10x Genomics Visium ruimtelijk transcriptoom
Functies
● Resolutie: 100 µM
● Vlekdiameter: 55 µM
● Aantal plekken: 4992
● Opnamegebied: 6,5 x 6,5 mm
● Elke plek met een streepjescode is voorzien van primers die uit 4 secties bestaan:
- poly(dT)-staart voor mRNA-priming en cDNA-synthese
- Unieke Molecular Identifier (UMI) om amplificatiebias te corrigeren
- Ruimtelijke streepjescode
- Bindende sequentie van gedeeltelijk gelezen 1-sequencing-primer
● H&E-kleuring van coupes
Voordelen
●One-stop-service: integreert alle op ervaring en vaardigheden gebaseerde stappen, inclusief cryo-sectie, kleuring, weefseloptimalisatie, ruimtelijke streepjescodes, bibliotheekvoorbereiding, sequencing en bio-informatica.
● Zeer bekwaam technisch team: met ervaring in meer dan 250 weefseltypen en meer dan 100 soorten, waaronder mensen, muizen, zoogdieren, vissen en planten.
●Realtime update van het gehele project: met volledige controle over de experimentele voortgang.
●Uitgebreide standaard bio-informatica:pakket bevat 29 analyses en 100+ hoogwaardige cijfers.
●Op maat gemaakte data-analyse en visualisatie: beschikbaar voor verschillende onderzoeksaanvragen.
●Optionele gezamenlijke analyse met single-cell mRNA-sequencing
Specificaties
| Voorbeeldvereisten | Bibliotheek | Sequentiestrategie | Gegevens aanbevolen | Kwaliteitscontrole |
| In OCT ingebedde cryomonsters, FFPE-monsters (Optimale diameter: ca. 6x6x6 mm3) 3 blokken per monster | 10X Visium cDNA-bibliotheek | Illumina PE150 | 50K PE-lezingen per spot (60Gb) | RIN>7 |
Voor meer informatie over begeleiding bij monstervoorbereiding en serviceworkflow kunt u gerust contact opnemen met eenBMKGENE-expert
Serviceworkflow
In de monstervoorbereidingsfase wordt een eerste bulk-RNA-extractieproef uitgevoerd om ervoor te zorgen dat RNA van hoge kwaliteit kan worden verkregen.In de weefseloptimalisatiefase worden de coupes gekleurd en gevisualiseerd en worden de permeabilisatieomstandigheden voor de afgifte van mRNA uit het weefsel geoptimaliseerd.Het geoptimaliseerde protocol wordt vervolgens toegepast tijdens de bibliotheekconstructie, gevolgd door sequencing en data-analyse.
De volledige serviceworkflow omvat realtime updates en klantbevestigingen om een responsieve feedbacklus te behouden en een soepele projectuitvoering te garanderen.
Bevat de volgende analyse:
Gegevenskwaliteitscontrole:
o Gegevensuitvoer en distributie van kwaliteitsscores
o Gendetectie per spot
o Weefseldekking
Analyse van binnenmonsters:
o Genenrijkdom
o Spotclustering, inclusief analyse van kleinere dimensies
o Differentiële expressieanalyse tussen clusters: identificatie van markergenen
o Functionele annotatie en verrijking van markergenen
Intergroepsanalyse
o Recombinatie van vlekken uit beide monsters (bijv. ziek en controle) en opnieuw clusteren
o Identificatie van markergenen voor elk cluster
o Functionele annotatie en verrijking van markergenen
o Differentiële expressie van hetzelfde cluster tussen groepen
Analyse van binnenmonsters
Spotclustering
Identificatie van markergenen en ruimtelijke distributie
Intergroepsanalyse
Gegevenscombinatie van beide groepen en opnieuw clusteren
Markergenen van nieuwe clusters
Ontdek de vooruitgang die wordt mogelijk gemaakt door de ruimtelijke transcriptomics-service van BMKGene door 10X Visium. In deze aanbevolen publicaties:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, een potentiële Drosophila-homoloog van GPCR's voor adhesie bij zoogdieren, is betrokken bij antitumorreacties op geïnjecteerde oncogene cellen in vliegen', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL maakt afbakening met hoge resolutie van spatiotemporele transcriptomische gegevens mogelijk', Briefings in Bioinformatics, 24(2), pp. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Een spatiotemporele atlas van organogenese in de ontwikkeling van orchideebloemen', Nucleic Acids Research, 50(17), pp. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Integrating Spatial Transcriptomics en Single-nucleus RNA Sequencing Reveals the Potential Therapeutic Strategies for Uterine Leiomyoma', International Journal of Biological Sciences, 19(8), pp. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
