Genoombrede associatieanalyse
1.Servicevoordelen
● Overvloedige projectcases: sinds de oprichting in 2009 heeft BMKGENE honderden soortenprojecten in populatie-GWAS-onderzoek voltooid, onderzoekers geholpen om meer dan 100 artikelen te publiceren, en de cumulatieve impactfactor bereikte 500.
● Professionele analisten.
● Korte analysecyclus.
● Nauwkeurige datamining.
2. Servicespecificaties
| Type | Bevolkingsschaal | Sequencingstrategie en diepgang |
| SLAF-GWAS | Monsternummer ≥200 | Genoomgrootte < 400 miljoen, met ref-genoom, WGS wordt aanbevolen |
| Genoomgrootte ≤ 1G, 100K Tags en 10X | ||
| 1G ≤ Genoomgrootte ≤ 2G, 200K Tags en 10X | ||
| Genoomgrootte> 2G, 300K Tags en 10X | ||
| WGS-GWAS | Monsternummer ≥200 | 10X voor elk monster |
3. Materiaalkeuze
Verschillende variëteiten, ondersoorten, landrassen/genenbanken/gemengde families/wilde hulpbronnen
Verschillende variëteiten, ondersoorten, landrassen
Halfbroer/zusfamilie/wilde hulpbronnen
4. Analyse van bio-informatie
● Genoombrede associatieanalyse
● Analyse en screening van significante SNP
● Functionele annotatie van kandidaat-gen
5. Servicewerkstroom
Experimentontwerp
Levering van monsters
RNA-extractie
Bouw van bibliotheek
Volgorde aanbrengen in
Gegevensanalyse
After-sales diensten
A.Fenotype QC
Frequentieverdelingshistogram
Fenotype statistieken
B.Associatieanalyse (model: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
QQ-plot
Manhattan-perceel
| Jaar | logboek | IF | Titel |
| 2022 | NC | 17.69 | Genomische basis van de giga-chromosomen en het giga-genoom van boompioen Paeonia ostii |
| 2015 | NP | 7.43 | De voetafdrukken van domesticatie verankeren genomische regio's van agronomisch belang in sojabonen |
| 2018 | MP | 9.32 | Hersequencing van het hele genoom van een wereldwijde verzameling koolzaadtoetredingen onthult de genetische basis van hun ecotype-divergentie |
| 2022 | HR | 7.29 | Genoombrede associatieanalyse biedt moleculaire inzichten in de natuurlijke variatie in de zaadgrootte van watermeloenen |
