-
PacBio-transcriptoom van volledige lengte (niet-referentie)
Het Amplicon (16S/18S/ITS)-platform is ontwikkeld met jarenlange ervaring in de analyse van microbiële diversiteitsprojecten, die gestandaardiseerde basisanalyse en gepersonaliseerde analyse bevat: basisanalyse omvat de algemene analyse-inhoud van huidig microbieel onderzoek, de analyse-inhoud is rijk en uitgebreid, en analyseresultaten worden gepresenteerd in de vorm van projectrapporten;De inhoud van gepersonaliseerde analyse is divers.Monsters kunnen worden geselecteerd en parameters kunnen flexibel worden ingesteld volgens het basisanalyserapport en onderzoeksdoel, om gepersonaliseerde vereisten te realiseren.Windows-besturingssysteem, eenvoudig en snel.
-
PacBio-transcriptoom van volledige lengte (niet-referentie)
Door Pacific Biosciences (PacBio) Isoform-sequencinggegevens als invoer te gebruiken, kan deze app transcriptsequenties van volledige lengte identificeren (zonder montage).Door sequenties van volledige lengte af te zetten tegen referentiegenoom, kunnen transcripten worden geoptimaliseerd door bekende genen, transcripten, coderende gebieden, enz. In dit geval kan een nauwkeurigere identificatie van mRNA-structuren, zoals alternatieve splicing, enz. worden bereikt.Gezamenlijke analyse met NGS-transcriptoomsequentiegegevens maakt meer uitgebreide annotatie en nauwkeurigere kwantificering van expressie op transcriptniveau mogelijk, wat grotendeels de stroomafwaartse differentiële expressie en functionele analyse ten goede komt.
-
Toolkits
BMKCloud is een toonaangevend bio-informatisch platform dat een totaaloplossing biedt voor genomische programma's, dat algemeen wordt vertrouwd door onderzoekers in verschillende arena's, waaronder medische, landbouw-, milieu-, enz. BMKCloud zet zich in om geïntegreerde, betrouwbare en efficiënte diensten te bieden, waaronder bio-informatische analyseplatforms en -hulpmiddelen , computerbronnen, openbare database, bioinformtische online cursussen, enz. BMKCloud heeft verschillende veelgebruikte bioinformatische hulpmiddelen, waaronder genannotatie, evolutionaire genetische hulpmiddelen, ncRNA, gegevenskwaliteitscontrole, assemblage, uitlijning, gegevensextractie, mutaties, statistieken, figuurgenerator, sequentie analyse, enz.
-
klein RNA
Kleine RNA's zijn een soort kort niet-coderend RNA met een gemiddelde lengte van 18-30 nt, inclusief miRNA, siRNA en piRNA.Er is massaal gerapporteerd dat deze kleine RNA's betrokken zijn bij verschillende biologische processen zoals mRNA-afbraak, translatieremming, heterochromatinevorming, enz. SmallRNA-sequencing-analyse is op grote schaal toegepast in onderzoeken naar de ontwikkeling van dieren/planten, ziekten, virussen, enz. Klein RNA sequencing-analyseplatform bestaat uit standaardanalyse en geavanceerde datamining.Op basis van RNA-seq-gegevens kan standaardanalyse miRNA-identificatie en -voorspelling, miRNA-doelgenvoorspelling, annotatie en expressieanalyse bereiken.Geavanceerde analyse maakt op maat zoeken en extraheren van miRNA, het genereren van Venn-diagrammen, miRNA en het bouwen van een doelgennetwerk mogelijk.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS is een analyseplatform voor het opnieuw sequensen van het hele genoom, dat is ontwikkeld op basis van een rijke ervaring in biomarkertechnologieën.Dit gebruiksvriendelijke platform maakt snelle indiening van een geïntegreerde analyseworkflow mogelijk door eenvoudig een paar basisparameters in te stellen, die geschikt zijn voor DNA-sequencinggegevens die zijn gegenereerd door zowel het Illumina-platform als het BGI-sequencingplatform.Dit platform wordt ingezet op een krachtige computerserver, wat een zeer efficiënte gegevensanalyse in zeer beperkte tijd mogelijk maakt.Gepersonaliseerde datamining is beschikbaar op basis van standaardanalyse, inclusief gemuteerde genquery, PCR-primerontwerp, enz.
-
mRNA (referentie)
Transcriptoom is de link tussen genomische genetische informatie en het proteoom van biologische functie.Regeling op transcriptieniveau is de belangrijkste en meest bestudeerde reguleringsmodus van organismen.Transcriptoomsequencing kan het transcriptoom op elk moment of onder elke omstandigheid sequencen, met een resolutie die nauwkeurig is tot op een enkele nucleotide. Het kan dynamisch het niveau van gentranscriptie weerspiegelen, tegelijkertijd zeldzame en normale transcripten identificeren en kwantificeren, en de structurele informatie van voorbeeldspecifieke transcripties.
Op dit moment wordt transcriptoomsequencing-technologie veel gebruikt in agronomie, geneeskunde en andere onderzoeksgebieden, waaronder regulering van de ontwikkeling van dieren en planten, aanpassing aan het milieu, immuuninteractie, genlokalisatie, genetische evolutie van soorten en detectie van tumoren en genetische ziekten.
-
Metagenomica (NGS)
Dit analyseplatform is ontworpen voor shotgun metagenomische data-analyse op basis van jarenlange ervaring.Het bestaat uit een geïntegreerde workflow met verschillende veelgebruikte metagenomica-analyses, waaronder gegevensverwerking, onderzoeken op soortniveau, onderzoeken op genfunctieniveau, binning van metagenoom, enz. Daarnaast zijn aangepaste tools voor datamining beschikbaar in de standaardanalyseworkflow, inclusief het opvragen van genen en soorten , parametrering, het genereren van gepersonaliseerde figuren, enz.
-
LncRNA
Lange niet-coderende RNA's (lncRNA) zijn een soort transcripten met een lengte langer dan 200 nt, die niet in staat zijn om eiwitten te coderen.Accumulatief bewijs suggereert dat de meeste lncRNA's zeer waarschijnlijk functioneel zijn.High-throughput sequencing-technologieën en bio-informatische analysetools stellen ons in staat om lncRNA-sequenties en positioneringsinformatie efficiënter te onthullen en ons ertoe te brengen lncRNA's met cruciale regulerende functies te ontdekken.BMKCloud is er trots op onze klanten een lncRNA-sequencing-analyseplatform te bieden om snelle, betrouwbare en flexibele lncRNA-analyse te realiseren.
-
GWAS
Genoombrede associatiestudie (GWAS) is gericht op het identificeren van genetische varianten (genotype) die geassocieerd zijn met specifieke eigenschappen (fenotype).GWA-onderzoeken onderzoeken genetische markers die het hele genoom van een groot aantal individuen kruisen en voorspellen genotype-fenotype-associaties door statistische analyse op populatieniveau.Met resequencing van het hele genoom kunnen mogelijk alle genetische varianten worden ontdekt.In combinatie met fenotypische gegevens kan GWAS worden verwerkt om fenotype-gerelateerde SNP's, QTL's en kandidaatgenen te identificeren, wat de moderne dier- en plantenveredeling sterk ondersteunt.SLAF is een zelf ontwikkelde vereenvoudigde strategie voor genoomsequencing, die genoomwijde gedistribueerde markers, SNP, ontdekt.Deze SNP's, als moleculair genetische markers, kunnen worden verwerkt voor associatiestudies met gerichte eigenschappen.Het is een kosteneffectieve strategie voor het identificeren van complexe eigenschappen die verband houden met genetische variaties.
-
Nanopore Volledige transcriptomics
Complexe en variabele alternatieve isovormen in organismen zijn belangrijke genetische mechanismen voor het reguleren van genexpressie en eiwitdiversiteit.Nauwkeurige identificatie van transcriptstructuren is de basis voor diepgaande studie van genexpressieregulatiepatronen.Nanopore-sequencingplatform heeft met succes transcriptomisch onderzoek naar isovormniveau gebracht.Dit analyseplatform is ontworpen om RNA-Seq-gegevens te analyseren die zijn gegenereerd op het Nanopore-platform op basis van het referentiegenoom, waarmee kwalitatieve en kwantitatieve analyses op zowel genniveau als transcriptieniveau worden bereikt.
