BMKCloud Log in
Ik ben banner-03

Producten

Plant/dier De Novo genoomsequencing

De Novosequencing verwijst naar de constructie van het volledige genoom van een soort met behulp van sequencing-technologieën, bijvoorbeeld PacBio, Nanopore, NGS, enz., bij afwezigheid van een referentiegenoom.De opmerkelijke verbetering in de leeslengte van sequencingtechnologieën van de derde generatie heeft nieuwe mogelijkheden opgeleverd bij het samenstellen van complexe genomen, zoals die met een hoge heterozygositeit, een hoog percentage repetitieve gebieden, polyploïden, enz. Met een leeslengte op tientallen kilobasenniveau maken deze sequencing-lezingen het mogelijk oplossen van repetitieve elementen, regio's met abnormale GC-inhoud en andere zeer complexe regio's.

Platform: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq-platform


Servicedetails

Demoresultaten

Casestudy

Servicevoordelen

1Ontwikkeling-van-sequencing-en-bio-informatica-in-de-novo-genoomassemblage

Ontwikkeling van sequencingplatforms en bio-informatica inde nieuwegenoom assemblage

(Amarasinghe SL et al.,Genoom Biologie, 2020)

● Het construeren van nieuwe genomen en het verbeteren van bestaande referentiegenomen voor interessante soorten.

● Hogere nauwkeurigheid, continuïteit en volledigheid bij de montage

● Het opbouwen van fundamentele bronnen voor onderzoek op het gebied van sequentiepolymorfisme, QTL's, genbewerking, veredeling, enz.

● Uitgerust met een volledig spectrum van sequencingplatforms van de derde generatie: one-stop-oplossing voor genoomassemblage

● Flexibele sequencing- en assemblagestrategieën die diverse genomen met verschillende kenmerken vervullen

● Zeer bekwaam team van bio-informatici met grote ervaring in complexe genoomassemblages, waaronder polyploïden, gigantische genomen, enz.

● Meer dan 100 succesvolle cases met een cumulatieve gepubliceerde impactfactor van meer dan 900

● Doorlooptijd van slechts 3 maanden voor genoomassemblage op chromosoomniveau.

● Solide technische ondersteuning met een reeks patenten en software-auteursrechten, zowel op het gebied van de experimentele kant als op het gebied van de bio-informatica.

Servicespecificaties

 

Inhoud

 

 

Platform

 

 

Lees lengte

 

 

Dekking

 

Genoomonderzoek

 

Illumina NovaSeq

 

PE150

 

≥ 50X

 

 

Genoomsequencing

 

PacBio Revio

 

15 kb HiFi-lezingen

 

≥ 30X

 

Hallo-C

 

Illumina NovaSeq

 

PE150

 

100X

 

 

 

Werkstroom

de nieuwe

Monstervereisten en levering

Voorbeeldvereisten:

Soort

Zakdoek

Voor PacBio

Voor Nanopore

Dieren

Viscerale organen (lever, milt, enz.)

≥ 1,0 g

≥ 3,5 gram

Spier

≥ 1,5 gram

≥ 5,0 g

Bloed van zoogdieren

≥ 1,5 ml

≥ 5,0 ml

Bloed van vissen of vogels

≥ 0,2 ml

≥ 0,5 ml

Planten

Verse bladeren

≥ 1,5 gram

≥ 5,0 g

Bloemblad of stengel

≥ 3,5 gram

≥ 10,0 g

Wortels of zaden

≥ 7,0 g

≥ 20,0 g

Cellen

Cel cultuur

≥ 3×107

≥ 1×108

Aanbevolen monsterlevering

Verpakking: centrifugebuisje van 2 ml (aluminiumfolie wordt niet aanbevolen)
Voor de meeste monsters raden wij aan om ze niet in ethanol te bewaren.
Etikettering van monsters: Monsters moeten duidelijk geëtiketteerd zijn en identiek zijn aan het ingediende monsterinformatieformulier.
Verzending: Droogijs: Monsters moeten eerst in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.

Servicewerkstroom

Voorbeeld-QC

Experimentontwerp

monster levering

Levering van monsters

Proefexperiment

DNA-extractie

Voorbereiding bibliotheek

Bouw van bibliotheek

Volgorde aanbrengen in

Volgorde aanbrengen in

Gegevensanalyse

Gegevensanalyse

Dienst na verkoop

After-sales diensten


  • Vorig:
  • Volgende:

  • *De hier getoonde demoresultaten zijn allemaal afkomstig van genomen gepubliceerd met Biomarker Technologies

    1.Circos op genoomassemblage op chromosoomniveau vanG. rotundifoliumdoor het Nanopore-sequencingplatform

    3Circos-op-genomische-kenmerken-van-katoengenoom

    Wang M et al.,Moleculaire biologie en evolutie, 2021 

    2.Statistieken van de assemblage en annotatie van het Weining-roggegenoom

    4Statistieken-van-genoomassemblage-en-annotatie

    Li G et al.,Natuurgenetica, 2021

    3. Genvoorspelling vanSechium edulegenoom, afgeleid van drie voorspellingsmethoden:De nieuwevoorspelling, op homologie gebaseerde voorspelling en op RNA-Seq-gegevens gebaseerde voorspelling

    5Genvoorspelling

    Fu A et al.,Tuinbouwonderzoek, 2021

    4. Identificatie van intacte lange terminale herhalingen in drie katoengenomen

    6Identificatie-van-genoom-repetitieve-elementen

    Wang M et al.,Moleculaire biologie en evolutie, 2021

    5.Hi-C warmtekaart van deC. acuminatagenoom dat genoom-brede all-by-all interacties toont.De intensiteit van Hi-C-interacties is evenredig met de lineaire afstand tussen contigs.Een strakke rechte lijn op deze hittekaart geeft een zeer nauwkeurige verankering van contigs op chromosomen aan.(Contig-verankeringsverhouding: 96,03%)

    7Hi-C-heatmap-op-geassembleerde-sequencing-verankering

    kang M et al.,Natuurcommunicatie,2021

     

    BMK-zaak

    Een hoogwaardige genoomassemblage benadrukt de genomische kenmerken van rogge en agronomisch belangrijke genen

    Gepubliceerd: Natuurgenetica, 2021

    Sequentiestrategie:

    Genoomassemblage: PacBio CLR-modus met bibliotheek van 20 kb (497 Gb, ongeveer 63 ×)
    Sequentiecorrectie: NGS met 270 bp DNA-bibliotheek (430 Gb, ongeveer 54×) op Illumina-platform
    Contigs-verankering: Hi-C-bibliotheek (560 Gb, ongeveer 71×) op Illumina-platform
    Optische kaart: (779,55 Gb, ca. 99×) op Bionano Irys

    Belangrijkste resultaten

    1. Er werd een samenstel van het Weining-roggegenoom gepubliceerd met een totale genoomgrootte van 7,74 Gb (98,74% van de geschatte genoomgrootte volgens flowcytometrie).Scaffold N50 van deze assemblage behaalde 1,04 Gb.93,67% van de contigs werd met succes verankerd op 7 pseudo-chromosomen.Deze montage werd geëvalueerd door koppelingskaart, LAI en BUSCO, wat resulteerde in hoge scores in alle evaluaties.

    2. Verdere studies naar vergelijkende genomica, genetische koppelingskaart en transcriptomics-studies werden uitgevoerd op basis van dit genoom.Er werd een reeks eigenschappengerelateerde genomische kenmerken onthuld, waaronder genoombrede genduplicaties en hun impact op genen voor de biosynthese van zetmeel;fysieke organisatie van complexe prolamine-loci, genexpressiekenmerken die ten grondslag liggen aan vroege koerskenmerken en vermeende domesticatie-geassocieerde chromosomale regio's en loci in rogge.

    PB-casestudy over RNA-sequencing van volledige lengte

    Circos-diagram over genomische kenmerken van het Weining-roggegenoom

    PB-RNA-alternatieve splitsing van volledige lengte

    Evolutionaire en chromosoomsyntenieanalyses van het roggegenoom

    Referentie

    Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Een hoogwaardige genoomassemblage benadrukt de genomische kenmerken van rogge en agronomisch belangrijke genen.Nat Genet 53,574-584 (2021).

    https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z

    ontvang een offerte

    Schrijf hier uw bericht en stuur het naar ons

    Stuur uw bericht naar ons: