Vergelijkende genomica
Servicevoordelen
●Uitgebreide expertise en publicatiegeschiedenisBMKGene heeft inmiddels meer dan 90 vergelijkende genomica-projecten afgerond, met een cumulatieve impactfactor van 900.
●Uitgebreide bioinformatische analyseHet analysepakket bevat de acht meestgebruikte analyses, met goed ontworpen, publicatieklare figuren en een eenvoudige interpretatie van de resultaten.
●Zeer bekwaam bio-informaticateam en korte analysecyclusMet een ruime ervaring in vergelijkende genoomanalyse voldoet het team van BMKGene aan uiteenlopende, gepersonaliseerde analysebehoeften met een korte doorlooptijd.
●Ondersteuning na de verkoop:Onze betrokkenheid gaat verder dan de afronding van het project; we bieden een serviceperiode van 3 maanden na de verkoop. Gedurende deze periode bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om al uw vragen over de resultaten te beantwoorden.
Servicespecificaties
| Geschatte doorlooptijd | Aantal soorten | Analyses |
| 30 werkdagen | 6 - 12 | Genfamilieclustering Uitbreiding en inkrimping van genfamilies Fylogenetische boomconstructie Schatting van de divergentietijd (fossiele kalibratie vereist) LTR-inbrengtijd (voor planten) Volledige genoomduplicatie (voor planten) Selectieve druk Syntenie-analyse |
Bioinformatische analyses
● Genfamilie
● Fylogenetica
● Divergentietijd
● Selectieve druk
● Syntenie-analyse
Monstervereisten en levering
Voorbeeldvereisten:
Weefsel of DNA voor genoomsequencing en -assemblage
Voor weefsel
| Soort | Weefsel | Vragenlijst | PacBio CCS |
| Dier | Visceraal weefsel | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Spierweefsel | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Zoogdierbloed | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Pluimvee-/visbloed | |||
| Plant | Vers blad | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Bloemblad/Stengel | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Wortel/Zaad | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Cellen | Gekweekte cel | - | ≥ 1 x 108 |
Gegevens
Genoomsequentiebestanden (.fasta) en annotatiebestanden (.gff3) van nauw verwante soorten
Servicewerkstroom
Experimenteel ontwerp
Monsterlevering
Bibliotheekbouw
Volgorde bepalen
Gegevensanalyse
Klantenservice na aankoop
*De hier getoonde demonstratieresultaten zijn allemaal afkomstig van genomen die gepubliceerd zijn in samenwerking met Biomarker Technologies.
1. Schatting van de LTR-insertietijd: De figuur toont een unieke bimodale verdeling van de LTR-RT-insertietijden in het genoom van Wienerrogge, vergeleken met andere soorten. De meest recente piek verscheen ongeveer 0,5 miljoen jaar geleden.
Li Guang et al.,Natuurlijke genetica2021
2. Fylogenie en genfamilieanalyse van chayote (Sechium edule): Door chayote en 13 andere verwante soorten te analyseren op basis van hun genfamilie, bleek chayote het nauwst verwant te zijn aan slangenkomkommer (Trichosanthes anguina). Chayote is ongeveer 27-45 miljoen jaar geleden ontstaan uit slangenkomkommer en er werd een volledige genoomduplicatie (WGD) waargenomen in chayote rond 25 ± 4 miljoen jaar geleden, wat de derde WGD-gebeurtenis is binnen de Cucuibitaceae.
Fu A et al.,Tuinbouwkundig onderzoek2021
3. Syntenieanalyse: Sommige genen die verband houden met fytohormonen in de vruchtontwikkeling werden gevonden in chayote, slangenkomkommer en pompoen. De correlatie tussen chayote en pompoen is iets hoger dan die tussen chayote en slangenkomkommer.
Fu A et al.,Tuinbouwkundig onderzoek2021
4. Analyse van genfamilies: KEGG-verrijking van genfamilie-expansie en -contractie in de genomen van G. thurberi en G. davidsonii toonde aan dat genen gerelateerd aan steroïdebiosynthese en brassinosteroïdebiosynthese waren uitgebreid.
Yang Z et al.,BMC Biologie2021
5. Analyse van volledige genoomduplicatie: 4DTV- en Ks-distributieanalyse toonde een gebeurtenis van volledige genoomduplicatie aan. Pieken binnen de soort duiden op duplicatiegebeurtenissen. Pieken tussen soorten duiden op soortvormingsgebeurtenissen. De analyse gaf aan dat O. europaea, vergeleken met de andere drie nauw verwante soorten, recenter een grootschalige genduplicatie heeft ondergaan.
Rao G et al.,Tuinbouwkundig onderzoek2021
BMK-zaak
Roos zonder stekels: genomische inzichten gekoppeld aan aanpassing aan vocht.
Gepubliceerd: National Science Review2021
Volgordestrategie:
'Basye'sDoornloos' (R.Wichurainan) genoom:
Ongeveer 93 x PacBio + ongeveer 90 x Nanopore + 267 x Illumina
Belangrijkste resultaten
1. Er werd een hoogwaardig R.wichuraiana-genoom geconstrueerd met behulp van long-read sequencing-technieken, wat resulteerde in een assemblage van 530,07 Mb (de geschatte genoomgrootte was ongeveer 525,9 Mb op basis van flowcytometrie en 525,5 Mb op basis van genoomonderzoek; de heterozygotie bedroeg ongeveer 1,03%). De geschatte BUSCO-score was 93,9%. In vergelijking met "Old blush" (haploOB) werd de kwaliteit en volledigheid van dit genoom bevestigd door de nauwkeurigheid van de afzonderlijke basen en de LTR-assemblage-index (LAI = 20,03). Het R.wichuraiana-genoom bevat 32.674 eiwitcoderende genen.
2. Een gezamenlijke multi-omics-analyse, bestaande uit vergelijkende genomica, transcriptomica en QTL-analyse van de genetische populatie, bracht de cruciale soortvorming tussen R. wichuraiana en Rosa chinensis aan het licht. Bovendien bleek de expressievariatie van gerelateerde genen in de QTL's waarschijnlijk verband te houden met het patroon van stengelstekels.
Vergelijkende genomische analyses tussen Basye's Thornless en Rosa chinensis, inclusief syntenieanalyse, genfamilieclusteranalyse, expansie- en contractieanalyse, brachten een groot aantal variaties aan het licht die verband houden met cruciale eigenschappen van rozen. De unieke expansie in de NAC- en FAR1/FRS-genfamilie bleek zeer waarschijnlijk geassocieerd te zijn met resistentie tegen zwarte vlekkenziekte.
Vergelijkende genoomanalyse tussen BT- en haploOB-genomen.
Zhong, M., et al. “Roos zonder stekels: genomische inzichten gekoppeld aan vochtadaptatie”National Science Review, 2021;, nwab092.
