De novo bacteriële genoomassemblage
We bieden een complete bacteriële genoomassemblageservice, die 0 gaten garanderen. Dit is mogelijk door lang gelezen sequencing-technologieën te integreren, zoals nanopore en Pacbio voor montage en kort gelezen sequencing met illumina voor montage-validatie en foutcorrectie van ONT-lezingen. Onze service biedt de complete bio -informatieme workflow van assemblage, functionele annotatie en geavanceerde bioinformatische analyse, het bereiken van specifieke onderzoeksdoelen. Deze service maakt de ontwikkeling van precieze referentiegenomen mogelijk voor verschillende genetische en genomische studies. Bovendien vormt het de basis voor toepassingen zoals stamoptimalisatie, genetische manipulatie en ontwikkeling van microbiële technologie, waardoor betrouwbare en kloofvrije genomische gegevens cruciaal zijn voor het bevorderen van wetenschappelijke inzichten en biotechnologische innovatie.
Servicefuncties
● Met twee mogelijke opties om uit te kiezen, afhankelijk van de gewenste mate van de volledigheid van het genoom.
● Optie Genoom op concepten: kort gelezen sequencing met Illumina Novaseq PE150.
● Voltooi 0 Gap Genome.
● Lang gelezen sequencing op Nanopore Promethion 48 of Pacbio Revio voor genoomassemblage.
● Kort gelezen sequencing op Illumina novaseq voor genoomvalidatie en foutcorrectie (nanopore) of om een conceptgenoom te genereren.
Servicevoordelen
●Zero-gap genoom gegarandeerd: Dit komt door de integratie van Illumina -sequencing met lange leessequencing (Nanopore of Pacbio).
●Complete bioinformatica workflow:Dit omvat genoomassemblage en voorspelling van meerdere genomische elementen, functionele gentannotatie en genoomvisualisaties zoals Circos -plot.
●Uitgebreide expertise: Met meer dan 20.000 microbiële genomen geassembleerd, brengt BMKgene meer dan tien jaar ervaring, een zeer bekwaam analyseteam, uitgebreide inhoud en uitstekende post-sales-ondersteuning.
●Post-sales ondersteuning:Onze toewijding gaat verder dan de voltooiing van het project met een serviceperiode van 3 maanden na verkoop. Gedurende deze tijd bieden we projecten follow-up, hulp bij het oplossen van problemen en Q & A-sessies om alle vragen met betrekking tot de resultaten aan te pakken.
●Meerdere sequencingstrategieën beschikbaar:Voor verschillende onderzoeksdoelen en vereisten van de volledigheid van het genoom.
Servicespecificaties
| Dienst | Sequencing -strategie |
| Ontwerpgenoom | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio Hifi 30x + Illumina PE150 100x (optioneel) |
Voorbeeldvereisten:
| Concentratie (ng/µl) | Totale hoeveelheid (µg) | Volume (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bacteriën: ≥3,5x1010 cellen
Service -werkstroom
Voorbeeldafgifte
Bibliotheekconstructie
Volgorde
Gegevensanalyse
After-Sale Services
Bevat de volgende analyse:
● Controle van de gegevenskwaliteit sequenceren
● Genoomassemblage
● Analyse van genoomcomponenten: voorspelling van CD's en meerdere genomische elementen
● Functionele annotatie met meerdere algemene databases (GO, KEGG, enz.) En geavanceerde databases (kaart, VFDB, enz.)
● Genoom Visualisatie
We bieden het genoom in een gemakkelijk toegankelijk FASTA -formaat en het Genome Annotation File (GFF).
Gene Annotation - Go
Gene -annotatie - Cazy koolhydraten
Genoom Visualisatie - Circos plot
Ontdek de vooruitgang die wordt gefaciliteerd door BMKgene's bacteriële genoomassemblagediensten via een samengestelde verzameling publicaties.
Dai, W. et al. (2023) 'Discovery of Bacteroides uniformis F18-22 als een veilige en nieuwe probiotische bacterie voor de behandeling van ulceroscolitis uit de gezonde menselijke dikke darm',International Journal of Molecular Sciences, 24 (19), p. 14669. Doi: 10.3390/ijms241914669/s1.
Kang, Q. et al. (2021) '' Multiresistente proteus mirabilis isolaten die Blaoxa-1 en Blandm-1 van dieren in het wild in China dragen: toenemend risico op de volksgezondheid ',Integratieve zoölogie, 16 (6), pp. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) '' Volledige genoomsequentie van endophyte bacillus flexus KLBMP 4941 onthult zijn plantengroeipromotiemechanisme en genetische basis voor zouttolerantie ',Journal of Biotechnology, 260, pp. 38–41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) '' Multiple-replicon resistentieplasmiden van Klebsiella bemiddelen uitgebreide verspreiding van antimicrobiële genen ',Frontiers in microbiologie, 12, p. 754931. Doi: 10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex.
