BMKCloud Inloggen

Producten

Metatranscriptoomsequentiebepaling

Met behulp van Illumina-sequencingtechnologie onthult de metatranscriptoomsequencingdienst van BMKGENE de dynamische genexpressie van een breed scala aan microben, van eukaryoten tot prokaryoten en virussen, in natuurlijke omgevingen zoals bodem, water, zee, ontlasting en de darmen. Onze uitgebreide dienst stelt onderzoekers in staat om de complete genexpressieprofielen van complexe microbiële gemeenschappen te bestuderen. Naast taxonomische analyse maakt onze metatranscriptoomsequencingdienst onderzoek naar functionele verrijking mogelijk, waardoor differentieel tot expressie gebrachte genen en hun rollen aan het licht komen. Ontdek een schat aan biologische inzichten terwijl u de complexe landschappen van genexpressie, taxonomische diversiteit en functionele dynamiek binnen deze diverse ecologische niches verkent.

Neem contact met ons op

Servicegegevens

Bio-informatica

Demo-resultaten

Uitgelichte publicaties

Servicekenmerken

● Verwijdering van rRNA, gevolgd door de voorbereiding van een gerichte mRNA-bibliotheek.

● Sequentiebepaling met Illumina NovaSeq.

Servicevoordelen

●Bestudeer de veranderingen in complexe microbiële gemeenschappen:Dit gebeurt op transcriptieniveau en leidt tot de ontdekking van potentiële nieuwe genen.

●Het verklaren van de interacties tussen microbiële gemeenschappen en de gastheer of omgeving.

●Uitgebreide bioinformatische analyseDit biedt inzicht in de taxonomische en functionele samenstelling van gemeenschappen, evenals in de analyse van differentiële genexpressie.

●Uitgebreide genannotatie:Het gebruik van actuele databases met genfuncties voor informatieve genexpressiegegevens van microbiële gemeenschappen.

●Ondersteuning na de verkoop:Onze betrokkenheid gaat verder dan de afronding van het project; we bieden een serviceperiode van 3 maanden na de verkoop. Gedurende deze periode bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om al uw vragen over de resultaten te beantwoorden.

Servicespecificaties

Sequentieplatform	Sequentiestrategie	Aanbevolen gegevens	Gegevenskwaliteitscontrole
Illumina NovaSeq	PE150	12 GB	Q30≥85%

Voorbeeldvereisten

Concentratie (ng/µL)	Totale hoeveelheid (µg)	Volume (µL)	OD260/280	OD260/230	RIN
≥50	≥1,0	≥20	1.8-2.0	1.0-2.5	≥6,5

Servicewerkstroom

Monsterlevering

Bibliotheekbouw

Volgorde bepalen

Gegevensanalyse

Klantenservice na aankoop

Vorig: De novo Schimmelgenoomassemblage

Volgende: Prokaryotische RNA-sequencing

Omvat de volgende analyse:

● Kwaliteitscontrole van sequentiedata

● Transcriptassemblage

● Taxonomische annotatie en abundantie

● Functionele annotatie en abundantie

● Expressiekwantificatie en differentiële analyse

Taxonomische indeling van elk monster:

Beta-diversiteitsanalyse: UPGMA

Functionele annotatie – GO-abundantie

Differentiële taxonomische abundantie – LEFSE

Ontdek de vooruitgang die mogelijk is gemaakt door de meta-transcriptomics-sequencingdiensten van BMKGene aan de hand van een zorgvuldig samengestelde collectie publicaties.

Lu, Z. et al. (2023) 'Zuurtolerantie van lactaatverbruikende bacteriën van de orde Bacteroidales draagt bij aan de preventie van pensverzuring bij geiten die zijn aangepast aan een dieet met een hoog concentraatgehalte',Dierlijke voeding, 14, blz. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.

Song, Z. et al. (2017) 'Het ontrafelen van de functionele kernmicrobiota in traditionele vaste-stoffermentatie door middel van high-throughput amplicons- en metatranscriptomics-sequencing',Grenzen in de microbiologie, 8(JUL). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.

Wang, W. et al. (2022) 'Nieuwe mycovirussen ontdekt via een metatranscriptomisch onderzoek van de fytopathogene Alternaria-schimmel',Virussen, 14(11), p. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.

Wei, J. et al. (2022) 'Parallelle metatranscriptoomanalyse onthult de afbraak van secundaire plantenmetabolieten door kevers en hun darmsymbionten',Moleculair Ecologie, 31(15), blz. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.