Producten

16S/18S/ITS Amplicon-sequencing-PacBio

De subeenheid op 16S- en 18S-rRNA die zowel sterk geconserveerde als hypervariabele gebieden bevat, is een perfecte moleculaire vingerafdruk voor de identificatie van prokaryotische en eukaryotische organismen.Door gebruik te maken van sequencing kunnen deze amplicons worden getarget op basis van de geconserveerde delen en kunnen de hypervariabele gebieden volledig worden gekarakteriseerd voor microbiële identificatie, wat bijdraagt aan onderzoeken op het gebied van microbiële diversiteitsanalyse, taxonomie, fylogenie, enz. Single-molecule real-time (SMRT ) sequencing van het PacBio-platform maakt het verkrijgen van zeer nauwkeurige lange metingen mogelijk, die amplicons van volledige lengte (ongeveer 1,5 Kb) zouden kunnen bestrijken.Het bredere zicht op het genetische veld verbeterde de resolutie in soortannotatie in de bacterie- of schimmelgemeenschap aanzienlijk.

Platform:PacBio-vervolg II

Neem contact met ons op

Servicedetails

Demoresultaten

Casestudy

Servicevoordelen

● Long-reads onthullen de volledige reeks van 16S/18S/ITS

● Uiterst nauwkeurige basisoproepen met PacBio CCS-modussequencing

● Resolutie op soortniveau in OTU/ASV-annotatie

● Nieuwste QIIME2-analysestroom met diverse analyses op het gebied van database, annotatie, OTU/ASV.

● Toepasbaar op diverse microbiële gemeenschapsstudies

● BMK beschikt over uitgebreide ervaring met meer dan 100.000 monsters/jaar, waaronder bodem, water, gas, slib, uitwerpselen, darmen, huid, fermentatiebouillon, insecten, planten, enz.

● BMKCloud vergemakkelijkte de interpretatie van gegevens met 45 gepersonaliseerde analysetools

Servicespecificaties

Volgorde aanbrengen inPlatform	Bibliotheek	Aanbevolen gegevens	Doorlooptijd
PacBio-vervolg II	SMRT-bel	5K/10K/20K-tags	44 werkdagen

Bio-informatica analyses

● Kwaliteitscontrole van ruwe gegevens

● OTU-clustering/De-noise (ASV)

● OTU-annotatie

● Alfadiversiteit

● Bètadiversiteit

● Intergroepsanalyse

● Associatieanalyse tegen experimentele factoren

● Functiegenvoorspelling

Monstervereisten en levering

Voorbeeldvereisten:

VoorDNA-extracten:

Voorbeeldtype	Hoeveelheid	Concentratie	Puurheid
DNA-extracten	> 1 µg	> 20 ng/μl	OD260/280= 1,6-2,5

Voor milieumonsters:

Voorbeeldtype	Aanbevolen bemonsteringsprocedure
Bodem	Monsterhoeveelheid: ca.5 gram;De resterende verdorde substantie moet van het oppervlak worden verwijderd;Maal grote stukken en passeer door een filter van 2 mm;Aliquot-monsters in steriele EP-buis of cyrotube voor reservering.
Ontlasting	Monsterhoeveelheid: ca.5 gram;Verzamel en aliquoteer monsters in een steriele EP-buis of cryobuis voor reservering.
Darminhoud	Monsters moeten onder aseptische omstandigheden worden verwerkt.Was het verzamelde weefsel met PBS;Centrifugeer de PBS en verzamel het neerslagmiddel in EP-buizen.
Slib	Monsterhoeveelheid: ca.5 gram;Verzamel het slibmonster en verdeel het in een steriele EP-buis of cryobuis ter reservering
Waterlichaam	Voor monsters met een beperkte hoeveelheid microbiële stoffen, zoals kraanwater, bronwater enz., verzamel ten minste 1 liter water en voer dit door een filter van 0,22 μm om de microbiële stoffen op het membraan te verrijken.Bewaar het membraan in een steriele buis.
Huid	Schraap het huidoppervlak voorzichtig af met een steriel wattenstaafje of chirurgisch mesje en plaats het in een steriele buis.

Aanbevolen monsterlevering

Bevries de monsters in vloeibare stikstof gedurende 3-4 uur en bewaar ze in vloeibare stikstof of -80 graden tot langetermijnreservering.Verzending van monsters met droogijs is vereist.

Servicewerkstroom

Levering van monsters

Bouw van bibliotheek

Volgorde aanbrengen in

Gegevensanalyse

After-sales diensten

Vorig: 16S/18S/ITS Amplicon-sequencing-NGS

Volgende: Test voor transposase-toegankelijke chromatine met sequencing met hoge doorvoer (ATAC-seq)

1. Annotatiepercentage van op V3+V4(Illumina) gebaseerde profilering van microbiële gemeenschappen versus profilering op basis van volledige lengte (PacBio).
(Gegevens van 30 willekeurig gekozen projecten werden toegepast voor statistieken)

2. Annotatiesnelheid van ampliconsequencing over de volledige lengte op soortniveau in verschillende monstertypen

3. Soortenverdeling

4. Fylogenetische boom

BMK-zaak

Blootstelling aan arseen veroorzaakt schade aan de darmbarrière en daaruit voortvloeiende activering van de darm-lever-as, wat leidt tot ontsteking en pyroptose van de lever bij eenden

Gepubliceerd:Wetenschap van het totale milieu,2021

Sequentiestrategie:

Monsters: Controle vs. 8 mg/kg ATO blootgestelde groep
Opbrengst sequentiegegevens: in totaal 102.583 onbewerkte CCS-sequenties
Controle: 54.518 ± 747 effectieve CCS
ATO-blootgesteld: 45.050 ± 1675 effectieve CCS

Belangrijkste resultaten

Alfa-diversiteit:Blootstelling aan ATO veranderde de microbiële rijkdom en diversiteit in de eenden aanzienlijk.

Metastatanalyse:
Op fylumniveau: 2 bacteriële fyla alleen gedetecteerd in controlegroepen
Op geslachtsniveau: 6 geslachten werden significant verschillend gevonden in relatieve overvloed
Op soortniveau: in totaal werden 36 soorten geïdentificeerd, waarvan er 6 significant verschilden in relatieve aantallen

Referentie

Thingholm, LB, et al.“Zwaarlijvige personen met en zonder diabetes type 2 vertonen een verschillende microbiële functionele capaciteit en samenstelling van de darmen.”Celgastheer en microbe26.2(2019).