Genoombrede associatieanalyse
Werkstroom
Servicevoordelen
●Uitgebreide expertise en publicatiegeschiedenisMet een opgebouwde ervaring in GWAS heeft BMKGene honderden soortspecifieke projecten in populatie-GWAS-onderzoek afgerond, onderzoekers geholpen bij het publiceren van meer dan 100 artikelen en de cumulatieve impactfactor bereikt 500.
● Uitgebreide bioinformatische analyseDe workflow omvat een SNP-eigenschapassociatieanalyse, die een reeks kandidaatgenen en hun corresponderende functionele annotatie oplevert.
●Zeer bekwaam bio-informaticateam en korte analysecyclusMet een ruime ervaring in geavanceerde genomische analyses levert het team van BMKGene uitgebreide analyses met een snelle doorlooptijd.
●Ondersteuning na de verkoop:Onze betrokkenheid gaat verder dan de afronding van het project; we bieden een serviceperiode van 3 maanden na de verkoop. Gedurende deze periode bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om eventuele vragen over de resultaten te beantwoorden.
Servicespecificaties en -vereisten
| Type sequentiebepaling | Aanbevolen bevolkingsgrootte | Sequentiestrategie | Nucleotidevereisten |
| Sequentiebepaling van het volledige genoom | 200 monsters | 10x | Concentratie: ≥ 1 ng/µL Totale hoeveelheid ≥ 30 ng Beperkte of geen aantasting of verontreiniging |
| Specifieke-locus geamplificeerde fragment (SLAF) | Tagdiepte: 10x Aantal tags: < 400 Mb: WGS wordt aanbevolen < 1 GB: 100.000 tags 1 GB > 2 GB: 300.000 tags Maximaal 500.000 tags | Concentratie ≥ 5 ng/µL Totale hoeveelheid ≥ 80 ng Agarosegel: geen of beperkte afbraak of verontreiniging.
|
Materiaalselectie
Verschillende variëteiten, ondersoorten, landrassen/genenbanken/gemengde families/wilde bronnen
Verschillende variëteiten, ondersoorten, landrassen
Halfbroer/halfzus/vollebroer/wilde hulpbronnen
Servicewerkstroom
Experimenteel ontwerp
Monsterlevering
RNA-extractie
Bibliotheekbouw
Volgorde bepalen
Gegevensanalyse
Klantenservice na aankoop
Omvat de volgende analyse:
- Genoombrede associatieanalyse: LM-, LMM-, EMMAX- en FASTLMM-modellen
- Functionele annotatie van kandidaatgenen
SNP-eigenschapassociatieanalyse – Manhattan-plot
SNP-eigenschapassociatieanalyse – QQ-plot
Ontdek de vooruitgang die mogelijk is gemaakt door de GWAS-diensten van BMKGene via een zorgvuldig samengestelde collectie publicaties:
Lv, L. et al. (2023) 'Inzicht in de genetische basis van ammoniaktolerantie bij de scheermesmossel Sinonovacula constricta door middel van een genoombrede associatiestudie',Aquacultuur, 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Multi-omics analyses van 398 vossenstaartgierst-toegangscodes onthullen genomische regio's die verband houden met domesticatie, metabolietkenmerken en ontstekingsremmende effecten',Moleculaire Plant, 15(8), blz. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Genoombrede associatiekartering van fenotypen van gepelde gerst in een droogteomgeving',Grenzen in de plantenwetenschap, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, dat codeert voor een sulfotransferase, verleent resistentie tegen sojabonenmozaïekvirusstammen G2 en G3',Plant, cel en omgeving, 44(8), blz. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
