूपमा बेवास्ता गर्छ र आइसोफर्म-स्तर रिजोल्युसनको साथ युनिजीन सेटहरू निर्माण गर्दछ।यो युनिजीन सेटले ट्रान्सक्रिप्टोम-स्तरमा "सन्दर्भ जीनोम" को रूपमा शक्तिशाली आनुवंशिक जानकारी प्रदान गर्दछ।थप रूपमा, अर्को पुस्ताको अनुक्रमण डेटासँग संयोजन गर्दै, यो सेवाले isoform-स्तर अभिव्यक्तिको सही मात्रा निर्धारण गर्न सशक्त बनाउँछ।
प्लेटफर्म: PacBio सिक्वेल IIपुस्तकालय: SMRT घण्टी पुस्तकालय -
Eukaryotic mRNA अनुक्रमण-Illumina
mRNA अनुक्रमणले विशेष परिस्थितिहरूमा कक्षहरूबाट ट्रान्सक्रिप्ट गरिएका सबै mRNA हरूको प्रोफाइलिङ सक्षम गर्दछ।यो जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल, जीन संरचना र केहि जैविक प्रक्रियाहरु को आणविक संयन्त्र प्रकट गर्न को लागी एक शक्तिशाली प्रविधि हो।आज सम्म, mRNA अनुक्रमणिका आधारभूत अनुसन्धान, क्लिनिकल निदान, औषधि विकास, आदिमा व्यापक रूपमा प्रयोग गरिएको छ।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq 6000
-
गैर-सन्दर्भ आधारित mRNA अनुक्रमण-Illumina
mRNA सिक्वेन्सिङले केही विशेष प्रकार्यहरू सक्रिय हुने निश्चित अवधिमा मेसेन्जर RNA(mRNA) फारम युकेरियोटलाई क्याप्चर गर्न अर्को पुस्ताको अनुक्रमण प्रविधि (NGS) अपनाउछ।सबैभन्दा लामो ट्रान्सक्रिप्टलाई 'युनिजिन' भनिन्थ्यो र त्यसपछिको विश्लेषणको लागि सन्दर्भ अनुक्रमको रूपमा प्रयोग गरियो, जुन सन्दर्भ बिना प्रजातिहरूको आणविक संयन्त्र र नियामक नेटवर्क अध्ययन गर्ने प्रभावकारी माध्यम हो।
ट्रान्सक्रिप्टोम डाटा असेंबली र युनिजीन फंक्शनल एनोटेसन पछि
(1) SNP विश्लेषण, SSR विश्लेषण, CDS भविष्यवाणी र जीन संरचना पूर्वनिर्धारित हुनेछ।
(२) प्रत्येक नमूनामा युनिजीन अभिव्यक्तिको परिमाणीकरण गरिनेछ।
(३) नमूनाहरू (वा समूहहरू) बीचको भिन्नता व्यक्त गरिएका युनिजिनहरू युनिजीन अभिव्यक्तिको आधारमा पत्ता लगाइनेछ।
(४) भिन्नता व्यक्त गरिएका युनिजिनहरूको क्लस्टरिङ, कार्यात्मक एनोटेशन र संवर्धन विश्लेषण प्रदर्शन गरिनेछ।
-
लामो गैर-कोडिङ अनुक्रम-Illumina
लामो गैर-कोडिङ RNAs (lncRNAs) एक प्रकारको RNA अणुहरू हुन् जसको लम्बाइ 200 nt भन्दा बढी हुन्छ, जुन अत्यन्त कम कोडिङ क्षमताद्वारा विशेषता हुन्छन्।LncRNA, गैर-कोडिङ RNA मा एक प्रमुख सदस्यको रूपमा, मुख्यतया न्यूक्लियस र प्लाज्मामा पाइन्छ।सिक्वेन्सिङ टेक्नोलोजी र बायोइन्फर्मटिक्सको विकासले धेरै उपन्यास lncRNAs को पहिचान र जैविक कार्यहरूसँग सम्बद्ध गर्न सक्षम बनाउँछ।संचयी प्रमाणहरूले सुझाव दिन्छ कि lncRNA एपिजेनेटिक नियमन, ट्रान्सक्रिप्शन नियमन र पोस्ट-ट्रान्सक्रिप्शन नियमनमा व्यापक रूपमा संलग्न छ।
-
सानो आरएनए अनुक्रमण-इलुमिना
सानो RNA ले गैर-कोडिङ RNA अणुहरूको वर्गलाई जनाउँछ जुन सामान्यतया 200nt भन्दा कम लम्बाइ हुन्छ, माइक्रो RNA (miRNA), सानो हस्तक्षेप RNA (siRNA), र piwi-interacting RNA (piRNA) सहित।
MicroRNA (miRNA) लगभग 20-24nt को लम्बाइ भएको अन्तर्जात सानो RNA को एक वर्ग हो, जसले कोशिकाहरूमा विभिन्न महत्त्वपूर्ण नियामक भूमिकाहरू खेल्छ।miRNA धेरै जीवन प्रक्रियाहरूमा संलग्न हुन्छ जसले ऊतक - विशिष्ट र चरण - विशिष्ट अभिव्यक्ति र विभिन्न प्रजातिहरूमा अत्यधिक संरक्षित गर्दछ।
-
circRNA अनुक्रमण-Illumina
सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण कोडिङ (mRNA) र गैर-कोडिङ RNAs (lncRNA, circRNA र miRNA सहित) सबै प्रकारका RNA अणुहरू प्रोफाइल गर्न डिजाइन गरिएको छ जुन निश्चित समयमा विशिष्ट कक्षहरूद्वारा ट्रान्सक्रिप्ट गरिन्छ।सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमणिका, जसलाई "कुल आरएनए अनुक्रमण" पनि भनिन्छ, ट्रान्सक्रिप्टोम स्तरमा व्यापक नियामक नेटवर्कहरू प्रकट गर्ने उद्देश्य हो।NGS प्रविधिको फाइदा उठाउँदै, सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोम उत्पादनहरूको अनुक्रमहरू ceRNA विश्लेषण र संयुक्त आरएनए विश्लेषणको लागि उपलब्ध छन्, जसले कार्यात्मक चरित्रीकरण तर्फ पहिलो चरण प्रदान गर्दछ।circRNA-miRNA-mRNA आधारित ceRNA को नियामक नेटवर्क खुलासा गर्दै।
-
सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रम - इलुमिना
सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण कोडिङ (mRNA) र गैर-कोडिङ RNAs (lncRNA, circRNA र miRNA सहित) सबै प्रकारका RNA अणुहरू प्रोफाइल गर्न डिजाइन गरिएको छ जुन निश्चित समयमा विशिष्ट कक्षहरूद्वारा ट्रान्सक्रिप्ट गरिन्छ।सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमणिका, जसलाई "कुल आरएनए अनुक्रमण" पनि भनिन्छ, ट्रान्सक्रिप्टोम स्तरमा व्यापक नियामक नेटवर्कहरू प्रकट गर्ने उद्देश्य हो।NGS प्रविधिको फाइदा उठाउँदै, सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोम उत्पादनहरूको अनुक्रमहरू ceRNA विश्लेषण र संयुक्त आरएनए विश्लेषणको लागि उपलब्ध छन्, जसले कार्यात्मक चरित्रीकरण तर्फ पहिलो चरण प्रदान गर्दछ।circRNA-miRNA-mRNA आधारित ceRNA को नियामक नेटवर्क खुलासा गर्दै।
-
प्रोकारियोटिक आरएनए अनुक्रमण
प्रोकारियोटिक आरएनए अनुक्रमणले परिवर्तनशील सेलुलर ट्रान्सक्रिप्टोमको विश्लेषण गरेर, कुनै निश्चित क्षणमा आरएनएको उपस्थिति र मात्रा प्रकट गर्न नेक्स्ट जेनरेशन सिक्वेन्सिङ (एनजीएस) प्रयोग गर्दछ।हाम्रो कम्पनीको प्रोकारियोटिक आरएनए अनुक्रमणिका, विशेष गरी सन्दर्भ जीनोमहरू सहित प्रोकारियोटहरूमा लक्ष्य राख्छ, तपाईंलाई ट्रान्सक्रिप्टोम प्रोफाइलिङ, जीन संरचना विश्लेषण, इत्यादि प्रदान गर्दछ। यसलाई आधारभूत विज्ञान अनुसन्धान, औषधि अनुसन्धान र विकास, र थपमा व्यापक रूपमा लागू गरिएको छ।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranscriptome अनुक्रम
मेटाट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिङले प्राकृतिक वातावरण (जस्तै माटो, पानी, समुद्र, मल, र आन्द्रा) भित्र माइक्रोब्स (युकेरियोट र प्रोकारियोट्स दुवै) को जीन अभिव्यक्तिको पहिचान गर्दछ। विशेष गरी, यो सेवाहरूले तपाईंलाई जटिल माइक्रोबियल समुदायहरूको सम्पूर्ण जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल प्राप्त गर्न अनुमति दिन्छ, वर्गीकरण। प्रजातिहरूको, भिन्न रूपमा अभिव्यक्त जीनहरूको कार्यात्मक संवर्धन विश्लेषण, र थप।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq 6000
