● RRNA -uitputting gevolgd door de voorbereiding van het directionele mRNA -bibliotheek.
● Sequencing op Illumina Novaseq.
●Bestudeer de veranderingen van complexe microbiële gemeenschappen:Dit gebeurt op transcriptioneel niveau en verken potentiële nieuwe genen.
●Het uitleggen van microbiële gemeenschapsinteracties met de gastheer of omgeving.
●Uitgebreide bioinformatische analyse: Dit biedt inzichten in de taxonomische en functionele composities van de gemeenschap, evenals differentiële genexpressieanalyse.
●Uitgebreide genannotatie:Het gebruik van up-to-date genfunctiedatabases voor informatieve genexpressie-informatie van microbiële gemeenschappen.
●Post-sales ondersteuning:Onze toewijding gaat verder dan de voltooiing van het project met een serviceperiode van 3 maanden na verkoop. Gedurende deze tijd bieden we projecten follow-up, hulp bij het oplossen van problemen en Q & A-sessies om alle vragen met betrekking tot de resultaten aan te pakken.
Sequencing platform | Sequencing -strategie | Gegevens aanbevolen | Gegevenskwaliteitscontrole |
Illumina novaseq | PE150 | 12 GB | Q30 ≥85% |
Concentratie (ng/µl) | Totale hoeveelheid (µg) | Volume (µl) | OD260/280 | OD260/230 | Rin |
≥50 | ≥1.0 | ≥20 | 1.8-2.0 | 1.0-2.5 | ≥6,5 |
Bevat de volgende analyse:
● Controle van de gegevenskwaliteit sequenceren
● Transcriptassemblage
● Taxonomische annotatie en overvloed
● Functionele annotatie en overvloed
● Kwantificering van expressie en differentiële analyse
Taxonomische verdeling van elke steekproef:
Beta Diversity Analysis: UPGMA
Functionele annotatie - Go Abundance
Differentiële taxonomie overvloed - lefse
Verken de vooruitgang die wordt gefaciliteerd door BMKgene's Meta Transcriptomics Sequencing Services via een samengestelde verzameling publicaties.
Lu, Z. et al. (2023) 'Zuurtolerantie van lactaat-utiliserende bacteriën van de orde bacteroidales draagt bij aan de preventie van ruminale acidose bij geiten aangepast aan een dieet met een hoog concentratie',Diervoeding, 14, pp. 130–140. doi: 10.1016/j.aninu.2023.05.006.
Song, Z. et al. (2017) '' Functionele microbiota van de kern in traditionele fermentatie van vaste toestand ontrafelen door amplicons met high-throughput en metatranscriptomics sequencing ',Frontiers in microbiologie, 8 (juli). doi: 10.3389/fmicb.2017.01294/full.
Wang, W. et al. (2022) 'Nieuwe mycovirussen ontdekt uit een metatranscriptomics -onderzoek van de fytopathogene alternaria -schimmel',Virussen, 14 (11), p. 2552. Doi: 10.3390/v14112552/s1.
Wei, J. et al. (2022) 'Parallelle metatranscriptoomanalyse onthult afbraak van planten secundaire metabolieten door kevers en hun darmsymbionten',Moleculair Ecologie, 31 (15), pp. 3999–4016. doi: 10.1111/mec.16557.