BMKCloud Log in
Ik ben banner-03

Producten

Evolutionaire genetica

Evolutionaire genetica is een complete sequencing-service die is ontworpen voor het bieden van een alomvattende interpretatie van evolutionaire informatie van bepaalde materialen op basis van genetische variaties, waaronder SNP's, InDels, SV's en CNV's.Het biedt alle fundamentele analyses die nodig zijn voor het beschrijven van evolutionaire veranderingen en genetische kenmerken van populaties, zoals populatiestructuur, genetische diversiteit, fylogenierelaties, enz. Het bevat ook studies over genstroom, wat een schatting van de effectieve populatieomvang en de divergentietijd mogelijk maakt.


Servicedetails

Demoresultaten

Casestudy

Servicevoordelen

1Evolutionaire genetica

Takagi et al.,Het plantendagboek, 2013

● Het schatten van de tijd en snelheid van de divergentie van soorten op basis van variaties op nucleotide- en aminozuurniveau
● Onthulling van betrouwbaardere fylogenetische relaties tussen soorten met minimale invloed van convergente evolutie en parallelle evolutie
● Het construeren van verbanden tussen genetische veranderingen en fenotypes om eigenschapgerelateerde genen bloot te leggen
● Het schatten van de genetische diversiteit, die het evolutionaire potentieel van soorten weerspiegelt
● Snellere doorlooptijd
● Uitgebreide ervaring: BMK heeft gedurende meer dan 12 jaar een enorme ervaring opgebouwd in populatie- en evolutiegerelateerde projecten, die honderden soorten omvatten, enz. en heeft bijgedragen aan meer dan 80 projecten op hoog niveau die zijn gepubliceerd in Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, enz.

Servicespecificaties

Materialen:

Normaal gesproken worden ten minste drie subpopulaties (bijvoorbeeld ondersoorten of stammen) aanbevolen.Elke subpopulatie moet niet minder dan 10 individuen bevatten (planten >15, kan worden verminderd voor zeldzame soorten).

Sequentiestrategie:

* WGS kan worden gebruikt voor soorten met een referentiegenoom van hoge kwaliteit, terwijl SLAF-Seq toepasbaar is op soorten met of zonder referentiegenoom, of op referentiegenoom van slechte kwaliteit.

Van toepassing op genoomgrootte

WGS

SLAF-tags (×10.000)

≤ 500 Mb

10×/individueel

WGS wordt meer aanbevolen

500 Mb - 1 Gb

10

1 GB - 2 GB

20

≥2 GB

30

Bio-informatica analyses

● Evolutionaire analyse

● Selectieve sweep

● Genenstroom

● Demografische geschiedenis

● Divergentietijd

evolutionair 2

Monstervereisten en levering

Voorbeeldvereisten:

 

Soort

 Zakdoek

WGS-NGS

SLAF

Dier

 

  

Visceraal weefsel

 

0,5~1g

 

 

0,5 g

 

 

 Spierweefsel

Zoogdierenbloed

 

1,5 ml

 

 

1,5 ml

 

Gevogelte/visbloed

Plant

  

  Vers blad    

1~2g

   

0,5~1g

 Bloemblaadje/stengel
  Wortel/Zad
 

Cellen

  Gekweekte cel    

 

gDNA

Concentratie
(ng/ul)

Hoeveelheid

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1,6

1,6-2,5

WGS-NGS

≥1

≥0,1

-

Servicewerkstroom

Voorbeeld-QC

Experimentontwerp

monster levering

Levering van monsters

Voorbereiding bibliotheek

Bouw van bibliotheek

Volgorde aanbrengen in

Volgorde aanbrengen in

Gegevensanalyse

Gegevensanalyse

Dienst na verkoop

After-sales diensten


  • Vorig:
  • Volgende:

  • *De hier getoonde demoresultaten zijn allemaal afkomstig van genomen gepubliceerd met BMKGENE

    1.Evolutieanalyse omvat de constructie van fylogenetische boom, populatiestructuur en PCA op basis van genetische variaties.

    Fylogenetische boom vertegenwoordigt taxonomische en evolutionaire relaties tussen soorten met een gemeenschappelijke voorouder.
    PCA heeft tot doel de nabijheid tussen subpopulaties te visualiseren.
    De populatiestructuur toont de aanwezigheid van genetisch verschillende subpopulaties in termen van allelfrequenties.

    3-1Fylogenetische boom 3-2PCA 3-3Bevolkingsstructuur

    Chen, enz.al.,PNAS, 2020

    2. Selectieve sweep

    Selectieve sweep verwijst naar een proces waarbij een voordelige locatie wordt geselecteerd en de frequenties van gekoppelde neutrale locaties worden verhoogd en die van niet-gekoppelde locaties worden verlaagd, wat resulteert in een vermindering van de regionale frequenties.

    Genoombrede detectie op selectieve sweep-regio's wordt verwerkt door het berekenen van de genetische populatie-index (π, Fst, Tajima's D) van alle SNP's binnen een glijdend venster (100 Kb) bij een bepaalde stap (10 Kb).

    Nucleotidendiversiteit (π)
    4Nucleotidendiversiteit (π)

    Tajima's D
    5Tajima's-D

    Fixatie-index (Fst)

    6Fixatie-index(Fst)

    Wu, enz.al.,Moleculaire plant, 2018

    3. Genenstroom

    7 Genenstroom

    Wu, enz.al.,Moleculaire plant, 2018

    4.Demografische geschiedenis

    8Demografische geschiedenis

    Zhang, enz.al.,Natuurecologie en evolutie, 2021

    5. Divergentietijd

    9Divergentie-tijd

    Zhang, enz.al.,Natuurecologie en evolutie, 2021

    BMK-zaak

    Een genomische variatiekaart biedt inzicht in de genetische basis van de selectie van Chinese lentekool (Brassica rapa ssp. Pekinensis)

    Gepubliceerd: Moleculaire plant, 2018

    Sequentiestrategie:

    Herschikking: sequentiediepte: 10×

    Belangrijkste resultaten

    In dit onderzoek werden 194 Chinese kool verwerkt voor hersequencing met een gemiddelde diepte van 10×, wat 1.208.499 SNP’s en 416.070 InDels opleverde.Fylogenetische analyse van deze 194 lijnen toonde aan dat deze lijnen kunnen worden onderverdeeld in drie ecotypen: lente, zomer en herfst.Bovendien gaven de populatiestructuur en PCA-analyse aan dat Chinese lentekool afkomstig was van een herfstkool in Shandong, China.Deze werden vervolgens geïntroduceerd in Korea en Japan, gekruist met lokale lijnen en enkele laatgroeiende variëteiten ervan werden terug geïntroduceerd in China en werden uiteindelijk Chinese lentekool.

    Genoombrede scanning van Chinese lentekolen en herfstkolen bij selectie onthulde 23 genomische loci die een sterke selectie hebben ondergaan, waarvan er twee overlapten met de controleregio voor de vluchttijd op basis van QTL-mapping.Deze twee regio's bleken sleutelgenen te bevatten die de bloei reguleren, BrVIN3.1 en BrFLC1.Door transcriptoomonderzoek en transgene experimenten werd verder bevestigd dat deze twee genen betrokken zijn bij de schiettijd.

    PB-casestudy over RNA-sequencing van volledige lengte

    Populatiestructuuranalyse van Chinese kool

    PB-RNA-alternatieve splitsing van volledige lengte

    Genetische informatie over Chinese koolselectie

     
    Referentie

    Tongbing, et al."Een genomische variatiekaart biedt inzicht in de genetische basis van de selectie van Chinese lentekool (Brassica rapa ssp.pekinensis)."Moleculaire planten,11(2018):1360-1376.

    ontvang een offerte

    Schrijf hier uw bericht en stuur het naar ons

    Stuur uw bericht naar ons: