-
Metagenomische sequentiebepaling (NGS)
Metagenoom verwijst naar een verzameling van totaal genetisch materiaal van een gemengde gemeenschap van organismen, zoals omgevingsmetagenoom, menselijk metagenoom, enz. Het bevat genomen van zowel kweekbare als niet-cultiveerbare micro-organismen.Metagenomische sequencing is een moleculair hulpmiddel dat wordt gebruikt om de gemengde genomische materialen te analyseren die zijn geëxtraheerd uit omgevingsmonsters, dat gedetailleerde informatie biedt over soortendiversiteit en overvloed, populatiestructuur, fylogenetische relatie, functionele genen en correlatienetwerk met omgevingsfactoren.
Platform:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics is een moleculair hulpmiddel dat wordt gebruikt om de gemengde genomische materialen te analyseren die zijn geëxtraheerd uit omgevingsmonsters, dat gedetailleerde informatie biedt over soortendiversiteit en overvloed, populatiestructuur, fylogenetische relatie, functionele genen en correlatienetwerk met omgevingsfactoren, enz. Nanopore-sequencingplatforms zijn onlangs geïntroduceerd tot metagenomische studies.De uitstekende prestaties in leeslengte hebben de metagenomische analyse stroomafwaarts grotendeels verbeterd, met name de assemblage van metagenoom.Door gebruik te maken van de leeslengte, is op Nanopore gebaseerde metagenomische studie in staat om meer continue assemblage te bereiken in vergelijking met shot-gun metagenomics.Er is gepubliceerd dat op Nanopore gebaseerde metagenomica met succes complete en gesloten bacteriële genomen uit microbiomen heeft gegenereerd (Moss, EL, et. al,Natuur Biotech, 2020)
Platform:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
De subeenheid op 16S- en 18S-rRNA die zowel sterk geconserveerde als hypervariabele regio's bevat, is een perfecte moleculaire vingerafdruk voor identificatie van prokaryotische en eukaryote organismen.Door gebruik te maken van sequencing kunnen deze amplicons worden getarget op basis van de geconserveerde delen en kunnen de hypervariabele regio's volledig worden gekarakteriseerd voor microbiële identificatie, wat bijdraagt aan studies over microbiële diversiteitsanalyse, taxonomie, fylogenie, enz. Real-time met één molecuul (SMRT ) sequencing van het PacBio-platform maakt het verkrijgen van zeer nauwkeurige lange uitlezingen mogelijk, die amplicons van volledige lengte kunnen dekken (ongeveer 1,5 Kb).Het bredere zicht op het genetische veld verbeterde de resolutie in soortannotatie in de gemeenschap van bacteriën of schimmels aanzienlijk.
Platform:PacBio Vervolg II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplicon-sequencing is gericht op het onthullen van fylogenie, taxonomie en soortenovervloed in een microbiële gemeenschap door het onderzoeken van PCR-producten van genetische huismerkmarkers die zowel sterk geconverteerde als hypervariabele delen bevatten.De introductie van deze perfecte moleculaire vingerafdruk door Woeses et al, (1977) maakt isolatievrije microbioomprofilering mogelijk.Sequentiebepaling van 16S (bacteriën), 18S (schimmels) en interne getranscribeerde spacer (ITS, schimmels) maakt identificatie mogelijk van zowel overvloedige soorten als zeldzame en niet-geïdentificeerde soorten.Deze technologie is een algemeen toegepast en belangrijk hulpmiddel geworden bij het identificeren van differentiële microbiële samenstelling in verschillende omgevingen, zoals de menselijke mond, darmen, uitwerpselen, enz.
Platform:Illumina NovaSeq6000
-
Bacteriële en schimmel hele genoom re-sequencing
Her-sequencing van het volledige genoom van bacteriën en schimmels is een cruciaal hulpmiddel om de genomen van bekende bacteriën en schimmels te voltooien, evenals om meerdere genomen te vergelijken of om genomen van nieuwe organismen in kaart te brengen.Het is van groot belang om volledige genomen van bacteriën en schimmels te sequensen om nauwkeurige referentiegenomen te genereren, microbiële identificatie en andere vergelijkende genoomstudies te doen.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Schimmel genoom
Biomarker-technologieën bieden genoomonderzoek, fijn genoom en pene-compleet genoom van schimmel, afhankelijk van het specifieke onderzoeksdoel.Genoomsequencing, assemblage en functionele annotatie kunnen worden bereikt door sequencing van de volgende generatie + sequencing van de derde generatie te combineren om genoomassemblage op hoog niveau te bereiken.Hi-C-technologie kan ook worden gebruikt om genoomassemblage op chromosoomniveau te vergemakkelijken.
Platform:PacBio Vervolg II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Bacteriën compleet genoom
Biomarker Technologies biedt sequencing-service voor het construeren van het volledige genoom van bacteriën zonder tussenruimte.De belangrijkste workflow van de volledige genoomconstructie van bacteriën omvat sequencing, assemblage, functionele annotatie en geavanceerde bio-informatische analyse van de derde generatie die aan specifieke onderzoeksdoelen voldoet.Een uitgebreidere profilering van het bacteriegenoom maakt het mogelijk om fundamentele mechanismen te onthullen die ten grondslag liggen aan hun biologische processen, wat ook een waardevolle referentie zou kunnen zijn voor genomisch onderzoek bij hogere eukaryote soorten
Platform:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Vervolg II
