Evolutionaire genetica
Servicevoordelen
Takagi et al.,Het plantendagboek, 2013
●Uitgebreide bioinformatische analyse:het mogelijk maken van het schatten van genetische diversiteit, wat het evolutionaire potentieel van soorten weerspiegelt, en het onthullen van betrouwbare fylogenetische relaties tussen soorten met een geminimaliseerde invloed van convergente evolutie en parallelle evolutie
●Optionele aangepaste analyse: zoals de schatting van de divergentietijd en -snelheid op basis van variaties op nucleotide- en aminozuurniveau.
●Uitgebreide expertise en publicatiegegevens:BMKGene heeft in de afgelopen 15 jaar ruime ervaring opgedaan met populatie- en evolutionaire geneticaprojecten, waarbij duizenden soorten etc. zijn onderzocht. Daarnaast heeft BMKGene bijgedragen aan ruim 1000 hoogwaardige projecten die zijn gepubliceerd in Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.
● Een zeer bekwaam bioinformaticateam en een korte analysecyclus: met ruime ervaring in geavanceerde genomische analyses levert het team van BMKGene uitgebreide analyses met een korte doorlooptijd.
● Ondersteuning na verkoop:Onze toewijding gaat verder dan de voltooiing van het project, met een aftersales-service van drie maanden. Gedurende deze periode bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag-en-antwoordsessies om eventuele vragen over de resultaten te beantwoorden.
Servicespecificaties en -vereisten
| Type sequentie | Aanbevolen populatieschaal | Sequentiestrategie | Nucleotidevereisten |
| Sequentiebepaling van het hele genoom | ≥ 30 individuen, met ≥ 10 individuen uit elke subgroep
| 10x | Concentratie: ≥ 1 ng/ µL Totaalbedrag ≥ 30ng Beperkte of geen degradatie of verontreiniging |
| Specifiek-Locus Versterkt Fragment (SLAF) | Tagdiepte: 10x Aantal tags: <400 Mb: WGS wordt aanbevolen <1 Gb: 100K tags 1 GB >2Gb: 300K tags Maximaal 500k tags | Concentratie ≥ 5 ng/µL Totaalbedrag ≥ 80 ng Nanodruppel OD260/280=1,6-2,5 Agarosegel: geen of beperkte afbraak of contaminatie
|
Servicewerkstroom
Experimenteel ontwerp
Monsterlevering
Bibliotheekbouw
Sequentiebepaling
Gegevensanalyse
Aftersales-service
De service omvat analyse van de populatiestructuur (fylogenetische stamboom, PCA, populatiestratificatiegrafiek), populatiediversiteit en populatieselectie (koppelingsonevenwicht, selectieve sweep-selectie van voordelige locaties). De service kan ook maatwerkanalyses omvatten (bijv. divergentietijd, genstroom).
*De hier getoonde demoresultaten zijn allemaal afkomstig van genomen die zijn gepubliceerd met BMKGENE
1. Evolutieanalyse omvat de constructie van de fylogenetische boom, populatiestructuur en PCA op basis van genetische variaties.
De fylogenetische stamboom geeft de taxonomische en evolutionaire relaties weer tussen soorten met een gemeenschappelijke voorouder.
PCA heeft als doel de verwantschap tussen subpopulaties te visualiseren.
De populatiestructuur toont de aanwezigheid van genetisch onderscheidende subpopulaties wat betreft allelfrequenties.
Chen, et al.,PNAS, 2020
2. Selectieve sweep
Selectief vegen verwijst naar een proces waarbij een voordelige locatie wordt geselecteerd en de frequenties van gekoppelde neutrale locaties worden verhoogd en die van niet-gekoppelde locaties worden verlaagd, wat resulteert in een vermindering van de regionale impact.
Genoombrede detectie op selectieve sweepregio's wordt verwerkt door het berekenen van de populatiegenetische index (π, Fst, Tajima's D) van alle SNP's binnen een glijdend venster (100 Kb) op een bepaalde stap (10 Kb).
Nucleotidediversiteit (π)
Tajima's D
Fixatie-index (Fst)
Wu, et al.,Moleculaire plant, 2018
3.Genstroom
Wu, et al.,Moleculaire plant, 2018
4. Demografische geschiedenis
Zhang, et al.,Natuur Ecologie & Evolutie, 2021
5.Divergentietijd
Zhang, et al.,Natuur Ecologie & Evolutie, 2021
Ontdek de ontwikkelingen die mogelijk worden gemaakt door de evolutionaire geneticadiensten van BMKGene via een zorgvuldig samengestelde verzameling publicaties:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Ontdekking van SNP-moleculaire markers en kandidaatgenen geassocieerd met resistentie tegen zakbroodvirus in larven van Apis cerana cerana door middel van volledige genoom-resequencing',Internationaal tijdschrift voor moleculaire wetenschappen, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'De ontdekking van een wilde, genetisch zuivere Chinese reuzensalamander creëert nieuwe mogelijkheden voor natuurbehoud',Zoölogisch onderzoek, 2022, Vol. 43, Nummer 3, Pagina's: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Fylogeografisch patroon en populatie-evolutiegeschiedenis van inheemse Elymus sibiricus L. op het Qinghai-Tibetaanse plateau',Grenzen in de plantenwetenschap, 13, blz. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Genomische inzichten in de evolutie van longan vanuit een genoomassemblage op chromosoomniveau en populatiegenomica van longan-aanwinsten',Tuinbouwonderzoek, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
