-
Hele transcriptoomsequencing – Illumina
Hele transcriptoomsequencing is ontworpen om alle soorten RNA-moleculen te profileren, inclusief coderende (mRNA) en niet-coderende RNA's (inclusief lncRNA, circRNA en miRNA) die op een bepaald moment door specifieke cellen worden getranscribeerd.Hele transcriptoomsequencing, ook bekend als ‘totale RNA-sequencing’, heeft tot doel uitgebreide regulerende netwerken op transcriptoomniveau te onthullen.Door gebruik te maken van de NGS-technologie zijn sequenties van volledige transcriptoomproducten beschikbaar voor ceRNA-analyse en gezamenlijke RNA-analyse, wat de eerste stap vormt naar functionele karakterisering.Onthullend regulerend netwerk van op circRNA-miRNA-mRNA gebaseerd ceRNA.
-
Chromatine-immunoprecipitatiesequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq biedt genoombrede profilering van DNA-doelen voor histonmodificatie, transcriptiefactoren en andere DNA-geassocieerde eiwitten.Het combineert de selectiviteit van chromatine-immunoprecipitatie (ChIP) om specifieke eiwit-DNA-complexen te herstellen, met de kracht van next-generation sequencing (NGS) voor high-throughput sequencing van het teruggewonnen DNA.Omdat de eiwit-DNA-complexen uit levende cellen worden gewonnen, kunnen bovendien bindingsplaatsen in verschillende celtypen en weefsels, of onder verschillende omstandigheden, worden vergeleken.Toepassingen variëren van transcriptionele regulatie tot ontwikkelingsroutes, ziektemechanismen en nog veel meer.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
Metagenomische sequencing-NGS
Metagenoom verwijst naar een verzameling totaal genetisch materiaal van een gemengde gemeenschap van organismen, zoals omgevingsmetagenoom, menselijk metagenoom, enz. Het bevat genomen van zowel kweekbare als niet-kweekbare micro-organismen.Metagenomische sequencing is een moleculair hulpmiddel dat wordt gebruikt om de gemengde genomische materialen te analyseren die zijn geëxtraheerd uit omgevingsmonsters, en die gedetailleerde informatie oplevert over soortendiversiteit en overvloed, populatiestructuur, fylogenetische relatie, functionele genen en correlatienetwerk met omgevingsfactoren.
Platform:Illumina NovaSeq-platform
-
Metagenomische sequencing-Nanopore
Metagenomics is een moleculair hulpmiddel dat wordt gebruikt voor het analyseren van de gemengde genomische materialen die zijn geëxtraheerd uit omgevingsmonsters, en dat gedetailleerde informatie oplevert over de soortendiversiteit en overvloed, populatiestructuur, fylogenetische relatie, functionele genen en correlatienetwerk met omgevingsfactoren, enz. Nanopore-sequencingplatforms zijn onlangs geïntroduceerd naar metagenomische studies.De uitstekende prestaties op het gebied van leeslengte verbeterden de stroomafwaartse metagenomische analyse, vooral de assemblage van metagenoom, aanzienlijk.Door gebruik te maken van de leeslengte kan op Nanopore gebaseerd metagenomisch onderzoek een meer continue assemblage bereiken in vergelijking met shotgun-metagenomica.Er is gepubliceerd dat op Nanopore gebaseerde metagenomica met succes complete en gesloten bacteriële genomen uit microbiomen heeft gegenereerd (Moss, EL, et. al.,Natuur Biotech, 2020)
Platform:Nanopore PromethION P48
-
Bisulfietsequencing van het hele genoom
DNA-methylatie op de vijfde positie in cytosine (5-mC) heeft een fundamentele invloed op genexpressie en cellulaire activiteit.Abnormale methyleringspatronen zijn in verband gebracht met verschillende aandoeningen en ziekten, zoals kanker.WGBS is de gouden standaard geworden voor het bestuderen van genoombrede methylering met een resolutie van één base.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
Test voor transposase-toegankelijke chromatine met sequencing met hoge doorvoer (ATAC-seq)
ATAC-seq is een sequencingmethode met hoge doorvoer voor analyse van genoombrede toegankelijkheid van chromatine, wat belangrijk is voor de wereldwijde epigenetische controle van genexpressie.Sequencing-adapters worden in open chromatinegebieden ingevoegd door hyperactieve Tn5-transposase.Na PCR-amplificatie wordt een sequentiebibliotheek samengesteld.Alle open chromatinegebieden kunnen worden verkregen onder een specifieke ruimte-tijdconditie, niet alleen beperkt tot de bindingsplaatsen van een transcriptiefactor, of een bepaald histon-gemodificeerd gebied.
-
16S/18S/ITS Amplicon-sequencing-PacBio
De subeenheid op 16S- en 18S-rRNA die zowel sterk geconserveerde als hypervariabele gebieden bevat, is een perfecte moleculaire vingerafdruk voor de identificatie van prokaryotische en eukaryotische organismen.Door gebruik te maken van sequencing kunnen deze amplicons worden getarget op basis van de geconserveerde delen en kunnen de hypervariabele gebieden volledig worden gekarakteriseerd voor microbiële identificatie, wat bijdraagt aan onderzoeken op het gebied van microbiële diversiteitsanalyse, taxonomie, fylogenie, enz. Single-molecule real-time (SMRT ) sequencing van het PacBio-platform maakt het verkrijgen van zeer nauwkeurige lange metingen mogelijk, die amplicons van volledige lengte (ongeveer 1,5 Kb) zouden kunnen bestrijken.Het bredere zicht op het genetische veld verbeterde de resolutie in soortannotatie in de bacterie- of schimmelgemeenschap aanzienlijk.
Platform:PacBio-vervolg II
-
16S/18S/ITS Amplicon-sequencing-NGS
16S/18S/ITS-ampliconsequencing heeft tot doel de fylogenie, taxonomie en soortenrijkdom in een microbiële gemeenschap te onthullen door PCR-producten van huishoudelijke genetische markers te onderzoeken die zowel zeer geconverseerde als hypervariabele delen bevatten.De introductie van deze perfecte moleculaire vingerafdruk door Woeses et al, (1977) maakt isolatievrije microbioomprofilering mogelijk.Sequencing van 16S (bacteriën), 18S (schimmels) en interne getranscribeerde spacer (ITS, schimmels) maakt identificatie mogelijk van zowel overvloedige soorten als zeldzame en niet-geïdentificeerde soorten.Deze technologie is een wijdverbreid toegepast en belangrijk hulpmiddel geworden bij het identificeren van de verschillende microbiële samenstelling in verschillende omgevingen, zoals de menselijke mond, darmen, ontlasting, enz.
Platform:Illumina NovaSeq-platform
-
Hersequencing van het hele genoom van bacteriën en schimmels
Het opnieuw sequencen van het hele genoom van bacteriën en schimmels is een cruciaal hulpmiddel om de genomen van bekende bacteriën en schimmels te voltooien, maar ook om meerdere genomen te vergelijken of om genomen van nieuwe organismen in kaart te brengen.Het is van groot belang om volledige genomen van bacteriën en schimmels te sequencen om nauwkeurige referentiegenomen te genereren, microbiële identificatie en andere vergelijkende genoomstudies uit te voeren.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
PacBio-16S/18S/ITS Amplicon-sequencing over de volledige lengte
Het Amplicon (16S/18S/ITS)-platform is ontwikkeld met jarenlange ervaring in projectanalyse van microbiële diversiteit, dat gestandaardiseerde basisanalyse en gepersonaliseerde analyse bevat: basisanalyse omvat de reguliere analyse-inhoud van huidig microbieel onderzoek, de analyse-inhoud is rijk en alomvattend, en analyseresultaten worden gepresenteerd in de vorm van projectrapporten;De inhoud van gepersonaliseerde analyses is divers.Er kunnen monsters worden geselecteerd en de parameters kunnen flexibel worden ingesteld op basis van het basisanalyserapport en het onderzoeksdoel, om gepersonaliseerde vereisten te realiseren.Windows-besturingssysteem, eenvoudig en snel.
-
PacBio-transcriptoom van volledige lengte (niet-referentie)
Door Pacific Biosciences (PacBio) Isoform-sequencinggegevens als invoer te gebruiken, kan deze app transcriptsequenties van volledige lengte identificeren (zonder assemblage).Door sequenties van volledige lengte in kaart te brengen tegen het referentiegenoom, kunnen transcripten worden geoptimaliseerd door bekende genen, transcripten, coderende gebieden, enz. In dit geval kan een nauwkeurigere identificatie van mRNA-structuren, zoals alternatieve splitsing, enz. worden bereikt.Gezamenlijke analyse met NGS-transcriptoomsequencinggegevens maakt uitgebreidere annotatie en nauwkeurigere kwantificering van de expressie op transcriptniveau mogelijk, wat grotendeels ten goede komt aan de stroomafwaartse differentiële expressie en functionele analyse.
-
Verminderde representatie bisulfietsequencing (RRBS)
Onderzoek naar DNA-methylatie is altijd een veelbesproken onderwerp geweest in het ziekteonderzoek en hangt nauw samen met genexpressie en fenotypische eigenschappen.RRBS is een nauwkeurige, efficiënte en economische methode voor DNA-methylatieonderzoek.Verrijking van promotor- en CpG-eilandgebieden door enzymatische splitsing (Msp I), gecombineerd met Bisulfiet-sequencing, zorgt voor detectie van DNA-methylatie met hoge resolutie.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
