Producten

Sequencing van het hele genoom van planten en dieren

Plant/dier hele genoomsequencing Uitgelichte afbeelding

Hersequencing van het hele genoom, ook wel bekend als WGS, maakt het onthullen van zowel veel voorkomende als zeldzame mutaties op het hele genoom mogelijk, waaronder Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structuurvariatie (SV) en Copy Number Variation (CNV). ).SV's vormen een groter deel van de variatiebasis dan SNP's en hebben een grotere impact op het genoom, wat een significant effect heeft op levende organismen.Long-read resequencing maakt een preciezere identificatie van grote fragmenten en gecompliceerde variaties mogelijk, omdat long-reads het veel gemakkelijker maken om chromosomale kruisingen over gecompliceerde gebieden zoals tandemherhalingen, GC/AT-rijke gebieden en hypervariabele gebieden te maken.

Platform: Illumina, PacBio, Nanopore

Neem contact met ons op

Servicedetails

Demoresultaat

Uitgelichte publicatie

1.Servicevoordelen

Uitgebreide ervaring met genoomsequencing voor meer dan 1000 soorten.

Meer dan 800 gepubliceerde cases met een cumulatieve impactfactor van meer dan 4000.

Uitgebreide bio-informatica-analyse van variatieaanroepen en functieanalyse.

2. Servicespecificaties

Platform		Bibliotheek	Aanbevolen seq-diepte
Illumina		PE 150	Voor SNP belt InDel ≥ 10x Voor SV, CNY bellen ≥ 30x
Nanoporie		8 kb	Voor SV, CNY bellen ≥ 20x
Pacbio	CCS	15 kb	Voor SNP, InDel, SV, CNY bellen ≥ 10x

3. Voorbeeldvereisten

Platform		Conc.(ng/μL)	Hoeveelheid (ng)	Puurheid		Agarose-gel
				OD260/280	OD260/230	1. Duidelijke hoofdband met geen of beperktafbraak waargenomen op gel. 2. Geen of beperkte RNA- of eiwitcontaminatie
Illumina		≥1	≥30	-	-
Nanoporie		≥30	Afhankelijk van de dataopbrengst 10 μg/cel	1,7-2,2	≥1,5
Pacbio	CCS	≥50		1,7-2,2	1,8-2,5

4. Analyse van bio-informatie

5. Servicewerkstroom

Levering van monsters

DNA-extractie

Bouw van bibliotheek

Volgorde aanbrengen in

Gegevensanalyse

Gegevenslevering

Vorig: BMKMANU S1000 Ruimtelijk transcriptoom

Volgende: RNA-sequencing met één kern

1) Statistieken van het in kaart brengen van het genoom

Tabel 1 Statistieken van het kaartresultaat

Figuur 1 Verdeling van inzetgrootte en leesdekking.

2) Variatiedetectie

Figuur 2 Statistieken en annotatie van SNP/INDEL/SV onder monsters

Figuur 3 Genoombrede verdeling van vatiaties

3) Functionele annotatie van variaties

2019	Communicatie over de natuur	Hersequencing van het hele genoom onthult de oorsprong van Brassica napus en genetische loci die betrokken zijn bij de verbetering ervan
2020	PNAS	De evolutionaire oorsprong en domesticatiegeschiedenis van goudvissen (Carassius auratus)
2021	Tijdschrift voor plantenbiotechnologie	Referentiegenomen van de twee gecultiveerde jutesoorten
2021	Tijdschrift voor plantenbiotechnologie	Genomische kenmerken van allopolyploïde Brassicajuncea van plantaardige en oliehoudende zaden en genetische loci die de accumulatie van glucosinolaten controleren
2019	Moleculaire plant	Hersequencing van het hele genoom van een wereldwijde verzameling koolzaadtoetredingen onthult de genetische basis van hun ecotype-divergentie
2022	Tuinbouwonderzoek	Genoombrede associatieanalyse biedt moleculaire inzichten in de natuurlijke variatie in de zaadgrootte van watermeloenen
2021	Tijdschrift voor experimentele plantkunde	Genoombrede associatiestudie identificeert varianten van GhSAD1 die koudetolerantie in katoen verlenen
2021	Tijdschrift voor experimentele plantkunde	Genoombrede associatiestudie en transcriptoomvergelijking onthullen nieuwe QTL- en kandidaatgenen die de bloemblaadjesgrootte in koolzaad controleren